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基于SNP位点解析中国东南沿海黄鳍棘鲷对4种环境因子的适应性
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作者 赵彦博 刘龙晖 +1 位作者 黄张帆 黎中宝 《水生生物学报》 北大核心 2026年第1期152-162,共11页
本研究基于单核苷酸多态性(SNP)位点,解析了黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)对4种环境因子(温度、盐度、pH和溶解氧)的适应性机制。通过对10个地理群体99个个体的2b-RAD测序,共得到81044个高质量SNP位点,并结合采样海域的环境因子数据进... 本研究基于单核苷酸多态性(SNP)位点,解析了黄鳍棘鲷(Acanthopagrus latus)对4种环境因子(温度、盐度、pH和溶解氧)的适应性机制。通过对10个地理群体99个个体的2b-RAD测序,共得到81044个高质量SNP位点,并结合采样海域的环境因子数据进行了基因组关联分析(GWAS)。结果显示,与温度、盐度、pH和溶解氧显著相关的SNP位点分别为275、274、344和266个。这些位点上的基因GO富集到3大分类的结果相同,主要富集在细胞过程、细胞和细胞部分以及结合等条目中,涉及细胞周期、代谢、免疫反应等重要功能。KEGG注释结果显示,与4种环境因子显著相关的基因在有机系统和环境信息处理这两个分类上富集到的条目最多,富集到其余3个分类中条目较少。此外与多种环境因子相关的基因在轴突引导、GnRH分泌、神经活性配体−受体相互作用等通路中显著富集,说明这些与环境因子相关的基因并不是孤立发挥作用,而是组成了复杂的基因调控网络。本研究不仅揭示了黄鳍棘鲷不同地理群体对环境因子的潜在适应性机制,还为海洋鱼类的本地适应性研究提供了新的视角,为黄鳍棘鲷的生态保护和渔业资源管理提供了科学依据。 展开更多
关键词 SNP 环境因子 本地适应性 黄鳍棘鲷
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Cohesin variants and meiotic timing shape chromosome segregation accuracy
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作者 Yuanyuan Liu Bohan Liu +6 位作者 Shuo Wang Li Zhao Qian Li Feifei Qi Ruoxi Wang Jun Zhou Jinmin Gao 《Journal of Genetics and Genomics》 2026年第2期293-304,共12页
The frequency of aneuploid gamete formation increases with maternal age,yet the effects of genetic variants on meiotic chromosome segregation accuracy during aging remain poorly understood.Using the multicellular orga... The frequency of aneuploid gamete formation increases with maternal age,yet the effects of genetic variants on meiotic chromosome segregation accuracy during aging remain poorly understood.Using the multicellular organism Caenorhabditis elegans,we investigate the impact of mutations in the conserved cohesin complex on age-associated meiotic errors.Point mutations in the head domain of the cohesin component SMC-1,which alter local hydrophobicity,cause meiotic defects that vary with age.A severe mutation causes incomplete