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基于最大熵模型预测北太平洋红藻--广义海萝(Gloiopeltis furcata sensu lato)的地理分布变动
1
作者 王奇奇 屈俊美 +1 位作者 张志新 胡自民 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第4期901-911,共11页
海萝属(Gloiopeltis J.Agardh)是北太平洋特有的具有重要食用、生态和经济价值的大型红藻,受全球气候变化和人类活动的影响,其东亚(特别是中国)的野生种群资源长期处于衰减态势,但相关的多样性保护工作严重滞后。利用最大熵模型对北太... 海萝属(Gloiopeltis J.Agardh)是北太平洋特有的具有重要食用、生态和经济价值的大型红藻,受全球气候变化和人类活动的影响,其东亚(特别是中国)的野生种群资源长期处于衰减态势,但相关的多样性保护工作严重滞后。利用最大熵模型对北太平洋广义海萝当前以及未来不同温室气体排放情景下的生境适应性进行了模拟和预测,发现离岸距离、年海表最小温度和海水深度是影响其适宜栖息地范围的三大最重要环境因子。在未来的中等(SSP 2~4.5)和较高温室气体排放(SSP 5~8.5)情景下,广义海萝在北太平洋总体呈现中低纬度地区适宜分布区缩减而高纬度地区适宜分布区增加的趋势。在2040~2050年间,低纬度地区(20°~40°N)的适宜栖息地将部分丧失,高纬度(40°~60°N)适宜栖息地则稳定增加。在2090~2100年间,中国的渤海和东海南部,日本南部太平洋的适宜栖息地大幅缩减,而库页岛南部、日本海北部、堪察加半岛南部和阿拉斯加半岛等高纬度地区的适宜栖息地则显著增加。虽然预测的广义海萝未来栖息地呈现净增加,但中低纬度分布区缩减可能导致某些具有保护价值的种群消失。后续有必要整合生态和遗传等数据建立精准的物种分布模型,鉴定优先保护区域或种群,以实现海萝野生资源的可持续利用和开发。 展开更多
关键词 全球变暖 地理分布 大型红藻 生态适应 多样性保护 离岸距离
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罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)高温胁迫下的行为反应及转录组分析
2
作者 许珊华 孔天赐 +5 位作者 马笑凯 金抒豪 吴慧玲 易少奎 杨国梁 唐琼英 《海洋与湖沼》 北大核心 2025年第3期700-710,共11页
为探究罗氏沼虾高温胁迫下的行为反应和基因表达模式,以罗氏沼虾虾苗为研究对象,设置常温对照组和高温实验组,从29℃以1℃/4 h的速率进行升温,观察虾苗的行为反应,同时采集高温胁迫下不同死亡时间点包括早期死亡(高温敏感组)、死亡一半... 为探究罗氏沼虾高温胁迫下的行为反应和基因表达模式,以罗氏沼虾虾苗为研究对象,设置常温对照组和高温实验组,从29℃以1℃/4 h的速率进行升温,观察虾苗的行为反应,同时采集高温胁迫下不同死亡时间点包括早期死亡(高温敏感组)、死亡一半(高温半死组)和最后死亡(高温耐受组)及对照组每组3个样本进行转录组测序分析。结果显示,在水温30~36℃时,虾苗游动和摄食频率增加,打斗行为增多;37℃时活动减少且停止摄食,死亡率上升;38~39℃时大量死亡,死亡个体肌肉发白松散。12个样本转录组测序共获得79.06 Gb质控后数据,共有11879个差异表达基因,包括7105个上调基因和4774个下调基因;热休克蛋白家族基因(HSPs)显著富集到抗原加工与呈递通路和内质网中蛋白质加工通路,其中hsp70基因家族成员显著上调(P<0.05),可作为罗氏沼虾遭受胁迫的指示基因,暗示其在罗氏沼虾高温胁迫响应中具有重要的调控作用。推测高温会影响罗氏沼虾的免疫系统及细胞内蛋白质合成,HSPs可能在维持细胞内稳态以及促进胁迫条件下正常生理功能的恢复方面发挥重要作用。研究结果可为进一步探索罗氏沼虾响应高温胁迫的分子机制和抗逆品种的培育提供参考。 展开更多
关键词 罗氏沼虾 高温胁迫 基因表达模式 差异表达基因
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牛MyoG基因启动子的克隆及功能的初步分析 被引量：27
3
作者 王秋华 曹允考 +4 位作者 李树峰 佟慧丽 兴孝友 李光鹏 严云勤 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期37-43,共7页
