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青藏高原特有种—黄缨菊不同居群的染色体核型研究 被引量:2
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作者 靳佳瑞 刘玉萍 +6 位作者 苏旭 刘涛 曲荣举 张朋辉 余明君 杨倩 胡夏宇 《草地学报》 北大核心 2025年第1期53-61,共9页
本研究利用常规染色体压片技术,对黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)6个不同自然居群的染色体核型特征进行分析,探讨它们之间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:(1)黄缨菊6个自然居群的染色体倍性均为二倍体,染色体基数为9,不存在额外染色... 本研究利用常规染色体压片技术,对黄缨菊(Xanthopappus subacaulis)6个不同自然居群的染色体核型特征进行分析,探讨它们之间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:(1)黄缨菊6个自然居群的染色体倍性均为二倍体,染色体基数为9,不存在额外染色体。(2)着丝粒类型仅有m型,核型公式均为2n=2X=18=18m;染色体类型除居群P002和P004无S型外,其余四个居群均具有L,M_(1),M_(2)和S四种类型。(3)核型类型仅有1A型,平均臂比处于1.13~1.39,长度比介于1.61~1.78,核不对称系数居于54.76%~55.69%,其中居群P004的平均臂比和核型不对称系数最大,进化程度较高。(4)遗传距离为4时,居群P001和P002聚为一支;遗传距离为1时,居群P003与P004及居群P006与PH52分别聚为两支,各分支内居群间亲缘较近。本研究首次探讨了黄缨菊的染色体核型特征以及居群间的进化趋势和亲缘关系,可为黄缨菊属乃至菊科植物的染色体核型及系统进化研究提供细胞学资料,也可为黄缨菊基因组的测序组装及黄酮类化合物合成关键代谢途径基因的挖掘提供数据基础。 展开更多
关键词 黄缨菊 居群 染色体核型 进化趋势 聚类分析
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5种黄精属植物叶绿体基因组从头组装及系统发育研究 被引量:1
2
作者 李伟 朱明玉 +6 位作者 曾宇灵 文萱 黄楚彤 法欣悦 森林 胡志刚 刘义飞 《世界科学技术-中医药现代化》 北大核心 2025年第1期36-55,共20页
目的使用混合组装技术对采集的5种黄精属植物叶绿体基因组进行组装,利用比较基因组方法分析其种内及种间差异,探究其密码子使用模式及影响因素,并解析黄精属的系统发育关系。方法本研究使用Unicycler软件混合组装5种黄精属植物的叶绿体... 目的使用混合组装技术对采集的5种黄精属植物叶绿体基因组进行组装,利用比较基因组方法分析其种内及种间差异,探究其密码子使用模式及影响因素,并解析黄精属的系统发育关系。方法本研究使用Unicycler软件混合组装5种黄精属植物的叶绿体基因组。通过序列比对、共线性分析、边界分析等方法评价这5种黄精属植物的种间差异,利用核苷酸多态性分析发掘其及近缘物种的高变异位点,预测不同长重复序列及SSRs的分布情况,随后分析黄精密码子使用偏性,最后与其余47种黄精属及其近缘物种的编码序列构建系统发育树探究本研究的系统发育关系。结果(1)5种黄精属植物组装得到155408-155623 bp的叶绿体基因组,共注释132-133个基因,并检测出369个长重复序列和1553个简单重复序列。(2)8种黄精属植物叶绿体基因组在IRs边界的收缩与扩张不明显,个别位于LSC-IRs-SSC边界的基因如ndhF基因和ycf1基因的大小和分布存在细微差异,8种黄精植物未出现种间或种内重排现象。(3)8种黄精叶绿体基因组高变异区主要位于两个单拷贝区,重复拷贝区相对保守,编码区相对于非编码区更加保守,高核苷酸多态性位点rps16-trnQ、trnS-trnG、trnT^(UGU)-trnL、ndhF-rpl32和rpl32-trnL均位于单拷贝区且大多为基因间隔区。(4)密码子偏好性结果表明,5种黄精属植物密码子偏好性相似且主要受选择压力影响,密码子的第三位碱基起主导作用且主要是以A/U结尾。RSCU聚类热图显示PK和PZ、PCB和PS具有较近的亲缘关系;(5)系统发育关系树将52种黄精属植物及其近缘物种分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ、Ⅴ五支,PS、PK、PCB、PCZ和PZ被分到第Ⅳ、Ⅴ支中,其中PK和PZ的亲缘关系最近,PCZ的亲缘关系相对其他4个较远,被单独分到第Ⅴ支中。结论本研究对黄精属药用植物的系统发育研究和分子标记开发等工作提供了参考依据。 展开更多
