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RNA二级结构预测方法的研究进展 被引量：1
1
作者 郝泽洲 羊艳玲 +3 位作者 赵贺龙 周亮 姚旭峰 吴韬 《生物工程学报》 北大核心 2026年第2期611-631,共21页
RNA二级结构作为结构生物学研究的重要内容,在维持分子稳定性和调控多种生物学功能中发挥重要作用。由于通过实验方法解析RNA二级结构的过程复杂且成本较高,发展高效准确的预测方法已成为RNA二级结构研究的重要方向。计算生物学作为重... RNA二级结构作为结构生物学研究的重要内容,在维持分子稳定性和调控多种生物学功能中发挥重要作用。由于通过实验方法解析RNA二级结构的过程复杂且成本较高,发展高效准确的预测方法已成为RNA二级结构研究的重要方向。计算生物学作为重要分析工具,为结构生物学提供了理论基础和算法支持,在预测RNA二级结构方面展现出巨大潜力,在生物医学相关领域得到了广泛关注。本文首先综述了RNA二级结构预测的主要计算方法,包括能量方法、多序列方法、传统机器学习方法、深度学习方法和基于三级结构的RNA二级结构预测方法,并对比分析了各类算法的优缺点;然后探讨了相关技术在生物医学领域中的应用,重点对RNA结合蛋白位点识别进行了总结;最后对RNA二级结构预测方法的发展前景进行了展望。本文可为相关研究提供重要参考。 展开更多
关键词 结构生物学 RNA二级结构 预测 计算生物学 RNA结合蛋白
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RNA接近自复制临界点
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作者 Robert F.Service 《科技导报》 北大核心 2026年第4期15-16,共2页
某些RNA分子可生成自身镜像,暗示类似分子或为生命出现的起点。如今,RNA看似被其耀眼的表亲DNA所掩盖,但许多科学家认为,在生命诞生之初,RNA分子曾是舞台主角。它们既能存储遗传信息,又能自我复制,或曾触发演化进程,催生日益复杂的生命... 某些RNA分子可生成自身镜像,暗示类似分子或为生命出现的起点。如今,RNA看似被其耀眼的表亲DNA所掩盖,但许多科学家认为,在生命诞生之初,RNA分子曾是舞台主角。它们既能存储遗传信息,又能自我复制,或曾触发演化进程,催生日益复杂的生命形式。 展开更多
关键词 生命起源 自我复制 遗传信息 科学家 RNA DNA
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lncRNA663调控CLDN10表达及猪流行性腹泻病毒复制的功能分析
3
作者 吴作林 梁海江 +3 位作者 吴哲豫 杨松柏 赵阿勇 钦伟云 《畜牧兽医学报》 北大核心 2026年第2期945-954,共10页
猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是一种引起仔猪急性腹泻、呕吐及脱水等临床症状的冠状病毒,对全球猪养殖业造成了严重的经济损失。越来越多的研究报道长链非编码RNA(lncRNA)在猪冠状病毒中发挥着重要的调控作... 猪流行性腹泻病毒(porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)是一种引起仔猪急性腹泻、呕吐及脱水等临床症状的冠状病毒,对全球猪养殖业造成了严重的经济损失。越来越多的研究报道长链非编码RNA(lncRNA)在猪冠状病毒中发挥着重要的调控作用,然而,关于lncRNA663在PEDV感染中的调控作用和机制研究尚未有相关报道。基于前期高通量转录组数据分析,笔者发现lncRNA 663与紧密连接蛋白CLDN10具有共表达趋势,因此本研究以lncRNA 663和CLDN10为试验对象,探索其在PEDV感染中的调控作用。本研究qRT-PCR和Western blot结果显示,PEDV感染IPEC-J2细胞后上调了lncRNA 663和CLDN10的表达水平(P<0.05),DSS处理则显著降低了lncRNA 663和CLDN10的表达水平(P<0.05)。亚细胞定位预测发现lncRNA 663主要定位于细胞质,RPISeq预测发现lncRNA663和CLDN10高度互作(SVM:0.98,RF:0.8);功能试验结果显示,siRNAs敲低lncRNA 663后,CLDN10的mRNA和蛋白表达水平显著下降,PEDV复制水平亦同步降低(P<0.05)。进一步通过AlphaFold3和ChimeraX进行结构预测,发现CLDN10可能与PEDV S蛋白形成7个氢键结合位点,提示其可能参与病毒侵染过程。综上所述,本研究初步揭示lncRNA 663通过调控CLDN10表达促进PEDV复制的可能机制,为深入解析病毒与宿主非编码RNA互作关系及干预靶点提供参考。 展开更多
关键词 猪流行性腹泻病毒 长链非编码RNA CLDN10 肠道屏障
