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葡萄基因组密码子偏好性分析 被引量：1
1
作者 答梁材 刘珊珊 +1 位作者 刘俊林 张丽娟 《中国农业科技导报(中英文)》 北大核心 2025年第4期78-86,共9页
密码子偏好性存在于几乎所有已知物种基因组中。为了解葡萄基因组的密码子使用偏好性并提高基因异源表达效率,以葡萄的全基因组数据作为基础材料,对葡萄编码基因密码子的特性和影响因素进行分析,并与其他表达系统和葡萄亚科植物基因组... 密码子偏好性存在于几乎所有已知物种基因组中。为了解葡萄基因组的密码子使用偏好性并提高基因异源表达效率,以葡萄的全基因组数据作为基础材料,对葡萄编码基因密码子的特性和影响因素进行分析,并与其他表达系统和葡萄亚科植物基因组的密码子偏好性进行比较。结果表明,以葡萄染色体序列为研究对象,共筛选出21887条编码序列的密码子。葡萄基因密码子不同位置的GC含量表现为GC_(1)(50.19%)>GC_(3)(43.92%)>GC_(2)(40.36%),密码子末位碱基较偏好于A/U。确定了19个最优密码子,分别为GCA、GCU、GAU、UUU、GGA、GGU、CAU、AUU、CUU、AAU、CCA、CCU、CAA、UCA、UCU、ACA、ACU、GUU、UAU,其中以A结尾的有6个,以U结尾的有13个。葡萄基因组密码子的使用受自然选择和突变的双重影响,其中导致葡萄基因组密码子偏好性的主要因素为自然选择。以上结果为葡萄基因组学的研究提供了理论基础,也为提高异源蛋白在葡萄中的表达和葡萄相关蛋白的体外表达提供了指导。 展开更多
关键词 葡萄 遗传密码 密码子偏好性 自然选择 突变压力
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基于线粒体基因组的27种蜒螺进化分析
2
作者 王海山 张镜 +2 位作者 叶乐 李由明 陈治 《水产学报》 北大核心 2025年第11期36-45,共10页
【目的】通过对蜒螺科27种蜒螺线粒体基因组的系统发育分析,探讨其进化关系、遗传距离及选择压力,为蜒螺科的系统进化和起源提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法分析蜒螺科27个物种的碱基组成、蛋白质编码基因选择压力和遗传距离... 【目的】通过对蜒螺科27种蜒螺线粒体基因组的系统发育分析,探讨其进化关系、遗传距离及选择压力,为蜒螺科的系统进化和起源提供理论依据。【方法】采用生物信息学方法分析蜒螺科27个物种的碱基组成、蛋白质编码基因选择压力和遗传距离等,并利用13个蛋白质编码基因分别使用Astral法、贝叶斯(BI)法和最大似然(ML)法重建系统发育树。【结果】27种蜒螺线粒体基因组全长为15261~15975 bp。碱基信息显示明显的AT偏性。Ka/Ks分析表明蜒螺科线粒体蛋白质编码基因在进化中受到纯化选择。13个蛋白质编码基因中,ATP8进化速率最快,COX2最慢。3种建树方法均获得相同的结果,蜒螺科分为3个主要分支,其中蜒螺属与其他属形成明显不同的进化支。【结论】27种蜒螺线粒体基因组在结构和基因排序上具有高度保守性,但生活环境和生活方式的差异导致其进化关系不同。本研究为蜒螺的系统发育和进化提供了详细的分子生物学基础。 展开更多
关键词 蜒螺科 线粒体基因组 系统发育 纯化选择 生活环境
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赤眼鳟线粒体D-loop和Cyt b基因序列的对比分析 被引量：19
3
作者 杨慧荣 赵会宏 +2 位作者 蒙子宁 刘丽 林权卓 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第5期100-106,136,共8页
研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了1... 研究了长江和珠江野生赤眼鳟Squaliobarbus curriculus共4个群体24个个体的线粒体控制区(D-loop)和细胞色素b(Cyt b)基因序列,通过PCR扩增与测序,分别获得了长度为598 bp和752 bp的D-loop和Cyt b基因片段。分析表明,D-loop序列共定义了18个单倍型,存在34个简约信息位点,67个多态性位点,发生转换40次,颠换15次,插入/缺失14次。A、T、C、G平均含量分别为33.7%、35.1%、17.5%、13.7%。