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人体肠道微生物群中基石物种的鉴定及评价
1
作者 石雨萱 李华军 《胃肠病学和肝病学杂志》 2025年第11期1567-1572,共6页
基石物种(keystone species)在人体肠道微生物群(gut microbiota)生理学功能中起关键的作用,近年来已成为肠道微生物群功能研究的重点。本文论述了基石物种及判定方法、依据,较全面系统地介绍了基石微生物组的分类。此外总结了基石物种... 基石物种(keystone species)在人体肠道微生物群(gut microbiota)生理学功能中起关键的作用,近年来已成为肠道微生物群功能研究的重点。本文论述了基石物种及判定方法、依据,较全面系统地介绍了基石微生物组的分类。此外总结了基石物种的功能,体现肠道微生物群中基石物种对微生态平衡、肠道健康、人体健康不可或缺的基石作用。最后,本文展望了肠道基石物种领域研究的未来方向。基石物种将在肠道微生物群的研究中继续发挥重要作用,为疾病预防与治疗提供新的思路。 展开更多
关键词 肠道微生群 基石物种 肠道微生物组 抵抗力 恢复力 全基因组 代谢产物
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鲍姆桑黄(Sanghuangporus baumii)HSP20基因家族的分子特征及不同发育阶段的表达模式分析
2
作者 田彦挺 齐欣 +2 位作者 刘昊 廖方舟 仝雅娜 《天津农业科学》 2025年第5期1-7,共7页
为阐明药用真菌鲍姆桑黄(Sanghuangporus baumii)热休克蛋白20(HSP20)基因家族的生物学功能及其分子机制,基于全基因组数据系统鉴定了SbHSP20基因家族成员,并探究其在菌株生长调控中的作用。结果表明:在鲍姆桑黄中共鉴定出11个Sb HSP20... 为阐明药用真菌鲍姆桑黄(Sanghuangporus baumii)热休克蛋白20(HSP20)基因家族的生物学功能及其分子机制,基于全基因组数据系统鉴定了SbHSP20基因家族成员,并探究其在菌株生长调控中的作用。结果表明:在鲍姆桑黄中共鉴定出11个Sb HSP20基因,其编码蛋白分子量范围为17.5~89.6 kDa,等电点分布范围为5.07~10.38。系统发育分析显示,SbHSP20与糙皮侧耳(Pleurotus ostreatus)HSP20蛋白具有高度同源性(平均序列一致性76.8%)。启动子区域含有ABRE、MBS、STRE等12类胁迫响应元件,其中SbHSP20-7基因启动子包含7种不同类型的胁迫相关元件。表达谱分析表明,SbHSP20-2和SbHSP20-10在培养5 d的菌丝体中转录水平较高,分别为23.20和9.023;SbHSP20-6、SbHSP20-7和SbHSP20-10在培养9 d的菌丝体中表达量分别为5.212、6.209和10.098。共线性分析显示,桑黄与双孢蘑菇(Agaricus bisporus)之间存在染色体同源区段。综上,本研究首次系统解析了鲍姆桑黄SbHSP20基因家族的分子特征及表达调控模式,笔者发现SbHSP20-10可作为关键候选基因用于菌株抗逆性改良,为药用真菌抗逆分子育种提供了理论依据和基因资源。 展开更多
关键词 小热激蛋白(HSP20) 基因结构 系统发育 染色体定位
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人工智能研究细菌演化及其氧适应的地质时间尺度
3
作者 夏群科(编译) 《矿物岩石地球化学通报》 北大核心 2025年第4期871-871,共1页
微生物在地球生物圈中长期占据主导地位,但由于化石记录的不完整性,地球早期微生物演化模式迄今仍难以准确限定。最近,由澳大利亚昆士兰大学、美国加州理工学院等研究机构组成的多学科交叉团队,利用人工智能实现了对细菌从厌氧到需氧代... 微生物在地球生物圈中长期占据主导地位,但由于化石记录的不完整性,地球早期微生物演化模式迄今仍难以准确限定。最近,由澳大利亚昆士兰大学、美国加州理工学院等研究机构组成的多学科交叉团队,利用人工智能实现了对细菌从厌氧到需氧代谢方式转变时间的精确推断。 展开更多
关键词 细菌演化 地质时间尺度 氧适应 人工智能
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一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的系统发育多样性研究 被引量：25
4