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痛性糖尿病周围神经病变的营养感知机制:基于背根神经节多组学测序发现枢纽miRNA-mRNA调控网络
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作者 高堂清 罗静雅 +2 位作者 赵梦雪 吴畏 杨海红 《陆军军医大学学报》 北大核心 2026年第6期757-767,共11页
目的痛性糖尿病周围神经病变(painful diabetic peripheral neuropathy,PDPN)是糖尿病常见的破坏性并发症,其临床表现及发病机制复杂。从PDPN进展来看,营养感知如何改变基因转录是非常值得探讨的科学问题。然而其潜在的分子机制,尤其是... 目的痛性糖尿病周围神经病变(painful diabetic peripheral neuropathy,PDPN)是糖尿病常见的破坏性并发症,其临床表现及发病机制复杂。从PDPN进展来看,营养感知如何改变基因转录是非常值得探讨的科学问题。然而其潜在的分子机制,尤其是背根神经节(dorsal root ganglia,DRG)中的转录后调控机制与PDPN之间的关联仍然知之甚少。因此,本研究采用整合的多组学方法,在成熟的PDPN大鼠模型的DRG中全面描绘了miRNA和mRNA的表达图谱并分析其调控脉络。方法选取18只雄性SD大鼠(4~5周龄,体质量90~100 g),随机分为阴性对照组(vehicle control)和PDPN组,利用链脲佐菌素(streptozotocin,STZ)诱导大鼠发生糖尿病,构建PDPN大鼠模型。取两组(n=3)的L4-L6 DRG组织,进行miRNA和mRNA高通量测序。通过生物信息学分析筛选差异表达的miRNAs(DEmiRs)和mRNAs(DEGs),并进行GO和KEGG富集分析,整合数据构建了miRNA-mRNA调控网络,最后通过RT-qPCR进行初步验证,并与人源相关数据进行分析比对。结果鉴定出11个显著上调和7个显著下调的DemiRs(|log_(2)FC|>1,P<0.05),以及416个上调和110个下调的DEGs(|log_(2)FC|>1,P<0.05)。KEGG通路分析显示DEGs显著富集于神经活性配体—受体相互作用和脂质代谢等与疼痛和糖尿病代谢密切相关的通路(阈值P<0.05)。通过构建miRNA-mRNA调控网络,结果显示Ms4a2、Itgax、Wnt3、Tnn以及上游miRNA可能是调节PDPN进展的核心枢纽。结论本研究初步系统地描绘了PDPN模型中DRG的miRNA-mRNA互作图谱,显示Ms4a2、Itgax、Wnt3、Tnn以及上游miRNA可能调节PDPN进展的营养感知机制,揭示了let-7i-5p、miR-9a-5p、miR-543-5p、miR-199a-5p、miR-324-5p、miR-702-3p、Ikzf3、Klhl6、Igsf6、Tmc8、Tmc1、Lmx1a、Cldn16、Vwc2、Cyp2c23等多个PDPN的潜在靶点,发现了鞘脂代谢很可能是联系代谢改变与PDPN发生之间的重要通路。从新的角度,初步探讨了PDPN进展的营养感知机制。 展开更多
关键词 痛性糖尿病周围神经病变 鞘脂代谢 营养感知 miRNA-mRNA
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基于RNA切割型DNAzyme的肿瘤标志物检测技术研究进展
5
作者 胥欣悦 李健慧 +4 位作者 李玉娇 由田田 吴拥军 刘利娥 丁丽华 《分析测试学报》 北大核心 2026年第2期452-460,共9页
肿瘤标志物是由肿瘤细胞或机体响应肿瘤存在时异常产生/释放的一类生物活性物质,主要包括蛋白质、核酸、循环肿瘤细胞、小细胞外囊泡、代谢物等,可在血液、体液或组织中检测到。这些肿瘤标志物的含量较低,特别是在癌症发展的初期,因此,... 肿瘤标志物是由肿瘤细胞或机体响应肿瘤存在时异常产生/释放的一类生物活性物质,主要包括蛋白质、核酸、循环肿瘤细胞、小细胞外囊泡、代谢物等,可在血液、体液或组织中检测到。这些肿瘤标志物的含量较低,特别是在癌症发展的初期,因此,高灵敏度、高准确度的检测技术在癌症的早期筛查、疗效监测与预后评估、复发预警、精准医疗中具有重要意义。RNA切割型DNAzyme是同时具备分子识别和催化切割活性的双功能核酸酶,这一独特性质使其在痕量或超痕量的肿瘤标志物的精准检测中展现出显著的应用潜力。该文系统综述了RNA切割型DNAzyme的工作原理,重点分析了该酶在肿瘤标志物检测中的应用及最新进展。在此基础上,进一步梳理了RNA切割型DNAzyme在多重肿瘤标志物同步检测方面的研究动态,尤其是在微流控芯片、微阵列芯片及即时检测(POCT)分析中的应用。最后,对该酶的未来研究方向和应用前景进行了总结与展望。 展开更多
关键词 RNA切割型DNAzyme 肿瘤标志物 检测 核酸催化 分子识别
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鼻咽癌组织中lncRNA ANCR表达与临床病理特征的相关性研究 被引量：1
