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乳酰化修饰在缺血性心脏病中的作用机制
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作者 王鹏飞 胡凤丽 谷国强 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第5期645-652,共8页
缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)是全球健康的主要威胁之一,其发病机制复杂且尚未完全阐明。近年来,随着表观遗传学研究的不断深入,乳酰化修饰(lactylation,Kla)作为新发现的一种蛋白质翻译后修饰方式,逐渐受到科研人员的关注... 缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)是全球健康的主要威胁之一,其发病机制复杂且尚未完全阐明。近年来,随着表观遗传学研究的不断深入,乳酰化修饰(lactylation,Kla)作为新发现的一种蛋白质翻译后修饰方式,逐渐受到科研人员的关注。Kla通过直接影响基因转录、调控信号转导和代谢过程等,对IHD的病理生理过程及细胞分子功能的调节产生深远影响。Kla广泛存在于组蛋白和非组蛋白中,与调节各种病理过程中的蛋白质功能相关,通过调节相关酶的活性及信号通路的传导,影响心肌细胞包括能量代谢、炎症反应、血管生成、脂质代谢失调、凋亡、纤维化及修复等在内的过程。尽管目前关于Kla在IHD中的具体机制和靶点研究仍有限,但其在疾病治疗中的潜在价值不容忽视。本文通过综述Kla在心肌梗死、心肌缺血再灌注损伤、心力衰竭及心肌肥大等IHD关键病理环节中的作用机制以及相关研究进展,并探讨其潜在的治疗靶点与应用前景,为寻找有效干预策略提供依据和方向,有望为IHD的防治开辟新的思路与途径。 展开更多
关键词 乳酰化修饰 缺血性心脏病 表观遗传学 翻译后修饰
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小麦γ-醇溶蛋白基因Tagli-γ-11的克隆及其互作蛋白质分析
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作者 王沙沙 何宁 +3 位作者 汪庆昌 黄超 宋晓 晁岳恩 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第5期833-839,共7页
为进一步解析γ-醇溶蛋白基因在小麦面粉品质中的调控机制,本研究从郑麦158(低蛋白质含量、高面团强度)中克隆了小麦γ-醇溶蛋白基因Tagli-γ-11。生物信息学分析结果表明,该基因具有γ-醇溶蛋白的典型结构特征,含有8个保守的半胱氨酸残... 为进一步解析γ-醇溶蛋白基因在小麦面粉品质中的调控机制,本研究从郑麦158(低蛋白质含量、高面团强度)中克隆了小麦γ-醇溶蛋白基因Tagli-γ-11。生物信息学分析结果表明,该基因具有γ-醇溶蛋白的典型结构特征,含有8个保守的半胱氨酸残基,并在该蛋白质的重复区Ⅱ内第133~141 aa位置发现1个乳糜泻(CD)表位(PQQSFPQQQ)。利用酵母双杂交技术筛选郑麦158的cDNA文库,共筛选了8个可能与Tagli-γ-11互作的蛋白质,它们分别是半胱氨酸蛋白酶、果糖二磷酸醛缩酶、富含半胱氨酸和跨膜结构域蛋白1、(1,3∶1,4)-β-D-葡聚糖酶、生长素响应因子ARF17-like、细胞数目调控因子CNR8-like、泛素结构域蛋白DSK2b和转录因子PIF1-like。3个代表性候选蛋白质[富含半胱氨酸和跨膜结构域蛋白1、果糖二磷酸醛缩酶、(1,3∶1,4)-β-D-葡聚糖酶]的回转验证结果表明,它们与Tagli-γ-11均存在互作关系,推测Tagli-γ-11与这些蛋白质相互作用,主要参与了小麦籽粒中贮藏蛋白(如醇溶蛋白)和淀粉的合成与降解,以及生殖生长过程。 展开更多
关键词 小麦 Tagli-γ-11基因 酵母双杂交 回转验证
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血管内皮生长因子A通过Cdc42/Wnt/β-catenin信号通路影响子宫平滑肌瘤进展的机制研究
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作者 李晓银 何辉 +1 位作者 吴翠松 闻先萍 《中国病理生理杂志》 北大核心 2025年第7期1325-1333,共9页
目的:本研究通过观察子宫平滑肌瘤中血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)的水平,探讨其是否通过细胞分裂周期蛋白42(cell division cycle protein 42,Cdc42)/Wnt/β-catenin信号通路影响子宫平滑肌瘤的进展... 目的:本研究通过观察子宫平滑肌瘤中血管内皮生长因子A(vascular endothelial growth factor A,VEGFA)的水平,探讨其是否通过细胞分裂周期蛋白42(cell division cycle protein 42,Cdc42)/Wnt/β-catenin信号通路影响子宫平滑肌瘤的进展。方法:选取2022年1月至2023年12月在池州市人民医院接受子宫肌瘤切除手术的36例患者的临床资料及组织样本,选取5例行子宫全切术的子宫肌瘤患者的手术标本,将子宫肌瘤旁正常平滑肌组织作为对照组,子宫肌瘤组织作为子宫平滑肌瘤组。