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基于全转录物组测序的长江江豚性别差异非编码RNA表达谱及功能分析
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作者 魏玲霞 余进祥 +5 位作者 刘芳宁 李彩刚 尹恒 杨英 翁佳桥 阙江龙 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2026年第1期122-132,共11页
长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis)是我国特有的淡水鲸类,种群数量仅约1200头,属极度濒危物种。雌雄长江江豚在生长发育方面存在显著差异,为解析其性别差异的分子调控机制,本研究聚焦于非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)——一类关... 长江江豚(Neophocaena asiaeorientalis)是我国特有的淡水鲸类,种群数量仅约1200头,属极度濒危物种。雌雄长江江豚在生长发育方面存在显著差异,为解析其性别差异的分子调控机制,本研究聚焦于非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)——一类关键的基因表达调控因子,在性别决定与分化中扮演重要角色。基于全转录物组测序技术,系统分析了雌雄长江江豚血液中ncRNA的差异表达谱及其功能注释。结果显示,共鉴定出205个差异表达环状RNA(雌性上调87个,下调118个)、122个差异表达的长非编码RNA(雌性上调54个,下调68个)和48个差异表达的微RNA(雌性上调32个,下调16个)。功能富集分析表明,这些差异表达的ncRNA通过能量代谢(例如ATP结合、PI3K-Akt通路)、免疫调节及信号转导等核心生物学过程协同调控两性分化。荧光定量PCR对关键下游基因(MAPK1、IRS1、ALAD和C1QC)的验证结果,与测序数据揭示的调控趋势一致,为差异ncRNA的功能提供了间接实验证据。本研究系统揭示了ncRNA在长江江豚性别差异中的多维调控网络,为理解其生理分化机制及制定濒危物种保护策略提供了分子层面的理论依据。 展开更多
关键词 长江江豚 性别差异 非编码RNA 差异表达基因 功能富集分析
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水稻抗稻瘟病基因克隆及其育种应用研究进展 被引量:3
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作者 肖宁 吴云雨 +6 位作者 王如意 赵均良 余玲 高鹏 郝泽芸 宁约瑟 李爱宏 《生命科学》 2025年第5期558-566,共9页
水稻是我国的主要粮食作物,由稻瘟菌侵染引起的稻瘟病是危及粮食安全的主要病害之一。长期的应用实践表明,利用抗性基因培育抗病品种是防控稻瘟病最经济、有效和环保的途径。本文概述了稻瘟病抗病基因克隆进展,综述了近期稻瘟病抗病基... 水稻是我国的主要粮食作物,由稻瘟菌侵染引起的稻瘟病是危及粮食安全的主要病害之一。长期的应用实践表明,利用抗性基因培育抗病品种是防控稻瘟病最经济、有效和环保的途径。本文概述了稻瘟病抗病基因克隆进展,综述了近期稻瘟病抗病基因育种进展以及面临的主要问题与挑战,提出加大种质资源稻瘟病抗性鉴定和创新智能设计育种新策略等下阶段重点研究方向。 展开更多
关键词 水稻 稻瘟病 抗病基因 抗病育种 稻瘟菌
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2023~2024年河北省秦皇岛市新冠病毒基因组变异监测分析
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作者 文明新 王悦 +2 位作者 王晨 于良 罗永松 《现代检验医学杂志》 2026年第1期152-155,共4页
