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从“表型-证候-中药”关联网络探索哮喘气道重塑不同证候表型下的药物表型组学特征及机制 被引量:5
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作者 王婷 饶玲 +7 位作者 梁锦荣 张妙芬 黄慧婷 罗之彦 江勇 詹少锋 刘琼 黄秀芳 《中草药》 北大核心 2025年第4期1292-1309,共18页
目的从“表型-证候-中药”关联网络,探索哮喘气道重塑不同证候表型下的药物表型组学特征及机制。方法收集中医药干预哮喘气道重塑的临床研究文献(检索范围为建库至2024年3月24日),提取中医药信息要素及气道重塑相关指标,进行证候表型分... 目的从“表型-证候-中药”关联网络,探索哮喘气道重塑不同证候表型下的药物表型组学特征及机制。方法收集中医药干预哮喘气道重塑的临床研究文献(检索范围为建库至2024年3月24日),提取中医药信息要素及气道重塑相关指标,进行证候表型分类,运用RStudio执行描述性统计,并通过Apriori算法、点式互信息法对各证候表型链接的中药及中药链接的哮喘气道重塑指标进行关联规则探索及hclust函数挖掘核心中药组方。利用HERB、GeneCards数据库联合鉴定核心中药组方治疗哮喘气道重塑的靶标谱。马尔可夫聚类算法(Markov cluster algorithm,MCL)挖掘关键功能基因簇,筛选关键靶点,并借助人气道上皮、鼻拭子、痰液样本数据表征关键靶点对哮喘气道重塑的贡献价值,最后采用过表征分析各关键功能基因簇的通路及生物功能。结果纳入76篇文献,哮喘分为冷哮、风哮、热哮、虚哮、瘀哮5个证候表型,筛选得到139味中药,涉及转化生长因子-β1(transforming growth factor-β1,TGF-β1)、肿瘤坏死因子-α(tumor necrosis factor-α,TNF-α)、基质金属蛋白酶-9(matrix metalloproteinases-9,MMP-9)等重塑指标。中药表型特征方面,冷哮以散寒解表化痰药为主(组方为射干、干姜、细辛、桂枝),风哮以祛风涤痰解痉药为主(组方为莱菔子、紫苏子、僵蚕、橘红、防风、地龙、荆芥、半夏、麻黄、陈皮、茯苓、五味子),热哮以清肺泄热化痰药为主(组方为桑白皮、蝉蜕、厚朴、苦杏仁、款冬花、黄芩、浙贝母、白果、白前),虚哮以益气养阴固本功效为主(组方为补骨脂、甘草、麦冬、山药、党参、黄芪、白术),瘀哮以活血祛瘀化痰药为主(组方为当归、熟地黄、牡丹皮、丹参、大枣、桃仁、红参、川芎、白芍、北沙参)。中药与重塑指标关联方面,甘草、苦杏仁、麻黄、半夏、陈皮与TGF-β1、MMP-9、气道壁面积(wall area,WA)连接密切。不同证候表型中药关键靶点分别为冷哮-C-C基序趋化因子受体2(C-C motif chemokine receptor 2,CCR2)、风哮-白细胞介素17A(interleukin 17A,IL17A)、热哮-连环蛋白β1(catenin beta 1,CTNNB1)、虚哮集落刺激因子2(colony stimulating factor 2,CSF2)及瘀哮-骨形态发生蛋白2(bone morphogenetic protein 2,BMP2),气道上皮中CTNNB1、鼻拭子中CCR2、痰液中CCR2对哮喘气道重塑贡献最大。过表征分析提示,冷哮组方主要发挥抑制内质网应激和维持细胞稳态药理作用,风哮组方主要发挥调节钙通道和缓解平滑肌痉挛药理作用,热哮组方主要发挥调节免疫和抗炎药理作用,虚哮组方主要发挥抑制增殖侵袭和调节免疫应答药理作用,瘀哮组方主要发挥缓解气道纤维化药理作用。结论通过中医药表型组学系统分析,哮喘气道重塑不同证候表型的中药药物表型各有特征,发挥的药理机制主要涉及抑制内质网应激、抗炎、调节免疫、抗增殖和抗纤维化等方面。 展开更多
关键词 哮喘 气道重塑 中医药表型组学 证候表型组学 中药药物表型组学 转化生长因子-β1 肿瘤坏死因子-α 基质金属蛋白酶-9 甘草 苦杏仁 麻黄 半夏 陈皮
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失巢凋亡调控重症哮喘患者不同炎症表型的气道重塑机制及其潜在靶向中药化合物的预测 被引量:2
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作者 王婷 叶贝 +7 位作者 蔡贝贝 饶玲 张妙芬 黄慧婷 詹少锋 江勇 黄秀芳 刘琼 《中草药》 北大核心 2025年第1期203-215,共13页
目的探讨失巢凋亡相关基因在重症哮喘嗜酸性粒细胞表型和中性粒细胞表型中气道重塑的潜在调控机制及生物标志物,并筛选靶向干预的中药化合物。方法首先利用支气管活检样本的测序数据,通过加权基因共表达网络分析(weighted correlation n... 目的探讨失巢凋亡相关基因在重症哮喘嗜酸性粒细胞表型和中性粒细胞表型中气道重塑的潜在调控机制及生物标志物,并筛选靶向干预的中药化合物。方法首先利用支气管活检样本的测序数据,通过加权基因共表达网络分析(weighted correlation network analysis,WGCNA)鉴定出重症哮喘嗜酸性粒细胞表型(eosinophilic asthma,EA)和中性粒细胞表型(neutrophilic asthma,NA)高度相关的基因模块。进一步筛选出与失巢凋亡相关的基因,并与WGCNA结果映射以识别关键的调控基因。使用蛋白质分析通过进化关系(protein analysis through evolutionary relationships,PANTHER)进行通路富集,揭示了这些基因可能参与的信号通路及病理表型。再利用受试者工作特征(receiver operator characteristic,ROC)分析,鉴定出具有区分不同炎症表型和病理表型的潜在生物标志物。此外,利用人类蛋白质图谱数据库(human protein atlas,HPA)数据库的单细胞测序数据,对标志物在组织和肺细胞中的表达模式进行注释。