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鼻咽癌组织中lncRNA ANCR表达与临床病理特征的相关性研究
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作者 高妍 王忠巧 《实用临床医药杂志》 2025年第3期1-5,共5页
目的探讨鼻咽癌组织中长链非编码RNA抗分化非编码RNA(lncRNA ANCR)表达与临床病理特征的相关性。方法随机纳入2015年6月—2019年6月在本院病理确诊鼻咽癌的115例患者为研究对象,采用实时荧光定量PCR法检测肿瘤组织与癌旁正常组织中lncRN... 目的探讨鼻咽癌组织中长链非编码RNA抗分化非编码RNA(lncRNA ANCR)表达与临床病理特征的相关性。方法随机纳入2015年6月—2019年6月在本院病理确诊鼻咽癌的115例患者为研究对象,采用实时荧光定量PCR法检测肿瘤组织与癌旁正常组织中lncRNA ANCR表达量。分析lncRNA ANCR表达与性别、年龄、病理类型、最大直径、分化级别、临床分期、淋巴结转移的相关性。随访60个月,记录患者肿瘤进展和总生存情况。结果肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.001)。最大直径≥3 cm、低分化、Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结转移阳性患者肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于最大直径<3 cm、中高分化、Ⅰ~Ⅱ期、淋巴结转移阴性患者,差异有统计学意义(P<0.001)。肿瘤进展、死亡患者肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于肿瘤未进展、存活患者,差异有统计学意义(P<0.001)。多因素Logistic回归分析显示,最大直径≥3 cm、Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结转移阳性、lncRNA ANCR表达量与肿瘤进展密切相关,Ⅲ~Ⅳ期和lncRNA ANCR表达量与死亡密切相关(P<0.001)。受试者工作特征(ROC)曲线显示,肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量预测肿瘤进展和死亡的曲线下面积(AUC)分别为0.899和0.842(P<0.001)。Kaplan-Meier生存曲线显示,肿瘤组织中lncRNA ANCR高表达组5年生存率低于lncRNA ANCR低表达组,差异有统计学意义(P<0.01)。结论肿瘤组织中lncRNA ANCR高表达可能参与鼻咽癌的恶性发展,与临床预后密切相关。 展开更多
关键词 鼻咽癌 长链非编码RNA 抗分化非编码RNA 恶性肿瘤 病理特征
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长非编码RNA对α-烯醇化酶的调控作用 被引量:1
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作者 祝纯远 李菲 王玉平 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期89-98,共10页
α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节EN... α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节ENO1:在细胞核中,作用于ENO 1基因启动子,调节ENO1的转录;在细胞质中,与ENO 1 mRNA直接或间接作用,以及通过对微小核糖核酸的海绵吸附作用影响ENO1翻译;此外,在细胞质中lncRNA与ENO1蛋白直接结合以及作为支架分子诱导ENO1形成聚合物,影响ENO1的稳定性和功能。在肿瘤中,lncRNA异常表达,调节ENO1的过表达和功能,促进肿瘤细胞的增殖和转移。目前,对lncRNA与ENO1之间的相互作用已有了一定的了解,仍需进一步揭示其具体的分子机制和生物学功能,以及lncRNA在临床治疗中的潜在应用。本文综述了长非编码RNA对ENO1的调控作用,重点介绍了16个已发现的lncRNA对ENO1的调节。深入认识lncRNA对ENO1的调节作用,将有助于了解肿瘤细胞中ENO1的调控网络,开辟治疗肿瘤的新靶点。 展开更多
关键词 α-烯醇化酶 糖酵解 长非编码RNA 肿瘤
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RVG-EVs递送靶向circHIPK3的siRNA通过增强线粒体自噬流抑制小胶质细胞M1型极化
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作者 杨郁 董娜 +1 位作者 张弛 胡圳圳 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第11期1719-1728,共10页
