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基于重测序技术的黄姑鱼野生与养殖群体遗传多样性及遗传分化分析
1
作者 高鲁修 刘炳舰 +4 位作者 郑思旭 张婧雯 竺奇慧 徐冬冬 姚高华 《海洋通报》 北大核心 2025年第4期504-515,共12页
为探究黄姑鱼(Nibea albiflora)野生与养殖群体间的遗传多样性和遗传分化关系,本研究利用重测序技术对采集自浙江舟山海域野生和养殖群体的黄姑鱼进行了基因组重测序分析。结果显示,黄姑鱼野生与养殖群体间遗传分化指数FST值为0.098 448... 为探究黄姑鱼(Nibea albiflora)野生与养殖群体间的遗传多样性和遗传分化关系,本研究利用重测序技术对采集自浙江舟山海域野生和养殖群体的黄姑鱼进行了基因组重测序分析。结果显示,黄姑鱼野生与养殖群体间遗传分化指数FST值为0.098 448,分歧度ROD值为0.716 420,野生与养殖群体的核苷酸多态性(π)、Tajima's D值分别为0.001 390、-0.310 259和0.000 775、2.930 800,表明黄姑鱼野生和养殖群体间存在明显的遗传分化,野生群体具有较高的遗传多样性,养殖群体相对于野生群体存在明显的群体多态性损失。系统发育树、主成分分析及遗传结构等分析显示黄姑鱼野生与养殖群体之间具有明显的遗传分化,分为两个亚群。研究结果可为该物种的种质资源利用和保护以及科学养殖提供参考资料。 展开更多
关键词 黄姑鱼 重测序 群体结构 遗传多样性
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凡纳滨对虾类胰岛素肽基因的结构及表达分析 被引量：1
2
作者 苏曼文 张晓军 +3 位作者 袁剑波 张小溪 杨铭 李富花 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2024年第1期105-117,共13页
类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分... 类胰岛素肽(ILP)是胰岛素超家族的成员,具有进化保守性,是影响动物生命活动的重要因子之一。本研究克隆了凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)ILP1(Lv ILP1)全长基因,m RNA长度为812 bp,其中开放阅读框长543 bp,编码180个氨基酸。序列分析显示,Lv ILP1蛋白预计分子量为20.81 kDa,理论等电点为9.45,不稳定系数为96.20,具有一个信号肽,没有跨膜结构,推导其为碱性、不稳定的分泌蛋白。结构预测显示,该蛋白具有胰岛素超家族保守的Il GF结构域,由N端信号肽、B链、C肽和A链组成,同时具有6个保守的半胱氨酸位点和2个断裂位点。系统进化分析显示,Lv ILP1与斑节对虾(Penaeus monodon)ILP7亲缘关系最近,与甲壳动物ILP1聚为一支,然后分别与无脊椎动物ILP7、脊椎动物松弛素(Relaxin)、胰岛素(Insulin)、胰岛素样生长因子(IGF)聚在一起。无脊椎动物ILP7类与外群海葵(Actinia tenebrosa)ILP的进化关系最近,表明这类ILP可能与胰岛素超家族的祖先较为相似。转录因子预测显示,Lv ILP1可能的转录因子为叉头框蛋白O3(FoxO3)、糖皮质激素受体(GR)、CAAT区/增强子结合蛋白(C/EBP)、信号传导及转录激活蛋白(STAT)等;蛋白互作分析显示,Lv ILP1与细胞膜上的胰岛素受体(IR)、神经信号分子(VGLUT1、SYT 1_3)、糖蛋白激素(GPHB5)、鞣化激素(Bursicon)等相互作用;对这些转录因子和互作蛋白的生物功能进行分析,进而推测Lv ILP1可能具有调节生长发育、激素刺激反应、神经系统稳态、碳水化合物稳态、蜕皮后组织重建以及生殖发育等作用。分析发现,Lv ILP1在凡纳滨对虾早期发育阶段有较高表达,在成体各个组织中均有表达,但在眼柄中表达量最高。本研究结果为深入了解凡纳滨对虾ILP的基因结构、进化、功能及表达提供了重要信息,同时为凡纳滨对虾的分子育种和健康养殖提供线索。 展开更多
关键词 凡纳滨对虾 类胰岛素肽 基因结构 功能预测 表达分析
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长牡蛎弧菌抗性选育家系生长和存活性状遗传参数评估及基因型与环境互作效应分析 被引量：1
3