Cyt b序列共定义了18个单倍型,存在68个简约信息位点,72个多态性位点,发生转换60次,颠换15次,无插入/缺失位点。A、T、C、G平均含量分别为29.3%、26.4%、29.8%、14.5%。Cyt b除简约信息位点百分比大于D-loop外,多态位点百分比和单突变位点百分比均小于D-loop,说明D-loop具有较快的进化速率。D-loop序列的单倍型多样性(H)、平均核苷酸差异数(K)、核苷酸多样性(π)分别0.963 8、16.543 5和0.028 4,Cyt b的H、K和π分别为0.971 0、31.855 1和0.042 6,显示赤眼鳟具有较高的遗传多样性水平,且遗传变异主要存在于群体间。分析群体间的遗传距离和FST值,D-loop和Cyt b都一致表明:长江和珠江水系间存在明显的遗传分化,系统树和分子变异等级分析(AMOVA)也支持这一观点。同一水系群体间的遗传差异较小,Cyt b则更小;不同水系群体间的遗传差异较大,Cyt b则更大。故,Cyt b呈现出"小则越小,大则越大"的态势。分析其原因,可能与D-loop和Cyt b进化速率密切相关。 展开更多
关键词 赤眼鳟 线粒体 D-LOOP CYT b 遗传变异 对比分析
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银鲳3个野生群体线粒体COⅠ基因的序列差异分析 被引量：38
4
作者 彭士明 施兆鸿 +2 位作者 侯俊利 张浩 赵峰 《上海海洋大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2009年第4期398-402,共5页
利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体COⅠ的基因片段,得到长度为604bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,48条序... 利用PCR技术扩增我国3个不同海域(渤海湾、东海的舟山海域、南海的广东沿海)银鲳(Pampus argenteus)线粒体COⅠ的基因片段,得到长度为604bp的片段,比较分析了3个不同地区48尾银鲳线粒体COⅠ基因序列的变异和遗传结构。结果显示,48条序列共检测出多态性位点30个,其中简约信息位点6个,各群体内的多态性位点分别为渤海8个、舟山26个、广东1个;48个个体具有18个单倍型,单倍型多样性和核苷酸多样性分别为0.6622和0.0028。AMOVA分析结果表明,群体间的遗传变异占总遗传变异的-1.03%,而101.03%的遗传变异源于群体内,3群体总的遗传分化指数(FST)为-0.0103(P>0.05)。此外,研究结果还显示,群体间遗传分化指数与遗传距离均非常低。分析得出:基于银鲳线粒体COⅠ基因的序列分析,单倍型多样性以东海群体最高(0.8009)、渤海群体其次(0.7000)、南海群体最低(0.2000),而3群体核苷酸多样性则均较低(<0.005);分子变异分析未检测出我国3个野生银鲳群体间存在遗传分化现象。 展开更多
关键词 银鲳 遗传多样性 线粒体DNA COⅠ基因
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西藏南部温泉泛化种和特化种的群落构建过程 被引量：1
5
作者 闫冰洁 徐佳杰 +3 位作者 卫佩佩 王陈 姜传奇 巴桑 《水生生物学报》 北大核心 2025年第7期45-56,共12页
研究利用18S rDNA高通量测序技术,结合环境因子分析,探讨了西藏南部34个温泉中泛化种和特化种微真核生物的群落组装机制及其对环境变化的响应。结果显示,特化种比例较高,优势门为子囊菌门、淡色藻门和节肢动物门;泛化种以子囊菌门、担... 研究利用18S rDNA高通量测序技术,结合环境因子分析,探讨了西藏南部34个温泉中泛化种和特化种微真核生物的群落组装机制及其对环境变化的响应。结果显示,特化种比例较高,优势门为子囊菌门、淡色藻门和节肢动物门;泛化种以子囊菌门、担子菌门和脊椎动物亚门为主。特化种物种丰富度显著高于泛化种,但均匀度较低。β多样性分析表明,两者均以物种更替为主。网络分析发现,特化种群落模块化程度更高,而泛化种联系紧密性更强,网络稳定性更高,有助于快速响应环境变化。随机性过程主导群落构建,泛化种以非主导过程和异质选择为主,特化种更多依赖同质扩散。环境因子中,温度、纬度和氨氮影响泛化种分布,温度和纬度对泛化种的影响更为显著,而温度、酸碱度和海拔对特化种更为重要,其中温度和酸碱度对特化种的影响更为显著。电导率在一定程度上可能影响泛化种和特化种的群落构建过程。总体来看,泛化种适应能力更广,特化种则对特定生境表现出强适应性。研究为高原地热温泉生态系统群落组装机制及其生态功能提供了新视角,同时为全球极端环境微生物多样性研究提供科学依据。 展开更多
