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生物冰核研究与应用的现状和前景 被引量：15
1
作者 晁龙军 吕全 +1 位作者 贾秀珍 曾大鹏 《林业科学研究》 CSCD 北大核心 2001年第4期446-454,共9页
引起水由液态变为固态的物质称为冰核或成核剂 ,冰核是多种多样的 ,可为无机物、有机物等非生物 ,也可是生物 ,目前已发现 4属 2 3种或变种的细菌、4属 11种或变种的真菌和一种病毒具成冰活性。细菌冰核是一类蛋白质 ,称冰蛋白 ,由细菌... 引起水由液态变为固态的物质称为冰核或成核剂 ,冰核是多种多样的 ,可为无机物、有机物等非生物 ,也可是生物 ,目前已发现 4属 2 3种或变种的细菌、4属 11种或变种的真菌和一种病毒具成冰活性。细菌冰核是一类蛋白质 ,称冰蛋白 ,由细菌冰核基因编码 ,已有 11种冰核细菌的冰核基因被克隆并在大肠杆菌中得到表达 ,冰核基因编码的冰蛋白成冰活性比较弱 ,冰蛋白通过脂、碳水化合物等共价修饰装配成成冰活性较强的冰核。真菌冰核也可能是蛋白质 ,其与细菌冰核在特性上有许多差异。影响细菌冰核成冰活性的因素较多 ,主要有菌液浓度、培养基的组成、培养温度和 p H值等。生物冰核是引起和加重植物霜害和冻害的重要因子 ,并与弱寄生真菌引起的植物病害有重要的联系 ,通过防除冰核生物减少霜害和冻害的发生、控制病害的发展 ,在某些方面已得到显著效果。生物冰核是一类重要的资源 ,已成功地应用于人工降雪、制冷和高敏检测 。 展开更多
关键词 细菌冰核 真菌冰核 生物冰核 冰核细菌 冰核活性 植物霜冻 植物病害 开发利用
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基于支持向量机融合网络的蛋白质折叠子识别研究 被引量：19
2
作者 施建宇 潘泉 +1 位作者 张绍武 梁彦 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第2期155-162,共8页
在不依赖于序列相似性的条件下,蛋白质折叠子识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.提出了一种三层支持向量机融合网络,从蛋白质的氨基酸序列出发,对27类折叠子进行识别.融合网络使用支持向量机作为成员分类器,采用“多对多”的多类分类... 在不依赖于序列相似性的条件下,蛋白质折叠子识别是一种分析蛋白质结构的重要方法.提出了一种三层支持向量机融合网络,从蛋白质的氨基酸序列出发,对27类折叠子进行识别.融合网络使用支持向量机作为成员分类器,采用“多对多”的多类分类策略,将折叠子的6种特征分为主要特征和次要特征,构建了多个差异的融合方案,然后对这些融合方案进行动态选择得到最终决策.当分类之前难以确定哪些参与组合的特征种类能够使分类结果最好时,提供了一种可靠的解决方案来自动选择特征信息互补最大的组合,保证了最佳分类结果.最后,识别系统对独立测试样本的总分类精度达到61.04%.结果和对比表明,此方法是一种有效的折叠子识别方法. 展开更多
关键词 折叠子识别 支持向量机 分类器融合 动态选择
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酚酸抗氧化活性的理论计算 被引量：25
3
作者 陈莹 徐抗震 +2 位作者 宋纪蓉 黄洁 聂威 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2011年第9期36-39,共4页
对没食子酸、咖啡酸、原儿茶酸、香草酸、阿魏酸5种酚酸类化合物进行量子化学研究。通过分子几何构型优化和能量计算,获得几种化合物分子的优化结构、前线轨道能级、O-H解离焓(BDE)和电离势(IP)。结果表明5种酚酸化合物抗氧化性能基本... 对没食子酸、咖啡酸、原儿茶酸、香草酸、阿魏酸5种酚酸类化合物进行量子化学研究。通过分子几何构型优化和能量计算,获得几种化合物分子的优化结构、前线轨道能级、O-H解离焓(BDE)和电离势(IP)。结果表明5种酚酸化合物抗氧化性能基本都源于分子中酚羟基的脱氢能力及苯环上邻、对位取代基的影响。在非极性溶剂中,5种酚酸的抗氧化活性为:咖啡酸>没食子酸>阿魏酸>原儿茶酸>香草酸;在极性溶剂中,5种酚酸的抗氧化活性为:没食子酸>咖啡酸>阿魏酸>原儿茶酸>香草酸。计算结果与实际抗氧化性能一致。 展开更多