作者 李寅 鲁林基 +4 位作者 杨奔 李鹏飞 徐成勋 李琪 刘士凯 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第4期673-682,共10页
研究以前期筛选的长牡蛎(Crassostrea gigas)弧菌抗性家系为亲本,构建40个全同胞家系,评估了弧菌抗性选育家系生长和存活性状的遗传参数及多个环境下的基因型与环境互作。结果显示,在不同日龄下,壳高和壳长的遗传力分别为(0.46±0.... 研究以前期筛选的长牡蛎(Crassostrea gigas)弧菌抗性家系为亲本,构建40个全同胞家系,评估了弧菌抗性选育家系生长和存活性状的遗传参数及多个环境下的基因型与环境互作。结果显示,在不同日龄下,壳高和壳长的遗传力分别为(0.46±0.10)—(0.59±0.13)和(0.30±0.08)—(0.59±0.13),为中高等遗传力,存活性状的遗传力为(0.25±0.06)—(0.41±0.11),为中低等遗传力。不同日龄的壳高和壳长遗传相关(0.429—0.828)均大于表型相关(0.192—0.611),除180日龄时,遗传和表型相关为低度正相关,其余各阶段均为中高度正相关;生长与存活性状的遗传和表型相关分别为(–0.138—0.380)和(–0.073—0.512),表现为中低度相关性。研究中生长和存活性状在两个环境间的遗传相关分别为(0.34—0.68)和(0.32—0.50),均小于0.7,表明乳山和荣成海区家系的生长和存活性状间存在明显的基因型与环境互作效应,因此对长牡蛎弧菌抗性进行选育时需要针对不同的养殖环境制定不同的育种方案。研究为长牡蛎抗弧菌品系的选育提供基础资料和科学依据。 展开更多
关键词 溶藻弧菌 遗传力 遗传相关 基因型与环境互作效应 选育 长牡蛎
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鱼类肌肉生长研究进展 被引量：2
4
作者 何玉慧 李响 石军 《水产学报》 CAS CSCD 北大核心 2024年第9期1-21,共21页
鱼类是人类获取动物蛋白的重要来源,其主要可食用部分为肌肉组织。鱼类水产养殖的本质即通过适宜的养殖条件和技术,促使鱼类肌纤维快速增殖和迅速肥大,达到肌肉快速生长、提高养殖生产效益目的。鱼类肌肉生长的实质为肌纤维增殖和肌纤... 鱼类是人类获取动物蛋白的重要来源,其主要可食用部分为肌肉组织。鱼类水产养殖的本质即通过适宜的养殖条件和技术,促使鱼类肌纤维快速增殖和迅速肥大,达到肌肉快速生长、提高养殖生产效益目的。鱼类肌肉生长的实质为肌纤维增殖和肌纤维增粗,即肌细胞不断融合形成更粗更大肌管的过程;肌管进一步分化、组装并表达一类肌肉特异性蛋白,最终形成两种不同类型的肌纤维:白色肌肉(快肌)和红色肌肉(慢肌)组织。本文系统总结了鱼类肌肉生长最新研究进展,包括鱼类肌纤维结构及形成过程,肌细胞增殖、迁移、分化及肌细胞生长的关键调控因子和信号通路;此外,重点解析了肌细胞融合的关键基因(mymk和mymx)及融合决定因素。另外,本文概述了肌肉生长基因资源在水产育种中的应用,阐述了利用营养条件改良鱼类肉质的可行性,并提出可结合遗传学和营养学手段,合理调节鱼类肌纤维增殖和增粗两种生长模式,实现肌肉快速增长和肉质改良。本综述可为鱼类速生优质品系培育提供理论基础和实践指导。 展开更多
关键词 鱼类肌肉生长 肌纤维增殖 肌纤维增粗 生肌调节因子 肌细胞融合 mymk mymx MSTN
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中国对虾形态性状对体重影响的通径分析 被引量：108
5
作者 董世瑞 孔杰 +4 位作者 万初坤 栾生 张天时 孟宪红 王如才 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第3期15-22,共8页
测定519尾5月龄中国对虾体长、全长、体重、头胸甲长、头胸甲宽、第1腹节高、第5腹节高、第6腹节长、额剑上刺数目、额剑下刺数目10个指标,计算性状间的相关系数。采用通径分析方法计算以形态性状为自变量对体重作依变量的通径系数、决... 测定519尾5月龄中国对虾体长、全长、体重、头胸甲长、头胸甲宽、第1腹节高、第5腹节高、第6腹节长、额剑上刺数目、额剑下刺数目10个指标,计算性状间的相关系数。采用通径分析方法计算以形态性状为自变量对体重作依变量的通径系数、决定系数,对各性状的影响大小进行剖分。结果表明,头胸甲宽对体重的直接影响最大,额剑上刺数目、额剑下刺数目对体重的直接影响较小。经显著性分析,剔除与体重多元相关不显著的第1腹节高、第6腹节长、额剑上刺数目、额剑下刺数目,建立体长、全长、头胸甲长、头胸甲宽、第5腹节高与体重的多元回归方程。 展开更多
