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石松叶绿体基因组密码子偏好性分析及其与易混品种的分子鉴别
1
作者 郑梦迪 马向阳 +2 位作者 尹念念 陈斯琪 冯言熙 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2026年第2期55-62,共8页
为探究石松的叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因素,并为石松的快速精准鉴别提供更科学的分子鉴别方法,通过GenBank获取5种石松科植物的31条psbA-trnH序列,利用ClustalW进行序列对比,用MEGA11计算种内和种间K2P(kimura2-parameter... 为探究石松的叶绿体基因组密码子使用偏好性及其影响因素,并为石松的快速精准鉴别提供更科学的分子鉴别方法,通过GenBank获取5种石松科植物的31条psbA-trnH序列,利用ClustalW进行序列对比,用MEGA11计算种内和种间K2P(kimura2-parameter)遗传距离,并构建系统发育树;同时利用mEMBOSS、CodonW和SPSS软件进行中性绘图分析、ENC-plot分析、PR2-plot分析、最优密码子的筛选和对应性分析。结果表明,5种植物各自的最大种内遗传距离小于彼此之间的最小种间遗传距离。系统发育树结果显示,各物种均可独立分支,具有良好的单系性。石松叶绿体基因组密码子第3位碱基的A/U含量显著高于G/C含量。同义密码子相对使用度(relative synonymous codon usage,RSCU)>1的密码子多以A/U结尾。石松叶绿体基因组有9个最优密码子,且密码子偏好性受突变压力、自然选择等多种因素的共同影响。利用psbA-trnH序列能够有效区分5种石松科植物。以上研究结果为石松科植物及其药材的鉴定提供了分子生物学依据。 展开更多
关键词 石松 PSBA-TRNH 分子鉴别 密码子偏好性
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玉米PEBP基因家族的生物信息学分析
2
作者 刘佳敏 王虹 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2026年第2期20-29,共10页
磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-binding protein,PEBP)在调控植物开花、结实、种子萌发等过程中发挥着重要作用。为鉴定玉米PEBP基因,对玉米全基因组序列进行分析。结果表明,共获得24个玉米PEBP基因,不均匀地分布在9... 磷脂酰乙醇胺结合蛋白(phosphatidylethanolamine-binding protein,PEBP)在调控植物开花、结实、种子萌发等过程中发挥着重要作用。为鉴定玉米PEBP基因,对玉米全基因组序列进行分析。结果表明,共获得24个玉米PEBP基因,不均匀地分布在9条染色体上,结构高度保守,可分为FT-like、TFL1-like、MFT-like 3个亚家族;编码的肽链长度为172~192个氨基酸残基,理论等电点为6.41~9.30,分子量为18.88~21.94 kD。共线性分析发现,玉米PEBP基因与水稻间有28对共线性基因。表达数据分析表明,各亚家族基因的表达具有较强的组织特异性。研究结果为进一步研究玉米PEBP基因家族的功能与分子机制奠定了基础。 展开更多
关键词 玉米 磷脂酰乙醇胺结合蛋白 生物信息学分析 PEBP基因家族
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紫叶苔(Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子偏好性分析 被引量：3
3
作者 杜梦雪 张鑫 +3 位作者 高洁 毕胜 郝杰威 张莉娜 《河北科技大学学报》 北大核心 2025年第1期91-99,共9页