6
作者 高妍 王忠巧 《实用临床医药杂志》 2025年第3期1-5,共5页
目的探讨鼻咽癌组织中长链非编码RNA抗分化非编码RNA(lncRNA ANCR)表达与临床病理特征的相关性。方法随机纳入2015年6月—2019年6月在本院病理确诊鼻咽癌的115例患者为研究对象,采用实时荧光定量PCR法检测肿瘤组织与癌旁正常组织中lncRN... 目的探讨鼻咽癌组织中长链非编码RNA抗分化非编码RNA(lncRNA ANCR)表达与临床病理特征的相关性。方法随机纳入2015年6月—2019年6月在本院病理确诊鼻咽癌的115例患者为研究对象,采用实时荧光定量PCR法检测肿瘤组织与癌旁正常组织中lncRNA ANCR表达量。分析lncRNA ANCR表达与性别、年龄、病理类型、最大直径、分化级别、临床分期、淋巴结转移的相关性。随访60个月,记录患者肿瘤进展和总生存情况。结果肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于癌旁正常组织,差异有统计学意义(P<0.001)。最大直径≥3 cm、低分化、Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结转移阳性患者肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于最大直径<3 cm、中高分化、Ⅰ~Ⅱ期、淋巴结转移阴性患者,差异有统计学意义(P<0.001)。肿瘤进展、死亡患者肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量高于肿瘤未进展、存活患者,差异有统计学意义(P<0.001)。多因素Logistic回归分析显示,最大直径≥3 cm、Ⅲ~Ⅳ期、淋巴结转移阳性、lncRNA ANCR表达量与肿瘤进展密切相关,Ⅲ~Ⅳ期和lncRNA ANCR表达量与死亡密切相关(P<0.001)。受试者工作特征(ROC)曲线显示,肿瘤组织中lncRNA ANCR表达量预测肿瘤进展和死亡的曲线下面积(AUC)分别为0.899和0.842(P<0.001)。Kaplan-Meier生存曲线显示,肿瘤组织中lncRNA ANCR高表达组5年生存率低于lncRNA ANCR低表达组,差异有统计学意义(P<0.01)。结论肿瘤组织中lncRNA ANCR高表达可能参与鼻咽癌的恶性发展,与临床预后密切相关。 展开更多
关键词 鼻咽癌 长链非编码RNA 抗分化非编码RNA 恶性肿瘤 病理特征
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长非编码RNA对α-烯醇化酶的调控作用 被引量：1
7
作者 祝纯远 李菲 王玉平 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期89-98,共10页
α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节EN... α-烯醇化酶(enolase 1,ENO1)是糖酵解途径中的关键酶,同时也是纤维蛋白原受体和DNA结合蛋白质,在肿瘤发生发展过程中具有重要作用。长非编码RNA(long non-coding RNA,lncRNA)具有基因调控作用。近年研究发现,lncRNA通过多种途径调节ENO1:在细胞核中,作用于ENO 1基因启动子,调节ENO1的转录;在细胞质中,与ENO 1 mRNA直接或间接作用,以及通过对微小核糖核酸的海绵吸附作用影响ENO1翻译;此外,在细胞质中lncRNA与ENO1蛋白直接结合以及作为支架分子诱导ENO1形成聚合物,影响ENO1的稳定性和功能。在肿瘤中,lncRNA异常表达,调节ENO1的过表达和功能,促进肿瘤细胞的增殖和转移。目前,对lncRNA与ENO1之间的相互作用已有了一定的了解,仍需进一步揭示其具体的分子机制和生物学功能,以及lncRNA在临床治疗中的潜在应用。本文综述了长非编码RNA对ENO1的调控作用,重点介绍了16个已发现的lncRNA对ENO1的调节。深入认识lncRNA对ENO1的调节作用,将有助于了解肿瘤细胞中ENO1的调控网络,开辟治疗肿瘤的新靶点。 展开更多
关键词 α-烯醇化酶 糖酵解 长非编码RNA 肿瘤
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肝门部胆管癌经皮经肝胆道引流与内镜下逆行胆管引流胆汁中肿瘤细胞成瘤性对比与分析 被引量：1
8
作者 祝凯华 张德祥 +3 位作者 陶颖 张舒龙 范坤 刘厚宝 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第1期112-124,共13页
