利用基于简化基因组测序(restriction site associated DNA sequencing,RAD-seq)技术开发了10对新的多态性微卫星引物,对辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、辽宁庄河(ZH)、山东青岛(QD)、江苏连云港(LYG)、浙江宁波(NB)、福建厦门(XM)、...利用基于简化基因组测序(restriction site associated DNA sequencing,RAD-seq)技术开发了10对新的多态性微卫星引物,对辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、辽宁庄河(ZH)、山东青岛(QD)、江苏连云港(LYG)、浙江宁波(NB)、福建厦门(XM)、广东惠州(HZ)和广西北海(BH)共9个缢蛏群体进行了遗传多样性分析,在270个缢蛏个体中共检测到了352个等位基因。平均等位基因数(N_(a),number of alleles)在3.2000~4.3000之间、平均有效等位基因数(N_(e),effective number of alleles)在1.8789~2.5433之间;观测杂合度(H_o,observed heterozygosity)范围为0.0000~0.9667、平均观测杂合度在0.3088~0.5533之间;期望杂合度(H_(e),expected heterozygosity)范围为0.0000~0.7945、平均期望杂合度在0.3456~0.5715之间;平均多态信息含量(PIC,polymorphic information content)在0.3373~0.5989之间。遗传多样性评估显示,9个缢蛏群体的遗传多样性水平属于中等。群体间的遗传分化系数(F_(st),genetic differentiation coefficient)在0.0547~0.3511之间,其中QHD和ZH群体之间的F_(st)值最低为0.0547,而LYG和BH群体之间的F_(st)值最高为0.3511。基因流(N_(m),gene flow)在0.4620至4.3204之间,其中QHD和ZH群体之间的N_(m)值最高为4.3204,而LYG和BH群体之间的N_(m)值最低为0.4620。分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)分析结果显示,群体间的遗传变异占总变异的33.04%(p<0.01),而群体内的遗传变异占总变异的66.96%(p<0.01),表明遗传变异不仅存在于个体间,也存在于群体间,但个体间的遗传变异大于群体间的遗传变异。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)、Structure软件的聚类结果以及主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果一致。研究结果显示,9个缢蛏群体可分为3大支:第一支由QHD、ZH、QD、DD 4个群体组成;第二支由LYG、NB、XM、HZ 4个群体组成;第三支由BH群体独立成支。展开更多
文摘利用基于简化基因组测序(restriction site associated DNA sequencing,RAD-seq)技术开发了10对新的多态性微卫星引物,对辽宁丹东(DD)、河北秦皇岛(QHD)、辽宁庄河(ZH)、山东青岛(QD)、江苏连云港(LYG)、浙江宁波(NB)、福建厦门(XM)、广东惠州(HZ)和广西北海(BH)共9个缢蛏群体进行了遗传多样性分析,在270个缢蛏个体中共检测到了352个等位基因。平均等位基因数(N_(a),number of alleles)在3.2000~4.3000之间、平均有效等位基因数(N_(e),effective number of alleles)在1.8789~2.5433之间;观测杂合度(H_o,observed heterozygosity)范围为0.0000~0.9667、平均观测杂合度在0.3088~0.5533之间;期望杂合度(H_(e),expected heterozygosity)范围为0.0000~0.7945、平均期望杂合度在0.3456~0.5715之间;平均多态信息含量(PIC,polymorphic information content)在0.3373~0.5989之间。遗传多样性评估显示,9个缢蛏群体的遗传多样性水平属于中等。群体间的遗传分化系数(F_(st),genetic differentiation coefficient)在0.0547~0.3511之间,其中QHD和ZH群体之间的F_(st)值最低为0.0547,而LYG和BH群体之间的F_(st)值最高为0.3511。基因流(N_(m),gene flow)在0.4620至4.3204之间,其中QHD和ZH群体之间的N_(m)值最高为4.3204,而LYG和BH群体之间的N_(m)值最低为0.4620。分子方差分析(analysis of molecular variance,AMOVA)分析结果显示,群体间的遗传变异占总变异的33.04%(p<0.01),而群体内的遗传变异占总变异的66.96%(p<0.01),表明遗传变异不仅存在于个体间,也存在于群体间,但个体间的遗传变异大于群体间的遗传变异。非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)、Structure软件的聚类结果以及主坐标分析(principal coordinate analysis,PCoA)结果一致。研究结果显示,9个缢蛏群体可分为3大支:第一支由QHD、ZH、QD、DD 4个群体组成;第二支由LYG、NB、XM、HZ 4个群体组成;第三支由BH群体独立成支。
基金Strategic Priority Research Program of the Chinese Academy of Sciences(XDA13020206)Innovation Academy of South China Sea Ecology and Environmental,Engineering,Chinese Academy of Sciences(ISEE2018PY03,ISEE2018ZD02)+1 种基金Science and Technology Service Network Initiative of Chinese Academy of Sciences(KFJ-STS-ZDTP-055)Science and Technology Planning Project of Guangdong Province,China(2017B030314052)。