关键词 酚酸 抗氧化活性 量化计算
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急性白血病的基因表达谱分析与亚型分类特征的鉴别 被引量：19
4
作者 李颖新 刘全金 阮晓钢 《中国生物医学工程学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第2期240-244,共5页
本研究基于生物信息学理论 ,运用模式识别方法和计算技术 ,对急性白血病的基因表达谱数据进行分析 ,研究急性白血病的亚型识别与分类信息基因选取问题。首先去除无关基因 ,然后利用浮动顺序搜索算法搜索特征空间生成候选特征子集 ,最后... 本研究基于生物信息学理论 ,运用模式识别方法和计算技术 ,对急性白血病的基因表达谱数据进行分析 ,研究急性白血病的亚型识别与分类信息基因选取问题。首先去除无关基因 ,然后利用浮动顺序搜索算法搜索特征空间生成候选特征子集 ,最后以支持向量机作为分类器进行急性白血病的亚型识别 ,并以误识率为依据鉴别出了 5个包含完整分类信息的基因。实验结果表明 ,本研究鉴别出的 5个信息基因能以 10 0 %的正确率准确识别急性白血病亚型。 展开更多
关键词 急性白血病 生物信息学 信息基因 基因表达谱 支持向量机
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蛋白质-蛋白质分子对接方法研究进展 被引量：11
5
作者 李春华 马晓慧 +1 位作者 陈慰祖 王存新 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2006年第7期616-621,共6页
蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结... 蛋白质分子间相互作用与识别是21世纪生命科学研究的前沿和热点.分子对接方法是研究这一课题有效的计算机模拟手段.通常,蛋白质-蛋白质分子对接包括四个阶段:搜索受体与配体分子间的结合模式,过滤对接结构以排除不合理的结合模式,优化结构,用精细的打分函数评价、排序对接模式并挑选近天然构象.结合国内外研究蛋白质-蛋白质分子对接方法进展和本研究小组的工作,对以上四个环节做了详细的综述.另外,还分析了目前存在的主要问题,并提出对未来工作的展望. 展开更多
关键词 蛋白质-蛋白质分子对接 过滤 打分函数 分子柔性
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硒-铁蛋白电化学反应器储存含磷化合物的研究 被引量：9
6
作者 黄河清 吴楠 +2 位作者 林庆梅 杨盛昌 刘云丽 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2001年第3期554-560,共7页
由透析袋、硒 -铁蛋白、恒流泵、电导仪、磁力搅拌器及电化学系统等构成硒 -铁蛋白电化学反应器。该反应器可储存流动水体中微量含磷化合物于铁蛋白的蛋白壳内,其储存量高低与流动水体中的含磷化合物含量成正比关系。经硒改造后的硒 -... 由透析袋、硒 -铁蛋白、恒流泵、电导仪、磁力搅拌器及电化学系统等构成硒 -铁蛋白电化学反应器。该反应器可储存流动水体中微量含磷化合物于铁蛋白的蛋白壳内,其储存量高低与流动水体中的含磷化合物含量成正比关系。经硒改造后的硒 -铁蛋白能提高有机磷农药的储存量,其储存能力与铁蛋白种类无关,可能与铁蛋白自身构象有关。 展开更多
关键词 硒-铁蛋白 生物电化学反应器 有机磷农药 环境监测 含磷化合物 储存
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紫菜多糖的提取及抗流感病毒活性研究 被引量：9
7
作者 肖美添 杨军玲 +4 位作者 林海英 唐凤翔 孟春 石贤爱 郭养浩 《福州大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2003年第5期631-635,共5页