肝门部胆管癌发病隐匿,常因胆汁淤积引起梗阻性黄疸,导致肝功能受损。对肿瘤合并恶性梗阻性黄疸,临床通常在手术前行胆汁引流。目前,胆汁引流方式主要是经皮经肝胆道引流(percutaneous transhepatic biliary drainage,PTBD)和内镜下逆... 肝门部胆管癌发病隐匿,常因胆汁淤积引起梗阻性黄疸,导致肝功能受损。对肿瘤合并恶性梗阻性黄疸,临床通常在手术前行胆汁引流。目前,胆汁引流方式主要是经皮经肝胆道引流(percutaneous transhepatic biliary drainage,PTBD)和内镜下逆行胆管引流(endoscopic retrograde biliary drainage,ERBD),2种引流方式各有优劣。PTBD引流易引起肿瘤种植转移,但机制不清楚。本文分析肝门部胆管癌PTBD及ERBD引流胆汁,从中分离获得肿瘤细胞,通过体外肿瘤球形成及体内移植瘤模型对PTBD与ERBD胆汁中肿瘤细胞的致瘤性及机制进行研究。以胆结石组作为阴性对照,分为良性结石组(30例),ERBD减黄组(13例),PTBD减黄组(14例),其中良性结石30例的胆汁中无肿瘤细胞,未形成肿瘤球,ERBD减黄13例胆汁中有3例形成肿瘤球(23%),PTBD减黄14例胆汁有6例形成肿瘤球(42%),PTBD组细胞的肿瘤球形成能力显著高于ERBD组。皮下移植瘤检测表明,PTBD组移植瘤生长能力显著高于ERBD组,PTBD胆汁中的肿瘤细胞具有更强的致瘤能力。在机制研究中,RT-PCR检测表明,PTBD组肿瘤球干细胞转录因子Nanog的mRNA水平显著高于ERBD组。在3例PTBD组细胞中敲低Nanog,肿瘤球形成,皮下移植瘤生长均被降低,Nanog在PTBD肿瘤细胞强的致瘤能力中发挥重要作用。PTBD细胞中Nanog的mRNA半衰期长于ERBD组,Nanog的mRNA受转录后修饰潜在调控。本文发现,PTBD肿瘤细胞中Nanog的m 6A水平高于ERBD组。对RNA修饰的甲基转移酶及去甲基化酶进行检测表明,ALKBH5(α-ketoglutarate dependent dioxygenase alkb homolog 5)的mRNA表达水平在PTBD组低于ERBD组,且与Nanog的m 6A水平显著相关。敲低ALKBH 5,Nanog的m 6A水平升高,而过表达ALKBH 5则下调Nanog的m 6A水平。双荧光素酶活性检测表明,ALKBH 5敲低显著增强荧光素酶活性,而ALKBH 5过表达则降低荧光素酶活性。进一步研究证实,敲低ALKBH 5,Nanog的mRNA和蛋白质水平均被上调,相反过表达ALKBH 5,Nanog的mRNA和蛋白质水平被下调。ALKBH5介导Nanog去甲基化修饰,PTBD组低的ALKBH5水平促进其Nanog的m 6A修饰上调。过表达ALKBH 5降低肿瘤球生长;敲低ALKBH 5肿瘤球生长被上调,但同时敲低Nanog,升高的肿瘤球生长被抑制。综上,肝门部胆管癌经PTBD与ERBD减黄胆汁中的肿瘤细胞可形成肿瘤球,具有致瘤性。相比于ERBD组,PTBD胆汁中肿瘤细胞ALKBH5的表达水平低,增强了Nanog的m 6A修饰,上调Nanog表达水平,具有更强的致瘤性,对揭示PTBD引流易引起肿瘤种植转移具有重要意义。 展开更多
关键词 经皮经肝胆道引流 内镜下逆行胆管引流 肝门部胆管癌 α-酮戊二酸依赖的双加氧酶alkb家族同系物5 Nanog
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RVG-EVs递送靶向circHIPK3的siRNA通过增强线粒体自噬流抑制小胶质细胞M1型极化
9
作者 杨郁 董娜 +1 位作者 张弛 胡圳圳 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第11期1719-1728,共10页
小胶质细胞活化介导的神经炎症反应是多种脑疾病发生发展的重要病理基础。环状RNA(circRNA)在神经炎症调控中的作用日益受到关注。本研究旨在探讨靶向抑制环状RNA HIPK3(circHIPK3)对脂多糖(LPS)诱导的BV2小胶质细胞极化及其分子机制的... 小胶质细胞活化介导的神经炎症反应是多种脑疾病发生发展的重要病理基础。环状RNA(circRNA)在神经炎症调控中的作用日益受到关注。本研究旨在探讨靶向抑制环状RNA HIPK3(circHIPK3)对脂多糖(LPS)诱导的BV2小胶质细胞极化及其分子机制的影响。结果显示,LPS刺激显著诱导BV2细胞向促炎M1表型极化,并上调circHIPK3表达(P<0.01)。成功构建装载circHIPK3 siRNA的工程化改造外囊泡(RVG-EVs-sicHIPK3),其经透射电镜(TEM)观察具有典型外囊泡形态,纳米颗粒跟踪分析(NTA)显示,粒径峰值在70 nm,Western印迹检测证实,其表达外囊泡膜特征性膜蛋白质。RVG-EVs-sicHIPK3处理显著抑制了LPS诱导的培养上清炎症因子(TNF-α、IL-6、IL-1β)水平的升高以及细胞M1表型标志蛋白质(CD16、CD86)的表达(P<0.01)。同时,RVG-EVs-sicHIPK3增加了细胞内线粒体自噬体数量,上调自噬相关蛋白质LC3-Ⅱ/LC3-Ⅰ的比值(P<0.01),并下调自噬相关蛋白质p62及线粒体特异性蛋白质(TOMM20、TIMM23)的表达(P<0.01)。线粒体自噬抑制剂Mdivi-1可显著逆转RVG-EVs-sicHIPK3对炎症因子水平、M1标志蛋白质及线粒体蛋白质表达的下调作用(P<0.01)。本研究证实,抑制了circHIPK3后可减少LPS诱导的小胶质细胞向M1表型转化,其保护机制与增强线粒体自噬流、促进受损线粒体清除密切有关。 展开更多