关键词 中国对虾 形态性状 相关系数 通径分析
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条纹斑竹鲨不同组织线粒体DNA拷贝数差异分析
6
作者 李明僧 张耀仁 徐胜勇 《浙江海洋大学学报（自然科学版）》 CAS 2024年第5期453-458,共6页
线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)拷贝数在不同组织器官中存在一定差异,并与多种重要疾病的发生密切相关。mtDNA拷贝数的稳定性对于维持线粒体功能和细胞代谢至关重要,因此,准确监测mtDNA拷贝数对生物学及生物医学研究具有重要意义... 线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)拷贝数在不同组织器官中存在一定差异,并与多种重要疾病的发生密切相关。mtDNA拷贝数的稳定性对于维持线粒体功能和细胞代谢至关重要,因此,准确监测mtDNA拷贝数对生物学及生物医学研究具有重要意义。然而,目前常用的分析方法只能对mtDNA拷贝数进行相对定量分析,无法准确评估mtDNA含量。本研究尝试利用高通量测序数据和生物信息学分析软件NOVOPlasty建立了一种定量评估mtDNA拷贝数的方法,并采用该方法对条纹斑竹鲨肌肉与血液组织样品中mtDNA拷贝数开展比较分析。结果表明血液组织的mtDNA含量明显少于肌肉组织的含量,1×全基因组测序深度时肌肉组织的mtDNA拷贝数均值为339,而血液组织约为15,提示肌肉细胞较血细胞的mtDNA含量高约22倍。研究结果表明条纹斑竹鲨肌肉和血液的mtDNA含量存在明显的组织特异性,同时初步验证了该研究建立的mtDNA拷贝数定量分析方法的可行性。该研究可为mtDNA含量相关的生物医学和生理生态研究提供参考资料。 展开更多
关键词 线粒体DNA拷贝数 条纹斑竹鲨 定量分析 组织特异性 高通量测序
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中国近海5个黑鲷地理群体的遗传变异 被引量：15
7
作者 赵爽 章群 +4 位作者 乐小亮 彭博 许忠能 韦桂峰 李贵生 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2010年第2期75-79,共5页
为有效保护和利用黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)资源,本研究测定了中国近海5个群体(北方海域的营口与崂山群体,南方海域的闽清、大亚湾、东兴群体)各10尾黑鲷线粒体控制区5′端722bp序列以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现42个单... 为有效保护和利用黑鲷(Acanthopagrus schlegeli)资源,本研究测定了中国近海5个群体(北方海域的营口与崂山群体,南方海域的闽清、大亚湾、东兴群体)各10尾黑鲷线粒体控制区5′端722bp序列以分析其遗传多样性和遗传结构。结果发现42个单倍型,56个多态位点;群体单倍型多样性为0.978～1.000,群体核苷酸多样性为0.0067～0.0116。中性检测和核苷酸不对称分布分析表明,中国近海黑鲷在晚更新世(165～41kaBP)曾经历过种群的快速扩张。北方群体与南方群体之间的Fst值为0.1145(P=0.00),表明存在中等程度的分化,建议将中国近海黑鲷作为两个管理单位。 展开更多
关键词 黑鲷(Acanthopagrus schlegeli) 线粒体控制区 遗传多样性 群体遗传结构 种群历史动态
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三种鳖线粒体DNA细胞色素b基因序列的比较分析 被引量：21
8
作者 陈合格 刘文彬 +1 位作者 李建中 张轩杰 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2006年第4期380-385,共6页