关键词 群落多样性 共现网络 微真核生物 青藏高原
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白腹锦鸡和红腹锦鸡的遗传分化 被引量：39
6
作者 向余劲攻 杨岚 张亚平 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2000年第4期225-228,共4页
白腹锦鸡Chrysolophusamherstiae(Leadbeater)和红腹锦鸡Chrysolophuspictus(L.)是两个种还是两个亚种尚有争议。测定了白腹锦鸡C.amherstiae两个个体部分细胞色素b基因序列 ,得到完全相同的861bp的序列。与红腹锦鸡C.pictus的同源序列... 白腹锦鸡Chrysolophusamherstiae(Leadbeater)和红腹锦鸡Chrysolophuspictus(L.)是两个种还是两个亚种尚有争议。测定了白腹锦鸡C.amherstiae两个个体部分细胞色素b基因序列 ,得到完全相同的861bp的序列。与红腹锦鸡C.pictus的同源序列相比 ,在21个位点上出现变异 ,应用木村资生的双参数法算出两者的遗传距离为2.5 %。根据鸡形目细胞色素b基因核苷酸替换的速率约为每百万年0 5 %～0 7 % ,推断出两种锦鸡的分化时间至少为1 7百万年。从而在分子水平上支持白腹锦鸡(C.amherstiae)和红腹锦鸡(C.pictus)是两个独立种。 展开更多
关键词 白腹锦鸡 红腹锦鸡 种 细胞色素B基因 遗传分化
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基于线粒体控制区的中国近海棘头梅童鱼群体遗传结构研究 被引量：17
7
作者 梁述章 宋炜 +4 位作者 马春艳 蒋科技 张凤英 赵明 马凌波 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第2期138-148,共11页
为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共20... 为研究我国沿海棘头梅童鱼(Collichthys lucidus)的种群遗传结构,运用线粒体D-loop区全序列比较分析了中国连云港(LYG)、大丰(DF)、崇明(CM)、舟山(ZS)、温州(WZ)、宁德(ND)、厦门(XM)棘头梅童鱼7个野生群体的遗传结构特征。7个群体共208个样本的D-loop序列中,共检测到83种单倍型,66个变异位点,碱基组成符合AT碱基偏好性特点。7个群体的单倍型多样性为(0.55400±0.00998)～(0.95400±0.00067),核苷酸多样性为0.00183～0.00708,说明我国沿海棘头梅童鱼遗传多样性较高;根据海洋鱼类遗传多样性划分的分布模式,符合高h低π特点,说明其经历了快速扩张期。群体总的遗传分化系数Fst=0.86647 (P=0),两两群体间的遗传距离在0.004～0.039范围内,且明显的分为北方群体(LYG、DF、CM和ZS)和南方群体(WZ、ND和XM),DF和LYG、WZ和ND两两群体间存在显著的基因交流。AMOVA分析显示组间变异百分比为85.97%,符合南北分化特点。基于单倍型构建的单倍型邻接关系树和单倍型简约网络图等结果均表明,棘头梅童鱼以舟山为界,具有明显的南北地理遗传结构。中性检验(Tajima’s D、Fu’s Fs)和错配分析结果显示,棘头梅童鱼在3.87～12.9万年前(更新世冰期)经历了种群的规模性扩张或定向选择。本研究结果可为棘头梅童鱼资源的保护与利用提供基础数据。 展开更多
关键词 棘头梅童鱼 D-LOOP 遗传结构 遗传多样性
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深圳海域造礁石珊瑚分布特点与多样性 被引量：14
8
作者 王云祥 秦传新 +4 位作者 陈丕茂 袁华荣 佟飞 冯雪 黎小国 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2017年第2期131-139,共9页