关键词 环状RNA HIPK3 小胶质细胞 极化 线粒体自噬
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microRNA miR-92a-1-p5导入蚜虫条件筛选
10
作者 赵许惠 李忠蔚 +5 位作者 常美玲 蔡智岩 王云开 阚云超 张东海 李丹丹 《南阳师范学院学报》 CAS 2025年第1期53-58,共6页
微小RNA(microRNA,miRNA)在蚜虫发育过程中具有重要调控作用,近年来利用miRNA作为靶标进行害虫防治逐渐受到人们的重视,但miRNA导入蚜虫的方式有很大局限。为探索miRNA导入蚜虫的最适条件,以豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)为研究对象,探... 微小RNA(microRNA,miRNA)在蚜虫发育过程中具有重要调控作用,近年来利用miRNA作为靶标进行害虫防治逐渐受到人们的重视,但miRNA导入蚜虫的方式有很大局限。为探索miRNA导入蚜虫的最适条件,以豌豆蚜(Acyrthosiphon pisum)为研究对象,探究显微注射、饲喂、纳米系统递送三种方式对microRNA miR-92a-1-p5的导入效果;同时将不同浓度的miRNA模拟物或抑制剂通过纳米递送系统导入蚜虫体内,定量PCR(Quantitative PCR,qRT-PCR)筛选miRNA导入蚜虫的最佳浓度。结果发现,蚜虫体壁薄且体液多,显微注射方式会导致内容物流出过多而死亡,因此显微注射方式不适于蚜虫miRNA的导入。使用豌豆苗幼嫩组织吸收miRNA抑制剂后再饲喂蚜虫,发现处理48 h后miR-92a-1-p5表达量下降45.3%,其靶标基因flightin表达量上升65.6%,呈显著负调控(P<0.01),表明该方式适合miRNA在蚜虫中的有效导入。使用纳米材料包裹miRNA模拟物或抑制剂后在蚜虫背板点滴,可实现miRNA在蚜虫中的有效过表达或干涉,且最适浓度为160 ng/μL。综上所述,植物吸收miRNA后饲喂蚜虫的方式和纳米递送系统介导miRNA导入的方式,均能实现miRNA在豌豆蚜中的有效导入,纳米递送系统操作更简单,效率更高。研究为miRNA导入蚜虫方式提供了参考,也为miRNA用于害虫防治提供了新的思路。 展开更多
关键词 豌豆蚜 miR-92a-1-p5 RNA干涉 纳米递送系统
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RNA研究的网络资源 被引量：3
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作者 陈莉 金由辛 王德宝 《生物化学与生物物理进展》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2000年第6期668-671,共4页
随着RNA功能多样性的发现 ,RNA研究领域日益受到重视 ,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长 .利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示 .与此同时 ,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网... 随着RNA功能多样性的发现 ,RNA研究领域日益受到重视 ,同时RNA序列、二级结构和三维模建数据已有较大增长 .利用这些数据可以有效地搜索结构信息和进行功能提示 .与此同时 ,计算科学的优越性以及全球网络的发展促进了RNA相关数据库和网络站点的建设 ,为RNA的研究带来了极大的方便 .介绍了RNA序列和结构数据库、软件资源以及一些常用的在线分析工具 ,文中所列网络资源均可在http :/ /dna .sibc .ac.cn/bio/rna. 展开更多
关键词 网络浏览器 数据库 RNA 二级结构
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miR-574-5p通过靶向TNS1改善心脏骤停后小鼠心功能
12
作者 王秋艳 王晓蕾 +2 位作者 于美军 陈静 娄序笙 《中国比较医学杂志》 北大核心 2025年第12期52-64,共13页