对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列... 对中华鳖、砂鳖和山瑞鳖线粒体DNA细胞色素b基因进行了引物设计、PCR扩增、序列测定和PCR-PFLP(Polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism)分析。研究结果表明中华鳖、砂鳖与山瑞鳖线粒体DNACytb基因的序列全长相同,均为1140bp,其A、C、G、T含量相似,分别为378个(33.2%)、322个(28.2%)1、22个(10.7%)、318个(27.9%)、373个(32.7%)、324个(28.4%)、124个(10.9%)、319个(28.0%)、380个(33.3%)3、30个(28.9%)、127个(11.1%)、303个(26.7%)。同源性及序列差异率分析表明:中华鳖与砂鳖b基因序列的同源性为92.3%,中华鳖、山瑞鳖的为85.0%,砂鳖、山瑞鳖的为84.1%;中华鳖与砂鳖b基因核苷酸序列间的差异率为7.7%,中华鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.0%,砂鳖、山瑞鳖间的序列差异率为15.9%,而中华鳖、砂鳖、山瑞鳖各自个体间的序列差异率分别为2.37%、0.88%和0.18%,种间差异显著。用内切酶酶切分析其扩增产物,结果表明:用内切酶NdeⅠ可准确鉴别砂鳖,而用内切酶BamHⅠ则可准确鉴别山瑞鳖。内切酶NdeⅠ和BamHⅠ的联用分析,可使这三种鳖在分子水平都得到明确的鉴定。从三种鳖线粒体DNACytb基因核苷酸序列的显著差异和酶切位点的变化,可以进一步证明砂鳖是不同于中华鳖的鳖属一新种。 展开更多
关键词 中华鳖 砂鳖 山瑞鳖 细胞色素B PCR-RFLP分析 分子鉴定标记
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微卫星标记在不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定的适用性 被引量：15
9
作者 程鹏 杨爱国 +2 位作者 吴彪 周丽青 李霞 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2011年第5期768-775,共8页
实验选取8个多态性微卫星位点,用于虾夷扇贝4个不同壳色全同胞和半同胞家系160个子代的亲权鉴定。在亲本未知和一亲本已知的情况下,8个微卫星位点累积排除概率分别为0.823和0.961。鉴于亲权分析时子代的亲本在已知和未知情况下位点的累... 实验选取8个多态性微卫星位点,用于虾夷扇贝4个不同壳色全同胞和半同胞家系160个子代的亲权鉴定。在亲本未知和一亲本已知的情况下,8个微卫星位点累积排除概率分别为0.823和0.961。鉴于亲权分析时子代的亲本在已知和未知情况下位点的累积排除概率不同,实验采用了两种方法用于家系的亲权鉴定。方法1:当子代的父母本情况未知时,根据子代基因型数据,通过CERVUS 2.0软件计算子代所对应的候选亲本的LOD值,直接将候选亲本中具有最大的两个LOD值的亲本确定为子代的父母本;方法2:在子代的亲本未知情况下,视具有最大LOD值的候选亲本为子代的第一候选亲本,然后将该亲本视为已知,通过CERVUS 2.0软件重新计算每个侯选亲本的LOD值,再从中选择具有最大LOD值的候选亲本作为该子代的第二候选亲本。结果表明,采用方法2得到的家系亲权鉴定成功率达到95%以上,确定了微卫星标记在虾夷扇贝家系鉴定中的可行性。所检测的微卫星位点在子代中出现无效等位基因现象,而无效等位基因存在会引起子代与亲本的错配。实验在家系鉴定时采用了无效等位基因存在(情况1)和缺失(情况2)两种子代基因型文件进行分析,不同情况下同一方法家系鉴定成功率相差无几。这表明了基于多个微卫星位点计算候选亲本LOD值大小寻找子代真实父母本可以降低由无效等位基因引起的错配的几率。研究表明了微卫星标记适合于不同壳色虾夷扇贝家系亲权鉴定工作。 展开更多
关键词 微卫星 壳色 虾夷扇贝 亲权鉴定 等位基因
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大口黑鲈转录组SNPs筛选及其与生长的关联分析 被引量：18
10
作者 全迎春 马冬梅 +3 位作者 白俊杰 刘浩 李胜杰 刘海涌 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2016年第6期1128-1134,共7页