2015年7月,采用国际通用的截线样带法对大亚湾海域的造礁石珊瑚进行普查,并采用ShannonWeaver多样性指数(H')和均匀度指数(J)分析大亚湾海域造礁石珊瑚多样性情况,通过统计造礁石珊瑚覆盖率、死亡率、白化率和基底岩石、碎石、沙子... 2015年7月,采用国际通用的截线样带法对大亚湾海域的造礁石珊瑚进行普查,并采用ShannonWeaver多样性指数(H')和均匀度指数(J)分析大亚湾海域造礁石珊瑚多样性情况,通过统计造礁石珊瑚覆盖率、死亡率、白化率和基底岩石、碎石、沙子覆盖率来分析大亚湾海域石珊瑚分布特点。结果表明:调查海域共记录54种珊瑚,调查海域主要优势种珊瑚以块状居多,主要为厚板页表孔珊瑚(Montipora incrassata)、团状滨珊瑚(Porites lobata)、隐形角菊珊瑚(Favites abdita)。统计分析数据表明:西涌海域所获珊瑚覆盖率(55%±3%)、多样性(3.039)都较高,但近期珊瑚白化率也较高(6%±2%);东山海域珊瑚覆盖率(13%±2%)、多样性(0.618)均最低。调查海域整体珊瑚覆盖度较高达到41.15%,最高覆盖率为55%,最低覆盖率仅为13%,覆盖度差异较大,近3年内珊瑚死亡率较高,建议加强大亚湾海域珊瑚生态系统的保护。 展开更多
关键词 石珊瑚 物种多样性 覆盖率 分布 大亚湾
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突变在基因组进化中的意义 被引量：17
9
作者 陈玲玲 彭贵子 +1 位作者 张伟丽 田大成 《遗传》 CAS CSCD 北大核心 2006年第5期631-638,共8页
在漫长的进化历史中,各物种间和物种内基因组的差异是如何形成、积累乃至保留下来的,不仅是进化生物学中需要解决的核心问题,也是整个生命科学面临的基本问题之一。对该问题的探求必然要通过对突变的深入了解,因为突变不仅是基因组进化... 在漫长的进化历史中,各物种间和物种内基因组的差异是如何形成、积累乃至保留下来的,不仅是进化生物学中需要解决的核心问题,也是整个生命科学面临的基本问题之一。对该问题的探求必然要通过对突变的深入了解,因为突变不仅是基因组进化的重要驱动力,还是基因组进化研究的基础。文章围绕突变的性质及其在基因组进化中的深远意义,系统介绍了国际上相关研究的发展历程,所获得的成果和最新动向。 展开更多
关键词 碱基突变 插入/缺失突变 基因组 进化
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基于线粒体COⅠ基因序列的江苏省4个太湖新银鱼群体遗传多样性分析 被引量：14
10
作者 李大命 唐晟凯 +7 位作者 刘燕山 谷先坤 刘小维 殷稼雯 王彬 马昊 张彤晴 潘建林 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2020年第3期277-286,共10页
为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位... 为了解江苏省主要湖泊内太湖新银鱼(Neosalanx taihuensis)的遗传背景,利用PCR扩增江苏省太湖、高邮湖、洪泽湖和骆马湖4个群体153尾样本的COⅠ基因序列,并进行测序和分析。经比对获得630 bp的基因序列片段,检出7个变异位点,其中简约位点3个,单一位点4个。153尾个体共定义9个单倍型,单倍型多样性为0.580±0.022(0.050±0.047~0.361±0.103),核苷酸多样性为0.00106±0.00007(0.00008±0.00007~0.00062±0.00020),呈现出较低的单倍型多样性和核苷酸多样性的特点。4个群体间的遗传距离为0.00012~0.00183。AMOVA分子方差分析表明,太湖新银鱼群体间的遗传差异(76.84%)大于群体内遗传差异(23.16%),遗传变异主要来自群体间。种群间遗传分化系数统计检验表明,太湖和洪泽湖群体及高邮湖和骆马湖群体之间差异不显著。中性检验和歧点分布分析表明,4个太湖新银鱼种群偏离中性进化,历史上经历过种群扩张。研究可为太湖新银鱼种质资源科学保护和合理利用提供理论依据。 展开更多
关键词 太湖新银鱼 COⅠ基因 遗传多样性 遗传结构
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Drosophila immigrans果蝇随机扩增DNA多态性初步分析 被引量：10
11
作者 陈燕茹 许秀华 +2 位作者 赵中明 张文霞 戴灼华 《北京大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 1997年第2期215-221,共7页