作者 陈义光 李汇明 +12 位作者 李沁元 陈维 崔晓龙 杨亚玲 彭谦 文孟良 徐丽华 邓岚 王治刚 刘继辉 任禛 肖炜 刘宏伟 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第4期571-577,共7页
运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5-3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S r... 运用纯培养法和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对云南省一平浪盐矿古老岩盐沉积中可培养细菌的多样性进行了研究。用补充0.5-3.5mol/L NaCl的MBA和ISP2琼脂培养基从卤水、岩盐和盐土样品中分离到38株细菌,用细菌通用引物进行16S rRNA基因扩增和序列测定,用相关软件进行序列相似性搜索、比对和系统发育分析。结果表明,38个分离菌株可分为31个物种,属于4个大的系统发育类群（Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Actinobacteria）、17个科、24个属。多数菌株属于Proteobacteria门（18株,47.3%;Gamma-Proteobacteria,31.5%;Alpha-Proteobacteria,15.8%）和Firmicutes门（13株,34.2%）。这些分离菌株中,至少有3个菌株可能代表3个不同属的3个新物种：Y3、Y15和Y25分别代表Idiomarina属、Salinicoccus属和Saccharospirillum属的新物种;而菌株Y21有可能代表Staphylococcaceae科的一个新属。从以上结果可以看出,一平浪盐矿古老岩盐沉积中存在较为丰富的微生物物种多样性和系统发育多样性,并且潜藏着新的微生物资源。 展开更多
关键词 古老岩盐沉积 可培养细菌 16S RRNA基因 系统发育分析 细菌多样性 一平浪盐矿
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北极太平洋扇区海洋沉积物细菌多样性的系统发育分析 被引量：21
5
作者 李会荣 俞勇 +2 位作者 曾胤新 陈波 任大明 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期177-183,共7页
对北极太平洋扇区3个不同深度的海洋沉积物样品，采用PCR结合变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术进行细菌16SrRNA基因V3区序列的系统发育分析。结果表明，同一个沉积物样品不同层次的DGGE电泳图谱不完全相同。从3个沉积物样品中共获得50条序... 对北极太平洋扇区3个不同深度的海洋沉积物样品，采用PCR结合变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术进行细菌16SrRNA基因V3区序列的系统发育分析。结果表明，同一个沉积物样品不同层次的DGGE电泳图谱不完全相同。从3个沉积物样品中共获得50条序列。大部分序列与从海洋环境尤其海洋沉积物获得的细菌16SrDNA序列相似性较高（88％-100％），归属于变形细菌（Proteobacteria）的gamma亚群、alpha亚群、beta亚群、epsilon亚群、delta亚群，Cytophaga-Flavobacterium-Bacteroides（CFB）群细菌和高G＋C含量的革兰氏阳性细菌等系统分类群，其中变形细菌（Pmteobacteria）的gamma亚群为沉积物中的优势细菌类群。 展开更多
关键词 北极太平洋扇区 沉积物 细菌 系统发育
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北极高维度海域海冰嗜冷菌系统发育多样性及其低温水解酶分析 被引量：15
6
作者 俞勇 李会荣 +3 位作者 陈波 曾胤新 何剑锋 蔡明红 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期184-190,共7页