目的实时监测河北省秦皇岛市新冠病毒变异株流行趋势和变化特征,掌握各亚型基因组变异特征,为制定本土防控政策提供依据。方法收集河北省秦皇岛市2023年10月~2024年9月本土新冠病毒感染患者鼻咽拭子样本,共296例,采用二代测序技术进行... 目的实时监测河北省秦皇岛市新冠病毒变异株流行趋势和变化特征,掌握各亚型基因组变异特征,为制定本土防控政策提供依据。方法收集河北省秦皇岛市2023年10月~2024年9月本土新冠病毒感染患者鼻咽拭子样本,共296例,采用二代测序技术进行新冠病毒全基因组测序和分析。结果经过Pangolin分型分析,2023年第四季度主要流行变异株为HK.3,占比63%,EG.5系列占比37%;2024年第一季度主要流行变异株为HK.3,占比47%,JN.1系列变异株占比42%;2024年第二季度主要流行变异株为JN.1系列,占比83%;2024年第三季度主要流行变异株为XDV.1,占比55%,JN.1系列占比24%。基因组变异分析显示:JN.1变异株相较其上一代变异株BA.2.86在刺突蛋白受体结合结构域(RBD)上出现了L455S氨基酸变异。XDV.1变异株是奥密克戎(Omicron)亚系中的一个多重组变异株,相较JN.1变异株,在刺突蛋白RBD上出现了F456L氨基酸变异。结论2023年10月~2024年9月,秦皇岛市主要流行株为Omicron HK.3变异株、JN.1系列变异株和XDV.1变异株。在刺突蛋白RBD上,JN.1系列变异株和XDV.1变异株分别出现了特有的氨基酸变异:L455S和F456L。 展开更多
关键词 新型冠状病毒 全基因组测序 变异监测 刺突蛋白
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微小RNA,大时代:安布罗斯与鲁夫昆的科研征途及启示
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作者 陈彪 焦宇昊 +5 位作者 申梦茹 彭安婷 朱玥玮 芮杨梦琳 王春秀 郝锌颖 《科技导报》 北大核心 2025年第17期141-144,共4页
维克托·安布罗斯和加里·鲁夫昆因发现“miRNA及其在转录后基因调控中的作用”而获2024年诺贝尔生理学或医学奖。梳理了2人发现miRNA及其调控作用的科研之路,总结出追寻兴趣深入、不惧暂时驻足、学会化繁为简3点对于科研人员... 维克托·安布罗斯和加里·鲁夫昆因发现“miRNA及其在转录后基因调控中的作用”而获2024年诺贝尔生理学或医学奖。梳理了2人发现miRNA及其调控作用的科研之路,总结出追寻兴趣深入、不惧暂时驻足、学会化繁为简3点对于科研人员勇攀科研高峰至关重要的影响因素。 展开更多
关键词 诺贝尔生理学或医学奖 维克托·安布罗斯 加里·鲁夫昆 MIRNA
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基于樟属DUS测试近似品种筛选的DNA指纹数据库构建
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作者 高伟 董琛 +2 位作者 华小菊 周增亮 郑永杰 《南方林业科学》 2025年第5期1-5,11,共6页
【目的】构建樟属DUS测试近似品种DNA指纹数据库,为樟属新品种鉴定和知识产权保护提供理论依据。【方法】利用樟树基因组序列设计的SSR引物,对樟属13个已知品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。【结果】13对引物具有多态性,在... 【目的】构建樟属DUS测试近似品种DNA指纹数据库,为樟属新品种鉴定和知识产权保护提供理论依据。【方法】利用樟树基因组序列设计的SSR引物,对樟属13个已知品种材料进行遗传多样性分析,并构建指纹图谱。【结果】13对引物具有多态性,在不同品种中检测到114个等位基因,每个位点有4~11个观测等位基因,平均每对引物检测到8.77个等位基因。基于SSR在供试材料中扩增的位点,构建了樟属已知品种的DNA指纹图谱。引物CC12在11个已知品种中扩增到特异性位点,可用于樟属已知品种的快速鉴定。【结论】SSR分子标记体系具有较高的多态性和稳定性,构建的DNA指纹图谱库突破了DUS近似品种筛选新技术,可为樟属植物新品种的分子鉴定以及品种权保护提供重要的技术支持和数据参考。 展开更多
关键词 樟属 SSR分子标记 DNA指纹图谱 品种鉴定
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横纹肌肉瘤的过去、现在和未来
6
作者 臧明玺 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第12期1737-1739,共3页
横纹肌肉瘤是儿童中最常见的软组织肉瘤,因多亚型、多位点和多起源而导致了研究的困难。目前,科学家们已就染色体转位、基因变异等复杂的基因景观和涉及骨骼肌分化的因素进行了研究,也取得了一系列进展,但迄今还有许多问题有待解决。未... 横纹肌肉瘤是儿童中最常见的软组织肉瘤,因多亚型、多位点和多起源而导致了研究的困难。目前,科学家们已就染色体转位、基因变异等复杂的基因景观和涉及骨骼肌分化的因素进行了研究,也取得了一系列进展,但迄今还有许多问题有待解决。未来将诠释横纹肌肉瘤命运决定及展现复杂基因景观的机制,为建立个性化的横纹肌肉瘤防治策略提供理论依据。 展开更多