采用4种方法提取坛紫菜多糖,其中综合法提取率高达16.58%.气相色谱及化学分析表明其单糖主要由半乳糖、3,6-内醚-L-半乳糖、甘露糖和少量木糖组成.可溶性多糖经DEAE-23柱层析进一步纯化,得到蒸馏水洗脱组分———中性多糖和1.0-2.0mol L... 采用4种方法提取坛紫菜多糖,其中综合法提取率高达16.58%.气相色谱及化学分析表明其单糖主要由半乳糖、3,6-内醚-L-半乳糖、甘露糖和少量木糖组成.可溶性多糖经DEAE-23柱层析进一步纯化,得到蒸馏水洗脱组分———中性多糖和1.0-2.0mol LNaCl梯度洗脱组分———酸性多糖,各占4.12%和95.88%.酸性多糖经硫酸降解和超滤膜分离得到多糖组分F1(3500<MW<30000)和F2(MW>30000),二者比例为4∶1.鸡胚实验表明,紫菜多糖具有抗甲1型流感病毒活性,且F1>F2>中性多糖. 展开更多
关键词 坛紫菜 多糖 提取 抗流感病毒
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基于基因表达谱的肿瘤分型和特征基因选取 被引量：27
8
作者 李泽 包雷 +1 位作者 黄英武 孙之荣 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2002年第4期413-417,共5页
在分析基因表达谱数据特性的基础上,提出了一个将之用于肿瘤分子分型和选取相应亚型特征基因的策略。该策略包括三个步骤: 首先采用一个无监督的基因过滤算法以降低用于分型计算的数据的噪声, 其次提出了一个概率模型对样本中的分类结... 在分析基因表达谱数据特性的基础上,提出了一个将之用于肿瘤分子分型和选取相应亚型特征基因的策略。该策略包括三个步骤: 首先采用一个无监督的基因过滤算法以降低用于分型计算的数据的噪声, 其次提出了一个概率模型对样本中的分类结构进行建模,最后基于聚类的结果采用相对熵的方法获得对分类贡献大的基因作为特征基因。应用该策略对两个公开发表的数据集进行了再挖掘,结果表明不但获得了其他方法可以得到的信息,而且还提供了更精细、更具有显著生物学意义的信息,具有明显的优越性。 展开更多
关键词 基因表达谱 聚类 特征基因
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生物组织散射元平均间距估计的一种新方法 被引量：10
9
作者 徐泾平 李莉 +2 位作者 吴延军 程敬之 陈启敏 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 1996年第4期653-662,共10页
生物组织散射元平均间距是描述生物组织微观结构特性和生物组织超声散射特性的重要参数。本文在对生物组织超声背向散射随机建模的基础上，提出了基于生物组织超声背向散射信号突变点检测的散射元平均间距估计的新方法。实验结果表明，... 生物组织散射元平均间距是描述生物组织微观结构特性和生物组织超声散射特性的重要参数。本文在对生物组织超声背向散射随机建模的基础上，提出了基于生物组织超声背向散射信号突变点检测的散射元平均间距估计的新方法。实验结果表明，这种新方法不仅能估计出散射元平均间距，还能估计出散射元的空间分布与概率分布。该方法是生物组织超声散射分析的有效方法。 展开更多
关键词 生物组织 微结构 散射元平均间距 理论生物物理
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铁蛋白纳米蛋白壳结构与功能研究新进展 被引量：26
10
作者 王群力 孔波 黄河清 《化学进展》 SCIE CAS CSCD 2004年第4期516-519,共4页
铁蛋白是广泛存在于生物体内的储存铁的蛋白质 ,它参与生物体内的铁代谢。本文从铁蛋白的亚基结构、血红素 电子隧道、铁氧化酶位点和捕获重金属离子角度 ,综述铁蛋白纳米蛋白壳的结构与功能研究的新进展。
关键词 铁蛋白 纳米蛋白质壳 结构与功能
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空间和地面条件下斑头雁血红蛋白晶体结构的比较研究 被引量：6
11