应用样品直接稀释涂布平板、-1℃富集培养和-20℃冷冻24h后富集培养等3种方法,从北极加拿大海盆和格陵兰海的高纬度海域(77°30′N^81°12′N)海冰中分离到37株嗜冷菌。根据其16S rDNA全长序列所进行的系统发育分析表明,分离菌... 应用样品直接稀释涂布平板、-1℃富集培养和-20℃冷冻24h后富集培养等3种方法,从北极加拿大海盆和格陵兰海的高纬度海域(77°30′N^81°12′N)海冰中分离到37株嗜冷菌。根据其16S rDNA全长序列所进行的系统发育分析表明,分离菌株分属于γ_变形细菌群(γ_Proteobacteria)的Colwellia、Marinobacter、Shewanella、Thalassomonas、Glaciecola、Marinomonas、Pseudoalteromonas和嗜纤维菌_曲挠杆菌_拟杆菌群(Cytophaga_Flexibacter_Bacteroide,CFB)的Flavobacterium、Psychroflexus等9个属。其中有9株菌的16S rDNA序列与已明确鉴定种的相似性在93.4%~96.9%,为潜在的新种。北极加拿大海盆海冰细菌BSi20002与南极威德尔海海冰细菌Marinobactersp.ANT8277的16S rDNA序列相似性为100%,表明在种水平上南、北两极也存在相同的细菌。分离的嗜冷菌在4℃条件下能产生多种大分子物质水解酶类,其中62.6%、51.4%和40.5%的菌株分别能水解Tween_80、明胶和淀粉。 展开更多
关键词 北极 海冰 嗜冷菌 系统发育多样性 低温水解酶
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霍乱弧菌和副溶血弧菌分离株的gyrB基因系统发育分析 被引量：18
7
作者 侯晓丽 曹清毅 +1 位作者 潘劲草 陈智 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第6期884-889,共6页
依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法... 依据gyrB基因部分编码序列构建系统发育树以分类和鉴别霍乱弧菌和副溶血弧菌,并探讨其种系发生关系。扩增并测序13株霍乱弧菌、8株副溶血弧菌、2株嗜水气单胞菌及1株类志贺邻单胞菌的gyrB基因(编码DNA促旋酶B亚单位)序列,并采用距离法与最大似然法构建系统发育树。两种方法所构建的树结构完全一致,霍乱弧菌、副溶血弧菌、嗜水气单胞菌及类志贺邻单胞菌各自形成一个独立的簇。其中,霍乱肠毒素基因(ctxA)阳性的霍乱弧菌(8株O139群与2株O1群ElTor型)聚类成一分枝;3株副溶血弧菌临床株(1株2002年流行株,2株2004年分离株)与1日本菌株及2001年1株自环境分离的毒力株聚类。系统发育分析靶分子gyrB基因可以良好区分上述4种常见病原菌。产毒O139群霍乱弧菌与产毒O1群ElTor型霍乱弧菌关系密切。副溶血弧菌环境毒力株与本地区临床主要流行株在系统发育关系上较为接近,可能是潜在的致病菌。 展开更多
关键词 gyrB基因 系统发育分析 霍乱弧菌 副溶血弧菌 嗜水气单胞菌 类志贺邻单胞菌
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基于rDNAITS序列分析Alternaria与相似属的关系及A.leucanthemi的分类地位 被引量：17
8
作者 赵国柱 张天宇 +1 位作者 曹爱新 王洪凯 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期184-191,共8页
对Alternaria,Stemphylium,Ulocladium,Nimbya,Embellisia等五个形态相似属的代表性种进行了5.8S/ITS区段序列测定,连同从GenBank下载的相关有性型Pleospora,Lewia的同项资料,由Neighbor-joining方法构建系统发育树。序列对比结果显示,... 对Alternaria,Stemphylium,Ulocladium,Nimbya,Embellisia等五个形态相似属的代表性种进行了5.8S/ITS区段序列测定,连同从GenBank下载的相关有性型Pleospora,Lewia的同项资料,由Neighbor-joining方法构建系统发育树。序列对比结果显示,所有参试的菌株/种的5.8SrDNA序列保守程度较高,ITS序列变化较大,ITS1比ITS2变化更大。由5.8S/ITS构建的系统发育树可以足够将供试菌区分到属;系统发育树显示Alternaria,Ulocladium,Nimbya和Embellisia系统学关系较近,又存在一定的分化;Stemphylium聚在相对较远的分支上,与上述四属关系较远,相对独立进化;有性型的Pleospora与无性型的Stemphylium被聚到一个分支,这种不同阶段菌株在遗传基础上的一致,充分证明所用方法及所选测序的rDNA区段对本类群真菌的分类很有价值。Alternarialeucanthemi位于系统发育树的外侧,较为独立进化,与Alternaria的其它种亲缘关系较远,却与Stemphyliumspp.和Bipolarisspp.关系较近,对其目前的分类地位提出质疑。 展开更多
