目的:诱导脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977对舒达吡啶(sudapyridine,WX-081)的耐药菌株,对其耐药单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因功能注释及相关通路进行初步研究。方法:选取单克隆脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977,采...目的:诱导脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977对舒达吡啶(sudapyridine,WX-081)的耐药菌株,对其耐药单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因功能注释及相关通路进行初步研究。方法:选取单克隆脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977,采用2倍WX-081药物递增液体培养方法筛选耐药菌株。将获得耐WX-081菌株提取DNA并进行全基因组测序,检测SNP。随后,使用Blast软件将所有基因(包含新基因和原有注释基因)与非监督直系群(evolutionary genealogy of genes:non-supervised orthologous,eggNOG)、基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、非冗余数据库(non-redundant,Nr)、蛋白质家族(protein families,Pfam)和注释的蛋白质序列(swiss-prot protein sequence,swiss-prot)等数据库进行序列比对,获得基因的注释信息,建立相应的GO、eggNOG和KEGG数据库。结果:ATCC19977标准株与WX-081耐药ATCC19977菌株相比,编码区共检测到187个SNP,其中62个满足质量标准,43个为纯合SNP,包括12个同义突变和31个错义突变。编码区SNP占9.14%(187/2047),其中获得性终止密码子比例最低,仅为0.05%(1/2047)。非编码区SNP占90.86%(1860/2047),其中基因下游区域、基因上游区域产生SNP占比分别达51.83%(1061/2047)、39.03%(799/2047)。GO注释结果显示,生物学过程(BP)8条,细胞组分(CC)5条,分子功能(MF)4条。eggNOG功能预测显示,7个差异基因功能未知,3个参与氨基酸转运及代谢,1个与核苷酸代谢及转运相关,2个参与脂转运和代谢,1个与转录相关,2个参与细胞壁/细胞膜/包膜生物合成,1个参与翻译后修饰、蛋白质降解、分子伴侣,2个参与无机离子运输与代谢,2个参与次级代谢物生物合成、运输与降解,1个与信号传导功能相关。KEGG通路注释显示,细胞膜转运、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、全局和总览图谱、脂代谢相关通路分别有1条、1条、1条、3条、4条。结论:耐WX-081脓肿分枝杆菌的基因组变异以非编码区SNP为主,编码区31个错义突变可能直接参与耐药。代谢通路分析显示,脂代谢、细胞壁合成及氨基酸转运相关基因显著富集,提示膜/壁结构重塑和代谢重编程是耐药关键机制。耐WX-081脓肿分枝杆菌基因组分析显示,其代谢调控与膜结构相关通路中SNP显著富集。展开更多
背景:近年来随着生物医学的快速发展,脑衰老和外泌体的研究受到越来越多的关注,但目前还没有文献对该领域进行文献计量学分析。目的:客观分析近15年国内外关于脑衰老和外泌体的相关文献,总结梳理该领域的研究现状、热点和发展趋势。方法...背景:近年来随着生物医学的快速发展,脑衰老和外泌体的研究受到越来越多的关注,但目前还没有文献对该领域进行文献计量学分析。目的:客观分析近15年国内外关于脑衰老和外泌体的相关文献,总结梳理该领域的研究现状、热点和发展趋势。方法:以Web of Science的核心数据库为检索平台,下载了从建库至2022-12-28发表的有关脑衰老和外泌体的文献,使用CiteSpace 6.1.R6可视化软件从国家、机构、作者、关键词、共被引文献等方面对数据进行分析。结果与结论:共纳入1045篇研究文献,国内外关于脑衰老和外泌体研究的发文量呈逐年增长趋势,美国以发文量429篇居于首位,中国以发文量277篇位居第二。美国路易斯安那州立大学以发文量16篇位居第一。路易斯安那州立大学的Lukiw,Walter J教授是发文量最大的作者,麻省理工学院Bartel DP教授是被引用最多的作者。产量最高的期刊是《International Journal of Molecular Sciences》。阿尔茨海默病、microRNA、基因表达、细胞外囊泡、外泌体、氧化应激和生物标志物等是最相关的术语。根据对热门话题的研究,生物标志物已成为一个新的研究热点。以上结果表明,近15年来脑衰老和外泌体的研究呈逐渐上升趋势,研究方向由最初探究与脑衰老相关的中枢神经系统疾病miRNA的表达,已逐渐转向为寻找能成为识别和诊断神经退行性疾病的生物标志物,基于外泌体miRNA的方法已经成为中枢神经系统疾病有希望的治疗策略。展开更多