关键词 黄精属 叶绿体基因组 混合组装 密码子偏好性 紫杆多花黄精
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中国沙棘雌雄花芽转录组分析
3
作者 施晓宝 王桢莹 +1 位作者 张建国 曾艳飞 《林业科学研究》 北大核心 2025年第1期95-105,共11页
[目的]筛选中国沙棘雌雄花发育相关的基因,探究其雌雄异株性别分化的分子机制。[方法]石蜡切片观察中国沙棘花芽发育过程。选择花蕾分化期和生殖细胞发育期的雌雄花芽进行转录组测序,分析差异表达基因;GO和KEGG富集分析筛选雌雄花发育... [目的]筛选中国沙棘雌雄花发育相关的基因,探究其雌雄异株性别分化的分子机制。[方法]石蜡切片观察中国沙棘花芽发育过程。选择花蕾分化期和生殖细胞发育期的雌雄花芽进行转录组测序,分析差异表达基因;GO和KEGG富集分析筛选雌雄花发育相关的通路和基因。并采用RT-qPCR验证测序分析结果。[结果]切片观察确认中国沙棘开花前一年7月底8月初为花蕾分化期,当年4月初为生殖细胞发育期。花芽转录组测序共组装得到78199个Unigenes;花蕾分化期和生殖细胞发育期分别有1528和4932个基因在雌雄花芽之间差异表达。差异表达基因显著富集到了糖代谢、次生物质代谢相关通路,涉及生长素、脱落酸、赤霉素和茉莉酸等植物激素通路。筛选出许多其他植物中鉴定出的雌雄花分化和发育相关的基因,例如TM6、MADS3、MADS9、AS2、CRC、SPL8、SPL9、CPK17、RALF1、PPME1、CDC2、PRK3、PRK6等。[结论]糖代谢、次生物质代谢和激素相关通路对中国沙棘雌雄花分化和发育具有重要的作用。 展开更多
关键词 中国沙棘 转录组 雌雄异株 花芽分化 差异表达基因
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有毒药用植物野八角叶绿体基因组特征及系统发育分析
4
作者 高恬恬 毛玖阳 +1 位作者 李海峰 张德全 《吉首大学学报(自然科学版)》 2025年第3期62-74,共13页
为了揭示有毒药用植物野八角的叶绿体基因组特征,分析野八角与八角属其他物种间的亲缘关系,利用二代测序技术对野八角叶片进行高通量测序,经组装、注释后得到完整的叶绿体基因组序列.采用生物信息学方法对野八角叶绿体基因组序列特征进... 为了揭示有毒药用植物野八角的叶绿体基因组特征,分析野八角与八角属其他物种间的亲缘关系,利用二代测序技术对野八角叶片进行高通量测序,经组装、注释后得到完整的叶绿体基因组序列.采用生物信息学方法对野八角叶绿体基因组序列特征进行分析,并基于叶绿体基因组及CDS序列构建野八角与八角属内物种的系统发育树.结果表明,野八角叶绿体基因组的序列全长为143 012 bp,共编码112个基因,包括78个蛋白编码基因、29个tRNA基因、4个rRNA基因和1个假基因,总GC摩尔分数为39.1%;野八角叶绿体基因组共有100个简单重复序列,以单核苷酸重复居多;八角属植物叶绿体基因组变异程度均呈现出LSC区和SSC区高于IRs区,5个高变区分别是trnK-UUU-rps16,accD-psal,rpl20-clpP1,ycf1,atpF;八角属中,野八角与中缅八角亲缘关系最近,支持率高达100%,且野八角与八角同属一个单系类群,亲缘关系较近. 展开更多
关键词 野八角 八角属 叶绿体基因组 系统发育 亲缘关系
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无籽刺梨及其近缘种叶绿体基因组序列比较分析 被引量:4
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作者 纵丹 黄嘉城 +4 位作者 段晓盟 张晓琳 冯家玉 甘沛华 何承忠 《福建农林大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 2024年第1期39-47,共9页