关键词 横纹肌肉瘤 基因景观 染色体转位 骨骼肌分化
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锁环探针荧光定量PCR技术检测结核分枝杆菌耐药性及耐药突变基因的应用研究
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作者 朱秀兰 邓玉玲 +5 位作者 莫丽英 蒲荣 陈凤钻 韦学武 卢雪茹 张帅 《现代检验医学杂志》 2026年第1期111-115,131,共6页
目的分析锁环探针荧光定量PCR技术检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性及耐药突变基因的临床应用价值。方法收集2021年1月~2024年5月广东医科大学附属东莞松山湖中心医院165例涂阳肺结核患者痰液标本,均行痰涂片镜检、MTB培养/鉴定、比例法药... 目的分析锁环探针荧光定量PCR技术检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性及耐药突变基因的临床应用价值。方法收集2021年1月~2024年5月广东医科大学附属东莞松山湖中心医院165例涂阳肺结核患者痰液标本,均行痰涂片镜检、MTB培养/鉴定、比例法药敏试验及基于锁环探针的荧光定量PCR技术检测利福平(RFP)、异烟肼(INH)耐药性及耐药基因突变位点。以比例法药敏试验结果为参考标准,评价锁环探针荧光定量PCR技术检测耐药MTB的效能。结果经分离培养证实151株为MTB,比例法药敏试验检出RFP耐药36株,INH耐药42株。锁环探针荧光定量PCR技术检出RFP、INH耐药,与比例法药敏试验检测结果差异无统计学意义(χ^(2)=0.018、0.067,均P>0.05)。以药敏试验为参考,锁环探针荧光定量PCR技术检测RFP耐药的敏感度、特异度、准确度分别为91.67%(33/36)、98.26%(113/115)、96.69%(146/151),检测一致性Kappa值为0.895;检测INH耐药的敏感度、特异度、准确度分别为83.33%(35/42)、95.41%(104/109)、92.05%(139/151),检测一致性Kappa值为0.867。锁环探针荧光定量PCR技术检出RFP耐药菌株rpoB基因突变中96.97%为单一位点突变,以531位点突变为主约占57.58%,其次为526位点突变约占27.27%;检出INH耐药菌株katG/INH A基因突变,以katG 315位点突变为主,其中80.56%为katG单一位点突变,16.67%为INH A单一位点突变。结论涂阳肺结核患者应用锁环探针荧光定量PCR技术行痰标本RFP、INH耐药筛查具有较高的诊断效能,可作为临床快速诊断耐药基因位点突变及筛查耐药结核病的补充手段,为临床诊疗提供依据。 展开更多
关键词 结核分枝杆菌 锁环探针 荧光定量PCR技术 利福平 异烟肼 耐药性 耐药基因突变
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基于ITS2序列的兔耳草属植物分子鉴别和遗传多样性研究
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作者 李风琴 胡水清 +3 位作者 杨梦婷 王宏璇 吴乐琦 吴波 《南方林业科学》 2025年第3期6-10,17,共6页
【目的】为准确、高效鉴别兔耳草属植物,保障药材质量,提高临床用药安全,对兔耳草属多种植物的遗传多样性进行研究。【方法】广泛收集青海省、云南省、四川省、西藏自治区等涉藏地区高海拔地区的9份短筒兔耳草和短穗兔耳草资源,采用PCR... 【目的】为准确、高效鉴别兔耳草属植物,保障药材质量,提高临床用药安全,对兔耳草属多种植物的遗传多样性进行研究。【方法】广泛收集青海省、云南省、四川省、西藏自治区等涉藏地区高海拔地区的9份短筒兔耳草和短穗兔耳草资源,采用PCR技术扩增其ITS2区段,并测序;从GenBank数据库中获取另外21份兔耳草属植物ITS2 DNA序列,使用MEGA5.5软件,寻找SNP位点,计算K-2p遗传距离,采用最大相似度法构建系统进化树。【结果】(1)短筒兔耳草和短穗兔耳草的ITS2序列中存在3个特异性变异位点。(2)短筒兔耳草、短穗兔耳草、狭苞兔耳草、紫叶兔耳草等兔耳草属12种植物的K-2p遗传距离为0.005~0.078,其中克什米尔兔耳草与亚中兔耳草的遗传距离最小,为0.005;裂叶兔耳草和倾卧兔耳草与匍匐兔耳草的遗传距离最大,均为0.078。