为明确西北地区重要药用植物唐古红景天(Rhodiola tangutica)的叶绿体基因组结构特点、基因信息和系统发育关系,该研究利用Illumina NovaSeq6000对基因组进行了测序,运用GeSeq、PGA、NOVOPlasty、IRscope、MISA等多种生物信息学分析软...为明确西北地区重要药用植物唐古红景天(Rhodiola tangutica)的叶绿体基因组结构特点、基因信息和系统发育关系,该研究利用Illumina NovaSeq6000对基因组进行了测序,运用GeSeq、PGA、NOVOPlasty、IRscope、MISA等多种生物信息学分析软件对其结构、基因功能和亲缘关系进行分析。结果表明:(1)唐古红景天的叶绿体基因组呈四分体环状结构,由82121 bp LSC、16996 bp SSC和25873 bp IR区构成,全长150863 bp,总GC含量为37.8%,IR区GC含量最高(42.9%);编码131个基因,包括85个PCGs、38个tRNAs和8个rRNAs。(2)检测到32471个密码子,其中编码半胱氨酸(Cys)最少(1.18%)、异亮氨酸(Ile)密码子占比最多(8.24%),29种密码子的RSCU值均大于1。(3)IR区分析显示,rps19和ndhF均向IRB扩张。(4)系统发育分析表明,唐古红景天与四裂红景天(R.quadrifida)的亲缘最近,分歧时间估计显示红景天属(Rhodiola)物种的起源时间平均为15.50 Mya(95%HPD:6.0~21.0 Mya)。该研究结果明晰了唐古红景天的叶绿体基因组特征,获得了红景天属物种较为合理的系统发育关系,为红景天属遗传多样性研究、适应性进化机制讨论以及种质资源保护等提供了理论依据。展开更多
文摘为明确西北地区重要药用植物唐古红景天(Rhodiola tangutica)的叶绿体基因组结构特点、基因信息和系统发育关系,该研究利用Illumina NovaSeq6000对基因组进行了测序,运用GeSeq、PGA、NOVOPlasty、IRscope、MISA等多种生物信息学分析软件对其结构、基因功能和亲缘关系进行分析。结果表明:(1)唐古红景天的叶绿体基因组呈四分体环状结构,由82121 bp LSC、16996 bp SSC和25873 bp IR区构成,全长150863 bp,总GC含量为37.8%,IR区GC含量最高(42.9%);编码131个基因,包括85个PCGs、38个tRNAs和8个rRNAs。(2)检测到32471个密码子,其中编码半胱氨酸(Cys)最少(1.18%)、异亮氨酸(Ile)密码子占比最多(8.24%),29种密码子的RSCU值均大于1。(3)IR区分析显示,rps19和ndhF均向IRB扩张。(4)系统发育分析表明,唐古红景天与四裂红景天(R.quadrifida)的亲缘最近,分歧时间估计显示红景天属(Rhodiola)物种的起源时间平均为15.50 Mya(95%HPD:6.0~21.0 Mya)。该研究结果明晰了唐古红景天的叶绿体基因组特征,获得了红景天属物种较为合理的系统发育关系,为红景天属遗传多样性研究、适应性进化机制讨论以及种质资源保护等提供了理论依据。