【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系,为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列,包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究... 【目的】探讨无籽刺梨及其近缘种之间的系统发育关系,为蔷薇属植物后期分子鉴定和群体遗传研究奠定基础。【方法】从NCBI数据库下载了6种植物的叶绿体基因组序列,包括无籽刺梨和其近缘种。利用生物信息学方法对这些基因组序列进行了研究,包括基因组结构、重复序列、高变区序列以及基于叶绿体全基因组序列的系统发育关系。【结果】6种植物的叶绿体基因组呈环状四分体结构,其长度为156561~156749 bp,平均GC含量均为37.2%,且6种植物基因组的反向重复(inverted repeat,IR)区未表现出明显的扩张和收缩。在对蔷薇属植物叶绿体基因组序列进行比较分析时,筛选出了7个高变区序列,包括trnK-trnQ、psbM-trnY、ycf3-rps4、rps4-trnL、psbE-petG、rpl16 intron和ycf1。这些序列可作为候选标记,用于进一步研究蔷薇属植物的系统发育。同时,利用叶绿体全基因组序列重建了蔷薇属植物的系统发育树。结果表明,无籽刺梨和刺梨是独立的2个种类,其中无籽刺梨与贵州缫丝花有较近的亲缘关系,而刺梨与单瓣缫丝花有较近的亲缘关系。【结论】无籽刺梨及其近缘种之间叶绿体基因组结构高度相似,单拷贝区核苷酸多样性高于重复区。 展开更多
关键词 无籽刺梨 叶绿体基因组 高变区 系统发育
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苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个不同居群的染色体核型分析 被引量:5
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作者 曲荣举 刘玉萍 +5 位作者 陈金元 苏旭 张朋辉 靳佳瑞 余明君 杨倩 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第8期2469-2477,共9页
本研究采用染色体常规压片技术和核型分析方法,对苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个自然居群(P81,P89,P96,P102,P137,P142)的染色体核型特征进行了分析,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:苦马豆6个参试居群的染色体数目... 本研究采用染色体常规压片技术和核型分析方法,对苦马豆(Sphaerophysa salsula)6个自然居群(P81,P89,P96,P102,P137,P142)的染色体核型特征进行了分析,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系。结果表明:苦马豆6个参试居群的染色体数目和基数恒定,均为2n=2X=16;主要有中部着丝粒(m)和亚中部着丝粒(sm)染色体两种类型,中部着丝粒染色体数量多于亚中部着丝粒染色体;绝大多数居群的核型公式为2n=2X=16 m,仅居群P137的核型公式为2n=2X=14 m+2 sm;染色体长度介于1.05~2.63之间,属于小型染色体;核型类型包括1A,2A,3A和2B,平均臂比处于1.18~1.43之间,长度比居于1.44~2.05之间,核不对称系数介于54.02~58.98之间;居群P89的核型类型为1A,核不对称系数最小,进化程度最低;当遗传距离为4时,苦马豆6个居群形成三大类,居群P137和P142的亲缘关系较近。本研究首次分析了苦马豆的染色体核型特征,探讨了不同居群间的进化趋势和亲缘关系,为苦马豆属物种系统发育和基因组学研究提供了细胞学的佐证。 展开更多
关键词 苦马豆 染色体 核型分析 进化趋势 亲缘关系 聚类分析
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胡颓子科叶绿体基因组系统发育分析与演化趋势推断 被引量:2
7
作者 罗晗睿 王罗云 +1 位作者 张建国 曾艳飞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期891-903,共13页
[目的]探索胡颓子科叶绿体基因组演化趋势,为胡颓子科植物物种鉴定以及资源开发利用提供理论依据。[方法]该研究从头组装并注释了沙棘属和野牛果属共4个类群的叶绿体基因组,结合已发表的叶绿体基因组序列,比较了胡颓子科各类群叶绿体基... [目的]探索胡颓子科叶绿体基因组演化趋势,为胡颓子科植物物种鉴定以及资源开发利用提供理论依据。[方法]该研究从头组装并注释了沙棘属和野牛果属共4个类群的叶绿体基因组,结合已发表的叶绿体基因组序列,比较了胡颓子科各类群叶绿体基因组的基因构成、重复序列和结构特征,建立了系统发育树,并通过高分化区定位了该科叶绿体基因组的潜在DNA条形码区域。[结果]胡颓子科各属叶绿体基因组在四分体结构、基因数量和排列上高度相似;沙棘属和野牛果属的反向重复区(IR)和整个基因组重复序列数目较胡颓子属有扩张和增加的趋势。胡颓子科18个类群的叶绿体全基因组序列的系统发育树中,胡颓子属个体聚为一支,最先分化出来,沙棘属和野牛果属各自聚为一支,具有最近的共同祖先;从长单拷贝区(LSC)和短单拷贝区(SSC)筛选出3个DNA条形码候选区,其中ycf1基因的鉴定效果最佳。[结论]胡颓子科的叶绿体基因组结构保守,但其非编码区序列在各属间存在明显差异,且IR区序列与重复序列在演化过程中分别有扩张和增多的趋势。研究选定的DNA条形码序列能很好区分胡颓子科各属之间以及胡颓子属内物种间关系。 展开更多