synapsis and defective crossover formation,and a minor one causes age-related diakinesis bivalent abnormalities.Notably,while the mild mutation causes defects only in aged worms,worms with the severe mutation exhibit significantly alleviated phenotypes with age.Genetic and cytological analyses suggest that this alleviation results from a slowed meiotic progression during early prophase,which restores impaired cohesin loading.These findings reveal that cohesin variants,meiotic progression speed during early prophase,and the overall duration of meiosis collectively shape the accuracy of meiotic chromosome segregation. 展开更多
关键词 MEIOSIS Chromosome segregation COHESIN SMC-1 Reproductive aging Caenorhabditis elegans
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小麦抗赤霉病的遗传基础与育种应用 被引量:1
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作者 李国强 贾海燕 +5 位作者 孔忠新 杨阳 李娜 谢全 袁阳 马正强 《生命科学》 2025年第5期548-557,共10页
赤霉病是全球范围的毁灭性小麦穗部病害,严重威胁小麦生产和食品安全。选育和推广抗赤霉病品种是防治赤霉病最有效的策略。然而由于小麦赤霉病抗性的复杂性,传统抗赤霉病育种进展无法满足小麦产业发展的需求。过去20多年来,围绕小麦抗... 赤霉病是全球范围的毁灭性小麦穗部病害,严重威胁小麦生产和食品安全。选育和推广抗赤霉病品种是防治赤霉病最有效的策略。然而由于小麦赤霉病抗性的复杂性,传统抗赤霉病育种进展无法满足小麦产业发展的需求。过去20多年来,围绕小麦抗赤霉病的遗传基础解析取得了一系列重要成果,并在利用分子育种技术改良小麦赤霉病抗性方面取得了关键突破。本文主要从小麦抗赤霉病种质资源发掘、抗赤霉病QTL的定位和克隆以及分子育种等方面综述小麦抗赤霉病研究方面的最新进展,并探讨目前存在的问题和未来发展前景。 展开更多
关键词 小麦 赤霉病抗性 QTL 精细定位 克隆 分子育种
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新工科视域下遗传学课程改革与实践——以细胞质遗传为例
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作者 张云芳 陈楚 +1 位作者 张海军 李高峰 《淮北师范大学学报(自然科学版)》 2025年第4期87-91,共5页
为培养新工科创新型人才,针对遗传学课程专业支撑薄弱、特色育人不足、学科本位现象等问题,以细胞质遗传为例,结合一流课程申报过程中的成果和经验,开展课程改革:梳理细胞质遗传对专业毕业要求支撑,厘清目标导向;重塑课程内容,融合前沿... 为培养新工科创新型人才,针对遗传学课程专业支撑薄弱、特色育人不足、学科本位现象等问题,以细胞质遗传为例,结合一流课程申报过程中的成果和经验,开展课程改革:梳理细胞质遗传对专业毕业要求支撑,厘清目标导向;重塑课程内容,融合前沿研究、学科交叉和实践应用于一体;更新教学模式,提升学生创新思维和综合能力。课程改革强化对专业支撑,促进课程特色育人,落实学生主体地位,为培养新工科创新型人才提供参考。 展开更多
关键词 新工科 细胞质遗传 创新型人才 跨学科教学 项目式教学
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不同品种薄壳山核桃染色体核型分析
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作者 贺义昌 陈忠 +3 位作者 李晚根 涂业苟 叶甜甜 左继林 《南方林业科学》 2025年第3期1-5,共5页