本研究旨在比较日本和牛MyoG基因的不同长度片段启动子的活性强弱并初步探讨其中的机制。根据GenBank已公布的牛MyoG基因的启动子序列,设计特异性PCR引物扩增日本和牛MyoG基因的一系列启动子缺失序列,构建重组克隆载体pMD18-T-MyoGpro,... 本研究旨在比较日本和牛MyoG基因的不同长度片段启动子的活性强弱并初步探讨其中的机制。根据GenBank已公布的牛MyoG基因的启动子序列,设计特异性PCR引物扩增日本和牛MyoG基因的一系列启动子缺失序列,构建重组克隆载体pMD18-T-MyoGpro,对阳性克隆进行限制性酶切鉴定、测序及生物信息学分析,进而构建一系列启动子缺失片段的pGL3-MyoGpro双荧光素酶表达载体,转染牛肌源干细胞(MDSCs)和牛胎儿成纤维细胞,并进行双报告基因活性检测。结果表明,日本和牛MyoG基因的166～2 125bp启动子都能不同程度的启动双荧光素酶报告基因在牛肌源干细胞中的表达,且具有肌肉特异性。通过生物信息学分析得知日本和牛MyoG启动子序列中有1个TATA盒,15个E-box,并可能含有MyoD、MEF2、MEF3、MTBF、TEF1、PRDF、Sp1、多个SRF、ERE、GRE及多个Oct-1等转录因子调控结合位点,本试验通过比较不同长度启动子片段的活性并结合对上述转录因子的分析,认为这些转录因子可能对启动子活性起着重要的调控作用。对牛MyoG基因启动子的克隆与功能和序列分析为进一步研究MyoG基因的表达调控奠定了基础。 展开更多
关键词 MYOG基因 启动子序列 转染 双报告检测 肌肉特异性 生物信息学分析
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不同作物间共用SSR引物的初步研究 被引量：22
4
作者 周涵韬 郑文竹 +1 位作者 周以侹 夏涛 《厦门大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2002年第1期89-93,共5页
根据相关报道 ,利用互联网在GENEBANK中查询油菜的简单重复序列及其两端序列来设计引物 ,并合成了 2对甘蓝型油菜的SSR引物 (Bn92A ,Bn72A) .通过所建立的降温PCR(TouchdownPCR)方法 ,对来自禾本科 ,十字花科 ,芸香科 ,锦葵科等 12种经... 根据相关报道 ,利用互联网在GENEBANK中查询油菜的简单重复序列及其两端序列来设计引物 ,并合成了 2对甘蓝型油菜的SSR引物 (Bn92A ,Bn72A) .通过所建立的降温PCR(TouchdownPCR)方法 ,对来自禾本科 ,十字花科 ,芸香科 ,锦葵科等 12种经济作物的DNA进行PCR扩增 .结果显示 ,PCR扩增产物条带清晰 .所有 12份材料用 2对SSR引物扩增出的主带片段大小一致 ,分别为 15 0bp(Bn92A) ,2 5 0bp(Bn72A) .这与文献报道在甘蓝型油菜中SSR扩增出的片段大小完全一致 .本研究说明 ,各物种基因组间存在着相当大的相似性 ,这 展开更多
关键词 SSR 分子标记 基因组比较作图 甘蓝型油菜 微卫星DNA PCR分析 基因序列分析
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第三代测序技术及其应用 被引量：56
5
作者 张得芳 马秋月 +1 位作者 尹佟明 夏涛 《中国生物工程杂志》 CAS CSCD 北大核心 2013年第5期125-131,共7页
第二代测序技术发展到一定阶段以后其缺陷逐渐显现,而第三代测序技术的出现在一定程度上弥补了第二代测序技术在应用方面的缺点。就目前正在发展的5种第三代高通量测序技术的原理进行了阐述,并比较了这几种测序技术的优缺点,最后对三代... 第二代测序技术发展到一定阶段以后其缺陷逐渐显现,而第三代测序技术的出现在一定程度上弥补了第二代测序技术在应用方面的缺点。就目前正在发展的5种第三代高通量测序技术的原理进行了阐述,并比较了这几种测序技术的优缺点,最后对三代测序技术在基因组测序,甲基化研究,RNA测序以及医学方面的应用作了简单介绍。 展开更多
关键词 第三代测序 单分子测序技 术SMRT tSMS
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菊花SRAP-PCR反应体系的优化与确立 被引量：30
6
作者 张飞 陈发棣 +2 位作者 房伟民 李风童 刘浦生 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第3期44-49,共6页