关键词 胡颓子科 叶绿体基因组 系统发育 DNA条形码
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3种杨树HSFB1基因CDS遗传多样性和系统演化分析 被引量:1
8
作者 倪婉凝 惠楠 +2 位作者 韦若冰 张建国 王兆山 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2024年第6期112-120,共9页
[目的]基于HSFB1基因,从CDS水平探讨银白杨、响叶杨和中国山杨不同群体的遗传多样性、系统发育关系以及群体遗传变异与适应异质环境之间的关系。[方法]提取HSFB1基因在各杨树样本中的CDS序列,并对各CDS序列分别进行遗传多样性、中性检... [目的]基于HSFB1基因,从CDS水平探讨银白杨、响叶杨和中国山杨不同群体的遗传多样性、系统发育关系以及群体遗传变异与适应异质环境之间的关系。[方法]提取HSFB1基因在各杨树样本中的CDS序列,并对各CDS序列分别进行遗传多样性、中性检验和单倍型分析。[结果]HSFB1基因在银白杨群体中的单倍型多样性和核苷酸多态性最低,在响叶杨和西南山杨群体中较低,在北方山杨和中部山杨群体中最高。各杨树群体中该基因的中性检验结果均不显著。CDS1系统发育树显示,外类群首先分枝为响叶杨和中国山杨,银白杨则聚于末端。CDS2单倍型分析显示,北方与中部山杨群体单倍型种类丰富,西南山杨、响叶杨和银白杨群体单倍型种类相对较少。[结论]不同杨树物种和群体在应对我国复杂多变的地理环境和气候条件的过程中体现出不同的适应和演化特征。 展开更多
关键词 银白杨 响叶杨 中国山杨 HSFB1 遗传多样性 单倍型网络
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9个中国选育油橄榄品种母系来源多样性研究 被引量:1
9
作者 马宏博 王桢莹 +2 位作者 赵海云 张建国 曾艳飞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第11期1760-1768,共9页
【目的】比较中国选育油橄榄品种与地中海油橄榄叶绿体基因组的多样性和亲缘关系,评估中国选育品种母系来源多样性,为中国油橄榄种质开发提供依据。【方法】基于本研究所测的9个中国选育油橄榄品种、7个伊朗种质和下载的52个地中海油橄... 【目的】比较中国选育油橄榄品种与地中海油橄榄叶绿体基因组的多样性和亲缘关系,评估中国选育品种母系来源多样性,为中国油橄榄种质开发提供依据。【方法】基于本研究所测的9个中国选育油橄榄品种、7个伊朗种质和下载的52个地中海油橄榄种质的重测序数据,用NOVOPlasty组装叶绿体基因组,计算序列多态性;用GPA和RAxML-NG、Network 5.0等软件分别构建叶绿体基因组图谱、系统发育和单倍型网络关系。【结果】油橄榄叶绿体基因组在其四分体结构、基因数量上具有一致性;共检测到17个叶绿体单倍型,其中,中国选育油橄榄品种仅有1个单倍型,其多数为地中海栽培油橄榄共享;野生油橄榄序列多态性最高,其次为地中海栽培油橄榄和伊朗种质,而9个中国选育品种的多样性为0。系统发育和单倍型网络关系结果一致,中国选育品种与多数地中海栽培油橄榄、伊朗种质聚为一支。【结论】中国选育油橄榄品种母系来源多样性极低,后期需从更全面的油橄榄种质谱系选育适应中国生境的油橄榄品种。 展开更多
关键词 油橄榄 叶绿体基因组 品种选育 系统发育 母系来源
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毛茛铁线莲叶绿体全基因组解析及系统发育分析 被引量:1
10
作者 王若澜 张德全 《吉首大学学报(自然科学版)》 CAS 2024年第1期66-76,共11页