【目的】鉴定不同品种薄壳山核桃的亲缘关系,揭示其遗传多样性,获得种质资源研究和遗传育种基础数据。【方法】以江西省主栽的4个薄壳山核桃优良品种‘波尼’‘威奇塔’‘金华’‘肖尼’为研究材料,采用常规染色体压片法,对其染色体数... 【目的】鉴定不同品种薄壳山核桃的亲缘关系,揭示其遗传多样性,获得种质资源研究和遗传育种基础数据。【方法】以江西省主栽的4个薄壳山核桃优良品种‘波尼’‘威奇塔’‘金华’‘肖尼’为研究材料,采用常规染色体压片法,对其染色体数目、核型公式、染色体长短、核型对称性类型、核型不对称系数、染色体长度组成等指标进行研究,并对其核型进行聚类分析。【结果】4个不同品种薄壳山核桃染色体数目均为2n=2X=32,染色体数目稳定;‘波尼’‘威奇塔’和‘金华’染色体核型类型均为2B型,‘肖尼’染色体核型为2A型;最长与最短染色体比值范围为1.93~2.78,平均臂比范围为1.83~2.23,核型不对称系数范围为61.66%~66.08%;从进化角度来看,4个品种的薄壳山核桃进化程度比较高,进化程度由高到低依次为‘波尼’‘金华’‘肖尼’‘威奇塔’;聚类分析结果表明‘波尼’‘金华’和‘肖尼’的遗传距离最小,‘威奇塔’与其他品种的遗传距离最大。【结论】不同品种薄壳山核桃遗传特性具有明显差异,这为薄壳山核桃种质资源收集和良种培育提供思路。 展开更多
关键词 薄壳山核桃 染色体 核型分析 核型不对称系数
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基于未折叠蛋白反应基因特征的儿童脓毒症预测模型构建及分子亚型鉴定
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作者 刘爽 冯雯 顾雪锋 《生物信息学》 2025年第2期131-142,共12页
通过分析来自GEO数据库的儿童脓毒症转录组数据,探究了未折叠蛋白反应在该疾病发生机制中的作用。首先利用随机森林和支持向量机算法筛选了诊断模型的候选基因包括EXOSC4,EIF2AK3,CEBPB,WIPI1,EXOSC6,EXTL2和SRPRB,使用多因素逻辑回归... 通过分析来自GEO数据库的儿童脓毒症转录组数据,探究了未折叠蛋白反应在该疾病发生机制中的作用。首先利用随机森林和支持向量机算法筛选了诊断模型的候选基因包括EXOSC4,EIF2AK3,CEBPB,WIPI1,EXOSC6,EXTL2和SRPRB,使用多因素逻辑回归构建诊断模型,并利用外部数据集对其进行了验证。接着,分析了这些基因与免疫细胞浸润的相关性,发现它们与中性粒细胞的浸润具有强相关性。此外,通过一致性聚类将儿童脓毒症患者分成了三个亚型,比较了它们在临床特征和炎症因子表达方面的差异。最后,通过加权基因共表达网络分析筛选出每个亚型的核心基因,并发现这三个亚型在免疫系统、代谢和细胞死亡等生物学过程上存在显著差异。药物预测结果显示不同亚型的患者可能对不同种类的药物具有不同的敏感性。总之,这项研究为儿童脓毒症的诊断和精准治疗提供了新的思路。 展开更多
关键词 儿童脓毒症 未折叠蛋白反应 免疫浸润 诊断模型 机器学习
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基于极端混合池全基因组重测序的茄子果实硬度基因定位 被引量:1
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作者 乔军 刘婧 +1 位作者 李素文 王利英 《华北农学报》 北大核心 2025年第3期44-50,共7页
为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实... 为系统研究果实硬度相关基因,通过基因组重测序BSA方法定位果实硬度关联区间,并根据其对应的参考基因组共线性区段和基因注释信息预测候选基因,为下一步基因克隆奠定基础。以稳定遗传的软肉自交系C18与硬肉自交系LE4杂交,F2后代的果实硬度分离呈正态分布。在F2群体中分别选取30株软肉和30株硬肉单株构建极端混合池,对混合池样本和双亲材料分别开展30×和10×覆盖度的全基因组重测序。重测序共获得1891040个单核苷酸多态性(SNPs)标记及376603个插入缺失(InDels)标记,用于果实硬度性状的全基因组定位。BSA定位峰值位于茄子第6号染色体,从72610411到75329951 bp,共计2.71 Mb。根据通路富集和基因功能注释,筛选到候选基因Smechr0601726.1和Smechr0601735.1。综上,通过基因组重测序BSA分析可知,茄子果实硬度可能由2个重要的候选基因进行调控,Smechr0601726.1编码多聚半乳糖醛酸酶基因,与果实硬度直接相关;Smechr0601735.1与抗坏血酸和阿糖二酸代谢密切相关,编码抗坏血酸过氧化物酶,与果实发育和硬度形成有关,可以延缓果实软化。 展开更多