小胶质细胞活化介导的神经炎症反应是多种脑疾病发生发展的重要病理基础。环状RNA(circRNA)在神经炎症调控中的作用日益受到关注。本研究旨在探讨靶向抑制环状RNA HIPK3(circHIPK3)对脂多糖(LPS)诱导的BV2小胶质细胞极化及其分子机制的... 小胶质细胞活化介导的神经炎症反应是多种脑疾病发生发展的重要病理基础。环状RNA(circRNA)在神经炎症调控中的作用日益受到关注。本研究旨在探讨靶向抑制环状RNA HIPK3(circHIPK3)对脂多糖(LPS)诱导的BV2小胶质细胞极化及其分子机制的影响。结果显示,LPS刺激显著诱导BV2细胞向促炎M1表型极化,并上调circHIPK3表达(P<0.01)。成功构建装载circHIPK3 siRNA的工程化改造外囊泡(RVG-EVs-sicHIPK3),其经透射电镜(TEM)观察具有典型外囊泡形态,纳米颗粒跟踪分析(NTA)显示,粒径峰值在70 nm,Western印迹检测证实,其表达外囊泡膜特征性膜蛋白质。RVG-EVs-sicHIPK3处理显著抑制了LPS诱导的培养上清炎症因子(TNF-α、IL-6、IL-1β)水平的升高以及细胞M1表型标志蛋白质(CD16、CD86)的表达(P<0.01)。同时,RVG-EVs-sicHIPK3增加了细胞内线粒体自噬体数量,上调自噬相关蛋白质LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值(P<0.01),并下调自噬相关蛋白质p62及线粒体特异性蛋白质(TOMM20、TIMM23)的表达(P<0.01)。线粒体自噬抑制剂Mdivi-1可显著逆转RVG-EVs-sicHIPK3对炎症因子水平、M1标志蛋白质及线粒体蛋白质表达的下调作用(P<0.01)。本研究证实,抑制了circHIPK3后可减少LPS诱导的小胶质细胞向M1表型转化,其保护机制与增强线粒体自噬流、促进受损线粒体清除密切有关。 展开更多
关键词 环状RNA HIPK3 小胶质细胞 极化 线粒体自噬
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microRNA miR-92a-1-p5导入蚜虫条件筛选
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作者 赵许惠 李忠蔚 +5 位作者 常美玲 蔡智岩 王云开 阚云超 张东海 李丹丹 《南阳师范学院学报》 CAS 2025年第1期53-58,共6页
微小RNA(microRNA,miRNA)在蚜虫发育过程中具有重要调控作用,近年来利用miRNA作为靶标进行害虫防治逐渐受到人们的重视,但miRNA导入蚜虫的方式有很大局限。为探索miRNA导入蚜虫的最适条件,以豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)为研究对象,探... 微小RNA(microRNA,miRNA)在蚜虫发育过程中具有重要调控作用,近年来利用miRNA作为靶标进行害虫防治逐渐受到人们的重视,但miRNA导入蚜虫的方式有很大局限。为探索miRNA导入蚜虫的最适条件,以豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)为研究对象,探究显微注射、饲喂、纳米系统递送三种方式对microRNA miR-92a-1-p5的导入效果;同时将不同浓度的miRNA模拟物或抑制剂通过纳米递送系统导入蚜虫体内,定量PCR(Quantitative PCR,qRT-PCR)筛选miRNA导入蚜虫的最佳浓度。结果发现,蚜虫体壁薄且体液多,显微注射方式会导致内容物流出过多而死亡,因此显微注射方式不适于蚜虫miRNA的导入。使用豌豆苗幼嫩组织吸收miRNA抑制剂后再饲喂蚜虫,发现处理48 h后miR-92a-1-p5表达量下降45.3%,其靶标基因flightin表达量上升65.6%,呈显著负调控(P<0.01),表明该方式适合miRNA在蚜虫中的有效导入。使用纳米材料包裹miRNA模拟物或抑制剂后在蚜虫背板点滴,可实现miRNA在蚜虫中的有效过表达或干涉,且最适浓度为160 ng/μL。综上所述,植物吸收miRNA后饲喂蚜虫的方式和纳米递送系统介导miRNA导入的方式,均能实现miRNA在豌豆蚜中的有效导入,纳米递送系统操作更简单,效率更高。研究为miRNA导入蚜虫方式提供了参考,也为miRNA用于害虫防治提供了新的思路。 展开更多
关键词 豌豆蚜 miR-92a-1-p5 RNA干涉 纳米递送系统
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RNA研究的网络资源 被引量:3
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作者 陈莉 金由辛 王德宝 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第6期668-671,共4页
随着RNA功能多样性的发现 ,RNA研究领域日益受到重视 ,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长 .利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示 .与此同时 ,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网... 随着RNA功能多样性的发现 ,RNA研究领域日益受到重视 ,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长 .利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示 .与此同时 ,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设 ,为RNA的研究带来了极大的方便 .介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具 ,文中所列网络资源均可在http :/ /dna .sibc .ac.cn/bio/rna. 展开更多
关键词 网络浏览器 数据库 RNA 二级结构
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miRNA调控T2DM糖代谢分子通路表达研究现状