作者 梁宇和 查正 +3 位作者 华子千 梁学 徐谦 卢光莹 《北京大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2001年第4期483-489,共7页
在 1994年我国返回式卫星FSW 2上进行的空间蛋白质晶体生长实验中 ,获得了适合于X射线分析的空间实验组和地面对照组的斑头雁血红蛋白晶体 ,并收集了X射线衍射数据。应用分子置换法解析了结构 ,并进行了比较研究。结果显示空间晶体的分... 在 1994年我国返回式卫星FSW 2上进行的空间蛋白质晶体生长实验中 ,获得了适合于X射线分析的空间实验组和地面对照组的斑头雁血红蛋白晶体 ,并收集了X射线衍射数据。应用分子置换法解析了结构 ,并进行了比较研究。结果显示空间晶体的分子间和分子中亚基间的相互作用趋于减弱 ,在α1β2 “开关区”比地面晶体多一个α1Thr4 1CG2与 β2 His97ND1的接触。 展开更多
关键词 空间晶体生长 斑头雁 血红蛋白 晶体结构 分子置换法 分子结构 地面晶体生长
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基于小波神经网络的图像去噪算法 被引量：8
12
作者 蔡念 胡匡祜 +1 位作者 李防震 苏万芳 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第1期78-82,共5页
生物医学图像在成像时不可避免地受到噪声影响,因此噪声去除是生物医学图像处理的一项重要研究课题。将小波神经网络引入图像去噪领域中,通过多种技术优化网络学习过程,最终建立一种图像去噪新算法。实验结果表明,该算法在去除噪声上优... 生物医学图像在成像时不可避免地受到噪声影响,因此噪声去除是生物医学图像处理的一项重要研究课题。将小波神经网络引入图像去噪领域中,通过多种技术优化网络学习过程,最终建立一种图像去噪新算法。实验结果表明,该算法在去除噪声上优于传统的中值滤波等方法,并具有较强的鲁棒性;同时能够最大限度地保护图像的细节信息,具有很好的保真度。 展开更多
关键词 小波神经网络 图像去噪 中值滤波 椒盐噪声 保真度
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基于氨基酸组成分布的蛋白质同源寡聚体分类研究 被引量：9
13
作者 施建宇 潘泉 +1 位作者 张绍武 程咏梅 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期49-56,共8页
基于一种新的特征提取方法——氨基酸组成分布,使用支持向量机作为成员分类器,采用“一对一”的多类分类策略,从蛋白质一级序列对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在10-CV检验下,基于氨基酸组成分布,其总分类精度和精度指数分别... 基于一种新的特征提取方法——氨基酸组成分布,使用支持向量机作为成员分类器,采用“一对一”的多类分类策略,从蛋白质一级序列对四类同源寡聚体进行分类研究。结果表明,在10-CV检验下,基于氨基酸组成分布,其总分类精度和精度指数分别达到了86.22%和67.12%,比基于氨基酸组成成分的传统特征提取方法分别提高了5.74和10.03个百分点,比二肽组成成分特征提取方法分别提高了3.12和5.63个百分点,说明氨基酸组成分布对于蛋白质同源寡聚体分类是一种非常有效的特征提取方法;将氨基酸组成分布和蛋白质序列长度特征组合,其总分类精度和精度指数分别达到了86.35%和67.23%,说明蛋白质序列长度特征含有一定的空间结构信息。 展开更多
关键词 氨基酸组成分布 二维主成分分析 支持向量机 同源寡聚体
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生物信息学工具BLAST的使用简介 被引量：15
14
作者 吕军 张颖 +1 位作者 冯立芹 李宏 《内蒙古大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2003年第2期179-191,共13页
从网上在线服务、电子邮件服务和本地运行三个方面介绍BLAST的使用方法,目的是使大家尽快掌握它,使其成为理论生物学研究的有力工具.