关键词 链格孢属 匍柄霉属 假格孢属 埃里格孢属 细基格孢属 系统学
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中国产禾本科植物内生真菌的遗传多样性及rDNA-ITS系统发育分析 被引量：19
9
作者 李伟 纪燕玲 +3 位作者 于汉寿 莫凌霄 李飞凤 王志伟 《菌物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期217-226,共10页
采用RAPD技术对分离自我国的13株Epichlo?spp.和9株Neotyphodiumspp.的禾本科植物内生真菌进行了遗传多样性分析,同时对其中的4株进行了rDNA-ITS序列分析及系统发育研究。RAPD分析结果显示:原产自我国的菌株与原产自欧洲的菌株N.uncina... 采用RAPD技术对分离自我国的13株Epichlo?spp.和9株Neotyphodiumspp.的禾本科植物内生真菌进行了遗传多样性分析,同时对其中的4株进行了rDNA-ITS序列分析及系统发育研究。RAPD分析结果显示:原产自我国的菌株与原产自欧洲的菌株N.uncinatum之间亲缘关系较远;我国的21个菌株之间也存在一定的遗传多样性。rDNA-ITS序列分析表明:原产自我国的菌株聚为一枝,表明我国的Neotyphodium属真菌很有可能直接由我国的Epichlo?属真菌演化而来的新的类群;我国的Epichlo?属真菌有可能和国外推测的一个未确定的Neotyphodium属真菌的杂交进化起源(LAC)有关。 展开更多
关键词 EPICHLOE NEOTYPHODIUM 分类群 进化起源
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尖孢镰刀菌亚麻专化型生物学特性研究 被引量：17
10
作者 潘虹 关凤芝 +3 位作者 吴广文 宋喜霞 姜卫东 王立群 《东北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第7期50-56,共7页
文章旨在研究尖孢镰刀菌亚麻专化型病原体的生物学特性。探索温度、pH、光照、培养基、碳源及氮源等条件对该病原体菌丝生长、分生孢子产生和萌发的影响。结果表明,该菌菌丝分别在30℃、pH 7、8条件下生长最快;持续黑暗及PDA培养基上生... 文章旨在研究尖孢镰刀菌亚麻专化型病原体的生物学特性。探索温度、pH、光照、培养基、碳源及氮源等条件对该病原体菌丝生长、分生孢子产生和萌发的影响。结果表明,该菌菌丝分别在30℃、pH 7、8条件下生长最快;持续黑暗及PDA培养基上生长状况最好;可有效利用多种碳、氮源,其中以淀粉、氯化铵最适。分生孢子的产量及萌发率分别在25、30℃,pH 7、8条件下最高;光照亦利于孢子的产生和萌发;PSA培养基适于产孢,PDA培养基适于孢子萌发;所试条件的产孢及孢子萌发最适碳源分别为乳糖、果糖,氮源为氯化铵及L-半胱氨酸。系统掌握了该病原体的生物学特性,为亚麻田间病害防治提供了理论依据。 展开更多
关键词 亚麻枯萎病 尖孢镰刀菌亚麻专化型 生物学特性
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欧文氏菌和棒杆菌的属间融合研究 被引量：26
11
作者 林红雨 陈策实 尹光琳 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 1999年第1期3-6,共4页
研究了用原生质体融合技术获得欧文氏菌和棒杆菌的融合细胞。串联发酵Ｄ－葡萄糖产生２－酮基－Ｌ－古龙酸的第一步发酵菌株欧文氏菌ＳＣＢ２４７经０．８ｍｇ／ｍＬ溶菌酶酶解０．５ｈ后，原生质体的形成率和再生率分别为９９．８％和... 研究了用原生质体融合技术获得欧文氏菌和棒杆菌的融合细胞。串联发酵Ｄ－葡萄糖产生２－酮基－Ｌ－古龙酸的第一步发酵菌株欧文氏菌ＳＣＢ２４７经０．８ｍｇ／ｍＬ溶菌酶酶解０．５ｈ后，原生质体的形成率和再生率分别为９９．８％和２７．８％。第二步发酵菌株棒杆菌ＳＣＢ３０５８经预处理后由１．３ｍｇ／ｍＬ溶菌酶酶解２ｈ，原生质体的形成率和再生率分别为９９．５％和５６．３％。用携带氨苄青霉素抗性标记的ＳＣＢ２４７和经热灭活的ＳＣＢ３０５８为亲本，在４０％ＰＥＧ６０００和０．２ｍｏｌ／Ｌ新生磷酸钙等适宜条件下融合，融合频率为３．６×１０^(－６)。在非选择和选择培养基上连续传代十几次后，对融合子的单菌形态、染色结果、菌落形态、色泽、总蛋白量、同工酶、发酵性能等方面与亲本进行了比较。结果表明，融合子确系棒杆菌和欧文氏菌的融合细胞。摇瓶发酵结果显示，所得的３８株稳定的融合子中约４０％能转化葡萄糖为维生素Ｃ前体２－酮基－Ｌ－古龙酸。 展开更多