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作者 田坦 鲍善军 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第10期1467-1477,共11页
二型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种以胰岛β细胞损伤、胰岛素抵抗为主要特征的慢性代谢性疾病。除血糖稳态受损外,糖代谢紊乱所产生的葡萄糖毒性还会引起糖尿病肾病、糖尿病性冠心病以及糖尿病认知功能障碍等并发症,对... 二型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种以胰岛β细胞损伤、胰岛素抵抗为主要特征的慢性代谢性疾病。除血糖稳态受损外,糖代谢紊乱所产生的葡萄糖毒性还会引起糖尿病肾病、糖尿病性冠心病以及糖尿病认知功能障碍等并发症,对患者的生命健康造成严重威胁,因此,增强糖代谢改善胰岛素抵抗是防治T2DM的重要手段。当前,T2DM的防治手段以口服类降糖药和外源性胰岛素注射治疗为主,但在治疗过程中存在着诊断指标不清晰、治疗效果不显著和药物副作用等诸多问题,因此,探寻更加精准高效的治疗方案是当前临床研究中的重中之重。MicroRNA(miRNA)是一种对基因转录过程有调控作用的短链非编码RNA,且有报道称与T2DM相关的miRNA在血糖受损等病理特征显露前就已发生明显改变,由此可推断miRNA具备成为T2DM诊断指标的潜力,从而解决当前诊断延迟率高、因延误最佳治疗阶段导致病情恶化等问题。此外,miRNA可通过调节糖代谢相关通路表达增强患者体内糖代谢并改善胰岛素抵抗,维持血糖稳态的同时避免了传统疗法引发的如骨密度下降、局部脂肪堆积等副作用,发挥精准高效的防治效果。因此,本文将通过系统阐述miRNA调控糖代谢相关通路的分子机制,为其后续临床研究提供参考依据和理论基础。 展开更多
关键词 二型糖尿病 微RNA 信号通路 糖代谢 胰岛素抵抗
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肝门部胆管癌经皮经肝胆道引流与内镜下逆行胆管引流胆汁中肿瘤细胞成瘤性对比与分析
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作者 祝凯华 张德祥 +3 位作者 陶颖 张舒龙 范坤 刘厚宝 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期112-124,共13页
肝门部胆管癌发病隐匿,常因胆汁淤积引起梗阻性黄疸,导致肝功能受损。对肿瘤合并恶性梗阻性黄疸,临床通常在手术前行胆汁引流。目前,胆汁引流方式主要是经皮经肝胆道引流(percutaneous transhepatic biliary drainage,PTBD)和内镜下逆... 肝门部胆管癌发病隐匿,常因胆汁淤积引起梗阻性黄疸,导致肝功能受损。对肿瘤合并恶性梗阻性黄疸,临床通常在手术前行胆汁引流。目前,胆汁引流方式主要是经皮经肝胆道引流(percutaneous transhepatic biliary drainage,PTBD)和内镜下逆行胆管引流(endoscopic retrograde biliary drainage,ERBD),2种引流方式各有优劣。PTBD引流易引起肿瘤种植转移,但机制不清楚。本文分析肝门部胆管癌PTBD及ERBD引流胆汁,从中分离获得肿瘤细胞,通过体外肿瘤球形成及体内移植瘤模型对PTBD与ERBD胆汁中肿瘤细胞的致瘤性及机制进行研究。以胆结石组作为阴性对照,分为良性结石组(30例),ERBD减黄组(13例),PTBD减黄组(14例),其中良性结石30例的胆汁中无肿瘤细胞,未形成肿瘤球,ERBD减黄13例胆汁中有3例形成肿瘤球(23%),PTBD减黄14例胆汁有6例形成肿瘤球(42%),PTBD组细胞的肿瘤球形成能力显著高于ERBD组。皮下移植瘤检测表明,PTBD组移植瘤生长能力显著高于ERBD组,PTBD胆汁中的肿瘤细胞具有更强的致瘤能力。在机制研究中,RT-PCR检测表明,PTBD组肿瘤球干细胞转录因子Nanog的mRNA水平显著高于ERBD组。在3例PTBD组细胞中敲低Nanog,肿瘤球形成,皮下移植瘤生长均被降低,Nanog在PTBD肿瘤细胞强的致瘤能力中发挥重要作用。PTBD细胞中Nanog的mRNA半衰期长于ERBD组,Nanog的mRNA受转录后修饰潜在调控。本文发现,PTBD肿瘤细胞中Nanog的m 6A水平高于ERBD组。对RNA修饰的甲基转移酶及去甲基化酶进行检测表明,ALKBH5(α-ketoglutarate dependent dioxygenase alkb homolog 5)的mRNA表达水平在PTBD组低于ERBD组,且与Nanog的m 6A水平显著相关。敲低ALKBH 5,Nanog的m 6A水平升高,而过表达ALKBH 5则下调Nanog的m 6A水平。双荧光素酶活性检测表明,ALKBH 5敲低显著增强荧光素酶活性,而ALKBH 5过表达则降低荧光素酶活性。进一步研究证实,敲低ALKBH 5,Nanog的mRNA和蛋白质水平均被上调,相反过表达ALKBH 5,Nanog的mRNA和蛋白质水平被下调。ALKBH5介导Nanog去甲基化修饰,PTBD组低的ALKBH5水平促进其Nanog的m 6A修饰上调。过表达ALKBH 5降低肿瘤球生长;敲低ALKBH 5肿瘤球生长被上调,但同时敲低Nanog,升高的肿瘤球生长被抑制。综上,肝门部胆管癌经PTBD与ERBD减黄胆汁中的肿瘤细胞可形成肿瘤球,具有致瘤性。相比于ERBD组,PTBD胆汁中肿瘤细胞ALKBH5的表达水平低,增强了Nanog的m 6A修饰,上调Nanog表达水平,具有更强的致瘤性,对揭示PTBD引流易引起肿瘤种植转移具有重要意义。 展开更多
关键词 经皮经肝胆道引流 内镜下逆行胆管引流 肝门部胆管癌 α-酮戊二酸依赖的双加氧酶alkb家族同系物5 Nanog
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基于四元数的RNA特征提取方法