为了解析药用植物毛茛铁线莲的叶绿体全基因组特征及系统发育位置,利用高通量测序技术对毛茛铁线莲叶片样品进行测序,并对毛茛铁线莲叶绿体基因组进行组装、注释和特征分析,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建分子... 为了解析药用植物毛茛铁线莲的叶绿体全基因组特征及系统发育位置,利用高通量测序技术对毛茛铁线莲叶片样品进行测序,并对毛茛铁线莲叶绿体基因组进行组装、注释和特征分析,采用最大简约法(MP)、最大似然法(ML)及贝叶斯法(BI)构建分子系统发育树.结果表明,毛茛铁线莲的叶绿体基因组为典型的四分体结构,全长159 741 bp,共编码112个基因,包括79个蛋白编码基因、29个tRNA基因和4个rRNA基因;毛茛铁线莲叶绿体基因组共含有84个简单重复序列,以单核苷酸重复基序居多,共57个;毛茛铁线莲叶绿体基因组使用频次最高的氨基酸是亮氨酸;基于叶绿体全基因组构建的MP,ML和BI树,拓扑结构基本一致;铁线莲属是明显的单系类群,与银莲花属关系最近,毛茛铁线莲与绣球藤亲缘关系最近. 展开更多
关键词 毛茛铁线莲 叶绿体基因组 简单重复序列 系统发育 毛茛科
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黄河三角洲潮沟湿地植被空间分布对土壤环境的响应 被引量:40
11
作者 赵欣胜 崔保山 +1 位作者 孙涛 贺强 《生态环境学报》 CSCD 北大核心 2010年第8期1855-1861,共7页
潮沟在黄河三角洲广泛存在,且分布有多种独特的湿地植被类型。通过设置有代表性的28个样地,获取了植被种类、多度和土壤环境因子数据;并运用双指示物种(TWINSPAN),对黄河三角洲潮沟分布区植被进行了群落类型划分,得出研究区共有7种类型... 潮沟在黄河三角洲广泛存在,且分布有多种独特的湿地植被类型。通过设置有代表性的28个样地,获取了植被种类、多度和土壤环境因子数据;并运用双指示物种(TWINSPAN),对黄河三角洲潮沟分布区植被进行了群落类型划分,得出研究区共有7种类型植物群落;同时利用典范对应分析(CCA)阐明了这些植被群落空间分布与土壤环境因子之间的关系,其分析结果显示构成黄河三角洲土壤盐分的主要是Cl-和Na+,距离海洋的远近和土壤含水量共同影响土壤含盐量,盐地碱蓬和中华柽柳分布主要取决于土壤含盐量、Na+含量及距离海洋距离,而各种植被类型的分布与土壤全磷(TP)、全氮(TN)、有机质、Ca2+及Mg2+含量存在一定的关系。 展开更多
关键词 潮沟 土壤 植被 环境因子 空间分布 黄河三角洲 湿地
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利用RAPD分析披碱草属、鹅观草属和猬草属模式种的亲缘关系 被引量:20
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作者 杨瑞武 周永红 +1 位作者 郑有良 魏育明 《西北植物学报》 CAS CSCD 2001年第5期865-871,共7页
利用随机扩增多态性 DNA( RAPD)技术对小麦族披碱草属、鹅观草属和猬草属 3个属的模式种进行了基因组 DNA多态性分析。 42个引物产生的 2 90条谱带中 ,2 5 7条( 88.62 % )表现出多态性 ,说明披碱草属、鹅观草属和猬草属 3个属的模式种... 利用随机扩增多态性 DNA( RAPD)技术对小麦族披碱草属、鹅观草属和猬草属 3个属的模式种进行了基因组 DNA多态性分析。 42个引物产生的 2 90条谱带中 ,2 5 7条( 88.62 % )表现出多态性 ,说明披碱草属、鹅观草属和猬草属 3个属的模式种间具有丰富的遗传多样性。利用 2 90个 RAPD标记 ,计算材料间 Nei氏遗传相似性系数和遗传距离 ,在NTSYS程序中利用 UPGMA进行聚类。结果表明 ,Elymus sibiricus种内不同居群间的遗传差异较小 ,遗传距离在 0 .0 97~ 0 .1 80之间。E.sibiricus、Roegneria caucasica和 Hystrix patula的种间遗传差异明显 ,遗传距离在 0 .45 8~ 0 .60 5之间。 H.patula与 E.sibiricus的亲缘关系较近 ,R.caucasica与 E.sibiricus的亲缘关系较远nalysis of 展开更多
关键词 小麦族 披碱草属 鹅观草属 猬草属 模式种 RAPD 遗传多样性 亲缘关系
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RAPD标记在植物系统进化研究中的应用 被引量:18
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作者 马文辉 何平 +2 位作者 袁小凤 杜洁 田丽华 《西南师范大学学报(自然科学版)》 CAS CSCD 北大核心 1999年第4期482-491,共10页