根据不同类型的子宫肌瘤组织,将其分为肌壁间组、黏膜下组和浆膜下组,每组选取5例。通过免疫组化和Western blot技术检测VEGFA和Cdc42在子宫肌瘤中的表达情况。在体外实验中,提取子宫平滑肌细胞和子宫平滑肌瘤细胞,利用CCK-8实验筛选VEGF受体抑制剂阿昔替尼(axitinib)的最适浓度,并通过质粒转染平滑肌瘤细胞过表达VEGFA。根据实验目的分别处理细胞。采用CCK-8和EdU细胞增殖流式检测法评估axitinib对子宫平滑肌瘤细胞活力和增殖的影响,并通过Western blot分析axitinib、Cdc42抑制剂ML141和过表达VEGFA对子宫平滑肌瘤细胞中VEGFA、Cdc42、β-catenin及其下游cyclin D1、c-Myc蛋白表达的影响。结果:免疫组化和Western blot分析显示,子宫肌瘤组织中VEGFA和Cdc42的表达水平显著高于正常组织(P<0.01),且肌壁间子宫肌瘤中的VEGFA和Cdc42表达水平显著高于黏膜下及浆膜下肌瘤(P<0.01)。CCK-8和EdU染色实验结果表明,axitinib对子宫平滑肌细胞活力实验的适宜浓度为5μmol/L,axitinib浓度为5μmol/L时能有效抑制子宫平滑肌瘤细胞的活力和增殖(P<0.05)。Western blot结果显示,子宫平滑肌瘤细胞中VEGFA、Cdc42、β-catenin及其下游cyclin D1、c-Myc的表达显著增加(P<0.01)。axitinib和ML141显著抑制了β-catenin及其下游蛋白的表达(P<0.05),VEGFA能显著抑制Cdc42的表达(P<0.01),但ML141未抑制VEGFA表达(P>0.05)。过表达VEGFA后,VEGFA、Cdc42、β-catenin及其下游cyclin D1、c-Myc的表达显著增加(P<0.01)。结论:VEGFA可能通过Cdc42/Wnt/β-catenin信号通路参与子宫平滑肌瘤的进展。 展开更多
关键词 子宫平滑肌瘤 血管内皮生长因子A 细胞分裂周期蛋白42 阿昔替尼
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LINC00973通过hsa-miR-150-5p/ABCG5轴调控非小细胞肺癌多药耐药
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作者 夏云秀 董洪亮 +4 位作者 刘翠兰 王飞 崔冰洁 陈微微 杜静 《中国病理生理杂志》 北大核心 2025年第3期433-443,共11页
目的:探讨长链非编码RNA LINC00973在非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)多药耐药中的作用及分子机制。方法:GEPIA数据库分析LINC00973在NSCLC中的表达水平及其与患者预后的关系,RT-qPCR检测永生化支气管上皮细胞和不同NS... 目的:探讨长链非编码RNA LINC00973在非小细胞肺癌(non-small-cell lung cancer,NSCLC)多药耐药中的作用及分子机制。方法:GEPIA数据库分析LINC00973在NSCLC中的表达水平及其与患者预后的关系,RT-qPCR检测永生化支气管上皮细胞和不同NSCLC细胞系及化疗耐药NSCLC细胞中LINC00973的表达水平。构建LINC00973过表达或敲减的NSCLC细胞系,采用细胞划痕、Transwell及干性成球实验检测LINC00973对NSCLC细胞迁移侵袭能力和干性的影响;CCK-8实验检测LINC00973过表达或敲减后,化疗药和靶向药对NSCLC细胞半数抑制浓度的变化。RNA-seq分析LINC00973过表达后靶基因簇改变;LncBase Predicted v.2和TargetScan数据库分析LINC00973与靶基因共同结合的微小RNA(microRNA,miRNA);合成并转染目标miRNA-mimic/inhibitor至LINC00973过表达或敲减的NSCLC细胞中,RT-qPCR和Western blot实验检测LINC00973表达水平及其靶基因的mRNA和蛋白表达水平的变化。结果:GEPIA数据库分析结果显示,LINC00973在肺腺癌和肺鳞癌中表达上调,且与NSCLC患者不良预后相关;不同NSCLC细胞系及NSCLC化疗耐药细胞(A549/DDP和A549/5-FU细胞)中LINC00973表达上调。过表达LINC00973后A549和H520细胞的迁移侵袭能力和干性明显增强,对化疗药和靶向药的敏感性明显下降;敲减LINC00973后A549和H520细胞的迁移侵袭能力和干性明显减弱,对化疗药和靶向药的敏感性明显增强。RNA-seq结合RT-qPCR实验结果显示,过表达LINC00973的A549和H520细胞中,ATP结合盒转运蛋白G5(ATP-binding cassette transporter G5,ABCG5)表达上调,ABC转运体通道被激活。数据库分析结合细胞实验证实LINC00973通过竞争性结合hsa-miR-150-5p调控ABCG5的表达。结论:LINC00973通过与ABCG5竞争性结合hsa-miR-150-5p的方式,上调ABCG5的表达,进而激活ABC转运体通道并促进抗肿瘤药物外排,导致NSCLC产生多药耐药。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 多药耐药 LINC00973 微小RNA-150-5p ATP结合盒转运蛋白G5