(3)系统发育树分为两个部分,其中第一部分分为两个分支,全部的短筒兔耳草和短穗兔耳草亲缘关系很近,自展值为86,聚类于第一分支;来源于亚美尼亚的裂唇革叶兔耳草和来源于哈萨克斯坦的匍匐兔耳草自展值为93,聚类于第二分支。第二部分也分为两个分支,全部的紫叶兔耳草自展值为95,聚于一个分支;狭苞兔耳草、裂叶兔耳草、亚中兔耳草、倾卧兔耳草、小兔耳草、大筒兔耳草和克什米尔兔耳草自展值为90,聚于另一个分支。【结论】我国特有的短筒兔耳草和短穗兔耳草的亲缘关系较为接近,采用ITS2 DNA条形码可以有效地区分兔耳草属植物各物种。高海拔寒冷环境使兔耳草属物种形态变异较碱基变异明显,导致遗传分化较为强烈。 展开更多
关键词 兔耳草属 ITS2序列 分子鉴别 遗传多样性
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蛋白质去乙酰化酶介导的表观修饰在基因组稳定性维持中的双重调节机制
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作者 刘锦 《医学研究前沿》 2026年第1期40-42,共3页
基因组稳定性是细胞正常生命活动的核心保障,其失衡会诱发肿瘤、衰老等多种重大疾病。蛋白质去乙酰化酶作为表观遗传调控的关键酶类,可通过修饰组蛋白与非组蛋白底物,在染色质构象重塑、DNA损伤应答、复制叉保护等过程中发挥作用。近年... 基因组稳定性是细胞正常生命活动的核心保障,其失衡会诱发肿瘤、衰老等多种重大疾病。蛋白质去乙酰化酶作为表观遗传调控的关键酶类,可通过修饰组蛋白与非组蛋白底物,在染色质构象重塑、DNA损伤应答、复制叉保护等过程中发挥作用。近年来研究发现,该类酶对基因组稳定性的调控并非单向,而是呈现出保护性与破坏性并存的双重调节特征。本文系统梳理了去乙酰化酶的生物学基础及表观调控功能,阐明其维持基因组稳定性的核心调控路径,并深入解析其双重调节的分子机制,同时展望该领域的研究前景,为靶向去乙酰化酶的疾病干预策略提供理论支撑。 展开更多
关键词 蛋白质去乙酰化酶 表观修饰 基因组稳定性 DNA损伤修复
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乳酰化修饰在缺血性心脏病中的作用机制 被引量:1
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作者 王鹏飞 胡凤丽 谷国强 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第5期645-652,共8页
缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)是全球健康的主要威胁之一,其发病机制复杂且尚未完全阐明。近年来,随着表观遗传学研究的不断深入,乳酰化修饰(lactylation,Kla)作为新发现的一种蛋白质翻译后修饰方式,逐渐受到科研人员的关注... 缺血性心脏病(ischemic heart disease,IHD)是全球健康的主要威胁之一,其发病机制复杂且尚未完全阐明。近年来,随着表观遗传学研究的不断深入,乳酰化修饰(lactylation,Kla)作为新发现的一种蛋白质翻译后修饰方式,逐渐受到科研人员的关注。Kla通过直接影响基因转录、调控信号转导和代谢过程等,对IHD的病理生理过程及细胞分子功能的调节产生深远影响。Kla广泛存在于组蛋白和非组蛋白中,与调节各种病理过程中的蛋白质功能相关,通过调节相关酶的活性及信号通路的传导,影响心肌细胞包括能量代谢、炎症反应、血管生成、脂质代谢失调、凋亡、纤维化及修复等在内的过程。尽管目前关于Kla在IHD中的具体机制和靶点研究仍有限,但其在疾病治疗中的潜在价值不容忽视。本文通过综述Kla在心肌梗死、心肌缺血再灌注损伤、心力衰竭及心肌肥大等IHD关键病理环节中的作用机制以及相关研究进展,并探讨其潜在的治疗靶点与应用前景,为寻找有效干预策略提供依据和方向,有望为IHD的防治开辟新的思路与途径。 展开更多
关键词 乳酰化修饰 缺血性心脏病 表观遗传学 翻译后修饰
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DNA硫修饰基础理论突破驱动合成生物学系统创新 被引量:1
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作者 帅玉婷 韩照晰 +4 位作者 贺新义 王连荣 陈实 邓子新 刘光 《生物工程学报》 北大核心 2025年第11期3991-4003,共13页