为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、... 为了丰富对紫叶苔属遗传基础的认识,探究了紫叶苔([WTBX]Pleurozia purpurea)线粒体基因组密码子使用的偏好性及其影响因素。首先,基于完整紫叶苔线粒体基因组筛选蛋白编码序列;然后,利用CodonW、EMBOSS explorer计算各基因的GC含量、有效密码子数(ENC)、密码子适应指数(CAI)和同义密码子相对使用度(RSCU)等指标;最后,采用R软件进行参数间的相关性分析并绘图。结果表明:1)从紫叶苔线粒体基因组中筛选出31条蛋白编码序列,平均GC含量和密码子第3位碱基的GC含量分别为38.17%和32.28%,ENC和CAI平均值为50.29、0.17,表明密码子偏好使用以A/U结尾的碱基,且密码子偏好性较弱;2)ENC分别与GCall、GC3以及基因编码氨基酸的长度呈极显著正相关,表明GC含量和基因的长度对密码子的偏好有显著影响;3)中性绘图、ENC-plot和PR2-plot分析表明,突变压力和自然选择等因素共同塑造了密码子的使用偏好性,其中突变是最主要的影响因素;4)筛选出23个最优密码子,多数以A/U结尾。因此,紫叶苔线粒体基因组密码子偏好性较弱,除了主要受突变压力影响外,还受到自然选择、碱基组成和基因长度等因素的影响,研究结果可为苔藓植物线粒体基因组的进化研究提供参考。 展开更多
关键词 分子遗传学 紫叶苔属 密码子偏好性 线粒体基因组 最优密码子
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人类基因同义密码子偏好的特征以及与基因GC含量的关系 被引量：63
4
作者 石秀凡 黄京飞 +1 位作者 柳树群 刘次全 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2002年第3期411-414,共4页
对人类的 72 8个基因 ,按其编码区中GC的含量分成四组 (从GC <0 4 3到GC >0 5 8) ,分别考察了这四组样本对同义密码子偏好的特征 ,发现在全部样本中都呈现NTG (N代表四种碱基中的任一种 )特受偏爱和NCG尽量避免的特征 .基因环境... 对人类的 72 8个基因 ,按其编码区中GC的含量分成四组 (从GC <0 4 3到GC >0 5 8) ,分别考察了这四组样本对同义密码子偏好的特征 ,发现在全部样本中都呈现NTG (N代表四种碱基中的任一种 )特受偏爱和NCG尽量避免的特征 .基因环境中GC含量与C3/G3含量 (密码子第三位C和G的含量 )的相关分析 ,以及四组样本对密码子的偏好都支持以C结尾的密码子在编码中有特殊的优势 ,这种优势有利于保证翻译的准确性 .还考察了各种氨基酸含量随编码区GC含量不同而变化的趋势 . 展开更多
关键词 C结尾密码子 NTG密码子 GC含量 人类基因 同义密码子偏好
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高频密码子分析法及其在烟草密码子分析中的应用 被引量：31
5
作者 林涛 倪志华 +1 位作者 沈明山 陈亮 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第5期551-554,共4页
利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的... 利用自编的RFCS程序计算同义密码子相对使用频率 (RFSC) ,并根据RFSC值筛选出高频密码子 .将高频密码子分析法筛选出的酵母Y .lipolytica高频密码子和传统的高表达优越密码子分析法筛选出的优越密码子进行比较 ,证实高频密码子分析法的可靠性 .应用高频密码子分析法分析烟草的 2 5 6个cDNA全序列 ,计算出同义密码子的相对使用频率 ,初步确定烟草的高频密码子 ,为外源基因在烟草中的表达提供参考 . 展开更多
关键词 高频密码子分析法 高表达优越密码子 酵母 烟草 植物基因工程 相对使用频率
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Pigm特异性选择标记的开发及其在粳稻穗颈瘟抗性育种中的利用 被引量：19
6
作者 曾生元 李闯 +8 位作者 杜灿灿 孙立亭 景德道 林添资 余波 钱华飞 姚维成 周义文 龚红兵 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2018年第5期453-461,共9页