目的研究聚焦于张力蛋白1(TNS1)和miR-574-5p在心脏骤停中的调控关系及其临床意义,验证靶向抑制miR-574-5p的治疗潜能。方法构建氧糖剥夺/复氧(OGD/R)心肌细胞模型和小鼠窒息性心脏骤停/心肺复苏(ACA/CPR)模型。采用RT-qPCR检测miR-574... 目的研究聚焦于张力蛋白1(TNS1)和miR-574-5p在心脏骤停中的调控关系及其临床意义,验证靶向抑制miR-574-5p的治疗潜能。方法构建氧糖剥夺/复氧(OGD/R)心肌细胞模型和小鼠窒息性心脏骤停/心肺复苏(ACA/CPR)模型。采用RT-qPCR检测miR-574-5p和TNS1的表达水平;使用Wester blot检测心肌细胞中TNS1蛋白的表达水平;通过双荧光素酶报告基因实验验证miR-574-5p与TNS1的靶向关系;应用CCK-8检测细胞活力;采用流式细胞术检测细胞凋亡;通过ELISA法检测血清中心肌损伤标志物cTnI和氧化应激标志物MDA、4-HNE的水平;使用血流动力学监测系统评估心功能指标dp/dtmin和dp/dtmax;通过超声心动图测定LVEF和LVFS等心功能参数。结果OGD/R处理可显著上调心肌细胞中miR-574-5p的表达并抑制TNS1 mRNA和蛋白的表达(P<0.05)。抑制miR-574-5p可改善心肌细胞存活率并减轻氧化应激损伤(P<0.05)。在ACA/CPR模型中,miR-574-5p antagomir组显著改善心功能指标(P<0.05),降低心肌损伤和氧化应激标志物水平(P<0.05),同时逆转了心肌组织中miR-574-5p上调和TNS1下调的表达模式(P<0.05)。结论本研究证实靶向抑制miR-574-5p可通过上调TNS1的表达改善心功能,为心脏骤停后的心肌保护提供了新的治疗靶点。 展开更多
关键词 心脏骤停 miR-574-5p TNS1 心功能 氧化应激
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miRNA调控T2DM糖代谢分子通路表达研究现状
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作者 田坦 鲍善军 《中国生物化学与分子生物学报》 北大核心 2025年第10期1467-1477,共11页
二型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种以胰岛β细胞损伤、胰岛素抵抗为主要特征的慢性代谢性疾病。除血糖稳态受损外,糖代谢紊乱所产生的葡萄糖毒性还会引起糖尿病肾病、糖尿病性冠心病以及糖尿病认知功能障碍等并发症,对... 二型糖尿病(type 2 diabetes mellitus,T2DM)是一种以胰岛β细胞损伤、胰岛素抵抗为主要特征的慢性代谢性疾病。除血糖稳态受损外,糖代谢紊乱所产生的葡萄糖毒性还会引起糖尿病肾病、糖尿病性冠心病以及糖尿病认知功能障碍等并发症,对患者的生命健康造成严重威胁,因此,增强糖代谢改善胰岛素抵抗是防治T2DM的重要手段。当前,T2DM的防治手段以口服类降糖药和外源性胰岛素注射治疗为主,但在治疗过程中存在着诊断指标不清晰、治疗效果不显著和药物副作用等诸多问题,因此,探寻更加精准高效的治疗方案是当前临床研究中的重中之重。MicroRNA(miRNA)是一种对基因转录过程有调控作用的短链非编码RNA,且有报道称与T2DM相关的miRNA在血糖受损等病理特征显露前就已发生明显改变,由此可推断miRNA具备成为T2DM诊断指标的潜力,从而解决当前诊断延迟率高、因延误最佳治疗阶段导致病情恶化等问题。此外,miRNA可通过调节糖代谢相关通路表达增强患者体内糖代谢并改善胰岛素抵抗,维持血糖稳态的同时避免了传统疗法引发的如骨密度下降、局部脂肪堆积等副作用,发挥精准高效的防治效果。因此,本文将通过系统阐述miRNA调控糖代谢相关通路的分子机制,为其后续临床研究提供参考依据和理论基础。 展开更多
关键词 二型糖尿病 微RNA 信号通路 糖代谢 胰岛素抵抗
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RMDfold:基于残差Mamba和密集连接的端到端RNA二级结构预测方法 被引量：1
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作者 郝泽洲 羊艳玲 +1 位作者 周亮 姚旭峰 《生物化学与生物物理进展》 北大核心 2025年第12期3149-3164,共16页