为了探讨不同地理种群的果蝇在ＤＮＡ水平上的遗传多样性，推测秦岭地区伊米果蝇的起源，以主要来自中国的Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｉｍｍｉｇｒａｎｓ种内７个不同地理种群的果蝇为材料和Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｖｉｒｉｌｉｓ为对照，选取... 为了探讨不同地理种群的果蝇在ＤＮＡ水平上的遗传多样性，推测秦岭地区伊米果蝇的起源，以主要来自中国的Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｉｍｍｉｇｒａｎｓ种内７个不同地理种群的果蝇为材料和Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａｖｉｒｉｌｉｓ为对照，选取２０种１０ｂｐ长的寡聚核苷酸随机引物，进行随机扩增多态ＤＮＡ分析（ＲＡＰＤ）。利用ＵＰＧＭＡ法作聚类分析，以遗传距离为尺度绘制了分子聚类图。初步结果显示：（１）Ｄ．ｉｍｍｉ－ｇｒａｎｓ与处在完全不同分类阶元的对照种Ｄ．ｖｉｒｉｌｉｓ的遗传距离最大。（２）在Ｄ．ｉｍｍｉｇｒａｎｓ种内，来自日本的ＭＵ（东京）与来自中国大陆的各地理种群有较大的遗传距离。（３）地理位置和海拔高度最近的位于秦岭地区的（华阳）种群与ＳＰ（杉树坪）种群的遗传距离最小，这两者又与采自相近海拔高度的ＴＳ（泰山）和ＬＺ（兰州）相聚类。提示分布在较高海拔地区的Ｄ．ｉｍｍｉｇｒａｎｓ果蝇具有较高的遗传相似性。这一事件是在Ｄ．ｉｍｍｉｇｒａｎｓ果蝇的种化过程中新近发生的。 展开更多
关键词 果蝇 地理种群 RAPD 聚类分析 DNA 遗传多样性
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地黄属种间亲缘关系研究 被引量：23
12
作者 闫坤 赵楠 李宏庆 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期1112-1120,共9页
对地黄属6个物种进行了形态解剖学观察、染色体计数、核核糖体内转录间隔区(ITS)序列分析.结果表明,茎的高度、幼叶形态、花萼和花冠形态及颜色、种子千粒重和大小、外种皮网壁厚度、外种皮内侧网纹直径等均是该属内分类的可靠依据.高... 对地黄属6个物种进行了形态解剖学观察、染色体计数、核核糖体内转录间隔区(ITS)序列分析.结果表明,茎的高度、幼叶形态、花萼和花冠形态及颜色、种子千粒重和大小、外种皮网壁厚度、外种皮内侧网纹直径等均是该属内分类的可靠依据.高地黄与裂叶地黄在外部形态及解剖结构的各个方面均极为近似,地黄与茄叶地黄间也存在较大的相似性.茄叶地黄、高地黄、湖北地黄、天目地黄的染色体数目,分别为n=28、14、14、14,确认地黄和茄叶地黄为属内四倍体物种,其余种均为二倍体.ITS测序分析显示,地黄属为单系起源,天目地黄与湖北地黄、高地黄与裂叶地黄、地黄与茄叶地黄构成属内3个分支,与形态学及细胞学研究结果一致.研究认为,天目地黄与湖北地黄有较近的亲缘关系;高地黄和裂叶地黄应为同一物种;地黄与茄叶地黄是属内进化水平最高的类群. 展开更多
关键词 地黄属 亲缘关系 染色体数目 形态学 ITS序列
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基于叶绿体基因组全序列分析真叶植物叶绿体基因的适应性进化 被引量：12
13
作者 王博 高磊 +1 位作者 苏应娟 王艇 《中山大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第3期108-113,146,共7页
真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性... 真叶植物包括蕨类、裸子植物和被子植物。迄今已积累有较为丰富的真叶植物叶绿体基因组全序列数据。选取了29种真叶植物的叶绿体基因组全序列,采用PAML软件基于位点间可变ω模型,分别分析了蕨类、裸子植物和被子植物叶绿体基因的适应性进化。结果显示:①蕨类、裸子植物和被子植物各有6.5%、7.5%和19.2%的叶绿体基因受正选择作用;被子植物经历正选择的叶绿体基因明显比蕨类和裸子植物为多;②被正选择作用的叶绿体基因主要是遗传系统和光合系统基因,它们的编码产物涉及叶绿体蛋白质合成、基因转录、能量转化与调节及光合作用等过程。推测叶绿体功能基因可能在真叶植物对陆生生态环境的适应过程中起着重要作用。 展开更多
关键词 真叶植物 叶绿体基因 叶绿体基因组全序列 正选择