同时回归临床,借助TcmBank和ETCM数据库,预测潜在调控这些标志物的中药化合物,评估其药动学和毒理学特性,通过分子对接验证标志物与化合物的结合亲和力。最后构建预测模型探索年龄、性别、吸烟与否在重症哮喘患者不同炎症表型发病与否的价值。结果WGCNA提示包含54个基因的黑色模块与重症EA高度相关,包含212个基因的蓝色模块与重症NA高度相关。其中,黑色模块识别出5个失巢凋亡基因,蓝色模块识别出16个失巢凋亡基因,这些基因均富集在与气道重塑显著相关的整合素信号通路。其中蛋白磷酸酶2调节亚基Bα亚型(protein phosphatase 2 regulatory subunit balpha,PPP2R2A)在重症EA,整合素亚基β5(integrin subunit beta 5,ITGB5)、细胞周期蛋白D1(cyclin D1,CCND1)、醛脱氢酶家族1成员A1(aldehyde dehydrogenase 1 family member A1,ALDH1A1)在重症NA的气道重塑中具有较高的ROC诊断价值,是潜在生物标志物。这些失巢凋亡基因在肺部高表达,且在肺部1型肺泡上皮细胞、II型肺泡上皮细胞、平滑肌细胞和成纤维细胞等在气道重塑中发挥重要作用的细胞中高表达。而水飞蓟素、花生四烯酸、熊果酸与这些促进重塑的失巢凋亡基因结合亲和力良好,具有潜在调控作用。此外,研究发现年龄、吸烟、性别均对重症EA、重症NA发病有所影响,且年龄-吸烟-性别联合预测的影响大于任意单一因素的影响,是哮喘异质性的重要因素。结论水飞蓟素、花生四烯酸、熊果酸可能通过靶向失巢凋亡基因PPP2R2A、ITGB5、CCND1调控重症EA、重症NA的气道重塑,为未来重症哮喘个体化治疗提供了新的策略。 展开更多
关键词 重症哮喘 嗜酸性粒细胞型哮喘 中性粒细胞型哮喘 失巢凋亡 气道重塑 水飞蓟素 花生四烯酸 熊果酸
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ZFHX4突变与肿瘤免疫治疗疗效相关性的生物信息学研究 被引量:1
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作者 李德周 舒鹏 +1 位作者 张永虎 李红山 《浙江医学》 2025年第2期139-145,I0004,共8页
目的探究锌指同源框蛋白4(ZFHX4)突变与肿瘤免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗反应及肿瘤免疫微环境的关系。方法登陆cBioPortal数据库获取8组公开的ICIs治疗患者全外显子组测序队列,包含膀胱癌、头颈癌、黑色素瘤、非小细胞肺癌4种癌症共769... 目的探究锌指同源框蛋白4(ZFHX4)突变与肿瘤免疫检查点抑制剂(ICIs)治疗反应及肿瘤免疫微环境的关系。方法登陆cBioPortal数据库获取8组公开的ICIs治疗患者全外显子组测序队列,包含膀胱癌、头颈癌、黑色素瘤、非小细胞肺癌4种癌症共769例患者,评估ZFHX4突变与免疫治疗疗效及预后的关系。从Pan-Cancer图谱联盟获取癌症基因组图谱33种癌症的泛癌队列,分析ZFHX4突变与免疫微环境的关系。选择3组ICIs治疗患者(肝癌41例,膀胱癌348例,黑色素瘤110例)转录组测序队列,探究ZFHX4基因表达与ICIs治疗反应及预后的关系。结果769例ICIs治疗患者中,190例(32.8%)患者存在ZFHX4突变。与ZFHX4野生型患者相比,ZFHX4突变型患者无进展生存率(P=0.014)、总生存率(P=0.002)、客观反应率(P=0.030)和持久临床收益(P=0.007)均较高。肿瘤微环境综合分析发现,ZFHX4突变型患者免疫原性增强(P<0.001),抗肿瘤免疫细胞浸润增加(P<0.001),肿瘤突变负荷水平较高(P<0.001)。结论ZFHX4突变预示着较好的ICIs治疗疗效,可作为ICIs治疗疗效潜在的预测因子。 展开更多
关键词 免疫检查点抑制剂 锌指同源框蛋白4 基因突变 生物标志物
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机器学习联合生物信息学筛选与自噬相关的肺纤维化关键基因及实验验证
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作者 巩月红 王梦君 +6 位作者 任航 郑辉 孙佳佳 刘军鹏 张飞 杨建华 胡君萍 《中国组织工程研究》 北大核心 2025年第35期7679-7689,共11页
背景:肺纤维化的早期诊断是及时开展抗纤维化药物治疗的基础,因此,探索并发现能够有效应用于肺纤维化早期诊断的理想生物标志物对疾病治疗至关重要。目的:通过生物信息学和机器学习技术对肺纤维化过程中涉及的与自噬相关关键基因进行深... 背景:肺纤维化的早期诊断是及时开展抗纤维化药物治疗的基础,因此,探索并发现能够有效应用于肺纤维化早期诊断的理想生物标志物对疾病治疗至关重要。目的:通过生物信息学和机器学习技术对肺纤维化过程中涉及的与自噬相关关键基因进行深入分析,探究与自噬相关的肺纤维化核心基因是否可以作为评估肺纤维化进展中可靠的生物标志物。方法:基于GEO数据库(是由美国国家生物技术信息中心开发和维护的一个公共数据库,用于存储和共享生物信息学数据)下载肺纤维化GSE24206和GSE110147两个数据集,利用R软件中的“limma”包将两组基因表达矩阵归一化处理。从GeneCards数据库(由美国国家生物技术信息中心创建,该知识库自动整合了约200个Web来源的以基因为中心的数据,包括基因组、转录组、蛋白质组、遗传、临床和功能信息)提取自噬相关基因集;对肺纤维化数据集进行差异基因分析,将差异基因与自噬基因集交叉对比提取共同基因,识别肺纤维化过程中可能发挥作用的自噬基因。交集基因通过GO、KEGG进行功能富集和细胞免疫浸润分析。通过蛋白质-蛋白质相互作用和机器学习筛选与自噬相关的肺纤维化核心基因,并对核心基因进行集富集分析。将筛选出的核心基因构建诊断模型,用校准曲线来评估线形图模型的预测能力,采用外部数据集GSE21369进行受试者工作特征曲线分析,验证与自噬相关的肺纤维化基因的表达特征,通过Coremine数据库预测与基因IL6、COL1A2相关的中药。