关键词 原生质体 融合子 棒杆菌 欧文氏菌
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RNA二级结构在微生物系统发育分析上的应用 被引量：11
12
作者 刘杨 崔晓龙 +1 位作者 李文均 彭谦 《微生物学通报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第2期147-150,共4页
RNA二级结构用于微生物分类和系统发育分析在近年来逐渐受到注意并发展起来。文章就此方面的发展做了简要综述,其中对在系统发育分析上的应用部分作了较重点介绍。
关键词 RNA二级结构 分类 系统发育 根
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铜绿假单胞菌对环丙沙星的抗药性和耐药性机制研究 被引量：7
13
作者 高超 胡明 +7 位作者 白华 齐静 朱小玲 刘昌彬 单虎 秦晓冰 刘玉庆 高培基 《山东大学学报（医学版）》 CAS 北大核心 2011年第6期38-45,共8页
目的研究铜绿假单胞菌对环丙沙星的抗药性(resistance)和耐药性(tolerance)机制,并予以区分。方法分离养殖场和医院铜绿假单胞菌33株,用微量肉汤稀释法测定铜绿假单胞菌临床分离株对喹诺酮类抗生素的最低抑菌浓度(MIC),筛选喹诺酮抗药菌... 目的研究铜绿假单胞菌对环丙沙星的抗药性(resistance)和耐药性(tolerance)机制,并予以区分。方法分离养殖场和医院铜绿假单胞菌33株,用微量肉汤稀释法测定铜绿假单胞菌临床分离株对喹诺酮类抗生素的最低抑菌浓度(MIC),筛选喹诺酮抗药菌5株;体外连续培养诱导铜绿假单胞菌标准菌株P.aeruginosa ATCC27853,得到对环丙沙星和头孢噻肟的高抗药性菌株PA34。检测及分析铜绿假单胞菌喹诺酮耐药决定区(QRDR)的基因突变;荧光比色法检测不同抗药性表型的铜绿假单胞菌外排泵活性;荧光定量RT-PCR法检测铜绿假单胞菌外排泵、跨膜转运蛋白及喹诺酮靶酶编码基因的mRNA表达水平。结果 临床分离的5株喹诺酮抗药表型的铜绿假单胞菌,其外排泵活性均显著高于标准菌株(P<0.01),外排泵、喹诺酮靶位酶编码基因的mRNA的表达量上调、跨膜转运基因表达量下调,DNA旋转酶A亚基gyrA基因均发生点突变Thr-83→Ile。PA34和这5株抗药性菌株表现一致,但其MIC远高于这5株抗药性菌株,主要由于PA34除了gyrA基因发生点突变Thr-83→Ile外,parC基因发生多点突变Glu-84→Gln、Gln-91→Lys,且跨膜转运基因表达量极低。结论 在喹诺酮类抗生素选择压力下,铜绿假单胞菌能发展多种可能的机制以消除抗生素对细菌代谢的损伤,对类似gyrA、parC基因突变称为抗药性,其他生理性适应机制称为耐药性,其抗药性突变和耐药性调节共同决定了抗药性表型,但对其加以区分并分别研究,更容易集中研究单纯的抗药性突变机制,采取相应的用药措施。 展开更多
关键词 铜绿假单胞菌 喹诺酮 耐药性 抗药性
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南极菲尔德斯半岛表层土壤样品中细菌多样性的系统发育分析 被引量：5
14
作者 李会荣 孙嘉康 +3 位作者 陈丽珊 俞勇 陈波 任大明 《极地研究》 CAS CSCD 2005年第4期245-254,共10页
通过PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对从南极长城站附近表层土壤样品中获得16SrDNA序列特征片段V3区序列进行分离。对其中的主要12条DGGE条带进行胶回收,获得的DNA片段经测序以及计算机比对分析发现,它们分别属于β、γ、δ-变形细... 通过PCR结合变性梯度凝胶电泳(DGGE)技术对从南极长城站附近表层土壤样品中获得16SrDNA序列特征片段V3区序列进行分离。对其中的主要12条DGGE条带进行胶回收,获得的DNA片段经测序以及计算机比对分析发现,它们分别属于β、γ、δ-变形细菌(Proteobac-teria)、噬纤维菌-屈挠杆菌-拟杆菌(Cytophaga-Flexibacter-Bacteroides,CFB)群细菌、放线细菌(Actinobacteria)、蓝细菌属(Cyanobacteria)、酸杆菌属(Acidobacteria)和绿屈挠菌属(Chlo-roflexi)等系统分类群。南极表层土壤样品中的大部分16S rDNA序列与从其他土壤或沉积物样品中直接获得的序列相似性较高(93%—100%)。 展开更多