关键词 茄子 极端混合池 全基因组重测序 果实硬度 基因定位
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小麦幼苗耐热性的QTL定位分析 被引量:11
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作者 李世平 昌小平 +1 位作者 王成社 景蕊莲 《西北植物学报》 CAS CSCD 北大核心 2012年第8期1525-1533,共9页
以小麦DH群体(‘旱选10号’ב鲁麦14’)为材料,在高温(热胁迫)及常温(对照)两种条件下考察小麦幼苗的根干重、苗干重、幼苗生物量、叶片叶绿素含量、叶绿素荧光参数及其耐热指数,并应用基于混合线性模型的复合区间作图法分析幼苗... 以小麦DH群体(‘旱选10号’ב鲁麦14’)为材料,在高温(热胁迫)及常温(对照)两种条件下考察小麦幼苗的根干重、苗干重、幼苗生物量、叶片叶绿素含量、叶绿素荧光参数及其耐热指数,并应用基于混合线性模型的复合区间作图法分析幼苗性状及其耐热指数QTL的数量、染色体分布及表达情况,以及QTL与环境的互作效应。结果显示:(1)亲本‘旱选10号’的耐热性明显优于‘鲁麦14’,且杂交后代的耐热性出现超亲分离。(2)控制幼苗耐热相关性状的QTL位点在染色体2D、6B、3A、4A、5A和7A上分布较多,而控制幼苗性状耐热指数的QTL在染色体6A、6B、3A、2D、5A和7A上分布较多,QTL位点在染色体上的分布有区域化的趋势。(3)控制幼苗性状的单个加性QTL和上位性QTL解释的表型变异分别平均为2.48%和2.65%;而控制耐热指数的单个加性QTL和上位性QTL解释的表型变异分别平均为8.84%和1.98%。(4)在热胁迫和对照条件下共检测到与幼苗性状及其耐热指数有关的加性效应QTL 13个和上位性效应QTL 28对,分布在除4D和6D以外的19条染色体上。研究表明,控制幼苗性状的QTL以上位性效应为主,而其耐热指数的QTL以加性效应为主。 展开更多
关键词 小麦 幼苗 耐热指数 DH群体 QTL定位
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磁共振体素内不相干运动-弥散加权成像定量参数预测KRAS突变非小细胞肺癌患者一线同步放化疗预后的价值 被引量:2
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作者 尚志鸿 岳琳坤 王丹 《实用临床医药杂志》 2025年第14期28-33,共6页
目的探讨磁共振体素内不相干运动-弥散加权成像(IVIM-DWI)定量参数预测Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)突变非小细胞肺癌(NSCLC)患者一线同步放化疗预后的价值。方法选取139例KRAS突变NSCLC患者作为研究对象,其均接受一线同步放... 目的探讨磁共振体素内不相干运动-弥散加权成像(IVIM-DWI)定量参数预测Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物(KRAS)突变非小细胞肺癌(NSCLC)患者一线同步放化疗预后的价值。方法选取139例KRAS突变NSCLC患者作为研究对象,其均接受一线同步放化疗。根据随访结果(随访终点事件定义为患者1年内发生全因死亡)将患者分为预后良好组和预后不良组。比较2组的一般资料、IVIM-DWI定量参数[表观扩散系数(ADC)、扩散系数(D)、假扩散系数(D^(*))和灌注分数(f)]。采用COX回归方程分析KRAS突变NSCLC患者预后不良的影响因素。绘制受试者工作特征(ROC)曲线分析IVIM-DWI定量参数预测KRAS突变NSCLC患者预后的价值。采用Kaplan-Meier(K-M)生存曲线和Log-rank检验分析IVIM-DWI定量参数与KRAS突变NSCLC患者预后的关系。结果139例患者中共有4例失访,患者生存率为69.63%(94/135)。预后良好组最终纳入94例,预后不良组纳入41例。2组KRAS突变类型、治疗后最佳疗效、吸烟史比较,差异有统计学意义(P<0.05)。校正混杂因素后,ADC值、D值、D^(*)值、f值是KRAS突变NSCLC患者预后不良的影响因素(P<0.05)。ADC值、D值、D^(*)值和f值联合预测KRAS突变NSCLC患者预后的曲线下面积(AUC)为0.933,大于其单独预测的AUC。ADC值、D值、D^(*)值和f值为低值患者的生存率低于高值患者,差异有统计学意义(P<0.05)。结论IVIM-DWI定量参数包括ADC值、D值、D^(*)值和f值,是KRAS突变NSCLC患者一线同步放化疗预后的影响因素,上述参数联合预测的效能较高,可指导临床诊治,改善疾病预后。 展开更多