介绍了RAPD原理,对DNA谱带的数据分析作了较详尽的阐述,列举了几种常用于RAPD产物分析的软件包,探讨了几年来RAPD在种质资源鉴定、遗传多样性分析、植物分类、物种的亲缘关系研究及其在物种起源和演化上的应用进展及其存在的缺陷,... 介绍了RAPD原理,对DNA谱带的数据分析作了较详尽的阐述,列举了几种常用于RAPD产物分析的软件包,探讨了几年来RAPD在种质资源鉴定、遗传多样性分析、植物分类、物种的亲缘关系研究及其在物种起源和演化上的应用进展及其存在的缺陷,进一步展望了RAPD在濒危物种保护和研究中的应用前景. 展开更多
关键词 RAPD 遗传多样性 濒危植物保护 植物 进化
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利用RAPD和同工酶研究中国兜兰属种间亲缘关系 被引量:18
14
作者 孙彩云 张明永 +2 位作者 叶秀粦 梁承邺 夏快飞 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第2期268-272,共5页
本文选择14种10个碱基的寡核苷酸引物和7种酶系统,应用RAPD和同工酶分子标记技术分析中国兜兰属(Paphiopedilum)种间亲缘关系,并与陈心启和Cribb的传统分类、Cox等的ITS结果进行比较。研究结果显示,RAPD和同工酶两种手段对种间亲缘关系... 本文选择14种10个碱基的寡核苷酸引物和7种酶系统,应用RAPD和同工酶分子标记技术分析中国兜兰属(Paphiopedilum)种间亲缘关系,并与陈心启和Cribb的传统分类、Cox等的ITS结果进行比较。研究结果显示,RAPD和同工酶两种手段对种间亲缘关系的划分与传统分类大致吻合,同工酶比RAPD的结果更接近传统分类。兜兰亚属需进一步分组,彩云兜兰、卷萼兜兰、紫纹兜兰及其变种云南虎皮应自成一个组。 展开更多
关键词 兜兰属 RAPD 同工酶 亲缘关系
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中国兰属植物种间及品种间亲缘关系的RAPD分析 被引量:27
15
作者 孙彩云 张明永 +2 位作者 叶秀粦 梁承邺 夏快飞 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第6期1121-1124,共4页
利用RAPD分子标记分析中国兰属(Cymbidium)的28个原生种和部分种的不同品种及3个杂交种共50个材料间的亲缘关系.获得250条可明显区分的DNA扩增片段,除S143-850 bp 1条带为全部材料共有外,其余带均为多态性位点.这些带最大的为2 100 bp,... 利用RAPD分子标记分析中国兰属(Cymbidium)的28个原生种和部分种的不同品种及3个杂交种共50个材料间的亲缘关系.获得250条可明显区分的DNA扩增片段,除S143-850 bp 1条带为全部材料共有外,其余带均为多态性位点.这些带最大的为2 100 bp,最小的为200 bp,以集中在1 031~300 bp的带居多.UPGMA进行聚类分析显示:RAPD的聚类树状图所呈现出的亲缘关系大体与ITS系统发育树一致.建兰亚属可能为一自然类群.大花亚属并非自然类群,其成员之一文山红柱兰(C. Wenshanense Y.S.Wu et.)偏离出去而与兰亚属聚在一起.兰亚属则为一高度异质性的类群,分散成互不关联的3支.本结果和ITS系统发育分析表明,有必要对经典分类的兰属属下分类,特别是兰亚属进行修订.对3个亚属中各组的划分基本与传统分类的一致.春兰品种间的多样性高于其它测试品种. 展开更多
关键词 兰属 兰科 RAPD
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窄叶鲜卑花(Sibiraea angustata)nrDNA ITS和cpDNA trnL-F序列分子进化特点的分析 被引量:10
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作者 段义忠 张得钧 +3 位作者 高庆波 张发起 李印虎 陈世龙 《植物研究》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期146-151,共6页