【目的】Pigm是一个广谱的稻瘟病抗性基因,源自持久抗性品种谷梅4号,与Piz、Piz-t、Pi2、Pi9和Pi40等互为复等位基因但抗谱存在差异。为了更好地在分子辅助选择育种中利用Pigm基因,开发与Pigm特异性标记具有重要意义。【方法】在已有文... 【目的】Pigm是一个广谱的稻瘟病抗性基因,源自持久抗性品种谷梅4号,与Piz、Piz-t、Pi2、Pi9和Pi40等互为复等位基因但抗谱存在差异。为了更好地在分子辅助选择育种中利用Pigm基因,开发与Pigm特异性标记具有重要意义。【方法】在已有文献报道定位结果的基础上,通过随机测序获得了一段谷梅4号基因组的特异序列,并据此开发了一组用于筛选Pigm基因的分子标记,进一步选取江淮稻区3个不同生态型代表性粳稻品种作为受体,利用分子标记辅助选择结合对抗性基因的背景检测将Pigm基因导入受体品种。【结果】Pigm-4标记位于Pigm基因簇内部,与抗病功能元件Pigm R紧密连锁,对不同类型的品种检测发现该标记特异性强,且利用该标记可将Pigm与Piz、Piz-t、Pi2、Pi9以及Pi40区分开来。对受体亲本稻瘟病抗性基因的检测和接种结果分析发现江淮稻区粳稻品种虽然携带了Pib、Pi54、Pita、Pb1中的2~3个基因,但是对强毒力的稻瘟病小种抗性普遍不强,而3种代表性粳稻背景下导入Pigm基因均可显著提高其对穗颈瘟的抗性水平。【结论】Pigm可以作为抗稻瘟病粳稻育种的有利基因资源加以利用,而Pigm-4是分子标记辅助筛选Pigm的优异标记。 展开更多
关键词 Pigm 特异分子标记 粳稻 穗颈瘟 抗性
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痘苗病毒基因组密码子使用频率分析 被引量：16
7
作者 王世峰 许洪林 +5 位作者 陆柔剑 孟昕 王文玲 王志云 郭斐 阮力 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第3期227-234,共8页
密码子使用的差别是普遍存在的现象 ,每一个密码子被某些生物偏爱 ,而在另一些生物中则很少使用。以往这方面的研究多集中在自养生物中 ,而对纯寄生的病毒本身及其与宿主细胞基因密码子使用频率关系的研究则很少。分析痘苗病毒哥本哈根... 密码子使用的差别是普遍存在的现象 ,每一个密码子被某些生物偏爱 ,而在另一些生物中则很少使用。以往这方面的研究多集中在自养生物中 ,而对纯寄生的病毒本身及其与宿主细胞基因密码子使用频率关系的研究则很少。分析痘苗病毒哥本哈根株 189个基因的密码子使用频率发现 :总体上痘苗病毒偏爱使用以A/U为结尾的密码子 ;基因的异质性不强 ,没有影响密码子使用的主要趋势 ;在不同转录方向上和表达时相上 ,基因密码子使用略有不同 ;不同功能的基因其密码子使用上差别较大 ;晚期基因比早期基因与宿主密码子使用频率的差别大。上述结果表明 :密码子是影响病毒和细胞相互作用。 展开更多
关键词 痘苗病毒 基因组 密码子 使用频率 对应分析
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家蚕AFLP分子连锁图谱的构建及绿茧基因定位 被引量：15
8
作者 赵爱春 鲁成 +3 位作者 李斌 普孝英 周泽扬 向仲怀 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期787-794,共8页
利用改进的AFLP技术 ,对家蚕品系C10 0 和大造的回交一代BC1群体进行连锁图谱的构建。经 2 8对引物组合的选择性扩增 ,共获得了 395 6条带 ,平均每对引物产生 14 1 3条带 ,获得多态性带只有 10 18条 ,多态性带的比率为 2 5 7%。其中 6 ... 利用改进的AFLP技术 ,对家蚕品系C10 0 和大造的回交一代BC1群体进行连锁图谱的构建。经 2 8对引物组合的选择性扩增 ,共获得了 395 6条带 ,平均每对引物产生 14 1 3条带 ,获得多态性带只有 10 18条 ,多态性带的比率为 2 5 7%。其中 6 93(6 8 1% )个多态性位点符合 1∶1孟德尔分离比例。利用Mapmaker/Exp 3 0软件进行连锁分析 ,构建了一张含有 4 0 8个标记位点、33个连锁群、总图距为 36 76 7cM的连锁图谱 ,并将绿茧基因定位在该图谱的 2 2连锁群上 ,表明该连锁群与家蚕经典遗传学的第 展开更多
关键词 家蚕 分子连锁图谱 AFLP 绿茧
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鲤饲料转化率性状的QTL定位及遗传效应分析 被引量：22
9
作者 王宣朋 张晓峰 +3 位作者 李文升 张天奇 李超 孙效文 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第2期177-196,共20页