关键词 南极 表层土壤 细菌 DGGE 16S RDNA
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中国近海11种鳀科鱼类分子系统发育的初步研究 被引量：5
15
作者 马春艳 沈盎绿 +2 位作者 马凌波 倪勇 张永 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2010年第4期356-360,共5页
以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16... 以鳀科鱼类为研究对象,分析其线粒体16S rRNA基因片断序列,探讨了5属11种中国鳀科鱼类的亲缘关系。得到16S rRNA可比序列长度为472~501 bp,共存在20个插入/缺失,125个变异位点。总体上看,序列中转换多于颠换,转换/颠换之比为1.4。根据16S rRNA基因片段差异计算的种间遗传距离从0.22%（黄吻棱鳀和中颌棱鳀,刀鲚和凤鲚）到18.54%（长颌棱鳀和康氏侧带小公鱼）,以金色小沙丁鱼作为外群构建的系统树,棱鯷属依次与鲚属、黄鲫属相聚,再与棱鳀属的赤鼻棱鳀相聚;最后与鳀属和侧带小公鱼属形成的分支相聚。赤鼻棱鳀自成单独的一支,建议将赤鼻棱鳀从棱鳀属中划分出来。 展开更多
关键词 鳀科鱼类 线粒体DNA 16S RRNA 分子系统发育
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甘蔗花叶病毒(SCMV)种群结构分析 被引量：13
16
作者 郑艳茹 翟玉山 +4 位作者 邓宇晴 成伟 程光远 杨永庆 徐景升 《福建农林大学学报（自然科学版）》 CSCD 北大核心 2016年第2期135-140,共6页
针对已公布的18个甘蔗花叶病毒(SCMV)全基因组序列,利用MEGA 5.1分析了其11个蛋白(P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa-Pro、Nib、CP-C和多聚蛋白)编码基因所受的选择压,并结合其编码蛋白的功能,预测了部分基因在SCMV进化过程中的... 针对已公布的18个甘蔗花叶病毒(SCMV)全基因组序列,利用MEGA 5.1分析了其11个蛋白(P1、HC-Pro、P3、6K1、CI、6K2、VPg、NIa-Pro、Nib、CP-C和多聚蛋白)编码基因所受的选择压,并结合其编码蛋白的功能,预测了部分基因在SCMV进化过程中的角色和变异位点.结果显示:P1和CP-N端的变异性程度较大,P1蛋白多样性最高;CP-C端变异性和多样性均较低;PIPO受到的选择压最小,但多样性最低,可能是由于PIPO与P3共用一段编码序列.来源于甘蔗的SCMV多聚蛋白的第2 853、2 897和2 904个氨基酸位点(在CP中部)分别为T、R和E,而来源于玉米的SCMV多聚蛋白对应的氨基酸位点分别为S、K和D,表明这3个位点具有寄主依赖性. 展开更多
关键词 甘蔗花叶病毒 种群结构 选择压力
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高产几丁质酶的枯草芽孢杆菌诱变育种及发酵条件研究 被引量：8
17
作者 张敏 胡晓 +2 位作者 万津瑜 雷欣雨 赵丹萍 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第11期279-283,共5页
对从自然界筛选获得的枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis515菌株进行紫外线、氯化锂、硫酸二乙酯的复合诱变,获得了1株遗传稳定的高产几丁质酶活性菌株。采用正交试验设计对变异菌株的培养基和培养条件进行优化,采用其优化条件,使变异菌株... 对从自然界筛选获得的枯草芽孢杆菌Bacillus subtilis515菌株进行紫外线、氯化锂、硫酸二乙酯的复合诱变,获得了1株遗传稳定的高产几丁质酶活性菌株。采用正交试验设计对变异菌株的培养基和培养条件进行优化,采用其优化条件,使变异菌株单位发酵液的几丁质酶活性提高到了1.53U/mL。 展开更多
关键词 几丁质酶 诱变 发酵条件 枯草芽孢杆菌
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盐碱土硅酸盐细菌多样性初步研究 被引量：11
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作者 杨剑芳 黄明勇 +3 位作者 李杨 管莹 李登煜 陈强 《中国农学通报》 CSCD 北大核心 2010年第20期193-199,共7页