采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花〔Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura〕SRAP-PCR的反应体系。菊花的SRAP-PCR... 采用L16(45)正交实验设计,对SRAP-PCR反应体系中Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶和模板DNA用量等5个因素进行了优化,并确立了适合菊花〔Dendranthema×grandiflorum (Ramat.) Kitamura〕SRAP-PCR的反应体系。菊花的SRAP-PCR最佳反应体系为:反应体系总体积20μL,含3.125 mmol.L-1Mg2+、187.5μmol.L-1dNTPs、10.0μmol.L-1引物、50 ng模板DNA、0.5 UTaqDNA聚合酶及1×PCR buffer。各因素对菊花基因组DNA SRAP-PCR扩增结果的影响程度不同,其中dNTPs浓度影响最大,TaqDNA聚合酶用量的影响最小。运用菊花品种‘奥运含笑’和‘雨花落英’及二者的F1杂交后代单株的基因组DNA对优化的SRAP-PCR反应体系进行验证,均获得了多态性丰富、条带清晰的扩增图谱,表明所确立的菊花SRAP-PCR反应体系稳定可靠。 展开更多
关键词 菊花 SRAP-PCR 正交实验设计 反应体系优化
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五个鸡群中催乳素基因密码子使用频率与产蛋量的关系分析 被引量：13
7
作者 刘华贵 王小花 +3 位作者 刘玉方 赵兴波 李宁 吴常信 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2007年第10期1101-1106,共6页
通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7... 通过鸡催乳素基因编码区基因扫描,发现3个SNP位点,分别是外显子2的C1607T、外显子5的C5749T和T5821C,3个SNP均没有改变氨基酸的编码.同时发现不同的单倍型间存在不同的密码子使用频率.对5个鸡群共370只鸡进行SSCP的基因型检测,共发现7种单倍型,结合44周龄产蛋量分析,发现不同单倍型的平均产蛋量存在显著性差异.结合密码子使用频率分析,发现使用高频密码子的单倍型个体产蛋量相对高.通过酶联免疫方法检测催乳素表达量,结果显示,使用高频密码子的个体,激素水平较高,其中使用2个高频密码子的单倍型个体和使用1.5个密码子的单倍型个体之间存在极显著差异.研究结果表明,密码子使用频率与产蛋量在一定的范围内呈现正相关趋势. 展开更多
关键词 鸡 催乳素基因 密码子使用频率 酶联免疫检测 产蛋量
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罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)幼体新暴发病病原阴沟肠杆菌的分离鉴定 被引量：12
8
作者 陈雪峰 杨国梁 +4 位作者 高强 夏正龙 濮剑威 慎佩晶 黄振远 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2015年第6期1467-1477,共11页
2010年,浙江湖州部分罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)育苗场在幼体培育阶段,暴发了幼体大规模发病死亡的新病害。从2个育苗场6个发病育苗池的发病幼体匀浆液中分离得到6株优势生长菌株(编号为NTH01、NTH02、NTH03、316D、316X、316... 2010年,浙江湖州部分罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)育苗场在幼体培育阶段,暴发了幼体大规模发病死亡的新病害。从2个育苗场6个发病育苗池的发病幼体匀浆液中分离得到6株优势生长菌株(编号为NTH01、NTH02、NTH03、316D、316X、316C),菌落形态较为一致。取代表菌株NTH01,以浸泡方式进行人工回感,结果菌株NTH01能够导致幼体发病死亡,且症状与生产表现一致。经形态学观察、生理生化鉴定、16S r RNA与gyr B基因序列系统发育关系构建,鉴定菌株NTH01为阴沟肠杆菌(Enterobacter cloacae)。以阴沟肠杆菌omp A基因片段为靶序列,建立了PCR检测方法,对另外5株优势菌进行检测,结果该5株菌都是阴沟肠杆菌。2011年,对4个发病育苗场幼体与亲虾进行检测,结果发病幼体中分离的优势菌检测呈阳性,亲虾肝胰腺与肠道组织检测到该菌存在,但亲虾不表现病症。对30种抗生素的药敏试验结果表明,菌株NTH01对恩诺沙星、氧氟沙星、庆大霉素等6种抗生素敏感,对发病幼体进行针对性用药,效果明显。本试验结果表明,阴沟肠杆菌是导致罗氏沼虾育苗期间幼体大规模发病死亡的致病菌。 展开更多
关键词 罗氏沼虾幼体 新病原 阴沟肠杆菌 分离鉴定 药敏试验
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山羊MyoG基因启动子区序列分析与结构预测 被引量：11