为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录... 为开发人工饲料代替冰鲜杂鱼养殖大口黑鲈的分子标记,以食用冰鲜鱼和配合饲料的同批大口黑鲈为研究材料,利用RNA-Seq(RNA sequencing)技术挖掘SNPs(Single nucleotide polymorphisms)标记,并以关联分析筛选可用于育种的候选标记。转录组进行测序共获得174 M数据,8681个SNPs位点。挑选其中具有表达差异的50个SNPs位点进行SNa Pshot分型,结果39个分型成功,其中有4个为假阳性,通过转录组技术开发出SNPs标记35个,成功率为70.0%。为进一步检验这些标记是否可用于评估驯食饲料的大口黑鲈选育研究,研究以327尾摄食人工配合饲料的大口黑鲈为试验材料,SPSS软件进行一般线性模型分析SNPs的不同基因型与生长性状的相关性,结果显示有2个SNPs位点与体质量、全长和体高等生长性状存在显著相关性(P<0.05),可作为候选标记用于大口黑鲈的分子辅助育种。由于转录组数据直接反应基因的表达情况,从中挖掘与性状相关的优势基因型与分子标记的成功率高,效果较好。同时也为解决大口黑鲈选育研究中标记缺乏提供了有效途径,为选育提供遗传依据、加速育种进程。 展开更多
关键词 转录组测序(RNA-Seq) 大口黑鲈 单核苷酸多态(SNPs) 生长性状
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南海毛蚶形态特征对体重的相关分析 被引量：48
11
作者 王辉 刘志刚 符世伟 《热带海洋学报》 CAS CSCD 北大核心 2007年第6期58-61,共4页
随机选取同龄南海毛蚶Scapharca subcrenata雌性62只、雄性59只,测量壳长、壳厚、壳高、后闭壳肌直径、放射肋数及活体重。采用通径分析方法研究南海毛蚶5个形态特征对体重的总效应,并以综合决定系数为确定形态性状重要性的准则。结果表... 随机选取同龄南海毛蚶Scapharca subcrenata雌性62只、雄性59只,测量壳长、壳厚、壳高、后闭壳肌直径、放射肋数及活体重。采用通径分析方法研究南海毛蚶5个形态特征对体重的总效应,并以综合决定系数为确定形态性状重要性的准则。结果表明,两性中壳厚、壳高和壳长与体重均为正相关(p<0.01),直接和间接途径都不是体重的限制因素。壳厚、壳高的平均综合决定系数分别为0.423和0.412,是影响体重最主要因素且都具有育种意义。 展开更多
关键词 毛蚶Scapharca subcrenata 形态特征 通径系数 决定系数
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鄱阳湖区泥鳅遗传多样性研究 被引量：12
12
作者 曾柳根 张伟 +2 位作者 甘云飞 王军花 洪一江 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第5期966-972,共7页
采用同工酶电泳、RAPD引物PCR扩增和线粒体DNA细胞色素b基因全序列3种方法,对鄱阳湖3种斑纹泥鳅的遗传结构进行分析。同工酶电泳显示3种斑纹泥鳅在LDH、MDH和EST这3种同工酶之间存在群体和组织差异;RAPD试验结果显示6条RAPD引物在18尾... 采用同工酶电泳、RAPD引物PCR扩增和线粒体DNA细胞色素b基因全序列3种方法,对鄱阳湖3种斑纹泥鳅的遗传结构进行分析。同工酶电泳显示3种斑纹泥鳅在LDH、MDH和EST这3种同工酶之间存在群体和组织差异;RAPD试验结果显示6条RAPD引物在18尾鄱阳湖泥鳅个体中共扩增出了169条不同分子量的RAPD标记,其中多态性带101条,多态性带的比例为59.56%,平均每个引物产生9.39条带和5.61条多态性带,不同斑纹泥鳅的遗传多样性指数显示3种斑纹泥鳅的遗传水平处于较高水平。以特异性引物进行PCR扩增,获得了1140bp的细胞色素b基因全序列。结果显示,3种不同斑纹泥鳅中检测出了1个共有单倍型和3个特有单倍型。与共有单倍型相比,大花斑泥鳅特有单倍型有91个变异位点,而小花斑泥鳅与无花斑泥鳅特有单倍型的变异位点为20和24个。基于单倍型构建的NJ树和MP树,显示大花斑泥鳅的特有单倍型EU145023处于独立的分支上,这反映出鄱阳湖地区不同斑纹的泥鳅之间在线粒体DNACytb基因中出现了一定距离的分化。 展开更多
关键词 泥鳅 遗传多样性 同工酶 RAPD 细胞色素B
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海湾扇贝4次引种后代的表型特征和遗传分化 被引量：10
13
作者 刘晓 孙博 +4 位作者 张国范 王春德 章又荣 谷震 张福绥 《海洋与湖沼》 CAS CSCD 北大核心 2006年第1期61-68,共8页