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采用分子标记和次级代谢产物研究利川大黄的道地性
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作者 吴琳绯 居楚翔 +3 位作者 陈久明 李立忠 刘虹 覃永华 《中南民族大学学报(自然科学版)》 2025年第6期802-809,共8页
利川大黄面临野生资源枯竭、品种退化、遗传背景不清等问题,严重制约了利川大黄产业的可持续发展和品牌价值.利用ISSR和RAPD两种分子标记组合,结合标志性次级代谢产物来评估利川大黄的道地性.筛选了12个ISSR和8个RAPD分子标记引物,将ISS... 利川大黄面临野生资源枯竭、品种退化、遗传背景不清等问题,严重制约了利川大黄产业的可持续发展和品牌价值.利用ISSR和RAPD两种分子标记组合,结合标志性次级代谢产物来评估利川大黄的道地性.筛选了12个ISSR和8个RAPD分子标记引物,将ISSR和RAPD引物两两组合,得到5对引物组合可直接区分利川大黄与其他产地大黄.基于聚类分析利川大黄与其他地区大黄被分为不同组,且利川大黄被分为两大类,表明大黄种质资源遗传多样性与地理分布存在相关性,受到气候环境的显著影响.HPLC结果显示利川大黄的大黄素、大黄酚和大黄素甲醚这三种蒽醌类衍生物含量均高于其他产地.研究通过分子标记对利川和其他地区大黄进行了遗传多样性分析,初步揭示了利川大黄以及其他地区大黄的亲缘关系,为利川大黄这一地标性产品的鉴定和辨别提供了有效手段,为利川大黄资源的道地性研究提供了理论依据和技术支持. 展开更多
关键词 大黄 分子标记 遗传多样性 道地性
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基于50K液相芯片分析贵州香稻资源遗传多样性 被引量:1
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作者 吴娴 王倩 +5 位作者 吴朝昕 阙涛 吴钱蓉 龙武华 彭强 朱速松 《四川农业大学学报》 北大核心 2025年第1期104-110,共7页
【目的】分析贵州香稻资源的群体结构与遗传多样性,促进贵州香稻在育种中的应用。【方法】利用50K液相基因芯片对78份香稻材料、2份不香的贵州培育品种、粳稻对照日本晴、籼稻对照9311共82份进行全基因组基因型检测,开展遗传多样性研究... 【目的】分析贵州香稻资源的群体结构与遗传多样性,促进贵州香稻在育种中的应用。【方法】利用50K液相基因芯片对78份香稻材料、2份不香的贵州培育品种、粳稻对照日本晴、籼稻对照9311共82份进行全基因组基因型检测,开展遗传多样性研究。【结果】经过严格过滤,获得35344个高质量SNP位点,期望杂合度平均为0.3282;最小等位基因频率平均为0.2166;Nei's基因多样性指数平均为0.3282,标记缺失率平均为0.0040;Shonnon指数平均为0.5060;PIC值平均为0.2714,大于0.2500的SNPs位点占比达78.59%,说明获得的SNPs标记具有较高的多态性和可信度。群体结构分析表明,有66份资源遗传背景相对比较单一,但材料的少数遗传成分具有多源性;82份水稻资源可被划分为6个亚群,贵州香禾材料共分为3类,说明遗传背景存在差异;而贵州培育香稻与9311聚为一类,多为籼稻材料。【结论】遗传参数结果说明贵州香稻品种间的位点遗传多样性较高,遗传多样性分析表明贵州香禾是一类特殊的香稻,且组间有很好的区分度,遗传背景存在差异;贵州培育香稻多为籼稻材料。 展开更多
关键词 香稻 遗传多样性 液相芯片
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基于ISSR-SCoT标记结合欧式距离聚类分析24份黄精种质遗传多样性
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作者 叶夏雯 曹书禹 +2 位作者 吴延青 陈铌铍 金波 《广东农业科学》 2025年第3期25-34,共10页
【目的】联合使用ISSR和SCoT分子标记技术,基于UPGMA和欧式距离法聚类分析,从分子水平综合分析不同产地的24份黄精种质的遗传多样性,为促进黄精属种质资源的保护、开发与利用提供参考。【方法】采用ISSR和SCoT两种分子标记技术,对来自我... 【目的】联合使用ISSR和SCoT分子标记技术,基于UPGMA和欧式距离法聚类分析,从分子水平综合分析不同产地的24份黄精种质的遗传多样性,为促进黄精属种质资源的保护、开发与利用提供参考。【方法】采用ISSR和SCoT两种分子标记技术,对来自我国11个省份的24份黄精属植物种质进行遗传多样性分析。【结果】分别从ISSR通用引物和SCoT通用引物中筛选出效果较好的15条引物,扩增后分别获得229条和210条清晰条带的标记,平均多态性百分比分别为98.40%和98.10%。与SCoT标记结果相比,ISSR分子标记技术可获得更多的黄精遗传多态性位点。24份黄精Nei's基因分化系数(G_(st))为0.0474,表明95.26%的遗传变异是在种内进行,基因流N_(m)>1表明种内存在明显的基因流动。其中15份P.sibiricum Red.黄精种质的G_(st)为0.0471,表明95.29%的遗传变异在种内进行,N_(m)>1表明种内基因交流较多。对于ISSR、SCoT和ISSR-SCoT组合数据经UPGMA分析表明,三类数据的聚类结果各有异同。进一步将ISSR-SCoT组合数据运用欧式距离算法进行聚类分析,与UPGMA聚类算法结果一致的是,ZJ6和HN4具有最近的遗传距离,并且将24份黄精遗传系数进行聚类热图可视化后的结果与欧式距离算法聚类结果基本一致。【结论】联合使用ISSR和SCoT分子标记,并综合运用UPGMA和欧式距离算法,可以获得更全面的黄精遗传多样性信息。不同产地的24份黄精种质资源具有丰富的遗传多样性,且与地理位置基本相关。 展开更多