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山羊草属异源多倍体植物基因组进化的RAPD分析 被引量：7
14
作者 蔡从利 王建波 +1 位作者 景润春 朱英国 《Acta Genetica Sinica》 SCIE CAS CSCD 北大核心 2001年第2期158-165,共8页
用24个随机引物对山羊草属（Aegilops L.）异源多倍体物种及其祖先二倍体物种进行RAPD分析。对扩增出的313条带进行聚类分析发现，含D基因组的多倍体与二倍体祖先Ae.squarrosa（DD）在聚类图上聚为一支；除Ae. juvenalis (DDMMUU)聚到... 用24个随机引物对山羊草属（Aegilops L.）异源多倍体物种及其祖先二倍体物种进行RAPD分析。对扩增出的313条带进行聚类分析发现，含D基因组的多倍体与二倍体祖先Ae.squarrosa（DD）在聚类图上聚为一支；除Ae. juvenalis (DDMMUU)聚到上一支外，含U基因组的多倍体与二倍体祖先Ae. umbellulata（UU）在聚类图上聚为另一支；多倍体与其他二倍体均不聚在一起，表明多倍体分别与Ae. squarrosa(DD)、Ae. umbellulata（UU）具有较近的亲缘关系。这说明多倍体形成之后，D和U基因组变化较小，而其他基因组则发生了较大的变化。 展开更多
关键词 山羊草属 异源多倍体 基因组进化 RAPD 禾本科 小麦族
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基于线粒体COI序列的中国沿海蓝点马鲛遗传多样性 被引量：18
15
作者 曹艳 章群 +2 位作者 宫亚运 吕金磊 杨喜书 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2015年第6期485-493,共9页
为了解中国沿海蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)的遗传背景以更好地保护和开发利用种质资源,对分布于渤海、黄海、东海和南海海域的6个群体76 ind蓝点马鲛线粒体COI基因712 bp序列进行了测定,并结合Gen Bank中下载的9条南海蓝点马鲛... 为了解中国沿海蓝点马鲛(Scomberomorus niphonius)的遗传背景以更好地保护和开发利用种质资源,对分布于渤海、黄海、东海和南海海域的6个群体76 ind蓝点马鲛线粒体COI基因712 bp序列进行了测定,并结合Gen Bank中下载的9条南海蓝点马鲛序列,分析其遗传多样性、种群结构和历史动态。共检测到21个变异位点,17个单倍型,总体呈现高单倍型多样性(Hd=0.702±0.044)和低核苷酸多样性(π=0.002 8±0.000 2)的特点,其中渤海、黄海和东海海域的蓝点马鲛群体遗传多样性指数相对较高(Hd:0.695~0.816,π:0.002 7~0.003 3),而南海群体明显偏低(Hd=0.442±0.145,π=0.001 7±0.000 6),推测是由于黄海和东海是中心分布区,而南海是边缘分布区的缘故。AMOVA分析结果显示,群体间(-6.27%^-1.52%)不存在变异,群体内个体间(101.52%~106.56%)的变异是变异的主要来源;群体间遗传分化系数Fst值为-0.138~0.040(P>0.05),遗传距离N_m值为-81.145^-4.134、11.876~146.559,均大于4或小于0,表明群体间不存在遗传分化,不同海域群体间基因交流频繁,这可能与蓝点马鲛分布范围广、具长距离迁移能力、产卵和越冬时均可发生洄游以及鱼卵具漂浮性且为多次性产卵类型等原因有关。聚类分析的邻接树与单倍型网络图上出现的2个分支均在更新世晚期发生过种群快速扩张事件,但蓝点马鲛总体在数据上未呈现出种群扩张现象,可能是2个分支的叠加造成整体核苷酸不配对分析图呈现多峰分布。 展开更多
关键词 蓝点马鲛 线粒体COI序列 遗传多样性 中国沿海
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拟南芥和水稻cystatin基因家族的生物信息学分析 被引量：9
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作者 杨泽峰 顾世梁 +1 位作者 许花 徐辰武 《扬州大学学报（农业与生命科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2007年第3期51-57,共7页