应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶... 应用PCR产物直接测序法分析了窄叶鲜卑花居群间nrDNA(核糖体DNA)ITS序列和cpDNA(叶绿体DNA)trnL-F的碱基差异,并与cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列进行比较,从而初步研究两套植物基因组的变异速率。采用改良的CTAB法从硅胶干燥的窄叶鲜卑花叶片中提取总DNA,并对nrDNA ITS和cpDNAtrnL-F区域进行扩增、纯化、测序。nrDNA ITS序列共有601 bp,有变异位点3处,变异位点百分率为0.05%,(G+C)含量为41.4%。cpDNAtrnL-F序列共有927 bp,有变异位点1处,变异位点百分率0.01%,(G+C)含量为32.6%,两种序列的核苷酸多样性非常低。比较发现,窄叶鲜卑花nrDNA ITS区域较cpDNAtrnS-G序列和rpl20-rps12序列保守,变异速率较慢,比cpDNAtrnL-F序列变异速率稍快。通过对ITS序列单倍型(haplotype)进行分析发现,窄叶鲜卑花现有分布范围经历了居群近期范围扩张,与叶绿体基因组(trnS-G和rpl20-rps12序列)得出的结论一致。因此,窄叶鲜卑花nrDNA ITS序列适合该种的谱系地理学研究。 展开更多
关键词 窄叶鲜卑花 ITS序列 TRNL-F序列 trnS-G序列 rpl20-rps12序列
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杓兰叶绿体基因组密码子偏好性分析 被引量:29
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作者 丁锐 胡兵 +3 位作者 宗小雁 韩辰阳 张丽杰 陈旭辉 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2021年第5期177-185,共9页
[目的]分析杓兰叶绿体基因组密码子的使用偏好性,探究影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素,为兰科叶绿体基因组学研究提供参考。[方法]从NCBI数据库中下载完整的杓兰叶绿体基因组序列并进行蛋白编码序列筛选,利用EMBOSS在... [目的]分析杓兰叶绿体基因组密码子的使用偏好性,探究影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素,为兰科叶绿体基因组学研究提供参考。[方法]从NCBI数据库中下载完整的杓兰叶绿体基因组序列并进行蛋白编码序列筛选,利用EMBOSS在线程序计算各基因及密码子的GC含量,利用CodonW软件计算各基因的氨基酸长度(Laa)、有效密码子数(ENC)、同义密码子相对使用度(RSCU)、最优密码子使用频率(FOP)及各基因密码子的第3核苷酸碱基含量,利用SPSS软件分析各指标之间的相关性,利用Origin软件绘图。[结果]杓兰叶绿体基因组编码序列的密码子第3位碱基富含A和T,GC含量仅为29%,ENC值介于37.92~61.00之间,密码子偏好性不强,ENC与GC_(2)及GC_(3)均呈极显著相关。RSCU值大于1的密码子有34个,其中,29个以U或A结尾。ENC-plot分析、PR2-plot分析及中性绘图分析表明:影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素为自然选择。对应性分析结果表明:编码光合系统蛋白基因的密码子具有相似的使用模式,编码其它类型基因的密码子则具有不同的使用模式,并最终筛选出最优密码子16个。[结论]本研究明确了自然选择是影响杓兰叶绿体基因组密码子使用偏好性的主要因素,并筛选出杓兰叶绿体基因的最优密码子,研究结果能够对兰科系统发育及叶绿体基因组密码子进化研究提供参考。 展开更多
关键词 杓兰 叶绿体基因组 密码子偏好性 兰科
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用ITS序列研究杨属各组之间的系统发育关系 被引量:35
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作者 史全良 诸葛强 +1 位作者 黄敏仁 王明庥 《Acta Botanica Sinica》 CSCD 2001年第3期323-325,共3页