关键词 非小细胞肺癌 Kirsten大鼠肉瘤病毒癌基因同源物 磁共振体素内不相干运动-弥散加权成像 一线同步放化疗 预后 突变 表观扩散系数 影响因素
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炎症性肠病患者GST基因多态性与硫唑嘌呤活性代谢物6-TGN浓度水平相关性研究
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作者 董家珊 陈嘉睿 +3 位作者 曾大勇 刘亦伟 许建文 林荣芳 《中国临床药理学与治疗学》 北大核心 2025年第10期1383-1390,共8页
目的:探讨炎症性肠病(inflammation bowel disease,IBD)患者谷胱甘肽S转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因多态性对硫唑嘌呤(azathioprine,AZA)活性代谢物6-硫鸟嘌呤核苷酸(6-thioguanine nucleotides,6-TGN)浓度的影响,以期为... 目的:探讨炎症性肠病(inflammation bowel disease,IBD)患者谷胱甘肽S转移酶(glutathione-S-transferase,GST)基因多态性对硫唑嘌呤(azathioprine,AZA)活性代谢物6-硫鸟嘌呤核苷酸(6-thioguanine nucleotides,6-TGN)浓度的影响,以期为优化患者AZA治疗方案提供参考。方法:前瞻性收集接受AZA治疗的IBD患者相关临床资料,给药前采用多重PCR技术结合高通量测序技术的靶向测序法测得患者GST-A1、GST-M1、GST-P1、GST-T1基因型,并应用HPLC法测定患者红细胞中6-TGN稳态谷浓度,利用SPSS 26.0软件进行统计分析。结果:研究共纳入90例IBD患者。GSTA1、GST-M1、GST-P1、GST-T1等位基因频率均符合Hardy-Weinberg平衡定律。Logistic回归分析显示携带GST-A1突变基因是6-TGN谷浓度升高的独立危险因素(低浓度水平OR=17.50,P=0.030;高浓度水平OR=3.60,P=0.033),而GST-M1、GST-P1、GST-T1基因多态性与6-TGN浓度水平无显著相关(P>0.05)。结论:GST-A1基因多态性可影响AZA活性代谢物6-TGN浓度水平,AZA治疗前进行GST-A1基因型检测将有助于临床个体化用药。 展开更多
关键词 炎症性肠病 谷胱甘肽S转移酶基因多态性 硫唑嘌呤 6-硫鸟嘌呤核苷酸浓度
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三明地区冠心病和缺血性脑卒中患者氯吡格雷代谢相关基因CYP2C19、PON1的多态性分布研究 被引量:1
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作者 徐晖 张金秀 +1 位作者 姜洪满 黄水金 《检验医学与临床》 2025年第8期1081-1084,共4页
目的研究三明地区冠心病和缺血性脑卒中患者氯吡格雷代谢相关基因CYP2C19和PON1的多态性分布情况。方法获取2019年7月至2023年7月在三明市中西医结合医院进行氯吡格雷代谢相关基因检测患者的基本信息和检测结果,通过阅读病历将患者分组... 目的研究三明地区冠心病和缺血性脑卒中患者氯吡格雷代谢相关基因CYP2C19和PON1的多态性分布情况。方法获取2019年7月至2023年7月在三明市中西医结合医院进行氯吡格雷代谢相关基因检测患者的基本信息和检测结果,通过阅读病历将患者分组,采用SPSS统计软件对数据进行统计分析。结果三明地区冠心病和缺血性脑卒中患者CYP2C19*2基因的基因型分布以GA基因型频率最高,等位基因A的突变频率为33.13%;CYP2C19*3基因的基因型分布以GG基因型频率最高,等位基因A的突变频率为6.25%;PON1基因的基因型分布以CT基因型频率最高,等位基因T突变概率为36.56%。CYP2C19*2、*3和PON1基因位点的突变频率在冠心病患者和缺血性脑卒中患者之间、男性患者和女性患者之间的分布情况比较,差异均无统计学意义(P>0.05)。结论PON1基因突变概率较高,是该地区氯吡格雷代谢相关基因检测的重要位点;CYP2C19和PON1基因多态性与患者疾病类型、性别之间未发现相关性。 展开更多