利用已经分离的植物半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因家族的成员进行分析;同时利用这些基因编码的蛋白质序列构建系统发生树,并对这些蛋白序列的保守序列进... 利用已经分离的植物半胱氨酸蛋白酶抑制剂(cystatin)基因的cystatin结构域为检索序列在基因组水平上对拟南芥和水稻中的cystatin基因家族的成员进行分析;同时利用这些基因编码的蛋白质序列构建系统发生树,并对这些蛋白序列的保守序列进行分析;最后在GenBank的EST数据库中查找这些基因的ESTs表达序列。结果表明:1结合结构域的鉴定、多序列联配以及MEME分析最终确定了7个拟南芥和11个水稻的cystatin基因。2系统发生分析表明,cystatin基因的基本特征很可能是在拟南芥和水稻的分离之前就已经形成。3 cystatin结构域在蛋白质间高度保守。4拟南芥和水稻的cystatin基因主要在花、叶、根、种子和愈伤组织中表达,这有助于植物避免昆虫的侵害。 展开更多
关键词 拟南芥 水稻 半胱氨酸蛋白酶抑制剂 基因家族
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基于线粒体控制区的江苏湖鲚群体遗传多样性和遗传结构分析 被引量：7
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作者 李大命 唐晟凯 +7 位作者 刘燕山 谷先坤 殷稼雯 蒋琦辰 朱凛 李春宁 张彤晴 潘建林 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2021年第2期149-159,共11页
为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,... 为掌握江苏省重要湖泊湖鲚(Coilia nasus taihuensis)群体的遗传多样性和遗传结构,利用线粒体控制区(D-loop)全序列分析了6个湖泊(太湖、滆湖、高邮湖、白马湖、洪泽湖和骆马湖)湖鲚野生群体的遗传多样性水平和群体分化情况。结果表明,6个群体共214尾样本的D-loop序列中,共发现103个变异位点,92种单倍型。6个群体的单倍型多样性为0.726~0.951,核苷酸多样性为0.00552~0.01036,6个群体整体的单倍型和核苷酸多样性分别为0.857和0.00729,表明湖鲚群体的遗传多样性较高,且符合高单倍型多样性和低核苷酸多样性特点。分子方差分析(AMOVA)结果表明,群体间变异百分比为6.20%,群体内变异百分比为93.80%,说明遗传变异主要来自群体内部。群体总的遗传分化系数(F_(st))为0.06199(P<0.01),两两群体间的F_(st)显示,滆湖群体与其他群体间存在极显著的遗传分化(P<0.001),而其他群体间无显著分化(P>0.05)。单倍型分子系统进化树和网络进化图显示,6个群体的单倍型形成了2个谱系,但谱系组成与群体地理分布无相关性。中性检验分析结果显示,湖鲚群体进化过程中经历过种群扩张,扩张时间大约发生在0.089~0.160百万年前。研究结果表明,湖鲚群体具有较高的遗传多样性,滆湖群体与其他群体具有极显著的遗传分化,且拥有多个独享单倍型,应将滆湖群体单独作为一个管理单位,其他5个群体作为一个整体进行管理和利用。 展开更多
关键词 湖鲚 线粒体控制区 遗传多样性 遗传结构
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隐鳃鲵科的生物地理与种群遗传研究进展 被引量：5
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作者 张书环 梁志强 +3 位作者 杜浩 张辉 王崇瑞 危起伟 《海洋渔业》 CSCD 北大核心 2019年第5期623-630,共8页
隐鳃鲵科(Cryptobranchidae)现存2属3种,其中大鲵属(Andrias)有2个种,即分布于我国的中国大鲵(A.davidianus)和分布在日本的日本大鲵(A.japonicus);隐鳃鲵属(Cryptobranshus)仅有隐鳃鲵(C.alleganiensis)1种,分布于美国东北部,又称美洲... 隐鳃鲵科(Cryptobranchidae)现存2属3种,其中大鲵属(Andrias)有2个种,即分布于我国的中国大鲵(A.davidianus)和分布在日本的日本大鲵(A.japonicus);隐鳃鲵属(Cryptobranshus)仅有隐鳃鲵(C.alleganiensis)1种,分布于美国东北部,又称美洲大鲵。由于人类活动的干扰,例如水库修建、森林砍伐、矿山开采、化肥农药使用等导致隐鳃鲵科的物种栖息地遭到严重破坏。此外,过度捕捞使隐鳃鲵科的自然种群数量不断下降,甚至造成某些种群的灭绝。目前,隐鳃鲵科这3个现存物种都处于不同程度的濒危状态。结合现有资料,分析、概述了隐鳃鲵科的生物地理学特点及其种群遗传学研究进展,旨在为其自然种群保护提供参考。 展开更多