9
作者 刘铮铸 巩元芳 +4 位作者 张文香 付志新 张传生 宋瑜 马艳华 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期29-36,共8页
为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其... 为探明山羊MyoG基因的启动子序列与结构及转录调控机制,本研究设计了1对引物,采用PCR扩增、测序以及序列比对分析,从波尔山羊基因组中扩增出一段长度为969bp的山羊MyoG基因的5′侧翼序列,其GC含量为50.6%。经过生物信息学分析,确定了其转录起始位点及活性区域;发现在转录起始位点上游-24bp处存在1个TATA-box,另外还发现了1个GC-box、2个CAAT-box、2个E-box和1个富含A-T碱基的模体结构;该序列还包含HSF、ADR1和cap等转录因子结合位点。通过比对分析,所得山羊MyoG基因5′侧翼序列与牛、马鹿、人、小鼠和鸡同源序列的相似性在37.22%～96.85%之间,说明不同物种间该序列具有一定的保守性。本研究为进一步探讨山羊MyoG基因的表达和调控机制奠定了理论基础。 展开更多
关键词 山羊 MYOG基因 启动子区 序列分析 结构预测
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基于ITS和trnL-F序列碱基差异的繁缕及其近缘种的亲缘关系分析 被引量：17
10
作者 赵海光 周建建 +3 位作者 曹珊珊 郑玉红 单宇 夏冰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第1期1-5,共5页
应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media（L.）Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum（L.）Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla（Miq.）Pax〕为外类群构建N-J系统树... 应用PCR产物直接测序法分析了繁缕〔Stellaria media（L.）Villars〕及其近缘种和鹅肠菜〔Myosoton aquaticum（L.）Moench〕的ITS和trnL-F序列的碱基差异,并以孩儿参〔Pseudostellaria heterophylla（Miq.）Pax〕为外类群构建N-J系统树,分析了这些种类的种间亲缘关系。结果表明,供试的繁缕属（Stellaria L.）种类及鹅肠菜的ITS和trnL-F序列长度分别为521-784和788-951 bp,各有变异位点77和59个,其中信息位点分别为18和11个,种间碱基差异百分率分别为6.5%和3.1%。ITS的碱基组成为A22.1%、T20.9%、G28.5%和C28.5%,G＋C含量57.0%;trnL-F的碱基组成为A 35.9%、T33.7%、G 15.7%和C 14.8%,G＋C含量30.5%。繁缕、雀舌草（S.alsine Grimm）和箐姑草（S.vestita Kurz）的ITS和trnL-F序列一致;鹅肠菜的ITS序列中有4个位点与前述种类不同,但trnL-F序列则相同;中国繁缕（S.chinensis Regel）的ITS和trnL-F序列与孩儿参较相似。在N-J系统树中,鹅肠菜与繁缕、雀舌草和箐姑草聚为一支,表明它们的亲缘关系相对较近,支持将鹅肠菜重新归入繁缕属的分类处理。研究结果显示,ITS和trnL-F序列分析均可用于繁缕及其近缘种的鉴别,且ITS是更为适宜的分子标记。 展开更多
关键词 繁缕 近缘种 ITS TRNL-F 种间关系
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波尔山羊MyoG基因的鉴定和序列分析 被引量：19
11
作者 刘铮铸 巩元芳 +4 位作者 张传生 付志新 张文香 李付春 房秀敏 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第10期1337-1341,共5页