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作者 王宁 苏瑢 王明辉 《科学技术与工程》 北大核心 2025年第26期11072-11078,共7页
核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)序列特征提取广泛应用于RNA分析相关的各个研究领域,如基因表达分析、RNA结构预测或相互作用研究等。考虑到RNA序列由4个核苷酸组成的特点,首次将四元数引入RNA序列的特征提取中。提出了4种新的特征提取... 核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)序列特征提取广泛应用于RNA分析相关的各个研究领域,如基因表达分析、RNA结构预测或相互作用研究等。考虑到RNA序列由4个核苷酸组成的特点,首次将四元数引入RNA序列的特征提取中。提出了4种新的特征提取方法,分别是纯四元数编码方法、单向叠加方法、中心双向叠加方法和傅里叶变换法,其中两种叠加方法综合了序列整体与局部的频率和位置信息。新提出的4种方法将RNA序列转换为同维数的四元数向量进行特征提取。使用K-最近邻(K-nearest neighbor,KNN)分类器和支持向量机(support vector machine,SVM)分类器与核苷酸组成(nucleic acid composition,NAC)、累积核苷酸频率(accumulated nucleotide frequency,ANF)和三核苷酸组成(tri-nucleotide composition,TNC)等常用特征提取方法比较。结果表明,所提出的几种方法均有较好的表现。 展开更多
关键词 RNA序列特征提取 四元数 叠加 傅里叶变换
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竞争性内源RNA在结核病中的研究进展
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作者 杨金兰 曾赵军 汤立军 《生命科学》 2025年第3期287-295,共9页
结核病是发病率及致死率较高的传染性疾病之一,由结核分枝杆菌感染引起。近年来发现竞争性内源RNA在各种疾病中起着关键的调控作用。长链非编码RNA、环状RNA、假基因转录产物以及信使RNA等通过竞争性地结合微小RNA调控相关基因的表达并... 结核病是发病率及致死率较高的传染性疾病之一,由结核分枝杆菌感染引起。近年来发现竞争性内源RNA在各种疾病中起着关键的调控作用。长链非编码RNA、环状RNA、假基因转录产物以及信使RNA等通过竞争性地结合微小RNA调控相关基因的表达并影响结核病的发生发展。本文以竞争性内源RNA的生物学组成和功能、影响竞争性内源RNA调控结核病发生发展的相关因素为基础,阐述了不同类型竞争性内源RNA在结核病发生发展过程中可能的作用机制,并探讨了竞争性内源RNA之间相互作用网络在结核病治疗和预后中的临床意义。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA 结核病 结核分枝杆菌 生物标志物
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假基因GTF3AP2参与调控造血干祖细胞向红系分化
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作者 夏澜 荣誉 +2 位作者 夏洪恺 马艳妮 余佳 《基础医学与临床》 2025年第6期735-740,共6页
目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流... 目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流式分析检测红系/巨核系祖细胞的比例变化,并通过转录组测序确定其在红系分化中的作用,揭示体外敲降GTF3PAP2后细胞分子水平的变化。结果 抑制GTF3AP2的内源表达后,细胞的扩增能力显著增强,其中红系集落数目明显增多(P<0.001),CD71+CD235a+红细胞前体细胞比例显著增加(P<0.01),而CD71-CD235a+成熟红细胞比例减少(P<0.05),同时红系分化相关基因如KLF1、HBB、GYPA、EPOR、TFRC等表达显著下降。结论 敲降GTF3AP2促进红系前体细胞扩增,抑制红细胞成熟,提示GTF3AP2可能在红系分化过程中发挥调控作用。 展开更多
关键词 假基因 红系分化 转录组测序 GTF3AP2
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RNA干扰技术应用于媒介生物防治的研究进展 被引量:2
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作者 张健 郭云海 +2 位作者 开振鹏 蒋天哥 张仪 《中国媒介生物学及控制杂志》 2025年第1期129-136,143,共9页
RNA干扰(RNAi)是一种高效的分子调控手段,通过特异性地降低靶标基因的表达水平,对害虫的生物学特性产生影响。蚊、蜱、淡水螺和螨是传播多种致命疾病的重要媒介生物,RNAi技术在媒介生物防治的应用显示出了巨大的潜力。该文综述了RNAi技... RNA干扰(RNAi)是一种高效的分子调控手段,通过特异性地降低靶标基因的表达水平,对害虫的生物学特性产生影响。蚊、蜱、淡水螺和螨是传播多种致命疾病的重要媒介生物,RNAi技术在媒介生物防治的应用显示出了巨大的潜力。该文综述了RNAi技术在蚊、蜱、淡水螺和螨类等基因功能研究中的应用,尤其是在影响其繁殖能力、生长发育、神经和代谢功能以及免疫和病毒传播等基因方面的应用。此外,文章还探讨了影响RNAi效率的多种因素,包括双链RNA(dsRNA)的长度、浓度、给药途径和转染方法等,讨论了RNAi技术在实际应用中面临的挑战,并展望了RNAi技术在媒介生物防治中的潜力,旨在为未来的媒介生物防制管理策略提供新的途径和方法。 展开更多