ITS sequences of 15 representative species of five sections in the genus Populus L. were determined. By using direct sequencing of PCR product, it was found that the fragments of internal transcribed spacers (ITS) a... ITS sequences of 15 representative species of five sections in the genus Populus L. were determined. By using direct sequencing of PCR product, it was found that the fragments of internal transcribed spacers (ITS) are about 594 bp in length. The length of ITS1 and ITS2 is about 220 bp and 210 bp, respectively, while that of 5.8s is 164 bp. Its G+C content is about 69.0%. The number of phylogenetically informative loci is higher in ITS2 than in ITS1. Transversion and transition are two main factors that drive the ITS evolution, and more insertions and deletions occurred in ITS2. Taking Salix matsudana Koidz. and Salix suchowensis Cheng as outgroups, phylogenetic analysis of ITS sequences using PAUP 4.0 software indicated that Populus is monophyletic group and can be divided into two main clades. One is the section Leuce , and the other is the remaining sections. 展开更多
关键词 杨树 内转录间隔区(ITS)序列 系统发育 杨属
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多倍体在植物进化中的意义 被引量:8
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作者 肖勇 杨耀东 +2 位作者 夏薇 雷新涛 马子龙 《广东农业科学》 CAS CSCD 北大核心 2013年第16期127-130,共4页
几乎所有的开花作物都为多倍体植物,其基因组至少经历1次以上的全基因组加倍事件。随着测序技术的不断革新,人们对作物的基因组以及基因组的演化历史有了全新认识。分析了全基因组加倍在物种进化中的意义:多倍化改变基因组结构,丰富物... 几乎所有的开花作物都为多倍体植物,其基因组至少经历1次以上的全基因组加倍事件。随着测序技术的不断革新,人们对作物的基因组以及基因组的演化历史有了全新认识。分析了全基因组加倍在物种进化中的意义:多倍化改变基因组结构,丰富物种的遗传多样性,改变重复基因表达模式,增强物种的适应性,并展望多倍化在作物遗传育种中的应用。 展开更多
关键词 进化 多倍化 重复基因 全基因组加倍 多倍体
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花色变异的分子基础与进化模式研究进展 被引量:40
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作者 黄金霞 王亮生 +1 位作者 李晓梅 鲁迎青 《植物学通报》 CSCD 北大核心 2006年第4期321-333,共13页
近年来国际上风行的生态学与进化生物学的学科整合已成为生物学发展的一个趋势。寻找适合的生物学系统来进行从表型到基因型的综合研究是推动这一整合向纵深发展的一项必要的和带探索性的工作。被子植物花色的形成机理和有关代谢途径上... 近年来国际上风行的生态学与进化生物学的学科整合已成为生物学发展的一个趋势。寻找适合的生物学系统来进行从表型到基因型的综合研究是推动这一整合向纵深发展的一项必要的和带探索性的工作。被子植物花色的形成机理和有关代谢途径上的结构和调控基因在若干模式植物中已有相当了解,使花色成为适合生态与进化生物学研究的一个首选性状,为进一步了解野生种中花色的形成机制奠定了基础。本文着重介绍旋花科(Convolvulaceae)番薯属(Ipomoea)花青素代谢途径的分子遗传学、生物化学和生态学工作,试图从多学科的角度提供有关花色自然变异的知识背景,并指出未解决的生物学问题和预期今后可能出现的发展。 展开更多
关键词 代谢途径 番薯属 花青素 进化基因组学
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