为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制,用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2363bp长的DNA序列,并对该序列进行了分析。结果表明,波尔山羊MyoG基因包括3个外显子、2个内含子及部分5′UTR(74bp)和3′UTR(2... 为了探明山羊MyoG基因的序列结构及其对肌肉的分化调控机制,用PCR产物直接测序的方法获得了波尔山羊MyoG基因2363bp长的DNA序列,并对该序列进行了分析。结果表明,波尔山羊MyoG基因包括3个外显子、2个内含子及部分5′UTR(74bp)和3′UTR(260bp)区,编码序列长675bp,共编码224个氨基酸。结构分析表明,该序列所编码的肽链没有信号肽,第1～138个氨基酸为波尔山羊MyoG基因的bHLH结构域。通过比对分析波尔山羊与已知的GenBank中的人类及其它物种MyoG基因发现,该基因编码区核苷酸以及推测的氨基酸同源性和物种间的亲缘关系相一致,无根系统进化树的聚类结果与这些物种本身的生理特性以及传统分类学中已知的生物分类结果相一致。波尔山羊MyoG基因的鉴定及序列分析为山羊肌肉发育调控的机理以及肉质改良等的研究提供了很好的生物学基础信息。 展开更多
关键词 波尔山羊 MYOG基因 序列分析
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基于核rDNA的ITS序列在种子植物系统发育研究中的应用 被引量：35
12
作者 李学营 彭建营 白瑞霞 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2005年第4期829-834,共6页
种子植物核rDNA是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合。5.8S rDNA把核rDNA的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分,在被子植物中ITS1的长度为165-298 bp,ITS2的长度为177-266 bp,而在... 种子植物核rDNA是高度重复的串联序列,由于同步进化的力量,大多数物种中这些重复单位间已发生纯合或接近纯合。5.8S rDNA把核rDNA的内转录间隔区分为ITS1和ITS2两部分,在被子植物中ITS1的长度为165-298 bp,ITS2的长度为177-266 bp,而在裸子植物中ITS片段较长,且其长度变化主要由ITS1的长度变异所致。可对这两个片段PCR产物进行直接测序或克隆测序。由于ITS序列变异较快,能够提供较丰富的变异位点和信息位点,已成为被子植物较低分类阶元的系统发育和分类研究中的重要分子标记,为探讨多倍体复合体网状进化关系,异源多倍体的起源提供了重要的系统学信息,但它一般不适合科以上水平的系统学研究。裸子植物中ITS片段较长,重复序列间的纯合程度不同,测序比较困难,因此对探讨裸子植物系统发育和分类受到了一定的限制,但近年来有所发展。 展开更多
关键词 ITS序列 系统发育 被子植物 裸子植物
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猪圆环病毒2型分离毒株全基因组的克隆及序列分析 被引量：15
13
作者 芦银华 华修国 +4 位作者 陈德胜 黄伟坚 戴亚斌 谈国蕾 陈溥言 《病毒学报》 CAS CSCD 北大核心 2003年第1期42-46,共5页
根据GenBank中猪圆环病毒 2型 (PCV 2 )基因序列 ,设计两对特异性引物 ,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增 2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入 pGEM Teasy载体 ,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插... 根据GenBank中猪圆环病毒 2型 (PCV 2 )基因序列 ,设计两对特异性引物 ,用PCR方法从接种疑似PMWS仔猪病料的细胞中分段扩增 2个分离毒株全基因组。将扩增片段克隆入 pGEM Teasy载体 ,筛选获得含有相应片段的阳性重组质粒。对质粒中的插入片段进行测序拼接 ,获得 2株均为 176 8bp的全基因组序列。应用DNAstar序列分析软件 ,对所测PCV 2序列与GenBank中的国内外PCV毒株进行同源性比较 ,并绘制系统发生树 ,结果发现 :所测两毒株之间的核苷酸序列同源性极高 ,可达 99 8% ,亲缘关系密切 ;与PCV 2参考毒株的同源性介于95 3%～ 99 7%之间 ,其中与美国的一株PCV 2同源性最高 ,分别为 99 5 %和 99 7% ,亲缘关系很近 ;与国内两分离株同源性分别为 96 4%和 98 8%～ 98 9% ;与PCV 1参考毒株同源性仅为 77 1%～ 77 5 %。 展开更多
关键词 猪圆环病毒 PCR 序列分析
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百里香属植物ISSR-PCR和SRAP-PCR体系的确立及优化 被引量：16
14