数量性状(QTL)定位是实现分子标记辅助育种、基因选择和定位、培育新品种及加快性状遗传研究进展的重要手段。饲料转化率是鲤鱼的重要经济性状和遗传改良的主要目标,而通过QTL定位获得与饲料转化率性状紧密连锁的分子标记以及相关基因... 数量性状(QTL)定位是实现分子标记辅助育种、基因选择和定位、培育新品种及加快性状遗传研究进展的重要手段。饲料转化率是鲤鱼的重要经济性状和遗传改良的主要目标,而通过QTL定位获得与饲料转化率性状紧密连锁的分子标记以及相关基因是遗传育种的重要工具。研究利用SNP、SSR、EST-SSR等分子标记构建鲤鱼(Cyprinus carpio L.)遗传连锁图谱并对重要经济性状进行QTL定位。选用174个SSR标记、41个EST-SSR标记、345个SNP标记对德国镜鲤F2代群体68个个体进行基因型检测,用JoinMap4.0软件包构建鲤鱼遗传连锁图谱。再用MapQTL5.0的区间作图法(Interval mapping,IM)和多QTL区间定位法(MQMMapping,MQM)对饲料转化率性状进行QTL区间检测,通过置换实验(1000次重复)确定连锁群显著性水平阈值。结果显示,在对饲料转化率性状的多QTL区间定位中,共检测到15个QTLs区间,分布在9个连锁群上,解释表型变异范围为17.70%—52.20%,解释表型变异最大的QTLs区间在第48连锁群上,为52.20%。HLJE314-SNP0919(LG25)区间标记覆盖的图距最小,为0.164 cM;最大的是HLJ1439-HLJ1438(LG39)区间,覆盖图距为24.922 cM。其中区间HLJ1439-HLJ1438、HLJ922-SNP0711解释表型变异均超过50.00%,可能是影响饲料转化率性状的主效QTLs区间。与饲料转化率相关的15个QTLs的加性效应方向并不一致,有3个区间具有负向加性效应,平均为0.027;12个正向加性效应,平均值为0.06。研究检测出的与鲤鱼饲料转化率性状相关的QTL位点可为鲤鱼分子标记辅助育种和更进一步的QTL精细定位打下基础。 展开更多
关键词 鲤鱼 饲料转化率 数量性状定位 MapQTL5.0
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Wx^mp基因背景下可溶性淀粉合成酶基因SSⅡa和去分支酶基因PUL对水稻蒸煮食味品质的影响 被引量：14
10
作者 姚姝 张亚东 +7 位作者 刘燕清 赵春芳 周丽慧 陈涛 赵庆勇 朱镇 Balakrishna PILLAY 王才林 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2020年第3期217-227,共11页
【目的】分析在同一主效基因(Wx^mp)背景下可溶性淀粉合成酶基因SSⅡa和去分支酶基因PUL对稻米蒸煮食味品质的影响,以期为水稻品质遗传改良提供依据。【方法】选择在SSⅡa和PUL存在多态性而其他淀粉合成酶相关基因没有多态性的半糯品系... 【目的】分析在同一主效基因(Wx^mp)背景下可溶性淀粉合成酶基因SSⅡa和去分支酶基因PUL对稻米蒸煮食味品质的影响,以期为水稻品质遗传改良提供依据。【方法】选择在SSⅡa和PUL存在多态性而其他淀粉合成酶相关基因没有多态性的半糯品系宁0145和粳稻品种武运粳21进行杂交,获得F2群体与F3株系。利用分子标记,选择含有Wx^mp基因的F2单株与F3株系,将这些F2单株与F3株系分成SSⅡa^nPUL^n、SSⅡa^nPUL^w、SSⅡa^wPUL^n和SSⅡa^wPUL^w4种基因型(n和w分别表示该基因来源于宁0145和武运粳21),分析不同基因型蒸煮食味品质性状的差异,探讨同一Wxmp基因背景下不同SSⅡa和PUL等位基因对蒸煮食味品质性状的影响。【结果】不同基因型间蒸煮食味品质性状均存在显著差异,来源于武运粳21的SSⅡa^w基因和PUL^w基因分别使直链淀粉含量增加0.29%~1.00%和0.62%~1.18%,且PUL的效应大于SSⅡa,两者间存在互作效应。SSⅡa^w基因和PUL^w基因降低胶稠度和崩解值,提高了热浆黏度、冷胶黏度、消减值和回复值,对糊化温度、峰值黏度和峰值时间的作用较小。【结论】明确了Wx^mp背景下SSⅡa和PUL基因对稻米蒸煮食味品质的遗传效应,该研究结果为SSⅡa和PUL基因的分子标记辅助选择改良稻米品质提供了理论依据。 展开更多
关键词 半糯基因 蒸煮食味品质 可溶性淀粉合成酶基因 极限糊精酶基因 等位基因效应
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不同产地川芎种质与藁本、辽藁本的ITS2序列分析 被引量：14
11
作者 王丽芝 谭世强 +3 位作者 孙思杰 黄楠楠 孙秀岩 王海英 《河北农业大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第1期25-31,共7页