分析了不同时期引入到我国的4个繁育历史清晰、未发生种质混杂的海湾扇贝养殖群体成体的壳形态指标和群体遗传结构。壳表型参数分析表明,海湾扇贝北部亚种(Northernbay scallop,Argopecten irradians irradians)的浙江养殖群体(ZJ)、加... 分析了不同时期引入到我国的4个繁育历史清晰、未发生种质混杂的海湾扇贝养殖群体成体的壳形态指标和群体遗传结构。壳表型参数分析表明,海湾扇贝北部亚种(Northernbay scallop,Argopecten irradians irradians)的浙江养殖群体(ZJ)、加拿大新布朗斯威克群体(NB)、马萨诸塞-弗吉尼亚混合群体(M-V)及海湾扇贝南部亚种(Southern bay scallop,Arg-opecten irradians concentricus)的北卡罗来那群体(NC)等不同群体间在壳形态方面存在显著差异南部亚种的NC群体壳高与壳长基本相等[壳高与壳长的比值(H/L)达0.99,壳型宽壳宽和壳长的比值(W/L)达到0.59];而北部亚种3个群体的壳长均大于壳高,其中ZJ和NB群体的壳形态尤其偏长,其H/L分别是0.92和0.90,NB群体的壳宽显著小于其他群体,W/L仅为0.36。RAPD分析结果表明,ZJ、NB、M-V、NC群体的多态位点比例分别为31.82%、29.55%、28.79%和31.82%,平均杂合度分别为0.1078、0.1134、0.0966和0.1197,表明在我国独立繁育了19代的ZJ养殖群体仍然保持了与其他群体相近的遗传多样性水平。4个群体间的遗传分化系数(Gst)为0.1892,表明其中18.92%的变异来自不同群体间的遗传差异,说明4个群体在遗传上存在着较大的分化。从遗传距离分析,ZJ与NB较近,两者间的遗传距离为0.0319,而两者与M-V间的遗传距离相对较远,分别为0.0442和0.0524;NC与M-V间的遗传距离为0.0368。这些结果表明,从原产地引种到国外时间较早的ZJ、NB等2个群体与较晚引进我国的M-V群体之间的遗传距离已超过了M-V群体(北部亚种)与NC群体(南部亚种)之间的遗传距离,说明独立繁育了近20代后,ZJ群体和NB群体均已产生了较大的遗传分化,这种分化可能有利于海湾扇贝的品种培育。 展开更多
关键词 海湾扇贝 引种后代 表型 分子标记 遗传分化
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基于第二代测序技术兰州鲇线粒体基因组全序列测定与分析 被引量：17
14
作者 连总强 滚双宝 +3 位作者 李力 张锋 肖伟 吴旭东 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2017年第2期334-345,共12页
研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇(Silurus lanzhouensis)线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物... 研究采用高通量第二代测序技术,构建获得兰州鲇(Silurus lanzhouensis)线粒体基因组全序列,并对全序列特征和结构进行了分析。研究结果表明,兰州鲇线粒体基因组全序列长度为16523 bp,碱基组成具有高A+T低G+C含量的偏向性,具有脊椎动物典型的结构组成。13个PCG基因中存在2种启动子(ATG、GTG)、3种终止子(TAG、TAA和T或TA)。除t RNA-Ser^(AGN)基因二级结构中DHU臂缺失,其余21个t RNA基因可折叠成典型三叶草结构。12S rRNA二级结构由45个茎环结构组成4个结构域,16S rRNA由54个茎环结构组成6个结构域。含有关键序列标签的控制区(CR)可分为3个不同的结构域:终止序列区(TAS1、TAS2)、中央保守区(CSB-F、CSB-E和CSB-D)和保守序列区(CSB1、CSB2和CSB3)。非编码区含有一段保守的控制轻链复制起始的序列区(O_L)。基于线粒体基因组全序列和通用标签COX1基因标记可区分兰州鲇同其他鲇形目鱼类种质进化关系。 展开更多
关键词 兰州鲇 线粒体基因组 结构特征 系统发育
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铜鱼线粒体控制区的序列变异和遗传多样性 被引量：26
15
作者 袁娟 张其中 +2 位作者 李飞 朱成科 罗芬 《水生生物学报》 CAS CSCD 北大核心 2010年第1期9-19,共11页