DNA作为生命体的遗传物质,除包含4种碱基之外,还具有多种多样的修饰类型。自100年前DNA甲基化首次被发现以来,科研人员已在天然DNA中鉴定出17种以上的化学修饰,包括5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)、N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine... DNA作为生命体的遗传物质,除包含4种碱基之外,还具有多种多样的修饰类型。自100年前DNA甲基化首次被发现以来,科研人员已在天然DNA中鉴定出17种以上的化学修饰,包括5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,5mC)、N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,6mA)、N4-甲基胞嘧啶(N4-methylcytosine,4mC)、5-羟甲基胞嘧啶(5-hydroxymethylcytosine,5hmC)等。这些修饰在维持碱基配对特性的同时,可通过改变DNA-蛋白质相互作用参与调控多种生理过程并影响疾病发生。值得注意的是,早期发现的修饰均局限于碱基层面,而DNA硫修饰是首次在天然DNA骨架中发现了新元素,也是首次在DNA磷酸骨架上发现的天然修饰。在硫修饰DNA中,DNA磷酸骨架上的非桥接氧原子被硫原子取代,形成磷硫酰化修饰。近年来,关于DNA硫修饰的分布规律、基因组序列偏好性及其生物学功能的研究取得了显著进展。本研究系统阐述了DNA硫修饰相关的细菌防御系统和硫修饰特异性识别机制,并介绍了DNA硫修饰在合成生物学领域的前沿应用,特别是在基因编辑、核酸检测、抗噬菌体工业底盘菌方面的独特价值,为医学诊疗和工业生产提供了有力的技术支撑。 展开更多
关键词 DNA硫修饰 限制修饰系统 细菌防御系统 硫结合结构域 基因编辑
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濒危植物新绒苔叶绿体基因组特征及系统发育位置分析 被引量:4
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作者 朱梦飞 胡迎峰 师雪芹 《浙江农林大学学报》 北大核心 2025年第1期55-63,共9页
【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔... 【目的】新绒苔Neotrichocolea bissetii为东亚特有植物,被世界自然保护联盟(IUCN)列为易危植物。阐明新绒苔叶绿体基因组结构特征及系统进化地位,可为新绒苔的物种鉴定、资源保护和系统进化提供理论参考。【方法】以野外采集的新绒苔为材料,进行DNA提取、测序和组装,分析叶绿体基因组结构、重复序列、密码子偏好性,并结合其余18种苔藓植物叶绿体基因组序列构建系统发育关系。【结果】新绒苔叶绿体全基因组序列全长为118 423 bp,包括1对反向重复区(IR,9 031 bp)、1个大单拷贝区(LSC,80 837 bp)和1个小单拷贝区(SSC,19 524 bp);包含79个蛋白质编码基因,8个核糖体RNA (rRNA)和36个转移RNA (tRNA)。新绒苔叶绿体全基因组中共检测到56个简单重复序列(SSR),大部分为AT/AT二核苷酸序列。密码子偏好性分析表明其密码子偏好以A/U结尾。除了少数可变区域外,新绒苔叶绿体基因组的IR边界区域非常保守。系统发育树表明该种与囊绒苔Trichocoleopsis sacculata亲缘关系最密切,两者隶属于新绒苔科。【结论】新绒苔叶绿体基因组为典型的四分体结构,基因组相对保守。系统发育树分析表明新绒苔与囊绒苔聚合成同一分支结构。 展开更多
关键词 新绒苔 叶绿体基因组 特征分析 系统发育
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ABO^(*)AW等位基因突变致红细胞A抗原弱表达的血型血清学鉴定及分子机制研究 被引量:1
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作者 洪毅 张良子 左琴琴 《现代检验医学杂志》 2025年第3期173-176,182,共5页