文摘目的:诱导脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977对舒达吡啶(sudapyridine,WX-081)的耐药菌株,对其耐药单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)基因功能注释及相关通路进行初步研究。方法:选取单克隆脓肿分枝杆菌标准株ATCC19977,采用2倍WX-081药物递增液体培养方法筛选耐药菌株。将获得耐WX-081菌株提取DNA并进行全基因组测序,检测SNP。随后,使用Blast软件将所有基因(包含新基因和原有注释基因)与非监督直系群(evolutionary genealogy of genes:non-supervised orthologous,eggNOG)、基因本体(gene ontology,GO)、京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)、非冗余数据库(non-redundant,Nr)、蛋白质家族(protein families,Pfam)和注释的蛋白质序列(swiss-prot protein sequence,swiss-prot)等数据库进行序列比对,获得基因的注释信息,建立相应的GO、eggNOG和KEGG数据库。结果:ATCC19977标准株与WX-081耐药ATCC19977菌株相比,编码区共检测到187个SNP,其中62个满足质量标准,43个为纯合SNP,包括12个同义突变和31个错义突变。编码区SNP占9.14%(187/2047),其中获得性终止密码子比例最低,仅为0.05%(1/2047)。非编码区SNP占90.86%(1860/2047),其中基因下游区域、基因上游区域产生SNP占比分别达51.83%(1061/2047)、39.03%(799/2047)。GO注释结果显示,生物学过程(BP)8条,细胞组分(CC)5条,分子功能(MF)4条。eggNOG功能预测显示,7个差异基因功能未知,3个参与氨基酸转运及代谢,1个与核苷酸代谢及转运相关,2个参与脂转运和代谢,1个与转录相关,2个参与细胞壁/细胞膜/包膜生物合成,1个参与翻译后修饰、蛋白质降解、分子伴侣,2个参与无机离子运输与代谢,2个参与次级代谢物生物合成、运输与降解,1个与信号传导功能相关。KEGG通路注释显示,细胞膜转运、氨基酸代谢、碳水化合物代谢、全局和总览图谱、脂代谢相关通路分别有1条、1条、1条、3条、4条。结论:耐WX-081脓肿分枝杆菌的基因组变异以非编码区SNP为主,编码区31个错义突变可能直接参与耐药。代谢通路分析显示,脂代谢、细胞壁合成及氨基酸转运相关基因显著富集,提示膜/壁结构重塑和代谢重编程是耐药关键机制。耐WX-081脓肿分枝杆菌基因组分析显示,其代谢调控与膜结构相关通路中SNP显著富集。
文摘背景:近年来随着生物医学的快速发展,脑衰老和外泌体的研究受到越来越多的关注,但目前还没有文献对该领域进行文献计量学分析。目的:客观分析近15年国内外关于脑衰老和外泌体的相关文献,总结梳理该领域的研究现状、热点和发展趋势。方法:以Web of Science的核心数据库为检索平台,下载了从建库至2022-12-28发表的有关脑衰老和外泌体的文献,使用CiteSpace 6.1.R6可视化软件从国家、机构、作者、关键词、共被引文献等方面对数据进行分析。结果与结论:共纳入1045篇研究文献,国内外关于脑衰老和外泌体研究的发文量呈逐年增长趋势,美国以发文量429篇居于首位,中国以发文量277篇位居第二。美国路易斯安那州立大学以发文量16篇位居第一。路易斯安那州立大学的Lukiw,Walter J教授是发文量最大的作者,麻省理工学院Bartel DP教授是被引用最多的作者。产量最高的期刊是《International Journal of Molecular Sciences》。阿尔茨海默病、microRNA、基因表达、细胞外囊泡、外泌体、氧化应激和生物标志物等是最相关的术语。根据对热门话题的研究,生物标志物已成为一个新的研究热点。以上结果表明,近15年来脑衰老和外泌体的研究呈逐渐上升趋势,研究方向由最初探究与脑衰老相关的中枢神经系统疾病miRNA的表达,已逐渐转向为寻找能成为识别和诊断神经退行性疾病的生物标志物,基于外泌体miRNA的方法已经成为中枢神经系统疾病有希望的治疗策略。