采用PCR和DNA测序技术研究长江中上游野生铜鱼的遗传多样性和群体遗传学特征,从9个采样点共获得100尾铜鱼,用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为946bp。在100个序列中,共检测出变异位点47个(其中增添/缺失位点8个),单倍型41种。9个地... 采用PCR和DNA测序技术研究长江中上游野生铜鱼的遗传多样性和群体遗传学特征,从9个采样点共获得100尾铜鱼,用于分析的线粒体DNA控制区的片段序列为946bp。在100个序列中,共检测出变异位点47个(其中增添/缺失位点8个),单倍型41种。9个地理群体的平均单倍型多样性(Hd)和平均核苷酸多样性(Pi)分别为0.9257±0.0162和0.004178±0.002337,表现出较贫乏的遗传多样性。群体间的分化指数(FST值)、平均基因流(Nm)、分子方差分析(AMOVA)和平均K2-P遗传距离均表明9个铜鱼地理群体间存在广泛的基因交流,未明显发生群体遗传分化。另外,共享单倍型比例较高,约为34%(14/41)。单倍型的UPGMA分子系统树和简约网络图显示单倍型的聚类与地理分群没有相关性。上述结果表明9个铜鱼地理群体属于同一种群。 展开更多
关键词 铜鱼 线粒体控制区 遗传多样性
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微卫星DNA标记用于三疣梭子蟹家系亲子关系的鉴定 被引量：13
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作者 刘磊 李健 +4 位作者 刘萍 高保全 陈萍 戴芳钰 王学忠 《渔业科学进展》 CSCD 北大核心 2010年第5期76-82,共7页
以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分... 以定向交尾技术构建的4个谱系清晰的家系为材料,检测两对微卫星标记Pot17和Pot42在三疣梭子蟹家系鉴别中的应用效果。结果表明,两个位点在4个家系的5个已知父母本和98个后代中共检测出11个等位基因,其中Pot17位点6个,Pot42位点5个。分析显示,上述检出的等位基因频率在0.0291和0.3592之间,Pot17和Pot42位点的期望杂合度分别为0.7740和0.7577,观测杂合度分别为0.6214和0.6796,多态信息含量分别为0.7373和0.7129。根据已知亲本和子代基因型,推断出了4个家系全部亲本的基因型。Pot17和Pot42微卫星标记具有达0.995的较高累积个体识别率,可以用于三疣梭子蟹的亲子关系鉴定。 展开更多
关键词 三疣梭子蟹 微卫星标记 家系 亲缘鉴定
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应用PCR-RFLP技术鉴别区分中国沿海四种主要养殖扇贝 被引量：9
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作者 王师 包振民 +5 位作者 张玲玲 李宁 战爱斌 郭文波 汪小龙 胡景杰 《食品科学》 EI CAS CSCD 北大核心 2006年第7期210-214,共5页
扇贝的物种鉴定,通常主要是依据形态学标准来进行。然而,当用于形态辨别的部分被去除时,对扇贝的物种鉴定工作则显得十分困难。本研究利用对扇贝核糖体ITS的PCR-RFLP分析,首次从分子水平上鉴定区分了中国沿海四种主要的养殖扇贝(栉孔扇... 扇贝的物种鉴定,通常主要是依据形态学标准来进行。然而,当用于形态辨别的部分被去除时,对扇贝的物种鉴定工作则显得十分困难。本研究利用对扇贝核糖体ITS的PCR-RFLP分析,首次从分子水平上鉴定区分了中国沿海四种主要的养殖扇贝(栉孔扇贝、华贵栉孔扇贝、虾夷扇贝及海湾扇贝)。根据四种扇贝ITS的测序结果,选取三种内切酶(SmaI、MseI及TaqI)应用于PCR-RFLP分析。根据三种内切酶产生的酶切图谱,四种扇贝可被有效鉴别区分。酶切结果在四种扇贝各群体间的稳定性,证明了利用该技术对四种扇贝进行物种鉴定的可行性。本研究同时成功地对扇贝加工品-干贝进行了物种鉴定,证明了该技术在实践中应用的可行性。 展开更多
关键词 扇贝 物种鉴定 干贝 PCR-RFLP ITS
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海湾扇贝微卫星标记开发及其分离方式分析 被引量：11
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作者 李宏俊 刘晓 +4 位作者 杜雪地 宋蕊 张国范 胡景杰 包振民 《海洋科学》 CAS CSCD 北大核心 2009年第12期4-8,共5页