培养人胚肺成纤维细胞,通过转化生长因子β1处理造模,利用qRT-PCR技术验证IL6、COL1A2在模型细胞中的相对表达。结果与结论:①获得肺纤维化差异基因51个、与自噬基因交集基因25个,GO分析显示25个交集基因与细胞外基质组织、胶原代谢过程、胶原原纤维组织、生长因子结合等过程有关,KEGG分析显示25个交集基因主要与磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B信号通路、细胞外基质-受体相互作用等信号通路有关;②免疫浸润分析发现,肺纤维化组活化记忆性CD4+T细胞、M0巨噬细胞、静息树突状细胞表达显著升高(P<0.05),呈强相关性;③共筛选出2个参与肺纤维化进展的自噬特征基因:COL1A2、IL6,列线图模型显示两核心基因预测肺纤维化的发病较为准确,受试者工作特征曲线分析显示2个特征基因均具有诊断意义;COL1A2、IL6与细胞周期通路、丝裂原活化蛋白激酶信号通路、Janus激酶-信号转导与转录激活子信号通路以及细胞因子与细胞因子受体相互作用相关;预测到与COL1A2、IL6相关的中药共20味,功效以清热解毒、活血行气为主;细胞实验验证了COL1A2、IL6在肺纤维化中高表达。结果表明:COL1A2、IL6可能是肺纤维化潜在的诊断生物标志物,但是它们与肺纤维化相关的特异性尚需进一步研究。 展开更多
关键词 肺纤维化 自噬 机器学习 生物信息学 免疫浸润 最小绝对收缩与选择算子 基因富集分析 工程化组织构建
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基于外部形态仿生技术的沙柳平茬锯片设计与仿真 被引量:1
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作者 韩志武 刘志刚 +2 位作者 裴承慧 常涛涛 王淼 《内蒙古工业大学学报(自然科学版)》 2025年第1期44-50,共7页
沙柳作为我国西北地区主要防风固沙树种,其机械化平茬更新对生态环境保护和社会经济发展具有重要意义。为解决沙柳平茬过程中锯片易磨损、动力消耗大和茬口烧伤撕裂等问题,基于外部形态仿生技术设计了一种新型仿生圆锯片。通过分析河狸... 沙柳作为我国西北地区主要防风固沙树种,其机械化平茬更新对生态环境保护和社会经济发展具有重要意义。为解决沙柳平茬过程中锯片易磨损、动力消耗大和茬口烧伤撕裂等问题,基于外部形态仿生技术设计了一种新型仿生圆锯片。通过分析河狸上门齿的生物学特性,确定将其作为仿生设计的理想对象,采用图像处理技术提取了河狸上门齿的精确轮廓曲线,并进行了定量分析,在此基础上,基于有限元法构建了沙柳平茬的仿真模型。仿真结果表明,与折背齿锯片相比,仿生圆锯片平均切向力降低14.28%、平均径向力降低22%、轴向力作用时间缩短且切削动能降低21.43%。通过锯切试验对比验证了仿生圆锯片能够提升切削性能。仿河狸上门齿圆锯片可以改善锯齿受力状态,减少沙柳对锯齿的压力并提高能效,为改善沙柳平茬圆锯片切削性能提供了新的设计思路,能够提高沙柳平茬的工作效率,对生态环境保护具有积极意义。 展开更多
关键词 仿生技术 圆锯片 特征曲线分析 切削过程仿真
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1JS-200型农田捡石机起石铲的仿生优化与性能提升研究 被引量:2
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作者 马俊 岳勇 +4 位作者 亚森江·白克力 张佳喜 高继怀 桂晶景 程浩宇 《江苏农机化》 2025年第1期4-8,共5页
为提升捡石机的工作效率,减小起石铲入土阻力,文章基于疣猪鼻部的非光滑结构,开展1JS-200型农田捡石机起石铲仿生优化设计研究。试验结果表明,仿生设计显著降低了起石铲的入土阻力,显著提高了捡石机的作业效率,为农田捡石机的研发提供... 为提升捡石机的工作效率,减小起石铲入土阻力,文章基于疣猪鼻部的非光滑结构,开展1JS-200型农田捡石机起石铲仿生优化设计研究。试验结果表明,仿生设计显著降低了起石铲的入土阻力,显著提高了捡石机的作业效率,为农田捡石机的研发提供了科学有效的设计思路。 展开更多
关键词 1JS-200型农田捡石机 起石铲 疣猪 仿生优化 性能提升
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原代及转化的人血管内皮细胞模型的建立
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作者 冯海凉 孔令华 +3 位作者 代伽茵 杨振丽 卞晓翠 刘玉琴 《基础医学与临床》 2025年第12期1600-1607,共8页
目的建立原代及猿猴病毒40(SV40)T抗原转化的人血管内皮细胞模型,为内皮研究提供可利用资源。方法分别分离培养人脐静脉内皮细胞、人脐动脉内皮细胞、大隐静脉内皮细胞、子宫内膜及肝癌旁组织中内皮细胞,利用含有SV40大T、小t抗原的慢... 目的建立原代及猿猴病毒40(SV40)T抗原转化的人血管内皮细胞模型,为内皮研究提供可利用资源。方法分别分离培养人脐静脉内皮细胞、人脐动脉内皮细胞、大隐静脉内皮细胞、子宫内膜及肝癌旁组织中内皮细胞,利用含有SV40大T、小t抗原的慢病毒进行转化,体外连续传代培养,通过RNA测序分析转化前后内皮细胞转录组差异。对转化后的内皮细胞,流式细胞术检测CD31的表达,PCR法进行种属鉴定及支原体检测,短重复序列谱(STR)检测鉴定细胞身份。转化后脐血管内皮进行人类白细胞抗原(HLA)检测,并且通过慢病毒感染及集落筛选的方式建立Cas9稳定表达的脐静脉内皮细胞。结果建立了187株转化人脐静脉内皮细胞、1株转化脐动脉内皮细胞、5株转化大隐静脉内皮细胞、1株子宫内膜来源转化内皮细胞及1株肝组织来源转化内皮细胞、9株稳定表达Cas9蛋白的单集落脐静脉内皮细胞株。188株脐带来源转化血管内皮细胞中CD31阳性率≥90%为168株,另20株阳性率在20%~90%。5株转化大隐静脉细胞CD31阳性细胞比例分别为93%、76%、93%、50%和96%。RNA测序证明转化后内皮细胞增殖能力(包括周期调控、DNA复制合成等)通路改变且在体外培养过程具有稳定性。转化后内皮细胞种属鉴定为人源性,STR结果与原代一致且具有唯一性,无支原体的污染,国家生物医学实验细胞资源库已收藏并可提供共享服务。结论建立了一系列原代及SV40 T抗原转化的人血管内皮细胞模型,为心血管疾病、炎性反应、肿瘤及免疫相关疾病研究提供基础。 展开更多