关键词 黄精 ISSR SCoT 遗传多样性 聚类分析 遗传距离
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牙周病与类风湿关节炎的竞争性内源RNA调控网络构建及免疫相关性分析
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作者 赵晓雪 张欣然 张婷婷 《山东医药》 2025年第2期25-29,共5页
目的构建牙周病(PD)与类风湿关节炎(RA)的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,并分析二者的免疫相关性。方法从美国国立生物技术信息中心建立的基因表达综合数据库获取PD与RA的数据集,通过筛选两疾病的差异基因、加权基因共表达网络分析及免... 目的构建牙周病(PD)与类风湿关节炎(RA)的竞争性内源RNA(ceRNA)调控网络,并分析二者的免疫相关性。方法从美国国立生物技术信息中心建立的基因表达综合数据库获取PD与RA的数据集,通过筛选两疾病的差异基因、加权基因共表达网络分析及免疫数据集取交集获得关键基因。用受试者工作特征曲线(ROC)、基因相关性分析、单样本基因集富集分析对关键基因进行功能富集及外部数据集验证。用关键基因及数据库预测靶基因构建ceRNA调控网络,用免疫浸润分析网站分析PD与RA的免疫相关性。结果共筛选出4个关键基因(白细胞介素10受体A、RAS相关的C3肉毒毒素底物2、布鲁顿酪氨酸激酶、F2型跨膜蛋白信号淋巴细胞活化分子家族受体),对PD与RA诊断价值较高,且基因间具有高相关性。4个关键基因参与了PD与RA的不同通路。4个关键基因和2个关键基因的靶miRNA(hsa-miR-1271-5p、hsa-let-7e-5p),分别获得9个PD的DElncRNA、16个RA的DElncRNA,构建两种疾病的ceRNA网络。PD、RA患者与正常对照者免疫细胞比例存在差异。PD患者外周血浆细胞比例较正常对照者高。而PD患者表面表达CD8亚群的细胞毒性T淋巴细胞(CD8+T淋巴细胞)、活化的自然杀伤细胞(NK细胞)、M2型巨噬细胞、静息的树突状细胞、静息的肥大细胞比例低。与正常对照者比较,RA患者滑膜中浆细胞、γδT淋巴细胞、M1型巨噬细胞的比例高。PD患者静息状态下的树突状细胞与浆细胞呈负相关;RA患者中静息状态下肥大细胞与活化肥大细胞呈负相关,M1型巨噬细胞与单核细胞呈负相关,γδT淋巴细胞与单核细胞呈负相关,M1型巨噬细胞与γδT淋巴细胞呈正相关。结论成功筛选出4个关键基因并分别构建了PD与RA的ceRNA调控网络,PD与RA有部分免疫应答机制相同。 展开更多
关键词 牙周病 类风湿关节炎 竞争性内源RNA 基因调控网络 免疫浸润
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TLR2和TLR4基因多态性及启动子区CpG岛甲基化与抗结核药物性肝损伤的关系
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作者 李玥 马烁 +5 位作者 刘越 唐琴艳 郭玉 刘洋 裴盛斐 冯福民 《中华疾病控制杂志》 北大核心 2025年第2期217-223,共7页
目的研究Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)家族成员中Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)和Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs7656411、rs3804099、rs1... 目的研究Toll样受体(Toll-like receptors,TLRs)家族成员中Toll样受体2(Toll-like receptor 2,TLR2)和Toll样受体4(Toll-like receptor 4,TLR4)基因的单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)位点rs7656411、rs3804099、rs1927914、rs1927911及TLR2基因启动子区CpG岛(CpG island)甲基化与抗结核药物性肝损伤(anti-tuberculosis drug-related liver injury,ADLI)的关系。方法2019年7月―2022年3月在招募的结核病患者中选择322名发生ADLI的患者和322名未发生ADLI的患者分别作为病例组和对照组,按照性别、年龄和治疗方案进行1∶1匹配。通过甲基化特异性聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)法和聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性(PCR-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)技术检测基因多态性以及甲基化特征。结果ADLI患者中TLR2基因rs3804099位点野生基因型(OR=0.55,95%CI:0.31~0.96)、CpG岛甲基化发生率高于对照组(OR=1.81,95%CI:1.07~3.06)。多变量分析表明TLR2基因rs3804099位点野生型TT与ADLI疾病进展相关,野生型TT可能为ADLI的保护因素OR=0.53(95%CI:0.38~0.75)。此外,TLR2基因CpG岛高甲基化与ADLI的发生风险独立相关[调整OR=1.86(95%CI:1.05~3.28)]。rs3804099位点突变型和CpG岛高甲基化的交互作用增加了ADLI的发生风险,为对照组的2.12倍(OR=2.12,95%CI:1.36~3.29)。结论TLR2基因多态性和CpG岛甲基化与ADLI有关。TLR2基因启动子区CpG岛甲基化与其rs3804099位点基因多态性之间存在交互作用与ADLI的高风险有关。 展开更多