对6省9个不同地区川芎种质、藁本及辽藁本样品的ITS2序列进行分析,并采用NJ法构建分子系统树。结果显示:9个川芎种质、藁本与辽藁本的ITS2序列共有220个保守位点和8个变异位点,其中信息位点4个,单一变异位点4个。藁本、辽藁本与川芎间G... 对6省9个不同地区川芎种质、藁本及辽藁本样品的ITS2序列进行分析,并采用NJ法构建分子系统树。结果显示:9个川芎种质、藁本与辽藁本的ITS2序列共有220个保守位点和8个变异位点,其中信息位点4个,单一变异位点4个。藁本、辽藁本与川芎间GC含量相近,变异位点相似,平均K2P遗传距离分别为0.008,0.011,小于川芎种内遗传距离0.013。NJ进化树分析显示,各地川芎种质、藁本、辽藁本间有着极为亲密的亲缘关系。结合前人本草考证的结果,对川芎的起源、川芎种质间的亲缘关系进行了讨论,首次提出辽藁本也可能是非主栽川芎种质野生种源的观点。 展开更多
关键词 川芎种质 藁本 辽藁本 ITS2序列 亲缘关系分析
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黄瓜遗传图谱构建及株高相关性状的QTL定位 被引量：12
12
作者 嵇怡 徐强 +4 位作者 缪旻珉 梁国华 高海洁 罗晶晶 陈学好 《园艺学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第10期1450-1456,共7页
为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状,以矮生黄瓜D8×蔓生黄瓜JIN5的188株F2单株作为作图群体,应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选,构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群,全长831.6cM。标记平均间距为... 为利用分子标记辅助选择黄瓜矮生性状,以矮生黄瓜D8×蔓生黄瓜JIN5的188株F2单株作为作图群体,应用ISSR和SRAP分子标记技术进行多态性筛选,构建了含65个标记位点的遗传连锁图谱。整个图谱覆盖7个连锁群,全长831.6cM。标记平均间距为12.7cM,标记间最小遗传距离为4.8cM,最大遗传距离为22.3cM。采用复合区间定位分析,检测到控制黄瓜株高性状的QTL位点2个,均位于第4连锁群上,贡献率分别为13.2%和13.0%;控制节间距的QTL位点1个,也位于第4连锁群上;控制第一雌花开花期的QTL位点7个,分别位于第1、2、3、5、7连锁群上,各QTL的贡献率在6.5%～12.5%之间。 展开更多
关键词 黄瓜 ISSR SRAP 遗传图谱 株高 QTL定位
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‘百农64’ב京双16’小麦遗传连锁图谱构建 被引量：14
13
作者 王竹林 刘曙东 +3 位作者 刘惠远 何中虎 夏先春 陈新民 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期886-892,共7页
通过对小麦品种‘百农64’ב京双16’F3家系群体的SSR和AFLP分析,构建了含100个SSR标记(91个引物)和58个AFLP标记(12个引物)的小麦遗传连锁图,158个标记组成20个连锁群,覆盖小麦基因组3 114cM,标记间平均间距为19.7 cM.将前人未... 通过对小麦品种‘百农64’ב京双16’F3家系群体的SSR和AFLP分析,构建了含100个SSR标记(91个引物)和58个AFLP标记(12个引物)的小麦遗传连锁图,158个标记组成20个连锁群,覆盖小麦基因组3 114cM,标记间平均间距为19.7 cM.将前人未定位的12个SSR标记定位到了小麦遗传连锁图谱上.为小麦慢白粉病性等农艺性状的QTL分析打下了良好基础. 展开更多
关键词 小麦 遗传连锁图 SSR标记 AFLP标记
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我国汉族人群HLAⅠ类经典基因单倍型及连锁分析 被引量：11
14
作者 袁方 孙玉英 +6 位作者 骆媛 梁飞 刘楠 金荔 刘金锋 刘曙光 奚永志 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2007年第5期1084-1089,共6页