目的探讨4例由ABO^(*)AW等位基因导致的ABO正反定型不符样本及家系的血清学和分子生物学特性,研究其遗传方式。方法常规血型血清学方法鉴定样本的ABO血型表型;PCR方法扩增ABO基因7个外显子及其侧翼内含子,对扩增产物进行直接测序和克隆... 目的探讨4例由ABO^(*)AW等位基因导致的ABO正反定型不符样本及家系的血清学和分子生物学特性,研究其遗传方式。方法常规血型血清学方法鉴定样本的ABO血型表型;PCR方法扩增ABO基因7个外显子及其侧翼内含子,对扩增产物进行直接测序和克隆测序进行分析,并对其中1例先证者的亲属进行家系调查。结果先证者1,2,3血型血清学结果为A弱B,存在IgM-A1抗体;先证者4血型血清学结果为A弱B;测序显示:4例先证者基因型分别为ABO^(*)AW.25/B.01,ABO^(*)AW.26/B.01,ABO^(*)AW.37/B.01,ABO^(*)AW.37/B.01。与ABO^(*)A1.01等位基因比对,ABO^(*)AW25存在c.467C>T,c.829G>A和c.1061del G突变位点;ABO^(*)AW26存在c.467C>T,c.527G>A和c.1061del G突变位点;ABO^(*)AW.37存在c.940A>G突变位点。家系调查显示先证者4父亲、母亲、丈夫和儿子血型血清学结果分别为A弱型、B型、A型及A型,其中先证者4父亲及儿子的ABO基因均存在ABO^(*)AW.37等位基因。结论ABO^(*)A1.01等位基因上点突变产生ABO^(*)AW等位基因,导致红细胞上A抗原的弱表达,且能够稳定遗传突变。 展开更多
关键词 ABO血型 表型 等位基因 血型血清学 家系调查
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高温胁迫下仿刺参体壁组织的转录组差异分析
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作者 孙红娟 蒋经伟 +11 位作者 宋钢 陈仲 关晓燕 高杉 王摆 姜苹哲 李佩佩 岳冬梅 肖瑶 潘永嘉 姜冰 董颖 《水产科学》 北大核心 2025年第4期553-561,共9页
为探明仿刺参应对高温胁迫的调控机制,采用Illumina HiSeq技术对高温组(30℃)和对照组(24℃)仿刺参幼参[(5.0±0.6)g]体壁样本进行转录组测序分析。高温组和对照组共产生了2920个差异表达基因,包括1342个上调表达基因和1578个下调... 为探明仿刺参应对高温胁迫的调控机制,采用Illumina HiSeq技术对高温组(30℃)和对照组(24℃)仿刺参幼参[(5.0±0.6)g]体壁样本进行转录组测序分析。高温组和对照组共产生了2920个差异表达基因,包括1342个上调表达基因和1578个下调表达基因。差异表达基因的KEGG信号通路分析表明,其显著富集在核糖体、内质网蛋白加工、病原互作、糖酵解和氧化磷酸化等通路中。对上下调表达基因在不同信号通路分布的研究发现,仿刺参受到热胁迫后体内信号转导活动增加,蛋白翻译活动减少,而对已有蛋白的折叠加工活动增加,整体的能量代谢下降。实时荧光定量PCR检测结果显示,5个基因在对照组和高温组的表达量相关系数R为0.87,表明转录组测序结果可靠。热休克蛋白在热胁迫响应过程中发挥重要作用,HSP90β和HSP70A/B2基因的高表达促进了蛋白的正确折叠,增强了耐热性。仿刺参幼参在应对高温胁迫时对已有蛋白的折叠加工活动增加,减少了蛋白的翻译和能量消耗,这是机体维护体内稳态、保护自身免受损伤的一种策略。对热胁迫相关基因SNP位点的分析,有助于分子标记的开发和选育耐高温苗种。 展开更多
关键词 仿刺参 高温 转录组测序 差异表达基因 热休克蛋白
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基于全基因组重测序的木犀花期和花色SNP分子标记开发
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作者 李胜连 朱跃 +4 位作者 张敏 张道梧 张成 王贤荣 段一凡 《植物资源与环境学报》 北大核心 2025年第3期66-78,共13页
基于68个木犀〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕样品(包括17个四季桂样品、18个银桂样品、12个金桂样品和21个丹桂样品)的全基因组重测序数据,通过全基因组关联分析对木犀花期(四季桂品种群与非四季桂类)和花色(丹桂品种群与非丹桂类... 基于68个木犀〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕样品(包括17个四季桂样品、18个银桂样品、12个金桂样品和21个丹桂样品)的全基因组重测序数据,通过全基因组关联分析对木犀花期(四季桂品种群与非四季桂类)和花色(丹桂品种群与非丹桂类)单核苷酸多态性(SNP)位点进行了深入挖掘。结果显示:筛选到与木犀花期显著相关的SNP位点489个,与花色显著相关的SNP位点1525个,从中挑选位点进行SNP分子标记开发,并进行分型验证。开发出11个木犀花期SNP分子标记,其中位点HQ-1、HQ-2、HQ-3和HQ-8分型成功率较高,是理想的木犀花期SNP分子标记。开发出12个木犀花色SNP分子标记,其中位点HS-1、HS-2、HS-3、HS-9和HS-10分型成功率较高,是理想的木犀花色SNP分子标记。本研究开发的SNP位点可用于木犀品种鉴定、指纹图谱构建、辅助育种、遗传多样性和亲缘关系等方面的研究。 展开更多