关键词 基因多态性 抗结核药 肝损伤 甲基化
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基于Illumina数据的莱茵衣藻聚腺苷酸化生物信息学研究
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作者 赵志新 田泽刘喆 《商洛学院学报》 2025年第4期52-57,共6页
为研究聚腺苷酸化(poly(A))及选择性聚腺苷酸化(APA)在莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)基因组中的特征,基于莱茵衣藻的转录组及基因组数据,获得非冗余的poly(A)特异位点256771个,聚类位点(PACs)97479个,利用生物信息学方法,对莱茵... 为研究聚腺苷酸化(poly(A))及选择性聚腺苷酸化(APA)在莱茵衣藻(Chlamydomonas reinhardtii)基因组中的特征,基于莱茵衣藻的转录组及基因组数据,获得非冗余的poly(A)特异位点256771个,聚类位点(PACs)97479个,利用生物信息学方法,对莱茵衣藻的poly(A)及APA特点进行分析。结果表明,55.67%和28.48%的特异poly(A)位点分别分布在3′-UTR区和基因间隔区,单核苷酸图谱显示在poly(A)位点,A碱基有明显的峰(52.20%),G碱基(平均33.72%)明显高于其他三个碱基,近上游元件区(NUE)有明显的poly(A)信号UGUAA(19.76%,Z-score=32.88),衣藻APA基因高达67.78%,GO分析表明衣藻APA基因主要涉及分子功能和生物过程调控,揭示APA基因参与衣藻多样蛋白异构体的形成,并通过改变受体活性及参与非编码RNA代谢过程起作用。 展开更多
关键词 聚腺苷酸化信号 选择性聚腺苷酸化 Illumina数据 GO分析 莱茵衣藻
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基于转录组学的拟南芥AtNDX下游潜在靶基因挖掘与分析
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作者 王洁瑶 马蓉 +2 位作者 邢孔丫 柯丽萍 华学军 《浙江理工大学学报(自然科学版)》 2025年第5期646-655,共10页
植物线粒体在受到环境胁迫时会产生逆向信号,通过调节核基因的表达来协调植物生长和抗逆的平衡,但其内在作用机制还有待深入研究。首先对拟南芥SSR1基因突变体(ssr1-2)、ssr1-2抑制子(sus3)、sus3回补株系(sus3C)及野生型Wassilewskija(... 植物线粒体在受到环境胁迫时会产生逆向信号,通过调节核基因的表达来协调植物生长和抗逆的平衡,但其内在作用机制还有待深入研究。首先对拟南芥SSR1基因突变体(ssr1-2)、ssr1-2抑制子(sus3)、sus3回补株系(sus3C)及野生型Wassilewskija(WS)植株的根进行转录组测序;其次利用主成分分析和Pearson相关系数评估转录组数据之间的相关性,绘制差异表达基因的火山图和相关性聚类分析热图;最后结合KEGG和GO分析,筛选同时受线粒体胁迫和AtNDX调控的基因,分析AtNDX在线粒体胁迫下调控植物生长发育的作用机制。结果表明:4个材料的高通量测序数据重复性好,且ssr1-2与sus3C高度相关,sus3C能互补sus3抑制子突变造成的影响;筛选到线粒体胁迫下受AtNDX负调控的基因有288个,受AtNDX正调控的基因有178个;利用实时荧光定量PCR技术对筛选出的15个在线粒体胁迫下受AtNDX调控的潜在下游靶基因进行了验证,发现这些基因均在植物生长发育和细胞代谢过程中发挥重要作用。该结果表明,AtNDX通过调控根系发育和细胞代谢相关基因的表达参与线粒体逆向信号的响应和植物生长发育调节,为深入解析植物线粒体在平衡生长发育和胁迫响应中的作用提供了重要线索。 展开更多
关键词 拟南芥 转录组 AtNDX 下游靶基因 线粒体胁迫
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根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化体系的优化 被引量:2
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作者 王之杰 李明序 张万军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期1665-1671,共7页