关键词 RNA干扰 媒介生物 干扰效率
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标准化实时荧光定量PCR技术流程 被引量:2
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作者 曹龙凯 郭春华 《饲料博览》 2012年第4期13-17,共5页
实时荧光定量PCR(RT-9PCR)是把酶动力学、核酸扩增与杂交、光谱分析和实时检测技术巧妙结合的一项技术,具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等特点,因此广泛应用于病毒学、遗传性疾病、肿瘤和癌症的诊断等... 实时荧光定量PCR(RT-9PCR)是把酶动力学、核酸扩增与杂交、光谱分析和实时检测技术巧妙结合的一项技术,具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等特点,因此广泛应用于病毒学、遗传性疾病、肿瘤和癌症的诊断等方面,成为分子生物学研究中的重要工具。文章根据MIQE指南简要介绍RT-qPCR规范的试验流程。 展开更多
关键词 RT-QPCR MIQE RNA的提取 RT-PCR 引物设计 数据分析
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circ-001209调控白细胞介素-33/生长刺激表达基因2蛋白信号通路对糖尿病视网膜病变大鼠视网膜微血管生成的作用机制
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作者 龚雨佳 李海龙 曹慧 《实用临床医药杂志》 2025年第4期23-28,33,共7页
目的探讨circ-001209调控白细胞介素-33/生长刺激表达基因2蛋白(IL-33/ST2)信号通路对糖尿病视网膜病变(DR)大鼠视网膜微血管生成的作用机制。方法将50只大鼠随机分为Col组、DR组、si-circ-NC组、si-circ-001209组和si-circ-001209+IL-3... 目的探讨circ-001209调控白细胞介素-33/生长刺激表达基因2蛋白(IL-33/ST2)信号通路对糖尿病视网膜病变(DR)大鼠视网膜微血管生成的作用机制。方法将50只大鼠随机分为Col组、DR组、si-circ-NC组、si-circ-001209组和si-circ-001209+IL-33组,每组10只。检测大鼠空腹血糖(FPG)和血清空腹胰岛素(FINS)水平;采用荧光素眼底血管造影术(FFA)检测视网膜血管生成;采用酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清中血管生成相关因子及炎症因子水平;采用苏木精-伊红(HE)染色检测视网膜组织病理学变化;采用过碘酸-Schiff反应(PAS)染色检测视网膜微血管生成数;采用蛋白质印迹法检测视网膜组织中IL-33、ST2、血管内皮生长因子(VEGF)、低氧诱导因子-1α(HIF-1α)、细胞间黏附分子-1(ICAM-1)蛋白表达。结果与Col组比较,DR组、si-circ-NC组FPG,FINS,血清VEGF、血管生成素-1(Ang-1)、IL-6、IL-33、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)水平,微血管生成数以及视网膜组织中IL-33、ST2、VEGF、HIF-1α、ICAM-1蛋白表达均升高,差异有统计学意义(P<0.05);si-circ-001209组FPG,FINS,血清VEGF、Ang-1、IL-6、IL-33、TNF-α水平,微血管生成数以及视网膜组织中IL-33、ST2、VEGF、HIF-1α、ICAM-1蛋白表达均低于si-circ-NC组,差异有统计学意义(P<0.05);si-circ-001209+IL-33组FPG,FINS,血清VEGF、Ang-1、IL-6、IL-33、TNF-α水平,微血管生成数及视网膜组织中IL-33、ST2、VEGF、HIF-1α、ICAM-1蛋白表达高于si-circ-001209组,差异有统计学意义(P<0.05)。结论敲减circ-001209可抑制DR大鼠视网膜微血管生成,作用机制可能与抑制IL-33/ST2信号通路激活、降低炎症水平有关。 展开更多
关键词 环状RNA 糖尿病视网膜病变 微血管生成 白细胞介素-33 生长刺激表达基因2蛋白 信号通路
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LncRNA SNHG12与EPHB 3竞争性结合miR-326促进乳腺癌的进展
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作者 李勇 全翊宁 +2 位作者 王坤 李洪利 尹崇高 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第9期1310-1319,共10页