关键词 氯吡格雷 基因多态性 CYP2C19 PON1 三明地区 冠心病 缺血性脑卒中
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甘蓝型油菜细胞质雄性不育的细胞学观察及不育胞质类型鉴定
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作者 翟利佳 杨馥睿 +4 位作者 刘自刚 魏家萍 崔俊美 武泽峰 方彦 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第1期21-27,共7页
为明确22N317A、22N195R_(2)A和22LJ56A-22N286R_(1)A 3个细胞质雄性不育(CMS)系甘蓝型冬油菜花粉败育机理及不育胞质类型,本研究以3组甘蓝型冬油菜细胞质雄性不育系及保持系为材料,通过观察花器形态和细胞特征,并根据油菜育性相关基因o... 为明确22N317A、22N195R_(2)A和22LJ56A-22N286R_(1)A 3个细胞质雄性不育(CMS)系甘蓝型冬油菜花粉败育机理及不育胞质类型,本研究以3组甘蓝型冬油菜细胞质雄性不育系及保持系为材料,通过观察花器形态和细胞特征,并根据油菜育性相关基因orf138、orf222、orf224设计引物对3份甘蓝型冬油菜不育胞质类型进行多重PCR分子鉴定。结果表明:3个不育材料花瓣平展、花药不可正常散粉、花丝短小、柱头较长。不育系花粉的发育受阻于四分体至单核小孢子期间;不育系常规压片细胞学观察结果显示四分体之后未观察到小孢子或者花粉粒;不育系石蜡切片显微镜观察显示花粉四分体时期绒毡层异常膨大,挤压药室里的四分体,使药室变形,最终导致雄性不育。3个不育系的不育胞质类型均是Ogu NWSUAF CMS。 展开更多
关键词 甘蓝型油菜 细胞质雄性不育 花器形态 细胞学观察 育性鉴定
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玉米粒型与粒重相关性状QTL定位及调控基因研究进展
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作者 刘芥杉 马孜煦 +3 位作者 李永生 周玉乾 周香艳 周文期 《江苏农业学报》 北大核心 2025年第4期799-809,共11页
玉米作为中国主要的粮食作物,在保障国家粮食安全和促进社会经济发展中发挥着关键作用。本研究综述了玉米粒型和粒重相关性状QTL定位,玉米粒型和粒重关键调控基因及其作用机制,玉米籽粒大小调控网络等方面的研究进展,挖掘提高粒重和优... 玉米作为中国主要的粮食作物,在保障国家粮食安全和促进社会经济发展中发挥着关键作用。本研究综述了玉米粒型和粒重相关性状QTL定位,玉米粒型和粒重关键调控基因及其作用机制,玉米籽粒大小调控网络等方面的研究进展,挖掘提高粒重和优化粒型的潜力基因,为玉米粒型改良提供基因资源,并对未来研究进行了展望。 展开更多
关键词 玉米 粒型 粒重 QTL 基因功能
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贝类多倍体研究中部分问题的探讨 被引量:1
14
作者 吕振明 李太武 杨志彪 《水产科学》 CAS 北大核心 2002年第6期33-35,共3页
关键词 贝类 多倍体 水产养殖 种质资源 能量收支 非整倍体 生长 抗逆性 性比 繁殖
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Y染色体微缺失与男性不育研究进展 被引量:16
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作者 姚桂梅 《中华男科学杂志》 CAS CSCD 2002年第6期445-448,共4页