目的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在多种生命过程中发挥着重要的调控作用,二级结构对于其正常功能实现至关重要。现有的方法在预测RNA二级结构时普遍存在模型复杂度高、难以捕获长程依赖关系以及在复杂结构预测上泛化能力差的问题... 目的非编码RNA(non-coding RNA,ncRNA)在多种生命过程中发挥着重要的调控作用,二级结构对于其正常功能实现至关重要。现有的方法在预测RNA二级结构时普遍存在模型复杂度高、难以捕获长程依赖关系以及在复杂结构预测上泛化能力差的问题。因此,需要提出新的方法来预测RNA二级结构。方法本研究提出一种端到端预测模型RMDfold,使用残差Mamba(residual Mamba,resMamba)与密集连接(dense connection,Dense)相结合的特征提取策略。模型采用一维和二维两阶段的学习过程进行特征建模,在一维序列空间中学习核苷酸间的依赖关系,再将其映射到二维空间进一步学习核苷酸间的配对模式,并通过配对约束确定核苷酸的唯一配对,得到最终的二级结构。在一维与二维阶段中均通过Dense捕捉短程依赖特征,resMamba建模长程依赖关系,实现信息表征的逐级增强与短长程特征的有效融合。为了验证本方法的有效性,与Ufold、REDfold、TransUfold和sincfold四种方法在RNAStralign、ArchiveII和bpRNA-new三个公开数据集上进行了比较。结果本研究所提出的RMDfold方法在结构预测、假结预测、不同长度的序列预测和模型复杂度分析上优于其他算法,并且所需参数最少且推理速度最快。在结构预测中,该方法在RNAStralign的F1分数(F1 score,F1)、马修斯相关系数(Matthews correlation coefficient,MCC)、精确度(precision)和召回率(recall)分别达到0.9735、0.9731、0.9756和0.9723,在ArchiveII的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.8543、0.8556、0.8747和0.8762,在bpRNA-new的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.3828、0.4015、0.5365和0.3187。在假结预测中,基于ArchiveII数据集,模型的F1、MCC、精确度和召回率分别达到0.7414、0.7433、0.7525和0.7396。在不同长度的序列预测中,该方法在200~500 nt序列中仍保持0.70的准确率。在模型复杂度分析中,RMDfold所需参数量为2.8867 M,推理速度为0.0260 s。结论RMDfold能够准确预测RNA的二级结构,有助于揭示RNA分子在基因表达调控、分子识别和催化中的核心作用,也为疾病相关变异机制解析、RNA靶向药物设计以及进化与比较基因组学研究提供重要支持。 展开更多
关键词 非编码RNA RNA二级结构 残差Mamba 密集连接 深度学习
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基于四元数的RNA特征提取方法
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作者 王宁 苏瑢 王明辉 《科学技术与工程》 北大核心 2025年第26期11072-11078,共7页
核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)序列特征提取广泛应用于RNA分析相关的各个研究领域,如基因表达分析、RNA结构预测或相互作用研究等。考虑到RNA序列由4个核苷酸组成的特点,首次将四元数引入RNA序列的特征提取中。提出了4种新的特征提取... 核糖核酸(ribonucleic acid,RNA)序列特征提取广泛应用于RNA分析相关的各个研究领域,如基因表达分析、RNA结构预测或相互作用研究等。考虑到RNA序列由4个核苷酸组成的特点,首次将四元数引入RNA序列的特征提取中。提出了4种新的特征提取方法,分别是纯四元数编码方法、单向叠加方法、中心双向叠加方法和傅里叶变换法,其中两种叠加方法综合了序列整体与局部的频率和位置信息。新提出的4种方法将RNA序列转换为同维数的四元数向量进行特征提取。使用K-最近邻(K-nearest neighbor,KNN)分类器和支持向量机(support vector machine,SVM)分类器与核苷酸组成(nucleic acid composition,NAC)、累积核苷酸频率(accumulated nucleotide frequency,ANF)和三核苷酸组成(tri-nucleotide composition,TNC)等常用特征提取方法比较。结果表明,所提出的几种方法均有较好的表现。 展开更多
关键词 RNA序列特征提取 四元数 叠加 傅里叶变换
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竞争性内源RNA在结核病中的研究进展
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作者 杨金兰 曾赵军 汤立军 《生命科学》 2025年第3期287-295,共9页
