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基于转录组序列的非洲菊密码子偏好性分析
被引量：
3
1
作者
卢珍红
原晓龙
+2 位作者
李绅崇
单芹丽
王毅
《西南林业大学学报（自然科学）》
北大核心
2023年第5期77-86,共10页
利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP分析非洲菊转录组13769条编码序列的密码子碱基组成、同义密码子相对使用度和密码子偏好性,并通过中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析影响密码子偏好性的因素。结果表明:非洲菊编码基因序列的密码子...
利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP分析非洲菊转录组13769条编码序列的密码子碱基组成、同义密码子相对使用度和密码子偏好性,并通过中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析影响密码子偏好性的因素。结果表明:非洲菊编码基因序列的密码子偏好性整体偏弱,影响密码子偏好性的主要因素为突变,同时确定UUG、UUU、UAU、AUU、UGU、GUU、AGA、GGU、UCU、UCA、CCA、ACC、GCU等13个最优密码子,最优密码子偏好以A/U结尾。本研究为进一步明确非洲菊密码子进化特征和遗传转化中最优密码子的选择提供参考依据。
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关键词
非洲菊
转录组
密码子
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职称材料
濒危植物景东翅子树的萌生特征
被引量：
5
2
作者
袁春明
司马永康
+5 位作者
耿云芬
郝佳波
毛云玲
罗忠华
鲁成荣
袁德财
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期113-114,122,共3页
调查研究了濒危植物景东翅子树种群的起源与萌生特征。结果表明:所调查的4个种群中共记录到景东翅子树99株,其中萌生形成的植株35株,占总株数的35.4%;萌生个体主要处于幼树(D<2 cm)和小树(2 cm≤D<5 cm)阶段,二者占全部萌生个体的...
调查研究了濒危植物景东翅子树种群的起源与萌生特征。结果表明:所调查的4个种群中共记录到景东翅子树99株,其中萌生形成的植株35株,占总株数的35.4%;萌生个体主要处于幼树(D<2 cm)和小树(2 cm≤D<5 cm)阶段,二者占全部萌生个体的85.7%。景东翅子树萌生更新的方式主要是根部萌生和干基萌生2种。4个种群平均的萌生百分比为59.2%,萌生个体萌生的平均茎数为2.8个。景东翅子树萌生的方式和萌生能力的大小与人为干扰的状况与关。萌生在干扰条件下景东翅子树种群的恢复和维持中起到了重要的作用。
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关键词
景东翅子树
种群
萌生更新
恢复
人为干扰
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职称材料
新疆吉木萨尔县回、维、汉族遗传性状基因频率
被引量：
5
3
作者
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
徐艳存
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2010年第3期84-87,共4页
文章在调查新疆维吾尔族、回族、汉族11对遗传性状的基础上分别计算出11对遗传性状在上述3个民族中的基因频率,并进行了3个民族之间基因频率的比较。比较结果表明:维吾尔族与其他2个民族之间基因频率的差异显著,而回族与汉族之间的差异...
文章在调查新疆维吾尔族、回族、汉族11对遗传性状的基础上分别计算出11对遗传性状在上述3个民族中的基因频率,并进行了3个民族之间基因频率的比较。比较结果表明:维吾尔族与其他2个民族之间基因频率的差异显著,而回族与汉族之间的差异不显著。
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关键词
少数民族
性状遗传
基因频率
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职称材料
新疆维吾尔族JC病毒基因型的分布状况研究
4
作者
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
艾山江.阿布都拉
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2009年第4期1-6,共6页
文章对维吾尔族的JC病毒IG区域基因型的地理分布状况进行了对比研究。从103个40岁以上的男性尿样提供者中分离出了JC病毒,并且对它们进行了DNA提取,对JC病毒IG区域进行了PCR扩增和DNA序列测定,得到了73人的JC病毒DNA IG区域的碱基序列...