乳腺癌(breast cancer,BRCA)的高转移与复发率使其成为全球癌症相关死亡的主要原因之一,探索其分子机制就显得尤为重要。课题组前期研究已证明,miR-326调控EPHB 3抑制BRCA细胞的进展。本研究进一步探讨LncRNA通过竞争性内源RNA(competin... 乳腺癌(breast cancer,BRCA)的高转移与复发率使其成为全球癌症相关死亡的主要原因之一,探索其分子机制就显得尤为重要。课题组前期研究已证明,miR-326调控EPHB 3抑制BRCA细胞的进展。本研究进一步探讨LncRNA通过竞争性内源RNA(competing endogenous RNA,ceRNA)机制与EPHB 3竞争性结合miR-326影响BRCA进展的分子机制。通过生物信息学分析筛选出与miR-326具有潜在结合位点的LncRNA SNHG12,结果显示,SNHG12在BRCA组织中显著高表达,且与miR-326之间存在表达水平的负相关趋势,与EPHB3之间存在正相关趋势,提示其可能参与ceRNA调控网络。核质分离实验表明,SNHG12主要定位于胞质,双荧光素酶报告实验验证了其可直接结合miR-326。功能实验表明,敲低SNHG12可显著抑制BRCA细胞的增殖、侵袭与迁移;而抑制miR-326则会逆转此效应。此外,生物素标记的miRNA下拉检测结果显示,SNHG12和EPHB3在miR-326的下拉产物中显著富集,提示二者可与miR-326直接结合。Western印迹和挽救实验表明,SNHG12通过吸附miR-326解除其对EPHB 3的抑制作用,进而上调EPHB 3表达,促进BRCA细胞的增殖、侵袭与迁移能力。综上,本研究首次阐明LncRNA SNHG12通过ceRNA机制调控miR-326/EPHB3轴在BRCA中发挥促癌作用。提示SNHG12/miR-326/EPHB 3通路可能成为BRCA分子诊断与靶向治疗的潜在新靶点。 展开更多
关键词 乳腺癌 长非编码RNA SNHG12 miR-326 EPH受体B3 竞争性内源性RNA 侵袭 迁移
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RMDfold:基于残差Mamba和密集连接的端到端RNA二级结构预测方法
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作者 郝泽洲 羊艳玲 +1 位作者 周亮 姚旭峰 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第12期3149-3164,共16页
目的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在多种生命过程中发挥着重要的调控作用,二级结构对于其正常功能实现至关重要。现有的方法在预测RNA二级结构时普遍存在模型复杂度高、难以捕获长程依赖关系以及在复杂结构预测上泛化能力差的问题... 目的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在多种生命过程中发挥着重要的调控作用,二级结构对于其正常功能实现至关重要。现有的方法在预测RNA二级结构时普遍存在模型复杂度高、难以捕获长程依赖关系以及在复杂结构预测上泛化能力差的问题。因此,需要提出新的方法来预测RNA二级结构。方法本研究提出一种端到端预测模型RMDfold,使用残差Mamba(residual Mamba,resMamba)与密集连接(dense connection,Dense)相结合的特征提取策略。模型采用一维和二维两阶段的学习过程进行特征建模,在一维序列空间中学习核苷酸间的依赖关系,再将其映射到二维空间进一步学习核苷酸间的配对模式,并通过配对约束确定核苷酸的唯一配对,得到最终的二级结构。在一维与二维阶段中均通过Dense捕捉短程依赖特征,resMamba建模长程依赖关系,实现信息表征的逐级增强与短长程特征的有效融合。为了验证本方法的有效性,与Ufold、REDfold、TransUfold和sincfold四种方法在RNAStralign、ArchiveII和bpRNA-new三个公开数据集上进行了比较。结果本研究所提出的RMDfold方法在结构预测、假结预测、不同长度的序列预测和模型复杂度分析上优于其他算法,并且所需参数最少且推理速度最快。在结构预测中,该方法在RNAStralign的F1分数(F1 score,F1)、马修斯相关系数(Matthews correlation coefficient,MCC)、精确度(precision)和召回率(recall)分别达到0.9735、0.9731、0.9756和0.9723,在ArchiveII的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.8543、0.8556、0.8747和0.8762,在bpRNA-new的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.3828、0.4015、0.5365和0.3187。在假结预测中,基于ArchiveII数据集,模型的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.7414、0.7433、0.7525和0.7396。在不同长度的序列预测中,该方法在200~500 nt序列中仍保持0.70的准确率。在模型复杂度分析中,RMDfold所需参数量为2.8867 M,推理速度为0.0260 s。结论RMDfold能够准确预测RNA的二级结构,有助于揭示RNA分子在基因表达调控、分子识别和催化中的核心作用,也为疾病相关变异机制解析、RNA靶向药物设计以及进化与比较基因组学研究提供重要支持。 展开更多
关键词 非编码RNA RNA二级结构 残差Mamba 密集连接 深度学习
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转录物组学研究揭示miR⁃3910促进神经母细胞瘤进展
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作者 李佳佳 贾艳梅 +3 位作者 刘玉玲 刘菲 王惠茹 陈利荣 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第7期1019-1030,共12页