关键词 血管内皮细胞 人脐静脉内皮细胞 SV40 大T抗原 CD31 Cas9
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“生物信息学”研究生课程进阶式教学内容体系的构建——以西北农林科技大学为例
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作者 王辉 庞红侠 +2 位作者 聂小军 陶士珩 马闯 《中国林业教育》 2025年第5期30-35,共6页
生物信息学是一门融合生物学、计算机科学、数学和统计学等多学科知识的新兴交叉学科,已成为现代生物学以及农学、医学等生命科学相关领域不可或缺的支撑学科。而且生物信息学相关的知识和技能正逐渐成为生物学专业研究生必备的科学素... 生物信息学是一门融合生物学、计算机科学、数学和统计学等多学科知识的新兴交叉学科,已成为现代生物学以及农学、医学等生命科学相关领域不可或缺的支撑学科。而且生物信息学相关的知识和技能正逐渐成为生物学专业研究生必备的科学素养。为此,“生物信息学”研究生课程的高质量建设成为高校关注的课题。以西北农林科技大学为例,生物学专业“生物信息学”研究生课程教学主要面临以下问题:①本科专业背景不同的研究生生物信息学学习基础参差不齐,进行统一教学难以适应学生的个性化差异。②本硕阶段的“生物信息学”课程在实践教学方面均存在不足,本科阶段的上机实验学时普遍较少,基于生物信息学相关项目的实践锻炼则更少;受限于实验条件、学生的编程能力、课程学时数和教学师资力量等,研究生阶段的实践内容和指导存在浅层化、粗放化以及与实际脱节等情况,难以满足研究生培养的需求。③“生物信息学”研究生课程内容更新不及时,教材建设滞后于生物信息学学科的发展,存在教学内容过时老化、缺乏学科前沿性内容以及难以满足相关科研项目的实际需求等问题。针对上述问题,西北农林科技大学生命科学学院在将原有“生物信息学”研究生课程改设为“生物信息学(基础)”“生物信息学(进阶)”“生物信息学(前沿)”3门课程的基础上,探索构建了“重基础、强实践、视前沿”的进阶式教学内容体系。一是建构系列“生物信息学”研究生课程,面向生物信息学基础为零或薄弱的研一学生开设“生物信息学(基础)”课程并采用双语教学模式,面向全体研究生开设“生物信息学(进阶)”课程,面向生物信息学本科专业背景的研究生和其他有兴趣的研究生开设“生物信息学(前沿)”课程,从而通过构建由浅入深的系列课程阶梯式教学内容体系夯实学生的生物信息学经典理论、方法和技术基础,提升学生的生物学大数据综合利用和解析能力。二是重视实践,通过按1:1分配“生物信息学(基础)”和“生物信息学(进阶)”2门课程的理论教学与实验教学学时以及在教学安排上保证理论课与实验课的有效衔接,强化理论教学与实践教学的通融;在精炼基础实验内容的基础上设计项目制小组实验,开展一定学时的项目制教学,以“方法”促进理论与实践的结合。三是关注学科前沿,通过开设“生物信息学(前沿)”选修课程并围绕生物信息学研究领域的热点方向设置课程教学专题,以及组织学生进行前沿文献的阅读和讨论等,拓展学生的学术视野;通过向生命科学学院教师征集教学内容更新的建议并据此定期进行教学专题内容的更新,使课程内容更贴近科研工作的实际。实践证明,系列“生物信息学”研究生课程进阶式教学内容体系的实施取得了一定效果,提升了学生学习生物信息学的兴趣和信心,增强了学生利用生物信息学解决实际问题的能力。 展开更多
关键词 研究生教育 生物学专业 生物信息学 课程建设 教学内容体系
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hcmv-miR-UL112-3p对TLR4基因调控的生物信息学分析
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作者 张双红 胡清华 +3 位作者 康春枝 何小小 段亚群 罗丽娟 《中国实验诊断学》 2025年第3期329-335,共7页
目的通过生物信息学方法对hcmv-miR-UL112-3p进行靶基因预测及靶基因生物学功能分析,构建靶基因集合编码蛋白质间相互关系网络。方法通过miRbase在线数据库检索hcmv-miR-UL112-3p序列,miRanda数据库预测hcmv-miR-UL112-3p靶基因,利用Enr... 目的通过生物信息学方法对hcmv-miR-UL112-3p进行靶基因预测及靶基因生物学功能分析,构建靶基因集合编码蛋白质间相互关系网络。方法通过miRbase在线数据库检索hcmv-miR-UL112-3p序列,miRanda数据库预测hcmv-miR-UL112-3p靶基因,利用Enrichr数据库对预测靶基因进行GO分析及KEGG富集分析。运用STRING12.0和Cytoscape制作蛋白质-蛋白质相互作用网络。结果hcmv-miR-UL112-3p成熟序列为AAGUGACGGUGAGAUCCAGGCU。hcmv-miR-UL112-3p与靶基因TLR4 mRNA有两个结合位点(5234-5255nt和3551-3572nt)。GO分析和KEGG分析显示,靶基因主要参与了调控RNA聚合酶Ⅱ启动子转录、基因表达、细胞增殖及信号转导等生物学过程;PPI网络分析筛选出hcmv-miR-UL112-3p调控10个核心基因为RPS3、CD74、H3C12、MRPL36、RPS24、CALM2、RPL8、MRPL46、RPL31及SNRPD1。结论hcmv-miR-UL112-3p与靶基因TLR4 mRNA存在结合位点,参与了细胞的生物学过程,可能为研究HCMV感染致病机制提供新的思路。 展开更多
关键词 hcmv-miR-UL112-3p 生物信息学 靶基因预测 MIRNA