作者 权俊萍 袁菊红 +3 位作者 穆红梅 张明霞 李乃伟 夏冰 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2008年第2期1-8,共8页
通过对PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度的单因子实验,分别建立了适合百里香属(ThymusL.)植物总DNA的ISSR-PCR及SRAP-PCR优化反应体系。ISSR-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+3.75 mmol.L-1、... 通过对PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度的单因子实验,分别建立了适合百里香属(ThymusL.)植物总DNA的ISSR-PCR及SRAP-PCR优化反应体系。ISSR-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+3.75 mmol.L-1、dNTPs 0.20 mmol.L-1、引物0.3 mmol.L-1和TaqDNA聚合酶1 U。SRAP-PCR优化反应体系为:反应总体积20μL,含模板DNA 30 ng、Mg2+2.50 mmol.L-1、dNTPs 0.10mmol.L-1、引物0.4 mmol.L-1和TaqDNA聚合酶1 U。运用优化的反应体系对百里香属植物地椒(T.quinque-costatusCelak.)、地椒的亚洲变种〔T.quinquecostatusvar.asiaticus(K itagawa)C.Y.W u etY.C.Huang〕和百里香(T.m ongolicusRonn.)15个居群的总DNA进行了ISSR和SRAP初步分析,获得了较好的扩增结果。 展开更多
关键词 百里香属 ISSR—PCR SRAP—PCR 优化反应体系
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禽流感病毒A/Turkey/Canada/63毒株HA和NA基因的克隆及序列分析 被引量：8
15
作者 潘蔚绮 刘明 +2 位作者 刘春国 张云 杨涛 《中国兽医科学》 CAS CSCD 北大核心 2006年第8期611-616,共6页
用SPF鸡胚增殖禽流感病毒(AIV)A/Turkey/Canada/63毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术分别扩增该病毒分离株的HA和NA基因全片段,并克隆到pMD18-T载体上。测序结果表明,该毒株的HA基因全长为1745bp,含有完整的阅读框架,编码566个... 用SPF鸡胚增殖禽流感病毒(AIV)A/Turkey/Canada/63毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术分别扩增该病毒分离株的HA和NA基因全片段,并克隆到pMD18-T载体上。测序结果表明,该毒株的HA基因全长为1745bp,含有完整的阅读框架,编码566个氨基酸；NA基因全长1467bp,编码469个氨基酸。BLAST序列比较结果显示,该毒株HA基因属于H6亚型,NA基因属于N2亚型。将获得的HA和NA基因与AIV数据库中H6和N2基因进行遗传演化分析,表明该毒株HA基因与其他H6基因核苷酸的同源性为80.5%～87.3%,氨基酸的同源性为88.0%～93.1%；NA基因与其他N2基因核苷酸的同源性为86.0%～93.5%,氨基酸的同源性为90.6%～96.3%。 展开更多
关键词 禽流感病毒 H6N2亚型 HA基因 NA基因 序列分析
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绵羊BMP15和GDF9基因多态性与产羔性能间的关系 被引量：8
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作者 陈勇 雒秋江 +4 位作者 张亚军 朱文渊 杨菊清 李登忠 杨风云 《新疆农业大学学报》 CAS 北大核心 2009年第5期10-17,共8页