关键词 木犀 全基因组重测序 花期 花色 SNP分子标记
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空间代谢组学技术在神经退行性疾病中的应用发展
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作者 徐路涛 李乾 +3 位作者 韩书磊 陈欢 侯宏卫 胡清源 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第9期2346-2359,共14页
神经退行性疾病(NDDs)的发病机制涉及脑区复杂的代谢网络改变,并呈现显著的空间异质性。传统的代谢组学因缺乏空间维度,难以揭示特定脑区和细胞微环境中的关键代谢变化,限制了对NDDs核心病理机制的深入理解。以质谱成像(MSI)为核心的空... 神经退行性疾病(NDDs)的发病机制涉及脑区复杂的代谢网络改变,并呈现显著的空间异质性。传统的代谢组学因缺乏空间维度,难以揭示特定脑区和细胞微环境中的关键代谢变化,限制了对NDDs核心病理机制的深入理解。以质谱成像(MSI)为核心的空间代谢组学技术,通过在组织原位对成百上千种内源性代谢物、脂质、神经递质、肽段及金属离子等进行高分辨率的同步检测与定位,克服了传统方法的局限,为NDDs发病机制的研究提供了新的空间视角。本综述讨论了主流空间代谢组学技术平台(基质辅助激光解吸电离质谱成像(MALDI-MSI)、二次离子质谱成像(SIMS-MSI)、解吸电喷雾电离质谱成像(DESI-MSI)和新兴技术等)的特性、适用场景和当前技术限制,重点阐述空间代谢组学技术在NDDs病理微环境(Aβ斑块、tau蛋白、路易小体等)化学异质性解析、脑区和细胞代谢脆弱性图谱描绘等方面的应用发展,并结合类器官模型、多器官轴、单细胞及亚细胞等当下前沿NDDs研究方法,对该技术在早期诊断、药物筛选和精准治疗等领域进行了总结和展望。 展开更多
关键词 空间代谢组学 质谱成像 神经退行性疾病 阿尔茨海默病 帕金森病
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基因组G-四链体在转录调控中的作用机制研究进展
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作者 贺珍珍 陈晓峰 +3 位作者 侯越 杨铁林 杨波 郭燕 《遗传》 北大核心 2025年第12期1287-1299,共13页
G-四链体(G-quadruplex,G4)作为基因组中典型的非B型核酸二级结构,通过其独特的四链折叠构象广泛参与端粒稳态维持、DNA复制调控、基因转录及翻译调控等关键生物学过程。在哺乳动物基因组中,G4在功能调控区域的显著富集特征揭示了其在... G-四链体(G-quadruplex,G4)作为基因组中典型的非B型核酸二级结构,通过其独特的四链折叠构象广泛参与端粒稳态维持、DNA复制调控、基因转录及翻译调控等关键生物学过程。在哺乳动物基因组中,G4在功能调控区域的显著富集特征揭示了其在转录调控中具有关键作用。本文聚焦基因组内源G4的动态形成机制与转录调控功能,系统阐述了其通过三重分子路径调控基因表达:(1)介导转录激活复合物的空间组装;(2)动态调控组蛋白修饰和DNA甲基化等表观遗传事件;(3)重构三维染色质构象以建立转录活性微环境。通过整合G4拓扑表征技术及动态平衡网络的最新进展,本文明确了G4作为关键顺式调控元件的功能定位,并为靶向G4的治疗策略开发指明了方向。 展开更多
关键词 G-四链体(G4) 转录 表观遗传 三维染色质
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基于衰老分子标志物的小鼠衰老评估模型的建立及其初步应用
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作者 时景景 何诗丹 +3 位作者 唐雨欣 周宇荀 李凯 肖君华 《生物学杂志》 北大核心 2025年第3期22-28,共7页