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基于反向疫苗学方法设计偏肺病毒T细胞表位疫苗
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作者 杨静 杨柳 +3 位作者 石宛玉 曾俊峰 郑贵良 贾书磊 《生命科学研究》 2025年第4期364-376,共13页
人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)作为一种感染性病毒病原体,可导致严重的呼吸道感染,被世界卫生组织列为重要病原体之一。尽管疫苗在疾病预防与传播控制中发挥了重要作用,但由于hMPV的结构蛋白具有相对较高的突变率,野生型病毒... 人偏肺病毒(human metapneumovirus,hMPV)作为一种感染性病毒病原体,可导致严重的呼吸道感染,被世界卫生组织列为重要病原体之一。尽管疫苗在疾病预防与传播控制中发挥了重要作用,但由于hMPV的结构蛋白具有相对较高的突变率,野生型病毒通常易于发生免疫逃逸。因此,设计能针对多种病毒变异株并为人体提供广泛保护的广谱hMPV疫苗具有重要意义。本研究基于共识序列方法,设计了一种广谱T细胞表位疫苗,该疫苗由478个氨基酸残基组成,涵盖来自病毒融合蛋白、附着糖蛋白、基质蛋白及小疏水性蛋白的10个细胞毒性T细胞(cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位和11个辅助性T细胞(helper T lymphocyte,HTL)表位。进一步的分析表明,该多表位疫苗无致敏性,且具有高人群覆盖率、强抗原性和免疫原性,以及适宜的物理化学特性和较高的溶解性。同时,疫苗的结构与天然病毒高度相似。结构生物学分析表明,构建的疫苗在结构紧凑性和结合稳定性方面表现出较强的性能。计算机模拟的免疫学分析表明,该疫苗能激发人体的免疫应答。综上所述,本研究设计的广谱hMPV疫苗可作为一种用于预防hMPV感染的优秀候选疫苗;研究采用的预测流程可用于高效筛选其他病原体的免疫表位。 展开更多
关键词 人偏肺病毒(hMPV) 多表位疫苗 分子对接 免疫信息学
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苯丙氨酸衍生物诱导SiO_(2)矿化杉木复合材的制备及性能研究
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作者 邓泽斌 刘静 +3 位作者 赖升晖 刘达 黄金灼 袁光明 《材料导报》 北大核心 2025年第4期262-269,共8页
基于仿生物矿化原理,以苯丙氨酸衍生物作为模板剂和诱导剂,将其接枝到杉木细胞壁上,结合溶胶-凝胶法,诱导多羟基SiO_(2)在杉木细胞壁上有序沉积,并调控其结晶形态,实现对杉木力学性能的协同增效作用。结果表明:苯丙氨酸衍生物诱导SiO_(2... 基于仿生物矿化原理,以苯丙氨酸衍生物作为模板剂和诱导剂,将其接枝到杉木细胞壁上,结合溶胶-凝胶法,诱导多羟基SiO_(2)在杉木细胞壁上有序沉积,并调控其结晶形态,实现对杉木力学性能的协同增效作用。结果表明:苯丙氨酸衍生物诱导SiO_(2)矿化杉木的方式分为化学结合(细胞壁)和物理沉积(细胞腔)两种方式,其中,化学结合是通过苯丙氨酸衍生物与杉木形成的富含矿化位点的有机膜,诱导SiO_(2)的成核结晶与有序沉积,生成了棒状SiO_(2),这种形态的SiO_(2)有效地支撑了木材结构,分散了外力;矿化后木材的顺纹抗压强度、抗弯强度、弹性模量、抗压强重比和抗弯强重比分别为49.76 MPa、65.14 MPa、8010.83 MPa、1777.14 N·m/kg、2326.43 N·m/kg,较空白组杉木分别提升了54.29%、27.20%、20.16%、32.26%和9.03%。 展开更多
关键词 仿生矿化 苯丙氨酸 木材 物理力学性能 强重比
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基于GEO数据库的衰老关键基因筛选与生物信息学分析
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作者 刘丽丽 黄东明 杨翠语 《内科》 2025年第2期188-194,共7页
目的 应用生物信息学方法,筛选衰老关键基因,探究衰老的机制以及衰老相关通路与认知之间的关联。方法 从GEO数据库下载大鼠海马样本的衰老相关芯片数据,使用R语言筛选差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因... 目的 应用生物信息学方法,筛选衰老关键基因,探究衰老的机制以及衰老相关通路与认知之间的关联。方法 从GEO数据库下载大鼠海马样本的衰老相关芯片数据,使用R语言筛选差异表达基因(DEGs),进行基因本体(GO)功能富集分析及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析;使用STRING 12.0数据库构建蛋白质相互作用(PPI)网络,并应用Cytoscape软件及其插件CytoHubba分析PPI网络中的枢纽基因,筛选衰老相关关键基因。结果 在GSE5666数据集中,共筛选出23个表达上调的衰老相关DEGs,未筛选出表达下调的衰老相关DEGs及认知功能相关的DEGs;在GSE9990数据集中,共筛选出70个表达上调和9个表达下调的衰老相关DEGs。GO功能富集分析显示上述DEGs主要参与抗原呈递、适应性免疫反应、免疫球蛋白介导的免疫反应等生物学进程;KEGG通路分析显示DEGs主要集中在感染和免疫相关通路。通过PPI网络分析发现,GSE9990数据集与GSE5666数据集存在4个共同的关键基因:Cd74、RT1-Da、C1qb、Ctss。结论 Ⅱ类主要组织相容性复合体参与的免疫反应与大鼠衰老相关,但衰老相关基因不一定与认知功能缺陷有关联。 展开更多
关键词 衰老 抗原呈递 免疫 Ⅱ类主要组织相容性复合体 差异表达基因 生物信息学