为了给中国北方盐碱地硅酸盐细菌的分类地位提供依据,笔者以3株芽孢杆菌为参照,对分离得到的48株盐碱地硅酸盐细菌进行形态学特征观察、生理生化特性分析,并对其中43个菌株进行16SrDNA限制性酶切片段多样性分析,最后分别用平均连锁法进... 为了给中国北方盐碱地硅酸盐细菌的分类地位提供依据,笔者以3株芽孢杆菌为参照,对分离得到的48株盐碱地硅酸盐细菌进行形态学特征观察、生理生化特性分析,并对其中43个菌株进行16SrDNA限制性酶切片段多样性分析,最后分别用平均连锁法进行聚类分析。结果如下:(1)生理生化研究结果表明,供试菌株具有较强的NaCl耐受能力,最适pH值和最高pH值耐受能力均高于参照菌株和其他文献报道;(2)表型特征数值聚类结果表明,供试菌株在80%相似水平上可划分为4个表观群,群Ⅰ在84%的相似水平上又分为3个亚群;(3)16SrDNA-PCR-RFLP聚类图谱表明,在87%的相似水平上,43个菌株被分成8个遗传群;(4)表型及遗传多样性2种聚类分析结果均表明,盐碱土中以胶质芽胞杆菌(B.mucilaginosus)为主,分别占81.25%和65%。由此可见,中国北方盐碱土硅酸盐细菌在表型特征和系统发育进化上均呈现多样性,菌株在聚类图谱中的归属与盐碱地生境密切相关。 展开更多
关键词 硅酸盐细菌 盐碱土 表型多样性 遗传多样性
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低温微生物的适冷特性研究进展及其应用前景 被引量：19
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作者 李田 刘光琇 安黎哲 《冰川冻土》 CSCD 北大核心 2006年第3期450-455,共6页
低温微生物是指在低温条件下具有生长能力的微生物,广泛分布于地球寒冷生境,如南北两极、高山、冰川、深海、土壤.低温微生物由于长期生活在寒冷环境中,在自然选择的作用下形成了一套与低温环境相适应的机制,并且在生态系统占有重要的... 低温微生物是指在低温条件下具有生长能力的微生物,广泛分布于地球寒冷生境,如南北两极、高山、冰川、深海、土壤.低温微生物由于长期生活在寒冷环境中,在自然选择的作用下形成了一套与低温环境相适应的机制,并且在生态系统占有重要的地位和作用.对低温微生物进行研究不但可以进一步认识和理解微生物在低温环境、生命起源进化、生物适冷机制中的意义和作用,而且还可利用其特殊基因及产物服务于人类.简述了低温微生物的适冷特性研究进展及其在环境保护、食品、纺织、医药等多个领域中的开发应用前景. 展开更多
关键词 低温微生物 适冷 应用
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合欢、金合欢和银合欢根瘤菌系统发育研究方法比较 被引量：6
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作者 王风芹 张勇法 +3 位作者 刘杰 宋安东 刘全军 陈文新 《微生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2008年第1期1-7,共7页
利用位于染色体不同位点的多个基因序列进行分析是原核生物分类与系统发育研究的一个热点。本文采用atpD和glnⅡ两个持家基因的部分序列对9株分离自我国合欢、金合欢和银合欢的根瘤菌进行系统发育研究,并与以16SrDNA基因序列构建的系统... 利用位于染色体不同位点的多个基因序列进行分析是原核生物分类与系统发育研究的一个热点。本文采用atpD和glnⅡ两个持家基因的部分序列对9株分离自我国合欢、金合欢和银合欢的根瘤菌进行系统发育研究,并与以16SrDNA基因序列构建的系统发育树进行比较。结果表明三者在属水平上基本一致,CCBAU43060、CCBAU61139位于Rhizobium-Agrobacterium系统发育分支内;CCBAU51471、CCBAU35220、CCBAU51276和CCBAU61158属于Mesorhizobium,CCBAU35234、CCBAU61178和CCBAU35085位于Bradyrhizobium系统发育分支;在属内种间个别菌株(CCBAU61158、CCBAU43060、CCBAU61178)的系统发育地位存在差异,表明属内种间存在较广泛的基因交流。因此利用16SrDNA确定属水平的分类地位比较可靠,但利用系统发育的方法研究属内种间亲缘关系应采用多个功能保守的持家基因同时进行分析才能得出比较可靠的结论。 展开更多
关键词 根瘤菌:atpD glnⅡ 系统发育
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