本研究旨在探讨我国汉族人群HLAⅠ类经典基因座位HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点的基因频率,单倍型频率及连锁特征。采用序列特异性引物(SSP)PCR低分辨基因分型技术对1014例随机选择的无关个体的经典HLAⅠ类位点进行基因分型,并对其相关遗传... 本研究旨在探讨我国汉族人群HLAⅠ类经典基因座位HLA-A、HLA-B、HLA-Cw位点的基因频率,单倍型频率及连锁特征。采用序列特异性引物(SSP)PCR低分辨基因分型技术对1014例随机选择的无关个体的经典HLAⅠ类位点进行基因分型,并对其相关遗传学参数进行统计学分析。结果发现汉族人群中较为常见的HLA-Ⅰ类基因是A*02(0.33)、A*11(0.24)、B*15(0.14)、B*13(0.13)、Cw*03(0.25)、Cw*07(0.18);较为常见的单倍型是A*02-B*46(0.071)、A*11-B*15(0.051)、A*02-Cw*01(0.084)、A*11-Cw*03(0.079)、B*46-Cw*01(0.095)和B*13-Cw*03(0.071)等,其中A*02-B*46、A*30-B*13、A*30-Cw*06、A*02-Cw*01、B*46-Cw*01和B*58-Cw*03等单倍型呈现出显著的连锁不平衡;而A*02-B*15、A*02-B*40、A*24-Cw*03、A*02-Cw*03、A*31-Cw*03等连锁不平衡性相对较低,其中A*24-Cw*03在重组事件中较常出现。此外,A*02-B*46-Cw*01(0.075)、A*30-B*13-Cw*06(0.046)、A*11-B*13-Cw*03(0.045)、A*33-B*58-Cw*03(0.044)、A*11-B*15-Cw*08(0.027)、A*02-B*38-Cw*07(0.023)、A*11-B*40-Cw*07(0.022)等为常见扩展单倍型。结论:本研究较系统地分析了我国汉族人群的HLA遗传学分布特点,为群体进化、临床移植及疾病相关研究等提供了有价值的遗传学资料。 展开更多
关键词 HIA Ⅰ类基因 遗传多态性 基因频率 单倍型频率 连锁不平衡
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二化螟实时荧光定量PCR内参基因筛选和表达稳定性评价 被引量：11
15
作者 徐红星 王国荣 +4 位作者 鲁艳辉 杨亚军 郑许松 田俊策 吕仲贤 《中国水稻科学》 CAS CSCD 北大核心 2019年第1期75-84,共10页
【目的】筛选特定试验条件下二化螟(Chilosuppressalis)稳定表达的内参基因,为二化螟基因表达研究奠定基础。【方法】根据二化螟转录组测序结果挑选出11个候选基因,利用实时荧光定量PCR测定其在二化螟不同发育历期、不同组织、温度处理... 【目的】筛选特定试验条件下二化螟(Chilosuppressalis)稳定表达的内参基因,为二化螟基因表达研究奠定基础。【方法】根据二化螟转录组测序结果挑选出11个候选基因,利用实时荧光定量PCR测定其在二化螟不同发育历期、不同组织、温度处理、杀虫剂处理、取食不同饲料、取食不同水稻、dsRNA处理和混合样品的表达量,利用RefFinder、BestKeeper、Ge Norm和NormFinder等软件和ΔC_t值对11个候选基因的稳定性进行评估。【结果】5种分析方法表明,在二化螟不同发育历期稳定性较高的内参基因是AK、RPL10和EF1,不同组织中稳定性较高的内参基因是EF1、TUB和ACTB,不同温度下较稳定的内参基因为TUB、RPL10和EF1,杀虫剂处理样品中较稳定的是TF4和ACTA,取食不同饲料较稳定的是TUB、TF4、EF1和RPL10,取食不同品种水稻较稳定的是TUB和EF1,dsRNA处理样品中较稳定的是TUB、AK、ACTB和EF1,混合样品中较稳定的是EF1、TUB和ACTB。【结论】为不同试验条件下选择合适的内参基因提供了参考,也有利于在二化螟基因表达研究中获得更加可靠准确的数据。 展开更多
关键词 二化螟 内参基因 荧光定量PCR 基因表达
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中国人苯丙氨酸羟化酶基因的10种新突变 被引量：10
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作者 宋昉 金煜炜 +3 位作者 王红 杨艳玲 张玉敏 张霆 《中国医学科学院学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期142-144,共3页