本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15(BMP15)基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9(GDF9)基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴(新疆型)绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福... 本研究采用PCR-RFLP和PCR-SSCP技术分别对骨形态发生蛋白15(BMP15)基因FecXG突变和FecXL突变、生长分化因子9(GDF9)基因外显子Ⅰ、外显子Ⅱ部分核苷酸多态性及其与小尾寒羊、中国美利奴(新疆型)绵羊多胎品系、肉用品系、体大品系、萨福克、无角陶赛特、中国美利奴(新疆型)和德国肉用美利奴产羔数间的关系进行了分析,结果发现:(1)利用PCR-RFLP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXG突变,在该位点未发现多态性;(2)利用PCR-SSCP技术分析了小尾寒羊等8个品种BMP15 FecXL所在区域的多态性,在BMP15基因存在G1047A转换,但并不引起BMP15氨基酸序列的改变,该突变与FecXL(G962A)不同,是在BMP15中新发现的一个突变。G1047A突变对小尾寒羊等7个品种的平均产羔数无显著影响;(3)在小尾寒羊等8个群体的GDF9外显子Ⅰ均未发现多态性;(4)在小尾寒羊等8个群体中发现存在G4突变,该突变对绵羊平均产羔数均无显著影响。以上结果提示:上述2个基因的4个分析区域不宜用于小尾寒羊等7个品种绵羊多羔性状的分子标记位点。 展开更多
关键词 绵羊 多羔性 BMP15基因 GDF9基因 遗传多态性
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牛GDF5基因启动子的克隆与序列分析 被引量：7
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作者 刘永峰 昝林森 +7 位作者 赵栓平 亐开兴 李林强 张莺莺 唐中林 杨述林 牟玉莲 崔文涛 《畜牧兽医学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第4期392-397,共6页
旨在了解生长分化因子5(GDF5)可能的调控序列。本研究通过基因组比对,扩增了牛GDF5基因5′侧翼区,并通过产物纯化、连接、转化及测序比对,确定了2043bp的启动子序列。同时综合考虑已经证实的人GDF5基因启动子结构及应用启动子在线分析软... 旨在了解生长分化因子5(GDF5)可能的调控序列。本研究通过基因组比对,扩增了牛GDF5基因5′侧翼区,并通过产物纯化、连接、转化及测序比对,确定了2043bp的启动子序列。同时综合考虑已经证实的人GDF5基因启动子结构及应用启动子在线分析软件,对该序列进行分析。结果发现,牛GDF5基因5′侧翼区没有CpG岛,序列比对发现,牛和人GDF5基因启动子区域同源性为78%;牛GDF5基因启动子没有TATAbox或CAATbox结构,其转录起始位点位于翻译起始密码子ATG上游-359bp位置,其潜在的转录因子有AML-la,Ap-1,AmL-la,CdxA,SRY,CdxA,TATA,AmL-la,GTATA-1,MZF1,CdxA,Nkx-2,CdxA,S8和SRY,其中Ap-1,AmL-la,SRY,Nkx-2,S8和SRY高度保守,与人的序列完全一致;推测发现牛GDF5基因启动子-457至-423bp序列中的GT重复序列可以增强启动子的活性,且最小增强子处于-458和-377bp之间。研究结果推测判定了牛GDF5基因启动子的转录起始位置、转录结合位点、活性序列及最小增强子序列,为以后深入研究GDF5基因在牛软骨细胞中的表达机制提供了理论基础。 展开更多
关键词 牛 GDF5基因 启动子 克隆 转录因子
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中华绒螯蟹线粒体COⅡ基因全序列测定 被引量：7
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作者 孙红英 周开亚 +1 位作者 龚美蓉 童宗中 《南京师大学报（自然科学版）》 CAS CSCD 2001年第4期88-92,共5页
通过克隆测序方法 ,报道了中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ (COⅡ )基因全序列 .与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示 ,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近... 通过克隆测序方法 ,报道了中华绒螯蟹 (Eriocheirjaponicasinensis)线粒体细胞色素氧化酶亚基Ⅱ (COⅡ )基因全序列 .与已知甲壳动物线粒体同源序列的比较显示 ,绒螯蟹COⅡ基因的核苷酸组成及其编码的氨基酸组成与软甲类甲壳动物最相近似 .其序列组成与密码子使用对A、T核苷酸没有明显的偏倚 .对中华绒螯蟹COⅡ全序列及其序列特征的研究 。 展开更多
关键词 中华绒螯蟹 COⅡ基因 全序列 克隆测序方法 核苷酸组成 氨基酸组成 节肢动物