关键词 隐鳃鲵科 中国大鲵 生物地理 种群遗传
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利用12S rRNA与S7基因序列分析额尔齐斯河中11种鲤科鱼类的系统发育关系 被引量：6
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作者 孟玮 杨天燕 +2 位作者 海萨 蔡林钢 牛建功 《水产学杂志》 CAS 2015年第6期9-14,共6页
根据线粒体12S r RNA基因和S7核糖体蛋白基因内含子1序列,构建额尔齐斯河中11种鲤科鱼类的系统发育树。结果表明:12S基因AT含量与GC含量相当,而S7基因AT含量明显高于GC含量。12S基因保守区分散在整个序列中,而S7基因保守区均集中在前30... 根据线粒体12S r RNA基因和S7核糖体蛋白基因内含子1序列,构建额尔齐斯河中11种鲤科鱼类的系统发育树。结果表明:12S基因AT含量与GC含量相当,而S7基因AT含量明显高于GC含量。12S基因保守区分散在整个序列中,而S7基因保守区均集中在前300bp内。12S r RNA和S7基因系统发育树中有三枝聚在一起,即贝加尔雅罗鱼Leuciscus baicalensis与高体雅罗鱼Leuciscus idus,尖鳍鮈Gobio gobio与麦穗鱼Pseudorasbora parva,金鲫Carassius carassius、银鲫Carassius auratus和鲤Cyprinus carpio。12S基因的聚类树中,丁鱥Tinca tinca与雅罗鱼亚科鱼类聚类,表明两者关系密切;而S7基因的聚类树中丁鱥以较高的支持率与尖鳍鮈、麦穗鱼聚在一起,与鮈亚科关系紧密;分子证据支持将丁鱥列入雅罗鱼系。12S基因构建的三种系统发育树拓扑结构有一定差异,而S7基因构建的三种系统发育树基本一致,支持率也高于前者,表明S7构建鲤科系统发育树的优势高于12S。 展开更多
关键词 额尔齐斯河 鲤科鱼类 12S RRNA S7 系统发育关系
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舌鳎亚科鱼类线粒体控制区快速进化及其重复序列延伸机制初步研究 被引量：5
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作者 时伟 孔晓瑜 +1 位作者 江金霞 苗宪广 《中国海洋大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2012年第1期81-87,共7页
本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形... 本研究测定双线舌鳎Cynoglossus bilineatus(Lacepède,1802)、长钩须鳎Paraplagusia bilineata(Bloch,1787)和短钩须鳎Paraplagusia blochii(Bleeker,1851)3种舌鳎亚科鱼类的线粒体(mtDNA)控制区全序列,并与舌鳎亚科其它4种及鲽形目其他科的5种鱼类mtDNA控制区结构和序列进行了比较分析。结果显示,3种舌鳎鱼类的线粒体控制区全长从655～1 155bp,长度差异明显;舌鳎亚科鱼类控制区结构与其他鲽形目鱼类相似性很低,保守区系列中只能识别出CSB-A和TAS。碱基组成比较发现这3种舌鳎鱼类的AT含量比鲽形目其它鱼类要高。分析认为上述事件可能都是由该类群鱼类控制区的快速进化导致的。所有3种舌鳎的控制区在5’端都存在串联重复序列,每个重复单元中都存在类似于TAS的相关序列,并且重复序列可以形成非常稳定的二级结构。这2种特征为形成线粒体重复序列的非正常延伸机制(Illegitimate elongation model)提供了新的证据,同时,推测了这些舌鳎鱼类重复序列可能的延伸过程。 展开更多
关键词 鲽形目 舌鳎亚科 控制区 重复序列 非正常延伸
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