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蛋白质组学结合生物信息学分析干眼的蛋白标志物 被引量:1
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作者 杨延婷 师雅君 +5 位作者 杨光 纪海洋 刘婕 洪珏 张丹 马晓芃 《国际眼科杂志》 CAS 2025年第1期104-111,共8页
目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白... 目的:通过生物信息学方法分析与干眼(DE)发病机制相关的差异蛋白质,以期揭示其潜在的分子机制。方法:通过检索从建库至2023-08-31发表在PubMed和EMBASE数据库中的采用蛋白质组学方法检测干眼临床样本中蛋白质表达的文章,挑选出差异蛋白,并通过STRING数据库和Cytoscape软件进行枢纽基因筛选和模块分析,进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、基因本体(GO)功能注释和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。结果:最终纳入21篇文献,确定74个差异表达的蛋白质。频率最高的差异蛋白为钙粒蛋白A(calgranulin A,SA1008)、脂质运载蛋白1(LCN1)、溶菌酶(LYZ)、乳腺珠蛋白-B(SCGB2A1)、富脯氨酸蛋白4(PRR4)、转铁蛋白(TF)和钙粒蛋白B(S100A9)。前10个枢纽基因为血清白蛋白(ALB)、肿瘤坏死因子(TNF)、白介素6(IL6)、IL1β、IL8、基质金属蛋白酶9(MMP9)、α-抗胰蛋白酶(SERPINA1)、IL10、补体C3(C3)和乳铁蛋白(LTF)。模块分析推测种子基因为MMP9和PRR4。KEGG分析显示差异表达的蛋白主要富集在IL17信号通路(61.9%)。结论:研究结果揭示了DE的潜在分子靶点和途径,并证实了DE的发病机制与炎症之间的关联。然而,还需要进一步深入研究以证实这些生物标志物在临床实践中的意义。 展开更多
关键词 干眼 蛋白质组学 质谱分析 生物标志物
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“诸气膹郁,皆属于肺”视域下探讨肺腺癌相关性抑郁因果关系及干预中药预测 被引量:1
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作者 黄洁雅 郜文辉 +3 位作者 杨仁义 谭小宁 曾普华 谢梦洲 《中草药》 北大核心 2025年第8期2885-2897,共13页
目的基于“诸气膹郁,皆属于肺”理论,通过孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)分析探讨肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)与重度抑郁症(major depressive disorder,MDD)的遗传因果关系,并预测干预LUAD相关性抑郁(lung adenocarcin... 目的基于“诸气膹郁,皆属于肺”理论,通过孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)分析探讨肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)与重度抑郁症(major depressive disorder,MDD)的遗传因果关系,并预测干预LUAD相关性抑郁(lung adenocarcinoma-related depression,LAD)的潜在中药。方法从IEU OpenGWAS数据库获取LUAD与MDD的全基因组关联研究(genome-wide association studies,GWAS)数据集,主要通过R软件的TwoSampleMR包进行MR分析和结果的稳健性评估。通过Ensembl数据库预测工具变量的邻近基因(instrumental variable nearby genes,IVNGs),基于IVNGs进行功能富集分析并分别通过CTD数据库和ITCM数据库预测相关的化学成分和潜在的干预中药。应用古今医案云平台(V2.3.9)对中药进行统计分析,以探讨其治疗疾病的理法方药。结果MR分析的逆方差加权(inverse variance weighted,IVW)方法结果(β=0.00205,P=0.01899)提示LUAD与MDD发生存在弱正向因果效应,稳健性分析未发现显著的异质性和水平多效性,结果可靠。富集分析结果显示主要与胆碱能信号通路有关。聚类分析结果显示频次在前30的中药可大致分为5大类。所有潜在干预中药的四气以温为主,平、寒次之;五味以甘为主,苦、辛次之;归经以肝为主,肺、脾、胃、肾和心次之;功效主要以清热解毒为主,凉血止血、解毒、止血及清热利湿次之。对频次前15的中药进行经典名方识别,结果显示主要是通过麻黄、栀子、薏苡仁、蒲公英和肉苁蓉5味中药识别,相似的经典名方有麻黄类方、槐花散、黄连解毒汤、苇茎汤、五味消毒饮、济川煎、化肝煎和桑杏汤等。结论基于“诸气膹郁,皆属于肺”理论,发现LUAD与MDD存在弱正向遗传因果效应,LUAD可能通过影响神经信号传递及神经调控机制,尤其是胆碱能信号通路促进MDD的发生。结合中医“态靶”医学理论和中药预测结果探析了中医治疗LAD的理法方药,旨在为LAD患者的中医药治疗提供参考,以改善LUAD患者的整体治疗效果及心理健康。 展开更多
关键词 肺腺癌相关性抑郁 孟德尔随机化 中药预测 态靶 麻黄类方 槐花散 黄连解毒汤 苇茎汤 五味消毒饮 济川煎 化肝煎 桑杏汤 麻黄 栀子 薏苡仁 蒲公英 肉苁蓉
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多肽微阵列芯片制备技术与应用进展 被引量:2
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作者 罗日朗 祝丽芬 +3 位作者 李绍元 席风硕 于洁 马文会 《昆明理工大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第1期132-145,共14页