关键词 BLAST 数据库 搜索
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酚类抗氧化剂清除自由基活性的理论表征与应用 被引量：68
15
作者 张红雨 陈德展 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第1期1-9,共9页
筛选高效、低毒、价廉的抗氧化剂一直是自由基生物学的核心课题之一。由于筛选工作的复杂性与艰巨性,近来开始用理论方法加快这一过程。已发现许多理论参数与抗氧化剂清除自由基速率常数的对数有良好的相关性,其中尤以表征O -H解离能的... 筛选高效、低毒、价廉的抗氧化剂一直是自由基生物学的核心课题之一。由于筛选工作的复杂性与艰巨性,近来开始用理论方法加快这一过程。已发现许多理论参数与抗氧化剂清除自由基速率常数的对数有良好的相关性,其中尤以表征O -H解离能的ΔHOF值研究得最深入。借助这一理论指标可解释酚类抗氧化剂的构效关系,对复杂抗氧化体系中抗氧化剂的活性差异也能给予较好的预测,而且还可指导新型抗氧化剂的理论构建。至此这一理论指标的有效性得到了初步验证。 展开更多
关键词 自由基活性 构效关系 酚类抗氧化剂 HOF值
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细胞及玻璃化冷冻保护剂显微实验研究 被引量：5
16
作者 马学虎 孙冰冰 +1 位作者 刘天庆 崔占峰 《大连理工大学学报》 EI CAS CSCD 北大核心 2005年第4期517-521,共5页
利用低温冷冻显微实验平台,测定了DMSO和甘油两种保护剂的凝固点和玻璃化条件.采用4种不同的冷冻方案对SD大鼠的成骨细胞进行了低温冷冻保存研究.实验结果表明冷冻保护剂的凝固点温度随保护剂浓度和降温速率变化而变化,玻璃化的产生需... 利用低温冷冻显微实验平台,测定了DMSO和甘油两种保护剂的凝固点和玻璃化条件.采用4种不同的冷冻方案对SD大鼠的成骨细胞进行了低温冷冻保存研究.实验结果表明冷冻保护剂的凝固点温度随保护剂浓度和降温速率变化而变化,玻璃化的产生需要很高的保护剂浓度或很快的降温速率.保护剂的性能、冷冻和解冻程序及冻存时间是影响冷冻细胞比活的关键因素.所得结论对研究不同的细胞系、不同尺度组织的最佳低温冷冻保存方案具有指导意义. 展开更多
关键词 低温保存 玻璃化 冷冻保护剂 成骨细胞
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蛤蜊壳羟基磷灰石的制备及对Pb^(2+)的吸附性能 被引量：7
17
作者 金科 李振兴 +1 位作者 吴玟静 林洪 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2013年第13期39-44,共6页
目的:探讨蛤蜊壳羟基磷灰石(HA)对铅的吸附性能。方法:以废弃蛤蜊壳为原料,在常温下运用沉淀法制备羟基磷灰石,通过X射线衍射(XRD)、扫描电子显微镜(SEM)及红外光谱(FTIR)表征产物的晶相组成、形貌及化学组成等,并采用模拟Pb2+溶液,考... 目的:探讨蛤蜊壳羟基磷灰石(HA)对铅的吸附性能。方法:以废弃蛤蜊壳为原料,在常温下运用沉淀法制备羟基磷灰石,通过X射线衍射(XRD)、扫描电子显微镜(SEM)及红外光谱(FTIR)表征产物的晶相组成、形貌及化学组成等,并采用模拟Pb2+溶液,考察时间、pH值、温度及初始Pb2+质量浓度对吸附效果的影响,从动力学和热力学角度探讨其吸附规律。结果:在pH3.0时,吸附效果最好,酸性环境有利于吸附,随着pH值的增大吸附容量逐渐降低;反应30min时基本达到吸附平衡;吸附容量随着初始溶液Pb2+质量浓度的增大而增大,高温有利于吸附反应的进行。结论:以蛤蜊壳为原料制备的羟基磷灰石对Pb2+有良好吸附效果,其吸附规律可以用Langmuir吸附模型描述,符合拟二级动力学模型,是一个自发的吸热反应。 展开更多
关键词 蛤蜊壳 羟基磷灰石 PB2+ 吸附
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生物分子自组装 被引量：5