约 10 %~ 15 %原因不明的无精子症和 5 %~ 10 %严重少精子症存在Y染色体AZF微缺失 ,该不育人群借助ICSI技术可产生子代 ,但同时可将微缺失垂直传播给男性后代引起不育。本文从Y染色体微缺失的频率位置、基因型和表型的关系、缺失的来... 约 10 %~ 15 %原因不明的无精子症和 5 %~ 10 %严重少精子症存在Y染色体AZF微缺失 ,该不育人群借助ICSI技术可产生子代 ,但同时可将微缺失垂直传播给男性后代引起不育。本文从Y染色体微缺失的频率位置、基因型和表型的关系、缺失的来源机制、检测手段、助孕技术与其关系等几个方面予以综述 ,以进一步理解男性不育的原因 ,从而为诊断。 展开更多
关键词 Y染色体 AZF基因 男性不育
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UHRF1在表观遗传修饰和发育中的研究进展
16
作者 张媛 孙艳平 申景岭 《解剖科学进展》 2025年第2期270-273,共4页
DNA甲基化和组蛋白修饰是表观遗传学中调控基因表达的两个重要方式。泛素样含PHD和环指域蛋白1(ubiquitin like with PHD and ring finger domains1,UHRF1)是一种多结构域的核蛋白,通过其特殊的结构域将DNA甲基化与组蛋白修饰联系起来,... DNA甲基化和组蛋白修饰是表观遗传学中调控基因表达的两个重要方式。泛素样含PHD和环指域蛋白1(ubiquitin like with PHD and ring finger domains1,UHRF1)是一种多结构域的核蛋白,通过其特殊的结构域将DNA甲基化与组蛋白修饰联系起来,参与基因转录调控。UHRF1在肝脏、肠、大脑等多个器官的生理功能状态调控及器官发育中发挥重要作用,此外其还参与机体的免疫反应和肿瘤发生。UHRF1缺陷的胚胎显示全基因组DNA甲基化水平显著降低,表明其在维持DNA甲基化方面中起着重要作用。 展开更多
关键词 表观遗传学 UHRF1 器官发育 肝脏 组蛋白修饰 大脑
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黄瓜新组合"海大2098"遗传性状分析 被引量:1
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作者 林师森 詹达夫 符气刚 《海南大学学报(自然科学版)》 CAS 2002年第4期336-339,共4页
对黄瓜亲本及F1代(海大2098)的植物学性状、商品性、抗病性、及丰产性进行遗传性状分析.结果表明:"海大2098"的植株长势旺,产量高(93796.9kg·hm-2),抗病性一般,抗逆性强,果实商品性好,极具市场竞争力.认为"海大2098... 对黄瓜亲本及F1代(海大2098)的植物学性状、商品性、抗病性、及丰产性进行遗传性状分析.结果表明:"海大2098"的植株长势旺,产量高(93796.9kg·hm-2),抗病性一般,抗逆性强,果实商品性好,极具市场竞争力.认为"海大2098"可作为海南夏秋季的主栽品种加以推广. 展开更多
关键词 黄瓜 遗传性状 抗逆性
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基于机器学习筛选自噬相关糖尿病肾脏疾病的诊断基因及免疫浸润分析
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作者 康意 靳茜 +4 位作者 周梦琪 郑慧娟 李丹文 王耀献 吕杰 《生物信息学》 2025年第4期261-276,共16页
为探讨自噬相关基因(ARGs)在糖尿病肾脏疾病(DKD)中的作用,通过机器学习方法筛选潜在的诊断基因,为DKD的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和治疗靶点。从HADb数据库获取ARGs,对GSE96804数据集进行差异表达分析获得差异表达基因(DEGs),... 为探讨自噬相关基因(ARGs)在糖尿病肾脏疾病(DKD)中的作用,通过机器学习方法筛选潜在的诊断基因,为DKD的早期诊断和治疗提供新的生物标志物和治疗靶点。从HADb数据库获取ARGs,对GSE96804数据集进行差异表达分析获得差异表达基因(DEGs),并与ARGs取交集后筛选出DKD-ARGs基因进行GO和KEGG富集分析。使用4种机器学习方法(LASSO、SVM、RF和BORUTA)筛选诊断基因并进行验证。通过无监督聚类分析和主成分分析识别自噬分子亚型并进行免疫浸润分析。获得1526个DEGs(706个上调基因和820个下调基因),将DEGs与222个ARGs取交集筛选出16个DKD-ARGs。GO和KEGG分析显示这些基因主要富集于细胞死亡、自噬、缺氧反应、炎症和免疫调节等生物过程和信号通路。机器学习算法最终筛选出3个关键诊断基因:CASP3、CDKN1B和PTEN,这些基因在验证集中显示出良好的预测性能。根据筛选出的基因进行一致性聚类获得Cluster1和Cluster2,免疫浸润分析显示两种自噬分子亚型之间存在显著的免疫细胞分布差异,揭示了自噬与免疫反应在DKD中的复杂关系。自噬相关诊断基因CASP3、CDKN1B和PTEN在DKD的早期诊断和治疗中具有重要应用潜力,为DKD提供了新的研究方向和治疗策略。 展开更多