端粒长度缩短和线粒体DNA拷贝数变化是公认的衰老分子标志物,研究利用定量PCR技术检测端粒长度和线粒体DNA拷贝数在2~24月龄雌、雄C57BL/6小鼠9种组织中的动态变化。通过多元线性回归构建基于两种分子标志物的小鼠衰老评估模型,回归模... 端粒长度缩短和线粒体DNA拷贝数变化是公认的衰老分子标志物,研究利用定量PCR技术检测端粒长度和线粒体DNA拷贝数在2~24月龄雌、雄C57BL/6小鼠9种组织中的动态变化。通过多元线性回归构建基于两种分子标志物的小鼠衰老评估模型,回归模型的拟合度r^(2)在0.4~0.8。通过该模型发现在雌性或雄性小鼠9种组织中,至少有一种衰老分子标志物与月龄显著性相关。作为实际应用,利用构建的衰老评估模型分析生殖压力是否对雌性衰老产生影响。通过研究发现,生殖加速了雌性衰老的进程,主要体现在外周血、心脏、皮质和脾脏组织。研究构建了9种组织的衰老评估模型,利用该模型可以评估各种实验干预对雌性或雄性C57BL/6小鼠9种组织的衰老加速效应。 展开更多
关键词 端粒长度 线粒体DNA拷贝数 生殖压力 衰老评估模型 荧光定量PCR技术
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假单胞菌1616X1的产酸特性及其全基因组测序分析
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作者 翟梅 李思思 +4 位作者 赵帅 黄峰 周佳 赵雷真 屈建航 《生物学杂志》 北大核心 2025年第1期36-40,共5页
为探究假单胞菌溶解难溶性无机磷的作用机理,以高效溶磷假单胞菌1616X1为对象,以Ca_(3)(PO_(4))_(2)为磷源,高效液相色谱法测定菌株溶磷过程中的有机酸种类及含量变化,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台对假单胞菌1616X1全基因组进行测... 为探究假单胞菌溶解难溶性无机磷的作用机理,以高效溶磷假单胞菌1616X1为对象,以Ca_(3)(PO_(4))_(2)为磷源,高效液相色谱法测定菌株溶磷过程中的有机酸种类及含量变化,通过Illumina HiSeq X Ten测序平台对假单胞菌1616X1全基因组进行测序,序列拼装后完成基因预测、功能注释和溶磷相关基因分析。结果表明,假单胞菌1616X1在溶磷过程中产生葡萄糖酸、酒石酸与柠檬酸等多种有机酸,其中,以葡萄糖酸为主,在溶磷量最高时葡萄糖酸含量达17582.06 mg/L;全基因组测序及分析结果表明,菌株1616X1基因组长度5957620 bp,GC含量61.55%,含有5535个编码基因。经COG、GO和KEGG数据库比对和注释,其中,含有吡咯喹啉醌生物合成基因簇(pqq)、磷酸盐转运系统合成基因(pst与pit)、磷饥饿反应调控基因(phoB、phoR与phoH)以及葡萄糖脱氢酶基因(gdh)、吡咯喹啉醌依赖性葡萄糖脱氢酶基因(gcd)、柠檬酸合酶基因(gltA)与酒石酸脱氢酶基因(ttuC)等有机酸合成基因。研究为假单胞菌1616X1溶磷作用规律的阐释和基因改造等后期研究开发奠定基础。 展开更多
关键词 假单胞菌 土壤溶磷 有机酸 基因组分析 溶磷基因
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真核生物mRNA 3′非翻译区最新研究进展
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作者 罗昊玉 闫晓红 +1 位作者 牟芳 王宁 《遗传》 北大核心 2025年第6期616-624,共9页
3′非翻译区(3′untranslated regions,3′UTR)是真核生物mRNA的组成部分之一,位于其3′最末端。3′UTR在真核生物基因表达的转录后调控中发挥重要作用,目前已知3′UTR调控mRNA的加尾、稳定性、翻译效率及定位等。近年来,随着研究的深... 3′非翻译区(3′untranslated regions,3′UTR)是真核生物mRNA的组成部分之一,位于其3′最末端。3′UTR在真核生物基因表达的转录后调控中发挥重要作用,目前已知3′UTR调控mRNA的加尾、稳定性、翻译效率及定位等。近年来,随着研究的深入及多种组学技术的出现和使用,人们发现3′UTR还具有许多意想不到的功能。本文综述了近年来真核生物3′UTR的新功能及其作用机制的研究进展,并提出了未来3′UTR的研究方向,以期为全面深入地研究真核生物基因功能及调控提供参考和借鉴。 展开更多
关键词 基因 3′非翻译区 转录后调控 独立3′非翻译区 蛋白多功能性
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