18
作者 周灵德 阎玉华 +2 位作者 戴红莲 胡鹏 余海湖 《生命的化学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期9-11,共3页
分子自组装是一种普遍存在于生命体系中的现象,是生命科学最本质的内容之一。开展分子自组装的研究具有重要意义,有助于人们从分子水平上认识自然界中生命形成和演变的过程,并为人们提供新的思路,开展生物医学基础研究、新材料合成及分... 分子自组装是一种普遍存在于生命体系中的现象,是生命科学最本质的内容之一。开展分子自组装的研究具有重要意义,有助于人们从分子水平上认识自然界中生命形成和演变的过程,并为人们提供新的思路,开展生物医学基础研究、新材料合成及分子器件研制等。该文介绍了自组装的基本含义,对分子自组装技术在生物材料、生物分子器件研究方面的进展作了综述。 展开更多
关键词 生物分子 分子自组装 生物材料 分子器件
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紫杉醇合成中甲基茉莉酮酸作用位点与配伍特性研究 被引量：7
19
作者 苗志奇 未作君 元英进 《生物物理学报》 CAS CSCD 北大核心 2000年第2期204-212,共9页
在简化的紫杉醇生物合成途径基础上 ,提出了一种拟稳态转移模型。模型从诱导子作用下酶活力改变的角度 ,成功地解释了诱导子作用下紫杉烷含量的变化 ,并给出了不同位点酶活力的提高与各代谢产物浓度转移模式间的关系 ,提供了一种从中间... 在简化的紫杉醇生物合成途径基础上 ,提出了一种拟稳态转移模型。模型从诱导子作用下酶活力改变的角度 ,成功地解释了诱导子作用下紫杉烷含量的变化 ,并给出了不同位点酶活力的提高与各代谢产物浓度转移模式间的关系 ,提供了一种从中间代谢产物拟稳态的转移模式确定诱导子的作用位点的方法。在适宜浓度甲基茉莉酮酸(MJ)诱导下10去乙酰基巴卡亭Ⅲ(10 -DAB)与巴卡亭Ⅲ(BaccatinⅢ)含量下降而紫杉醇含量上升;确定MJ在紫杉醇合成途径上的作用位点在BaccatinⅢ与紫杉醇之间 ,诱导子作用位点的确定为从机理上弄清诱导子的诱导机制提供了方向 ,奠定了多诱导子协同配伍方案的基础。 展开更多
关键词 紫杉醇 MJ 作用位点 配伍特性 诱导子 抗癌药物
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GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法 被引量：3
20
作者 屠康 喻辉 +1 位作者 郭政 李霞 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2004年第8期705-711,共7页
针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能... 针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则 ,有助于解释基因差异表达现象的本质原因 ,如疾病发病机制、药物作用机理等 .将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上 ,结果显示 ,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类 ,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类 .另外 ,结果显示 ,将规则的置信度和支持度要求设置较高时 ,一般只有组合功能类才能满足要求 ,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元 。 展开更多
关键词 基因表达谱 差异表达 关联规则 Gene ONTOLOGY 基因芯片技术
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