为进一步提高根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化效率,本试验以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)品种‘中苜1号’为试验材料,通过筛选高效再生的植株,以筛选出的植株叶片为外植体,并通过调节培养基激素配比,在农杆菌侵染过程中添加谷氨酰胺... 为进一步提高根癌农杆菌介导的紫花苜蓿遗传转化效率,本试验以紫花苜蓿(Medicago sativa L.)品种‘中苜1号’为试验材料,通过筛选高效再生的植株,以筛选出的植株叶片为外植体,并通过调节培养基激素配比,在农杆菌侵染过程中添加谷氨酰胺、进行冷处理等措施优化苜蓿由农杆菌介导的遗传转化体系。试验结果表明:转化过程中以嫩叶作为外植体,菌液和重悬液中添加150μmol·L^(-1)乙酰丁香酮,侵染过程中使用300μmol·L^(-1)的谷氨酰胺将瞬时转化效率从32%提高至92%,转化效率提高到31%。研究紫花苜蓿的遗传转化体系可为紫花苜蓿高效遗传改良及基因功能研究提供了技术支持。 展开更多
关键词 紫花苜蓿 根癌农杆菌 遗传转化 体系优化
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苜蓿基因组密码子偏好性分析 被引量:1
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作者 李琳 徐明志 +1 位作者 刘燕蓉 张万军 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2695-2706,共12页
物种基因的密码子使用具有偏好性,能避免氨基酸的错误掺入。苜蓿(Medicago)密码子的偏好性尚未见报道。为揭示苜蓿属基因组密码子偏好性特点,我们利用软件分析四种苜蓿基因编码区密码子组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)等参数探讨密... 物种基因的密码子使用具有偏好性,能避免氨基酸的错误掺入。苜蓿(Medicago)密码子的偏好性尚未见报道。为揭示苜蓿属基因组密码子偏好性特点,我们利用软件分析四种苜蓿基因编码区密码子组成、相对同义密码子使用频率(RSCU)等参数探讨密码子偏好性特点,同时用多种方法分析造成苜蓿密码子偏好性的影响因素,计算确定苜蓿的最优密码子,最后通过聚类分析研究物种间密码子使用偏好性进化关系。结果表明:四种苜蓿的密码子偏好性相对较弱,其中‘中苜1号’最弱,苜蓿密码子第三位偏爱使用A/T;四种苜蓿密码子偏好性受自然选择压力的影响大,最优密码子多以A/T结尾;四种苜蓿的偏好性相似,且与烟草(Nicatiana tabacum L.)、番茄(Solanum lycopersicum L.)偏好性接近。本研究为苜蓿密码子优化应用提供了理论基础,特别是通过优化可以提高Cas9蛋白表达量促进基因编辑。 展开更多
关键词 苜蓿 密码子偏好性 最优密码子 基因编辑 自然选择
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组蛋白去甲基化酶KDM5A调控H3K4me3参与神经管畸形发生的分子机制 被引量:3
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作者 李建婷 解琪 +5 位作者 谷小龙 曹志华 彭志伟 赵虹 刘志贞 解军 《中国生物化学与分子生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第5期629-637,共9页
神经管畸形(NTDs)的病因与防治是出生缺陷领域研究的重点,叶酸可以预防神经管畸形但其机制不明。本文借助低叶酸细胞模型和低叶酸NTDs小鼠模型通过染色质免疫共沉淀、Cut&Tag等技术,探讨了组蛋白去甲基化酶lysine demethylase 5A(KD... 神经管畸形(NTDs)的病因与防治是出生缺陷领域研究的重点,叶酸可以预防神经管畸形但其机制不明。本文借助低叶酸细胞模型和低叶酸NTDs小鼠模型通过染色质免疫共沉淀、Cut&Tag等技术,探讨了组蛋白去甲基化酶lysine demethylase 5A(KDM5A)及其调控的下游组蛋白H3K4me3修饰在叶酸缺乏导致的NTDs发生中的潜在分子机制。结果显示,低叶酸的细胞模型中,qRT-PCR、Western印迹结果显示,KDM5A分子表达明显下降(P<0.05)。作为组蛋白H3K4me3调控的上游关键酶,进一步通过染色质免疫共沉淀ChIP、ChIP-qPCR实验证实,叶酸缺乏下组蛋白H3K4me3在神经发育基因Axin 2和Atoh 1基因启动子区富集增加(P<0.05)。通过构建KDM5A基因敲除细胞模型,借助Cut&Tag试验证实,KDM5A基因敲除后H3K4me3主要富集在神经发育基因上。最后在低叶酸导致的NTDs小鼠模型的脑组织中,RT-qPCR、Western印迹以及ChIP-qPCR实验显示,E9.5 d的NTDs胎鼠脑组织中KDM5A表达下降(P<0.05),Axin2、Atoh1表达升高(P<0.05),Axin2、Atoh 1基因启动子区的H3K4me3富集增多(P<0.05)。综上所述,KDM5A蛋白在叶酸缺乏导致的NTDs中发挥重要作用,其可通过调控下游H3K4me3进而调控神经发育靶基因Axin2、Atoh 1异常表达,介导NTDs的发生。本研究从叶酸缺乏介导KDM5A调控组蛋白修饰来探讨NTDs的发病机制,为降低出生缺陷,促进生殖健康提供依据。 展开更多
关键词 神经管畸形 叶酸 组蛋白去甲基化酶5A 组蛋白H3K4me3
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不同耐旱性肥披碱草干旱胁迫下生理响应和转录组学分析 被引量:3