关键词 糖尿病肾脏疾病 自噬 机器学习 免疫浸润 诊断基因
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骨关节炎糖酵解相关基因的筛选与验证
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作者 窦思佳 丁志祥 +2 位作者 仲兴亚 朱博 沈鹏飞 《生物信息学》 2025年第3期184-191,共8页
骨关节炎(Osteoarthritis,OA)导致的疼痛和残疾已经极大地影响了患者的生活质量。近期许多研究表明,骨关节炎与糖酵解之间有密切关联。然而,糖酵解对OA的影响在很大程度上仍不清楚。为此,通过生物信息学分析鉴定和验证可能参与OA滑膜炎... 骨关节炎(Osteoarthritis,OA)导致的疼痛和残疾已经极大地影响了患者的生活质量。近期许多研究表明,骨关节炎与糖酵解之间有密切关联。然而,糖酵解对OA的影响在很大程度上仍不清楚。为此,通过生物信息学分析鉴定和验证可能参与OA滑膜炎的糖酵解相关基因。从Gene Expression Omnibus(GEO)数据库中选择微阵列数据集GSE55235。通过维恩图和NetworkAnalyst筛选糖酵解表型差异基因。通过GO和KEGG富集分析以及蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析筛选出表型差异基因。此外,利用Cytoscape软件和数据库STRING构建枢纽基因网络。然后通过分析GSE206848数据库上的受试者工作特征(ROC)曲线,确认了枢纽基因。考虑到糖酵解与免疫的关系,应用CIBERSORTx分析了OA中的免疫浸润。研究发现了4个基因,包括表皮生长因子受体(Epidermal growth factor receptor,EGFR)、血管内皮生长因子A(Vascular endothelial growth factor A,VEGFA)、Egl-9家族缺氧诱导因子3(Egl nine homolog 3,EGLN3)和DNA损伤诱导转录子4(DNA Damage Inducible Transcript 4,DDIT4),为枢纽基因。ROC分析表明,几乎所有枢纽基因在GSE206848中都具有良好的诊断特性。本研究发现4个表型差异基因是OA期间滑膜炎潜在的诊断生物标志物和治疗靶点,这也许能完善OA的发病机制。 展开更多
关键词 差异表达基因 糖酵解 骨关节炎
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假基因AC106872.1参与维持人类胚胎干细胞自我更新能力
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作者 蒋正阳 孙梦瑶 +2 位作者 何浏 余佳 马艳妮 《基础医学与临床》 2025年第5期561-567,共7页
目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况;通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力,qPCR及流式细胞... 目的探究假基因AC106872.1对维持人类胚胎干细胞(hESCs)自我更新能力的影响。方法在hESCs中敲除假基因AC106872.1,通过PCR及琼脂糖凝胶电泳检测敲除情况;通过集落形成实验及碱性磷酸酶(AP)染色评估hESCs的集落形成能力,qPCR及流式细胞测量术分析检测hESCs的多能性及分化标志基因表达情况,高通量测序检测敲除假基因对细胞转录组的影响。结果敲除假基因AC106872.1后,hESCs的集落形成能力得到抑制(P<0.05),多能性标志基因表达水平显著降低(P<0.0001),分化标志基因表达水平显著上升(P<0.0001)。结论假基因AC106872.1通过调控多能性基因的表达,参与人类胚胎干细胞自我更新能力的维持。 展开更多
关键词 假基因 人类胚胎干细胞 多能性
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