多肽微阵列芯片作为一种新兴的生物信息分析工具,展现出广阔的应用前景.全面梳理多肽微阵列芯片的制备技术与应用进展,有助于挖掘和实现其潜在价值.首先追踪了多肽微阵列芯片制备技术的发展历程,并对不同的制备技术进行了比较分析;回顾... 多肽微阵列芯片作为一种新兴的生物信息分析工具,展现出广阔的应用前景.全面梳理多肽微阵列芯片的制备技术与应用进展,有助于挖掘和实现其潜在价值.首先追踪了多肽微阵列芯片制备技术的发展历程,并对不同的制备技术进行了比较分析;回顾了多肽微阵列芯片在生物医学研究中的应用,并探讨了其应用潜力.尽管多肽微阵列芯片技术取得了显著进展,但仍有必要进一步深化研究;并展望了多肽微阵列芯片技术的未来发展趋势,旨在为科研工作提供有价值的参考和启示. 展开更多
关键词 多肽微阵列芯片 生物芯片 蛋白质组学 生物信息分析
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一种基于仿生学的蝴蝶机器人设计
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作者 叶启彬 肖顺根 +1 位作者 郑炜坤 赖思琦 《中国科技信息》 2025年第3期114-117,共4页
仿生蝴蝶机器人是一种仿效蝴蝶外形和运动方式的机器人。仿生蝴蝶机器人的研究旨在从自然界中汲取灵感,探索并借鉴蝴蝶身上的特殊结构和功能,以开发出新型材料、新型产品或新型技术。仿生蝴蝶机器人的研究可以帮助工程师更好地理解自然... 仿生蝴蝶机器人是一种仿效蝴蝶外形和运动方式的机器人。仿生蝴蝶机器人的研究旨在从自然界中汲取灵感,探索并借鉴蝴蝶身上的特殊结构和功能,以开发出新型材料、新型产品或新型技术。仿生蝴蝶机器人的研究可以帮助工程师更好地理解自然界的复杂结构和机制,从而提高产品设计的效率和准确性。上海交通大学的研究团队打造了一款仿生蝴蝶。该团队致力于实现轻量化设计、紧凑结构和低能耗。他们选择了“电机驱动,舵机转向”的驱动方式,利用电机作为动力源,通过齿轮传递动力,并采用曲柄摇杆机制来模拟蝴蝶的扑翼动作。FESTO公司的仿生蝴蝶项目则着重于集体行为的超轻飞行物体。他们的设计结合了人造昆虫的超轻设计与协同的集体飞行行为。通过安装多台摄像机和红外标记,实现了对仿生蝴蝶的精确定位和控制。这个项目展示了在小型化、轻量化结构和功能集成领域的进步,并减少材料用量以实现逼真的飞行行为。 展开更多
关键词 机器人 上海交通大学 项目展示 曲柄摇杆 集体行为 新型材料 材料用量 功能集成
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“聚于胃,关于肺”视角下探索麦门冬汤治疗胃食管反流病与特发性肺纤维化共病机制 被引量:2
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作者 吴宣諭 肖祥 +4 位作者 陈梦秋 朱艳 陈嘉靖 王飞 杨晗 《中草药》 北大核心 2025年第6期2052-2065,共14页
目的在“聚于胃,关于肺”视角下探索胃食管反流病(gastroesophageal reflux,GERD)与特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)共病“中虚气逆”病机的生物学内涵,并探索麦门冬汤干预共病的机制。方法从基因表达综合数据库获取... 目的在“聚于胃,关于肺”视角下探索胃食管反流病(gastroesophageal reflux,GERD)与特发性肺纤维化(idiopathic pulmonary fibrosis,IPF)共病“中虚气逆”病机的生物学内涵,并探索麦门冬汤干预共病的机制。方法从基因表达综合数据库获取GERD和IPF基因表达谱以筛选共享差异表达基因(differentially expressed genes,DEGs),免疫细胞浸润与基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)鉴定共病核心生物通路以揭示GERD与IPF共病的生物学机制。综合网络药理学、分子对接、受试者操作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线、外部数据集验证和功能富集分析探索麦门冬汤干预共病的核心靶点及机制。从Decode获取血浆顺式蛋白质数量性状位点数据,从IEU OpenGWAS获取GERD和IPF的全基因组关联研究数据,利用孟德尔随机化(mendelian randomization,MR)验证麦门冬汤干预共病的核心靶点。结果共得到1303个共享DEGs;静息树突状细胞、M0期巨噬细胞、浆细胞和调节性T细胞在GERD与IPF中表达趋势相同;共病核心生物通路包括凝固、上皮间质转化、鼠类肉瘤病毒癌基因(kirsten rat sarcoma viral oncogene,KRAS)通路下调和血管生成等。209个麦门冬汤有效成分作用于16个共病靶点,这些靶点主要富集在晚期糖基化终末产物及其受体、细胞周期、血小板活化等通路。分子对接、ROC曲线、外部数据集和MR明确了3个共病核心靶点:Ⅲ型胶原蛋白的α1链[collagen alpha-1(Ⅲ)chain,COL3A1]、组织蛋白酶K(cathepsin K,CTSK)和半乳糖凝集素(galectin-7,LGALS7)。其中COL3A1与GERD和IPF发病呈负相关,LGALS7与GERD和IPF发病呈正相关,CTSK与IPF发病呈负相关、与GERD发病呈正相关。结论促炎与抗炎免疫细胞失衡是GERD与IPF共病“中虚气逆”病机的生物学内涵,麦门冬汤可以通过调控免疫炎症等途径干预共病,丰富了“聚于胃,关于肺”理论的内涵,为共病机制及干预研究提供了参考。 展开更多
关键词 聚于胃 关于肺 胃食管反流病 特发性肺纤维化 麦门冬汤 异病同治 Ⅲ型胶原蛋白的α1链 组织蛋白酶K 半乳糖凝集素
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四季海棠花瓣与仿生PDMS微结构的表面浸润性研究