利用尼龙膜吸附杂交法构建了海湾扇贝的(AC)15、(AG)15微卫星富集文库,随机挑取3 000个克隆,经菌落原位杂交二次筛选共获得阳性克隆1 268个(42.3%)。经序列测定和生物信息学分析后得到521个独立的阳性克隆,其中微卫星506个,小卫星15个... 利用尼龙膜吸附杂交法构建了海湾扇贝的(AC)15、(AG)15微卫星富集文库,随机挑取3 000个克隆,经菌落原位杂交二次筛选共获得阳性克隆1 268个(42.3%)。经序列测定和生物信息学分析后得到521个独立的阳性克隆,其中微卫星506个,小卫星15个。微卫星中,完美型248个,占总数的49.0%;非完美型216个,占42.7%;复合型42个,占8.3%;其中AG/TC重复占70.4%(356个),AC/TG重复29.6%(150个)。选择其中的55条序列设计引物,筛选出其中的20对引物检测它们在海湾扇贝CC10家系的双亲和94个子代个体中的分离情况,结果表明:(1)其中6个位点在母本和子代中发生分离,10个位点在父本和子代中发生分离,4个为双亲共享位点;(2)2个位点存在无效等位基因;(3)16个位点符合孟德尔遗传定律,4个位点的子代个体基因型频率偏离孟德尔遗传定律。上述结果表明,这些微卫星引物可以用于构建海湾扇贝的遗传连锁图谱,并且所构建的富集文库适用于微卫星标记的大规模开发。 展开更多
关键词 海湾扇贝(Argopecten irradians) 微卫星 富集文库 无效等位基因 分离方式
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微卫星DNA标记用于中国对虾亲子关系的鉴定 被引量：18
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作者 孙昭宁 刘萍 +2 位作者 李健 何玉英 张秀梅 《海洋水产研究》 CSCD 北大核心 2007年第3期8-14,共7页
在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫... 在水产养殖中应用微卫星标记来确定亲缘关系已经得到认同和广泛使用。本研究通过控制交尾,利用微卫星标记确定中国对虾后代的亲缘关系,对微卫星标记应用于中国对虾的家系识别进行初步探讨。作者以4个谱系清晰的家系为基础,检测两对微卫星标记EN0033和RS062在中国对虾家系鉴别中的应用。结果表明,利用两对微卫星引物产生的DNA指纹图谱,能够有效地区分中国对虾4个家系。根据微卫星数据计算各家系之间的遗传距离,构建UPGMA图,得到的结果与各家系来源情况一致,进一步证明了微卫星技术在进行家系间的遗传分析中的可行性。EN0033和RS062两对微卫星标记的累积个体识别率高达0.989,属于高识别力的遗传标记系统,可以利用它们进行中国对虾的亲缘关系鉴定。 展开更多
关键词 中国对虾(Fenneropenaeus chinensis) 微卫星标记 家系 亲缘关系
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福尔马林固定鱼类标本DNA提取方法的优化 被引量：9
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作者 孔啸兰 陈作志 +2 位作者 林琳 李纯厚 梁沛文 《中国水产科学》 CAS CSCD 北大核心 2012年第6期1068-1073,共6页
气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理,利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质... 气候变化和人类活动胁迫致使许多海洋鱼类种群结构发生了显著变化。为了摸清鱼类种群结构对气候变化和人类胁迫活动的响应机理,利用福尔马林固定标本研究较早年代海洋鱼类DNA是一种有效的途径。为了解决福尔马林固定鱼类样本DNA提取质量差的难题,以福尔马林固定近50年的金线鱼(Nemipterus virgatus)标本为例,研究DNA提取过程中多个因素对DNA提取产量的影响。以取样部位、除甲醛处理、消化时间、抽提方法为考察因素,以DNA提取浓度为评价指标,通过SPSS软件设计L8(4×24)正交实验。结果,得到的最优处理组为:肌肉组织样品经GTE缓冲液浸泡与酒精梯度处理后,90℃水浴30 min,真空干燥处理,加入裂解液与蛋白酶K,55℃水浴消化3 h,试剂盒法提取DNA。除甲醛处理是提高DNA产量的关键,处理步骤越多效果越好。90℃水浴后再消化能够显著提高DNA提取效率。通过对比标本DNA与新鲜样品DNA,PCR扩增的结果,证明使用优化方法提取的DNA能够满足后续研究的需求。 展开更多
关键词 福尔马林 金线鱼 DNA提取 正交设计
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