目的 研究中国人苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变的分子基础。方法 应用PCR/SSCP、序列分析等技术,分析中国北方地区120个经典型苯酮尿症(PKU)核心家系,对PAH基因外显子3、5、7、10、11、12进行突变基因的筛查和确定。结果 在确定的31种突... 目的 研究中国人苯丙氨酸羟化酶(PAH)基因突变的分子基础。方法 应用PCR/SSCP、序列分析等技术,分析中国北方地区120个经典型苯酮尿症(PKU)核心家系,对PAH基因外显子3、5、7、10、11、12进行突变基因的筛查和确定。结果 在确定的31种突变中(另文报道)有10种突变首次在中国PKU人群中发现:165T、S70del、G239D、R241fsdelG、L255S、P281L、G346R、L367fsinsC、R400S和Ivsllnt2t→c。其中4种突变G239D、R241fsdelG、R400S和Ivsllnt2t→c在国际PAH数据库未见公布(至投稿日期)。新突变显示中国人PAH基因虽以点突变为主,但存在小的碱基插入、缺失以及移码突变。新突变主要发生在外显子7中(4/10),每种突变的发生频率均很低(0.42％-1.3％)。结论 中国人PAH基因存在高度异质性和突变的多样性,外显子7是PAH基因的突变热点区域。 展开更多
关键词 苯丙氨酸羟化酶 基因突变 异质性 单链构象多态性 序列分析
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重庆地区5岁以内儿童腹泻病毒病原及流行病学特点 被引量：13
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作者 任增志 孔元梅 +3 位作者 王倩倩 黄爱龙 钟晓妮 许红梅 《中国生物制品学杂志》 CAS CSCD 2013年第4期548-552,共5页
目的了解重庆地区5岁以内儿童腹泻病毒病原及流行病学特点。方法收集重庆医科大学附属儿童医院2010年8～11月就诊的5岁以内腹泻患儿的粪便标本共500份,采用胶体金法检测A组轮状病毒(Rotavirus,RV),RT-PCR法检测B、C组RV、诺如病毒(Norov... 目的了解重庆地区5岁以内儿童腹泻病毒病原及流行病学特点。方法收集重庆医科大学附属儿童医院2010年8～11月就诊的5岁以内腹泻患儿的粪便标本共500份,采用胶体金法检测A组轮状病毒(Rotavirus,RV),RT-PCR法检测B、C组RV、诺如病毒(Norovirus,NV)GⅠ和GⅡ、肠道腺病毒(Adenovirus,ADV)、札如病毒(Sapovirus,SLV)和星状病毒(Astrovirus,ASV),取NV和SLV阳性PCR产物测序,并对病毒基因进行分型。采用MEGA 5.05软件构建进化树,Kimura’s two-parameter法计算遗传距离,邻接法(Neighbor-joining)boot-strap重复检验1 000次。结果 500份标本中,检测到A组RV阳性标本134份,阳性率为26.8%;NV GⅡ型阳性标本132份,阳性率为26.4%;ADV阳性标本31份,阳性率为6.2%;SLV阳性标本9份,阳性率为1.8%;ASV阳性标本1份,阳性率为0.2%;未检测到B、C组RV和NV GⅠ型。随机选择22份NV阳性标本进行测序及基因分型,其中GⅡ/4占绝对优势,其次为GⅡ/6、GⅡ/2、GⅡ/3和GⅡ/7。SLV可分为4个基因亚型,其中GⅠ/1为优势株,其次为GⅠ/2、GⅡ/1和GⅠV 1。结论重庆地区5岁以下儿童腹泻以病毒感染为主,RV是主要的病原体,其次为NV、ADV、SLV和ASV。 展开更多
关键词 腹泻 婴幼儿 肠道病毒 进化分析
原文传递
携带绿色荧光蛋白基因的逆转录病毒载体的构建及其介导的T细胞基因转移研究 被引量：15
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作者 陈香梅 徐开林 +3 位作者 潘秀英 李振宇 鹿群先 李德鹏 《中国实验血液学杂志》 CAS CSCD 2005年第4期641-644,共4页
为了构建含绿色荧光蛋白(greenfluorescentprotein,GFP)基因的逆转录病毒载体和研究逆转录病毒对T细胞的感染能力,利用亚克隆技术将磷酸甘油酸激酶启动子(phosphoglyceratekinasepromoter,PGK)基因和GFP全长cDNA插入逆转录病毒载体pLXSN... 为了构建含绿色荧光蛋白(greenfluorescentprotein,GFP)基因的逆转录病毒载体和研究逆转录病毒对T细胞的感染能力,利用亚克隆技术将磷酸甘油酸激酶启动子(phosphoglyceratekinasepromoter,PGK)基因和GFP全长cDNA插入逆转录病毒载体pLXSN,采用磷酸钙沉淀法将重组载体转染PA317包装细胞,G418筛选出抗性克隆,收集滴度最高的病毒上清感染NIH3T3和T细胞,在倒置荧光显微镜下观察GFP表达情况。结果表明;重组逆转录病毒载体转染PA317包装细胞后,可在荧光显微镜下观察到GFP的表达。G418筛选后,含GFP的逆转录病毒可感染原代培养的T细胞。结论:逆转录病毒载体能够快速、稳定地将外源基因转移至T细胞,可作为介导T细胞基因转移的重要工具。 展开更多