结核病是发病率及致死率较高的传染性疾病之一,由结核分枝杆菌感染引起。近年来发现竞争性内源RNA在各种疾病中起着关键的调控作用。长链非编码RNA、环状RNA、假基因转录产物以及信使RNA等通过竞争性地结合微小RNA调控相关基因的表达并... 结核病是发病率及致死率较高的传染性疾病之一,由结核分枝杆菌感染引起。近年来发现竞争性内源RNA在各种疾病中起着关键的调控作用。长链非编码RNA、环状RNA、假基因转录产物以及信使RNA等通过竞争性地结合微小RNA调控相关基因的表达并影响结核病的发生发展。本文以竞争性内源RNA的生物学组成和功能、影响竞争性内源RNA调控结核病发生发展的相关因素为基础,阐述了不同类型竞争性内源RNA在结核病发生发展过程中可能的作用机制,并探讨了竞争性内源RNA之间相互作用网络在结核病治疗和预后中的临床意义。 展开更多
关键词 竞争性内源RNA 结核病 结核分枝杆菌 生物标志物
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假基因GTF3AP2参与调控造血干祖细胞向红系分化
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作者 夏澜 荣誉 +2 位作者 夏洪恺 马艳妮 余佳 《基础医学与临床》 2025年第6期735-740,共6页
目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流... 目的 探究假基因GTF3AP2对红系分化的影响。方法 通过高通量转录组测序鉴定可能在红系分化中发挥作用的功能性假基因GTF3AP2,在CD34+造血干祖细胞中通过shRNA抑制GTF3AP2内源表达,利用集落形成实验检测造血干细胞的集落形成能力以及流式分析检测红系/巨核系祖细胞的比例变化,并通过转录组测序确定其在红系分化中的作用,揭示体外敲降GTF3PAP2后细胞分子水平的变化。结果 抑制GTF3AP2的内源表达后,细胞的扩增能力显著增强,其中红系集落数目明显增多(P<0.001),CD71+CD235a+红细胞前体细胞比例显著增加(P<0.01),而CD71-CD235a+成熟红细胞比例减少(P<0.05),同时红系分化相关基因如KLF1、HBB、GYPA、EPOR、TFRC等表达显著下降。结论 敲降GTF3AP2促进红系前体细胞扩增,抑制红细胞成熟,提示GTF3AP2可能在红系分化过程中发挥调控作用。 展开更多
关键词 假基因 红系分化 转录组测序 GTF3AP2
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RNA干扰技术应用于媒介生物防治的研究进展 被引量：2
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作者 张健 郭云海 +2 位作者 开振鹏 蒋天哥 张仪 《中国媒介生物学及控制杂志》 2025年第1期129-136,143,共9页
RNA干扰(RNAi)是一种高效的分子调控手段,通过特异性地降低靶标基因的表达水平,对害虫的生物学特性产生影响。蚊、蜱、淡水螺和螨是传播多种致命疾病的重要媒介生物,RNAi技术在媒介生物防治的应用显示出了巨大的潜力。该文综述了RNAi技... RNA干扰(RNAi)是一种高效的分子调控手段,通过特异性地降低靶标基因的表达水平,对害虫的生物学特性产生影响。蚊、蜱、淡水螺和螨是传播多种致命疾病的重要媒介生物,RNAi技术在媒介生物防治的应用显示出了巨大的潜力。该文综述了RNAi技术在蚊、蜱、淡水螺和螨类等基因功能研究中的应用,尤其是在影响其繁殖能力、生长发育、神经和代谢功能以及免疫和病毒传播等基因方面的应用。此外,文章还探讨了影响RNAi效率的多种因素,包括双链RNA(dsRNA)的长度、浓度、给药途径和转染方法等,讨论了RNAi技术在实际应用中面临的挑战,并展望了RNAi技术在媒介生物防治中的潜力,旨在为未来的媒介生物防制管理策略提供新的途径和方法。 展开更多
关键词 RNA干扰 媒介生物 干扰效率
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标准化实时荧光定量PCR技术流程 被引量：2
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作者 曹龙凯 郭春华 《饲料博览》 2012年第4期13-17,共5页
实时荧光定量PCR(RT-9PCR)是把酶动力学、核酸扩增与杂交、光谱分析和实时检测技术巧妙结合的一项技术,具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等特点,因此广泛应用于病毒学、遗传性疾病、肿瘤和癌症的诊断等... 实时荧光定量PCR(RT-9PCR)是把酶动力学、核酸扩增与杂交、光谱分析和实时检测技术巧妙结合的一项技术,具有特异性强、灵敏度高、重复性好、定量准确、速度快、全封闭反应等特点,因此广泛应用于病毒学、遗传性疾病、肿瘤和癌症的诊断等方面,成为分子生物学研究中的重要工具。文章根据MIQE指南简要介绍RT-qPCR规范的试验流程。 展开更多
关键词 RT-QPCR MIQE RNA的提取 RT-PCR 引物设计 数据分析
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