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作者 高志强 乌汉夫 +4 位作者 徐文 袁玉莹 李冰 木扎帕尔·吐鲁洪 崔国文 《草地学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期2718-2727,共10页
肥披碱草(Elymus excelsus Turcz.)是禾本科披碱草属多年生草本植物,具有生长茂盛、叶片宽厚、营养价值高和适口性好等特点,是一种优质牧草。为探讨肥披碱草的耐旱性,本研究以前期从东北8个野生资源中筛选的耐旱型和干旱敏感型肥披碱草... 肥披碱草(Elymus excelsus Turcz.)是禾本科披碱草属多年生草本植物,具有生长茂盛、叶片宽厚、营养价值高和适口性好等特点,是一种优质牧草。为探讨肥披碱草的耐旱性,本研究以前期从东北8个野生资源中筛选的耐旱型和干旱敏感型肥披碱草为试验材料,采用20%PEG-6000模拟干旱胁迫对幼苗(5周龄)处理0(对照),3,7和14 d,观察植株表型、测定渗透调节物质、活性氧代谢和抗氧化酶活性等生理指标的变化,并进行转录组测序,以探究肥披碱草在干旱胁迫下的生理响应及内在调控机制。结果表明:干旱胁迫下,与干旱敏感型相比,耐旱型肥披碱草的脯氨酸(Pro)、超氧化物歧化酶(SOD)和过氧化氢酶(CAT)、可溶性糖(SS)含量均显著升高(P<0.05),其中在胁迫14 d时脯氨酸含量和可溶性糖含量达到最高,比干旱敏感型分别提高20.39%和19.11%。转录组分析表明,耐旱型和干旱敏感型差异表达基因分别为3463个和2651个,其中有795个共同调控基因,上调633个,下调159个。耐旱差异表达基因主要富集在抗氧化活性、转移酶活性、精氨酸和脯氨酸代谢等途径中,其中proB、rocF和ALDH基因可能参与肥披碱草抵御干旱胁迫过程。本研究为进一步挖掘肥披碱草响应干旱胁迫的候选基因和耐旱育种提供了理论基础。 展开更多
关键词 干旱胁迫 肥披碱草 转录组测序 生理响应 差异表达基因
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真菌诱导子调控紫草素合成的分子机制探究 被引量:1
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作者 李相吴 刘自扬 +2 位作者 徐玉俊 祝建波 吴燕民 《中国农业科技导报》 CSCD 北大核心 2024年第1期78-88,共11页
为探讨真菌诱导子调控紫草素合成的分子机制,以新疆紫草无菌苗为试材,经尖孢镰刀菌、立枯丝核菌制备成的诱导子生物诱导后,对其根部进行RNA测序和分析。结果表明,与对照组比较,尖孢镰刀菌试验组差异表达基因1735个;立枯丝核菌试验组差... 为探讨真菌诱导子调控紫草素合成的分子机制,以新疆紫草无菌苗为试材,经尖孢镰刀菌、立枯丝核菌制备成的诱导子生物诱导后,对其根部进行RNA测序和分析。结果表明,与对照组比较,尖孢镰刀菌试验组差异表达基因1735个;立枯丝核菌试验组差异表达基因1043个。GO(gene ontology)分析发现,2个试验组差异表达基因主要富集在细胞过程、细胞组分中膜和分子功能中催化活性等生物学过程。KEGG(kyoto encyclopedia of genes and genomes)分析发现,2个试验组在植物与病原菌互作、植物激素信号转导途径和苯丙素合成等通路均有大量差异表达基因富集。2个试验组差异表达情况相同的转录因子主要包括bHLH、AP2/ERF-ERF和LOB等,并发现参与紫草素合成及其正向调控的AeGHQH、AeDSH1、AeAP、AePAL、AeDI2、AePGT、AeHMGR、AeG10H基因在2个试验组均上调表达,其中尖孢镰刀菌试验组上调表达较显著。以上结果从分子水平探究了新疆紫草对真菌诱导子生物诱导的响应机制,为未来真菌诱导子应用于新疆紫草种植生产奠定了理论基础。 展开更多
关键词 新疆紫草 真菌诱导子 转录组 差异表达基因
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星形胶质细胞外囊泡在阿尔茨海默病中的研究进展
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作者 陈义汝 姚慧芳 +2 位作者 郝顺发 钱仁义 关运祥 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2024年第6期33-40,共8页
阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种以进行性认知功能障碍和行为损害为特征的中枢神经系统退行性病变,大约占痴呆病例的70%,目前尚未发现治愈方法,仍然以对症治疗为主要治疗方案。星形胶质细胞外囊泡(ADEVs)中含有蛋白质、核... 阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种以进行性认知功能障碍和行为损害为特征的中枢神经系统退行性病变,大约占痴呆病例的70%,目前尚未发现治愈方法,仍然以对症治疗为主要治疗方案。星形胶质细胞外囊泡(ADEVs)中含有蛋白质、核酸、脂质等多种成分,是一种细胞间通信的重要方式。ADEVs在生理条件下通过维持神经元活性、促进神经发生和增强突触可塑性等过程改善AD,在病理条件下参与促进神经炎症及抑制神经突生长等过程加剧AD病理。就ADEVs对AD发展的多方面影响进行综述,以期为ADEVs治疗AD的潜在用途提供理论依据。 展开更多