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深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析 被引量：10
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作者 姜永杰 周发林 +2 位作者 黄建华 马之明 江世贵 《南方水产》 CAS 2006年第1期54-57,共4页
采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析，通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增，获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列... 采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析，通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增，获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定，得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较，共检测出114个碱基存在变异，其中包括84个简约信息位点，5个碱基存在插入／缺失；并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明：其序列差异（转换＋颠换）在0．010-0．154之间，得出20个个体有20种单倍型；并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性（R）和平均核苷酸差异数（K）分别为0．05278和27．500。研究结果表明：深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大，该种群的遗传多样性水平很高，适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。 展开更多
关键词 斑节对虾 线粒体 控制区序列 遗传多样性
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桂花SRAP-PCR体系的确立及验证 被引量：15
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作者 李梅 侯喜林 郝日明 《植物资源与环境学报》 CAS CSCD 2009年第2期15-21,共7页
以桂花〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕品种‘早银桂’的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶用量进行单因子实验,确立了适合桂花总DNA的SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10μL... 以桂花〔Osmanthus fragrans(Thunb.)Lour.〕品种‘早银桂’的总DNA为模板,对SRAP-PCR扩增体系中的模板DNA用量,Mg2+、dNTPs和引物浓度以及TaqDNA聚合酶用量进行单因子实验,确立了适合桂花总DNA的SRAP-PCR反应体系:反应体系总体积10μL,包括30 ng模板DNA、2.5 mmol.L-1Mg2+、0.20 mmol.L-1dNTPs、0.4μmol.L-1上下游引物和0.75 UTaqDNA聚合酶及1×PCR buffer。采用SRAP引物组合pm21-em8,以78个桂花品种的总DNA为样品,对优化的SRAP-PCR反应体系进行初步验证,共扩增出632条带,多态性条带百分率75.32%;扩增位点15个,多态性位点百分率为86.67%。运用优化的SRAP-PCR体系,使用筛选出的18对SRAP引物组合对88个桂花品种、1个桂花野生种以及2个外类群〔柊树O.heterophyllus(G.Don)P.S.Green和华东木犀O.cooperiHemsl.〕的总DNA进行扩增,共扩增出296个位点,其中多态性位点248个,多态性位点百分率为83.78%。实验结果显示,运用优化的SRAP-PCR反应体系获得的DNA条带清晰、扩增结果稳定、多态性较丰富;SRAP分子标记可用于桂花遗传多样性、品种资源鉴定、亲缘关系以及系统进化等方面的研究。 展开更多
关键词 桂花 SRAP—PCR 扩增体系 优化 验证 遗传多样性
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