文章对维吾尔族的JC病毒IG区域基因型的地理分布状况进行了对比研究。从103个40岁以上的男性尿样提供者中分离出了JC病毒,并且对它们进行了DNA提取,对JC病毒IG区域进行了PCR扩增和DNA序列测定,得到了73人的JC病毒DNA IG区域的碱基序列。多态分析研究结果表明,73人中的基因型分别由B1-a,B1-b,B1-c,CY和EU组成,各基因型所占比率为:4.1%,58.9%,8.2%,21.9%和2.7%。研究发现,在各基因型中B1-b型和CY型所占的比率高。通过NJ法进行了聚类分析法构建分子系统树,分析发现该人群JC病毒基因型中广泛分布于欧亚大陆中心的B1-b型占优势,其次是分布于亚洲东北部的CY型。
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关键词
新疆
维吾尔族
JC病毒
IG区域基因型
分布
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职称材料
题名
基于转录组序列的非洲菊密码子偏好性分析
被引量：
3
1
作者
卢珍红
原晓龙
李绅崇
单芹丽
王毅
机构
云南省农业科学院花卉研究所
云南省林业和草原科学院云南省森林植物培育与开发利用重点实验室
云南省林业和草原科学院国家林业和草原局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室
出处
《西南林业大学学报（自然科学）》
北大核心
2023年第5期77-86,共10页
基金
国家自然科学基金项目(31860177)资助
云南省重大科技专项计划项目(202102AE090001)资助
云南省中青年学术和技术带头人后备人才项目(202205AC160044)资助。
文摘
利用CodonW 1.4.2和在线软件CUSP分析非洲菊转录组13769条编码序列的密码子碱基组成、同义密码子相对使用度和密码子偏好性,并通过中性绘图分析、ENC-plot和PR2-plot分析影响密码子偏好性的因素。结果表明:非洲菊编码基因序列的密码子偏好性整体偏弱,影响密码子偏好性的主要因素为突变,同时确定UUG、UUU、UAU、AUU、UGU、GUU、AGA、GGU、UCU、UCA、CCA、ACC、GCU等13个最优密码子,最优密码子偏好以A/U结尾。本研究为进一步明确非洲菊密码子进化特征和遗传转化中最优密码子的选择提供参考依据。
关键词
非洲菊
转录组
密码子
Keywords
Gerbera jamesonii
transcriptome
codon
分类号
Q754.1 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
濒危植物景东翅子树的萌生特征
被引量：
5
2
作者
袁春明
司马永康
耿云芬
郝佳波
毛云玲
罗忠华
鲁成荣
袁德财
机构
国家林业局云南珍稀濒特森林植物保护和繁育重点实验室(云南省林业科学院)
云南哀牢山国家级自然保护区景东管理局
出处
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012年第3期113-114,122,共3页
基金
国家林业局珍稀濒危物种野外救护与繁育项目
文摘
调查研究了濒危植物景东翅子树种群的起源与萌生特征。结果表明:所调查的4个种群中共记录到景东翅子树99株,其中萌生形成的植株35株,占总株数的35.4%;萌生个体主要处于幼树(D<2 cm)和小树(2 cm≤D<5 cm)阶段,二者占全部萌生个体的85.7%。景东翅子树萌生更新的方式主要是根部萌生和干基萌生2种。4个种群平均的萌生百分比为59.2%,萌生个体萌生的平均茎数为2.8个。景东翅子树萌生的方式和萌生能力的大小与人为干扰的状况与关。萌生在干扰条件下景东翅子树种群的恢复和维持中起到了重要的作用。
关键词
景东翅子树
种群
萌生更新
恢复
人为干扰
Keywords
Pterospermum kingtungense
Populations
Sprouting regeneration
Restoration
Human disturbances
分类号
Q754.1 [生物学—分子生物学]
Q16 [生物学—普通生物学]
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职称材料
题名
新疆吉木萨尔县回、维、汉族遗传性状基因频率
被引量：
5
3
作者
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
徐艳存
机构
新疆师范大学生物系
中国科学院新疆生态与地理研究所
出处
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2010年第3期84-87,共4页
基金
新疆师范大学博士科研启动资金资助
文摘
文章在调查新疆维吾尔族、回族、汉族11对遗传性状的基础上分别计算出11对遗传性状在上述3个民族中的基因频率,并进行了3个民族之间基因频率的比较。比较结果表明:维吾尔族与其他2个民族之间基因频率的差异显著,而回族与汉族之间的差异不显著。
关键词
少数民族
性状遗传
基因频率
Keywords
Minorities
Genetic traits
Gene frequencies
分类号
Q754.1 [生物学—分子生物学]
在线阅读
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职称材料
题名
新疆维吾尔族JC病毒基因型的分布状况研究
4
作者
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
艾山江.阿布都拉
机构
新疆师范大学生命科学与化学学院
中国科学院新疆生态与地理研究所
出处
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2009年第4期1-6,共6页
文摘
文章对维吾尔族的JC病毒IG区域基因型的地理分布状况进行了对比研究。从103个40岁以上的男性尿样提供者中分离出了JC病毒,并且对它们进行了DNA提取,对JC病毒IG区域进行了PCR扩增和DNA序列测定,得到了73人的JC病毒DNA IG区域的碱基序列。多态分析研究结果表明,73人中的基因型分别由B1-a,B1-b,B1-c,CY和EU组成,各基因型所占比率为:4.1%,58.9%,8.2%,21.9%和2.7%。研究发现,在各基因型中B1-b型和CY型所占的比率高。通过NJ法进行了聚类分析法构建分子系统树,分析发现该人群JC病毒基因型中广泛分布于欧亚大陆中心的B1-b型占优势,其次是分布于亚洲东北部的CY型。
关键词
新疆
维吾尔族
JC病毒
IG区域基因型
分布
Keywords
Xinjiang
Uighur people
JC polyomavirus （JCV）
IG region genotype
Geographical distribution
分类号
Q754.1 [生物学—分子生物学]
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职称材料
题名
作者
出处
发文年
被引量
操作
1
基于转录组序列的非洲菊密码子偏好性分析
卢珍红
原晓龙
李绅崇
单芹丽
王毅
《西南林业大学学报（自然科学）》
北大核心
2023
3
在线阅读
下载PDF
职称材料
2
濒危植物景东翅子树的萌生特征
袁春明
司马永康
耿云芬
郝佳波
毛云玲
罗忠华
鲁成荣
袁德财
《东北林业大学学报》
CAS
CSCD
北大核心
2012
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
3
新疆吉木萨尔县回、维、汉族遗传性状基因频率
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
徐艳存
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2010
5
在线阅读
下载PDF
职称材料
4
新疆维吾尔族JC病毒基因型的分布状况研究
库热西.马木提汗
米珂拉伊.克尤木
艾山江.阿布都拉
《新疆师范大学学报（自然科学版）》
2009
0
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