关键词 星形胶质细胞 细胞外囊泡 阿尔茨海默病 神经保护 神经毒性
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SCtool:识别复杂性状和疾病间遗传关联的工具
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作者 郭煜 胡杨 王亚东 《生物信息学》 2024年第1期19-25,共7页
识别复杂性状和疾病间遗传关联可以提供有用的病因学见解,并有助于确定可能的因果关系的优先级。尽管已有很多工具可以实现复杂性状和疾病间遗传关联,但是某些工具代码可读性差、并且不同工具基于不同的计算机语言、工具间的串联性较差... 识别复杂性状和疾病间遗传关联可以提供有用的病因学见解,并有助于确定可能的因果关系的优先级。尽管已有很多工具可以实现复杂性状和疾病间遗传关联,但是某些工具代码可读性差、并且不同工具基于不同的计算机语言、工具间的串联性较差。因此,本研究基于全基因组关联研究(GWAS)数据,提出了SCtool,一个开源、跨平台和用户友好的软件工具。SCtool整合了ldsc,TwosampleMR和MR-BMA三种软件,其主要功能是基于GWAS汇总水平的数据,识别复杂性状和疾病、复杂性状和复杂性状以及疾病与疾病间的遗传相关性并探究其间潜在的因果关联。最后,使用SCtool揭示了全身性铁状态(铁蛋白,血清铁,转铁蛋白,转铁蛋白饱和度)与表观遗传时钟GrimAge之间的遗传关联。 展开更多
关键词 遗传相关性 因果关联 全基因组关联研究 工具
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魁蚶3个群体及杂交子代遗传多样性分析
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作者 刘童 王英俊 +5 位作者 吴莹莹 邹琰 吕芳 吴海一 李建民 宋爱环 《水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期561-570,共10页
为探明魁蚶不同群体间遗传多样性差异,以魁蚶中国群体、韩国群体和杂交子一代群体为研究对象,利用线粒体基因(16S rRNA和COⅠ)和核糖体内部转录间隔区(ITS-1)对5个魁蚶群体共150个样本进行遗传多样性分析。结果显示,魁蚶16S rRNA、COⅠ... 为探明魁蚶不同群体间遗传多样性差异,以魁蚶中国群体、韩国群体和杂交子一代群体为研究对象,利用线粒体基因(16S rRNA和COⅠ)和核糖体内部转录间隔区(ITS-1)对5个魁蚶群体共150个样本进行遗传多样性分析。结果显示,魁蚶16S rRNA、COⅠ和ITS-1同源序列片段长度分别为605、766 bp和419 bp,其中16S rRNA和COⅠ基因片段A+T含量均高于G+C含量,ITS-1片段A+T含量均低于G+C含量。16S rRNA和COⅠ基因分别定义了4个和14个单倍型,主体单倍型所占频率分别为81.58%和61.43%,ITS-1定义了24种单倍型,主体单倍型所占频率为50.67%。单倍型邻接关系树结果显示,16S rRNA和COⅠ基因均为4个子一代群体聚为1支,即墨群体独有的单倍型为1支,而ITS-1的分支无明显群体特征。16S rRNA和COⅠ的遗传分化结果均表明,即墨群体与其他4个群体间遗传分化较大,其他4个群体间不存在分化;ITS-1的结果显示,5个群体间的遗传分化指数值均小于0.25,遗传分化不明显。试验结果表明,在进行魁蚶种内遗传进化研究时,线粒体基因的敏感性高于核糖体基因,即墨群体的遗传多样性明显高于4个子一代群体。 展开更多
关键词 水生生物学 遗传多样性 线粒体DNA 核糖体DNA 魁蚶
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小鼠囊胚不同孵化结局的基因表达分化模式研究
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作者 马梅香 吴俞霖 +3 位作者 巴合达西·阿达力 刘亚恒 阿依舒阿克·对山别克 安礼友 《新疆大学学报(自然科学版中英文)》 CAS 2024年第6期665-671,共7页
目前对哺乳动物受精卵到囊胚发育命运的研究较为清楚,但囊胚孵化到着床前的分化过程还不明确,囊胚有两种孵化结局,即孵化和未孵化,故初步分析了囊胚两种孵化结局的发育差异.通过分析不同孵化结局囊胚的转录组,发现囊胚由扩张到孵化过程... 目前对哺乳动物受精卵到囊胚发育命运的研究较为清楚,但囊胚孵化到着床前的分化过程还不明确,囊胚有两种孵化结局,即孵化和未孵化,故初步分析了囊胚两种孵化结局的发育差异.通过分析不同孵化结局囊胚的转录组,发现囊胚由扩张到孵化过程中基因表达呈现特异的趋势,1433个基因在孵化过程中表达上调,743个基因表达下调;如果囊胚未能孵化,这部分上调基因的表达调控受到显著抑制.孵化与未孵化囊胚间的差异基因涉及免疫与炎症、细胞分化、凋亡等生化过程,提示这些分子可能与着床过程的母胎识别相关.通过qPCR分析发现,孵化囊胚相较未孵化囊胚,基因Podxl、Lama1、Ptk2b表达上调,Pramel17、Amigo2、Pramel31表达下调,数据与转录组分析结果一致.结果表明:小鼠囊胚在孵化过程中基因表达呈现特定的分化,决定了孵化与否的命运结局,分化也与胚胎着床能力形成相关. 展开更多
关键词 小鼠囊胚 孵化结局 基因表达 代谢通路
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