关键词 逆转录病毒载体 绿色荧光蛋白基因 T细胞 基因转移
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一个承载分子的设计与肽抗生素hPAB-β的高效表达 被引量：11
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作者 饶贤才 金晓琳 +3 位作者 胡晓梅 朱军民 陈自瑾 胡福泉 《第三军医大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期389-392,共4页
目的　通过设计一个承载蛋白分子高效表达肽抗生素hPAB β ,为大量制备hPAB β奠定基础。 方法　根据肽抗生素的特性 ,确立 4条设计原则 ,并据此设计一 489bp的承载蛋白编码序列 ,用化学合成法获得该序列并将之克隆到pQE 3 2中构建成表... 目的　通过设计一个承载蛋白分子高效表达肽抗生素hPAB β ,为大量制备hPAB β奠定基础。 方法　根据肽抗生素的特性 ,确立 4条设计原则 ,并据此设计一 489bp的承载蛋白编码序列 ,用化学合成法获得该序列并将之克隆到pQE 3 2中构建成表达载体 ,进一步将肽抗生素hPAB β基因插入上述表达载体 ,肽抗生素基因位于承载蛋白编码序列 3’ 端 ,两者构成融合基因。将含融合基因的表达载体转化大肠杆菌JM10 9,筛选阳性重组子 ,并用阳性重组子表达融合蛋白。结果　设计的承载蛋白为 163个氨基酸 ,分子量 17668.80 ,等电点 5 .62 1。用承载分子与肽抗生素hPAB β构建的融合蛋白表达载体转化细菌后 ,筛选到 4个阳性重组子 ,均能高效表达肽抗生素融合蛋白 ,融合蛋白的产量占细菌总蛋白的 40 %～ 45 %。结论　设计的承载蛋白分子能够实现肽抗生素的高效表达。 展开更多
关键词 承载蛋白 肽抗生素 高效表达 hPAB-β
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线粒体遗传密码及基因组遗传密码的对称分析 被引量：10
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作者 陈惟昌 陈志华 +2 位作者 王自强 刘伟 左琳 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期87-94,共8页
病毒、细菌和真核生物的氨基酸编码都使用相同的遗传密码 ,表明它们可能有共同的来源。但人和牛的线粒体的遗传密码和基因组的遗传密码相比 ,出现以下不同 :(1)ATA编码甲硫氨酸M而不是异亮氨酸I。(2)TGA不再是终止密码子X而编码色氨酸W... 病毒、细菌和真核生物的氨基酸编码都使用相同的遗传密码 ,表明它们可能有共同的来源。但人和牛的线粒体的遗传密码和基因组的遗传密码相比 ,出现以下不同 :(1)ATA编码甲硫氨酸M而不是异亮氨酸I。(2)TGA不再是终止密码子X而编码色氨酸W。(3)AGA和AGG不再是精氨酸R的密码子而变为终止密码子X。应用高维空间拓扑分析的方法 ,对线粒体遗传密码和基因组遗传密码的6维编码空间进行对称性分析 ,得到如下结果 :(1)线粒体遗传密码的起始密码子是2个而不是1个。(2)线粒体遗传密码的终止密码子是4个而不是3个。(3)线粒体遗传密码空间只有2、4、6三种偶数简并度而没1、3两种奇数简并度 ,表明其对称度较高。(4)线粒体遗传密码空间除丝氨酸S分成两个平行的子空间之外 ,终止密码子X亦分成两个平行的子空间 ,表明其连通度较低。(5)线粒体遗传密码与基因组遗传密码相比 ,共有3个简并平面出现变异 ,即 :1001λλ(M和I) ,011λ1λ(W和X) ,以及1011λλ(S和X或S和R)。(6)基因组遗传密码的1、3两种奇数简并度可能来源于线粒体遗传密码的1001λλ平面和011λ1λ平面的对称性破缺。 展开更多
关键词 基因组 线粒体 遗传密码 高维空间 简并度 对称破缺 拓扑连通性
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