神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其... 神经母细胞瘤(neuroblastoma,NB)作为儿童最常见的颅外实体肿瘤,其高度恶性特征和不良预后亟待深入研究。近年来,微小RNA(miRNA)作为重要的转录后调控分子,在肿瘤发生发展中发挥关键作用。基于上述背景,本研究将重点关注miR-3910,探讨其在NB细胞系SH-SY5Y中的生物学功能以及其分子调控机制。通过生物信息学分析和转录物组测序技术,我们发现了miR-3910的潜在关键靶分子,从而为NB的精准诊断和有效治疗提供基因靶点。在本研究中,运用qRT-PCR检测转染mimic nc与miR-3910 mimic后的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达水平,与nc组相比,mimic组的SH-SY5Y细胞中miR-3910表达显著上调(P<0.01);采用CCK-8法和细胞划痕试验定量分析miR-3910对细胞增殖与迁移能力的影响,细胞增殖能力在48 h显著提高(P<0.05),迁移能力在48 h明显增强(P<0.01);借助流式细胞术测定miR-3910对细胞周期进程的作用,细胞周期进展加速,G_(0)/G_(1)期细胞百分数减少(P<0.01),S期细胞显著增加(P<0.05)。综合生物信息学分析及高通量转录物组测序技术预测miR-3910过表达后SH-SY5Y细胞中的关键分子变化。经转录物组测序及生物信息学分析,筛选出EIF3CL(EIF3C)、RNF103-CHMP 3(VPS24)、SULT1A 4(SULT1A4)、CORO7-PAM 16(CORO7)、H4C 12(Histone H4)、TBC1D 3(TBC1D3A/B/C)等6个(别名来自GeneCards数据库)与NB相关基因,且qRT-PCR和Western印迹验证结果与测序结果一致(P<0.01)。综上所述,miR-3910过表达显著促进SH-SY5Y细胞的增殖、迁移及周期进展,并揭示了一系列潜在的靶向关键分子,为深入理解NB发病机制提供了新视角,为NB的分子靶向治疗提供理论依据和潜在干预靶点。 展开更多
关键词 神经母细胞瘤 微RNA-3910 SH-SY5Y 转录物组测序 生物信息学分析
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长非编码RNA KCNQ1OT1的泛癌分析及其在胃癌中对谷氨酰胺代谢的调控作用
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作者 于亚楠 李家秋 马晓林 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期156-168,共13页
长非编码RNA KCNQ1OT1对多种癌症的发生发展中起着重要的促进作用。然而,目前还没有研究在泛癌中对KCNQ1OT1进行系统的分析。本研究通过对KCNQ1OT1在泛癌组织中的表达水平以及对肿瘤患者的预后情况分析,阐明KCNQ1OT1在肿瘤诊断和预后中... 长非编码RNA KCNQ1OT1对多种癌症的发生发展中起着重要的促进作用。然而,目前还没有研究在泛癌中对KCNQ1OT1进行系统的分析。本研究通过对KCNQ1OT1在泛癌组织中的表达水平以及对肿瘤患者的预后情况分析,阐明KCNQ1OT1在肿瘤诊断和预后中的价值,通过分析KCNQ1OT1在胃癌中的调控机制,为胃癌的诊疗提供新的分子靶点。使用Sangerbox 3.0、临床生信之家以及UALCAN数据库,发现KCNQ1OT1在7种肿瘤组织中表达增高(均P<0.05)。在Sangerbox 3.0数据库中发现KCNQ1OT1与多种肿瘤的预后不良相关。使用R软件分析胃癌患者中KCNQ1OT1高表达组和低表达组的差异基因(P<0.05,log2FoldChange>1),并使用基因本体(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)功能富集分析发现,KCNQ1OT1参与了胃癌谷氨酰胺的代谢过程。细胞计数和Western印迹检测发现,敲低KCNQ1OT1后胃癌细胞的活性、SLC1A5表达水平以及其介导的谷氨酰胺转运过程均显著下降(P<0.01)。生物信息学、RNA免疫沉淀和双荧光素酶分析验证了KCNQ1OT1竞争性结合miR-138-5p,并促进SLC1A5的表达。最后,染色质免疫沉淀测序数据检测KCNQ1OT1的基因位点具有高H3K27ac信号,并通过染色质免疫沉淀定量PCR验证了P300介导的增强子活性调控了胃癌中KCNQ1OT1的高表达。KCNQ1OT1在多种肿瘤中可以作为一种独立的诊断标志物和预后预测因子。靶向KCNQ1OT1/miR-138-5p/SLC1A5信号轴调控的谷氨酰胺代谢,为胃癌的治疗提供了新的策略和分子靶点。 展开更多
关键词 KCNQ1OT1 泛癌 生物标志物 谷氨酰胺代谢 增强子
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RNA修饰对肾癌发生发展的影响及临床潜力
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作者 杨慧婷 卢璐 +5 位作者 李倩 刘博洋 高胜兰 黄必堂 杨春龙 潘庆军 《中国比较医学杂志》 北大核心 2025年第7期128-147,共20页