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作者 王雨萌 刘福军 +1 位作者 孙毅 安伟伟 《科学技术创新》 2025年第19期221-224,共4页
本文利用模板法复制四季海棠花瓣表面微结构,制备得到了聚二甲基硅氧烷(PDMS)仿生微结构表面;采用扫描电子显微镜(SEM)和接触角测量对花瓣和复制样品的表面微观结构及浸润性进行表征。结果表明,花瓣表面具有层次复合微结构,PDMS复制得... 本文利用模板法复制四季海棠花瓣表面微结构,制备得到了聚二甲基硅氧烷(PDMS)仿生微结构表面;采用扫描电子显微镜(SEM)和接触角测量对花瓣和复制样品的表面微观结构及浸润性进行表征。结果表明,花瓣表面具有层次复合微结构,PDMS复制得到的阴结构具有单一结构特征;花瓣表面接触角为139°,仿生PDMS表面接触角为131.3°,均显示出良好的疏水性。本研究利用PDMS复制得到了四季海棠花瓣表面的阴结构,对大面积制备仿生微结构材料具有参考意义。 展开更多
关键词 四季海棠花瓣 PDMS 仿生微结构 浸润性
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一种基于簇模型预测蛋白-配体结合构象的新方法
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作者 马崇冬 周宝晶 《山东化工》 2025年第17期79-82,90,共5页
蛋白-配体相互作用在生物体内起着关键作用,而准确预测蛋白-配体的结合构象是分析相互作用的基础,对药物发现与设计至关重要。本文提出了一种新颖的基于簇模型的Dock-sampling/Sqm-screen方法,用于高效预测蛋白-配体的结合构象。通过对... 蛋白-配体相互作用在生物体内起着关键作用,而准确预测蛋白-配体的结合构象是分析相互作用的基础,对药物发现与设计至关重要。本文提出了一种新颖的基于簇模型的Dock-sampling/Sqm-screen方法,用于高效预测蛋白-配体的结合构象。通过对3个β-内酰胺酶蛋白体系的计算,成功获得了与实验结构一致的低能量构象。该方法显著降低了计算成本,提高了预测准确性,为新药研发提供了新的思路。 展开更多
关键词 簇模型 蛋白 配体 结合构象
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基于“肠-关节”轴探究肠道菌群与类风湿关节炎的因果关系及潜在干预中药预测 被引量:7
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作者 王怡文 王思维 +3 位作者 卫博文 王文 金玥 刘维 《中草药》 北大核心 2025年第2期585-597,共13页
目的 采用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法评估肠道菌群与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)之间的因果关系,并预测能够通过调控肠道菌群治疗RA的潜在有效中药。方法 获取RA与肠道菌群全基因组关联研究数据(genome-w... 目的 采用孟德尔随机化(Mendelian randomization,MR)方法评估肠道菌群与类风湿关节炎(rheumatoid arthritis,RA)之间的因果关系,并预测能够通过调控肠道菌群治疗RA的潜在有效中药。方法 获取RA与肠道菌群全基因组关联研究数据(genome-wide association study,GWAS)。使用R语言进行MR分析,采用逆方差加权法(inverse variance weighted,IVW)探究肠道微生物群与RA之间的潜在因果关联,通过实施敏感性分析来评估分析结果的稳健性和可靠性。对工具变量对应的邻近基因进行基因本体(geneontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)富集分析,探索可能涉及RA发病机制的相关通路。通过Coremine数据库、TCMSP数据库预测对“肠-关节”轴存在潜在治疗作用的中药,统计性味归经及有效成分。结果 MR分析发现肠道菌群多尔氏菌属Dorea(OR=0.852,95%CI:0.744~0.975,P=0.020);副血链球菌Streptococcus parasanguinis(OR=0.918,95%CI:0.847~0.995,P=0.037);韦荣球菌属Veillonella_unclassified(OR=0.926,95%CI:0.869~0.987,P=0.018);毛螺菌科(Lachnospiraceae)细菌5_1_63FAA(OR=1.070,95%CI:1.006~1.138,P=0.031)与RA患病风险存在显著因果关系。主要通过病毒蛋白与细胞因子受体的相互作用、钙信号通路及自然杀伤细胞介导的细胞毒性通路干预RA。根据临近基因筛选出95味中药,四气主要以寒为主,温、平次之;五味以苦为主,甘、辛次之;归经以肝经为主,肺经、脾经次之;功效以清热药为主,补虚药、活血化瘀药次之。出现频次较高的有效成分为β-谷甾醇(β-sitosterol)、槲皮素(quercetin)、山柰酚(kaempferol)、豆甾醇(stigmasterol)。结论 通过MR分析发现多尔氏菌属、副血链球菌及韦荣球菌属Veillonella_unclassified与RA发病呈负相关,毛螺菌科细菌5_1_63FAA可增加RA发病风险,富集分析得到了肠道菌作用于RA的生物过程及信号通路,升麻、白花蛇舌草、苍耳子、高良姜等中药可以通过改善肠道微生物群治疗RA,其中β-谷甾醇、槲皮素等有效成分具有治疗潜力。这些发现为从“肠-关节”轴视角探索RA的中医药防治提供参考,对RA的达标治疗及药物研发提供新思路。 展开更多
关键词 类风湿关节炎 肠道菌群 孟德尔随机化 升麻 白花蛇舌草 苍耳子 高良姜
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