肾癌是一种常见且发病率逐渐上升的恶性肿瘤,其发生机制复杂,遗传、吸烟和肥胖等因素与之密切相关。当前主要治疗方法为手术切除肿块,辅以放化疗和免疫靶向治疗,但术后复发转移率较高,治疗效果有限,亟需寻找更有效的靶点。越来越多证据... 肾癌是一种常见且发病率逐渐上升的恶性肿瘤,其发生机制复杂,遗传、吸烟和肥胖等因素与之密切相关。当前主要治疗方法为手术切除肿块,辅以放化疗和免疫靶向治疗,但术后复发转移率较高,治疗效果有限,亟需寻找更有效的靶点。越来越多证据表明,表观遗传修饰,尤其是RNA修饰,在肾癌的发生发展中起着重要调控作用。本文综述了肾癌中RNA表观遗传学研究进展,重点讨论了包括N6-甲基腺苷(N6-methyladenosine,m^(6)A)、N7-甲基鸟苷(N7-methylguanosine,m^(7)G)、5-甲基胞嘧啶(5-methylcytosine,m^(5)C)、N1-甲基腺苷(N1-methyladenosine,m^(1)A)、腺苷到肌苷(adenosine-to-inosine editing,A-to-I)、N6,2’-O-二甲基腺苷(N6,2’-O-dimethyladenosine,m^(6)Am)和N4-乙酰基胞苷(N4-acetylcytidine,ac^(4)C)等RNA修饰及其调控因子在肾癌中的作用和机制,并探讨了靶向RNA修饰及相关蛋白在肾癌临床诊断和治疗中的潜力。 展开更多
关键词 RNA修饰 肾癌 影响和分子机制 临床诊疗
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牙龈卟啉单胞菌上调HuR抑制hsa_circ_0057552促进食管鳞癌发展
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作者 杨睿 谷变利 +4 位作者 石林林 李硕轩 郎耀武 左志向 高社干 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第11期1678-1686,共9页
已有研究表明,牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)感染与食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)不良预后显著相关,虽然部分环状RNA(circular RNA,circRNA)已被证实具有抑制ESCC发生发展的功能,但其在P... 已有研究表明,牙龈卟啉单胞菌(Porphyromonas gingivalis,P.gingivalis)感染与食管鳞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC)不良预后显著相关,虽然部分环状RNA(circular RNA,circRNA)已被证实具有抑制ESCC发生发展的功能,但其在P.gingivalis感染相关ESCC中的调控机制尚未阐明。本研究通过RT-qPCR检测发现,P.gingivalis感染下调ESCC细胞及组织中hsa_circ_0057552的表达,且下调呈感染时间和剂量依赖性特点。同时放线菌素D实验结果显示,P.gingivalis感染降低了ESCC细胞中hsa_circ_0057552的稳定性(P<0.05)。通过体外功能试验及体内小鼠荷瘤模型发现,hsa_circ_0057552过表达可显著抑制ESCC细胞的增殖、迁移、侵袭能力及肿瘤生长(P<0.05)。此外,PCR阵列结合RT-qPCR和Western印迹结果表明,P.gingivalis感染在RNA和蛋白质水平上均显著上调人类抗原R(human antigen R,HuR)的表达(P<0.05)。机制研究表明,敲降HuR显著增加了hsa_circ_0057552的表达(P<0.01),而过表达hsa_circ_0057552不影响HuR。最终RT-qPCR结果显示,si-HuR逆转了P.gingivalis对hsa_circ_0057552的抑制作用。本研究揭示,P.gingivalis调控HuR/hsa_circ_0057552,可能是其促进食管鳞癌进展的新机制,为P.gingivalis感染相关的食管鳞癌治疗提供了新的分子标志物。 展开更多
关键词 食管鳞癌 牙龈卟啉单胞菌 人类抗原R hsa_circ_0057552
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RNA-蛋白质相分离凝聚过程中RNA的调节模型研究
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作者 韩托弟 郭秀珍 +1 位作者 赵新军 党玉洁 《四川大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第5期1224-1233,共10页
本文旨在模型化研究RNA如何调控RNA-蛋白质(PROT)相分离凝聚(phase separation condensation,PSC).首先,基于扩散动力学和Hill动力学,提出了一种新的RNAPROT动态PSC理论模型.理论模型将扩散系数与自由能联系起来,并将多价作用(包括RNA与... 本文旨在模型化研究RNA如何调控RNA-蛋白质(PROT)相分离凝聚(phase separation condensation,PSC).首先,基于扩散动力学和Hill动力学,提出了一种新的RNAPROT动态PSC理论模型.理论模型将扩散系数与自由能联系起来,并将多价作用(包括RNA与PROT间的物理亲和与键合作用)考虑其中,获得了RNA-PROT多相(包括多种相、多重相)PSC清晰的动态相图.其次,基于分子动力学模拟,分析了RNA与PROT多价作用中的物理亲和相互作用与键合反应对RAN-PROT PSC的调节机理.研究发现,RNA与PROT间的多价作用导致RNA-PROT相互作用系统发生多相分离并形成RNA-PROT凝聚体,RNA通过多价作用调控RNA-PROT PSC机制,是RNA与PROT的物理亲和相互作用与键合反应等协同调控的结果.本文结果揭示出RNA-PROT PSC的耗散与自由能调控的物理本质,而且可以更精确地理解RNA通过与PROT间的多价作用对RNA-PROT PSC的调控效应. 展开更多
关键词 非平衡态统计物理 RNA-蛋白质(PROT)相分离凝聚 扩散动力学 分子动力学模拟
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