【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组...【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组织,参考GenBank中野猪(Sus scrofa)的SCARB2基因mRNA序列(登录号:NM_001244155.1)设计引物扩增SCARB2基因CDS区序列并测序,利用生物信息学软件分析SCARB2基因的序列特征和密码子偏好性,分析多个物种与丽江猪、中外猪种与丽江猪SCARB2基因序列的相似性并构建系统进化树,预测SCARB2蛋白理化性质和蛋白结构。使用实时荧光定量PCR检测SCARB2基因在2、4、6月龄丽江猪和6月龄杜洛克猪背部脂肪、心脏、肝脏、肺脏、肾脏等组织中的表达情况。【结果】丽江猪SCARB2基因CDS区序列总长为1437 bp,编码478个氨基酸。丽江猪与山羊、绵羊、牛、马、大鼠、小鼠、人和原鸡的相似性分别为91.3%、91.2%、91.0%、89.8%、82.6%、82.5%、76.0%和66.0%;在6个地方猪种中,除巴马小型猪外,丽江猪与中国地方猪的相似性均为99.4%,与外种猪的相似性为99.1%~99.3%。系统进化树分析显示,丽江猪与野猪、牛、山羊、绵羊聚为一支,原鸡形成单独分支。丽江猪SCARB2蛋白属于亲水蛋白,有2个跨膜螺旋和1个信号肽切割位点,包含10个N-糖基化位点和39个磷酸化位点;其二级结构与三级结构均以无规则卷曲为主。SCARB2基因在6月龄丽江猪背部脂肪和肝脏组织中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01);随着月龄增长,SCARB2基因在丽江猪腹部脂肪、背部脂肪和肩部脂肪组织中的表达量逐渐升高,且在2、6月龄间达显著或极显著水平(P<0.05;P<0.01);6月龄丽江猪背部脂肪组织中SCARB2基因表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪SCARB2基因序列并分析了其分子特征,其在皮下脂肪、肝脏和肺脏等多个组织中均有表达,且随月龄增长在皮下脂肪组织中的表达量呈显著增加。因此,SCARB2可作为研究丽江猪脂肪沉积性状的候选基因,研究结果可为进一步探究猪脂肪沉积的分子机制提供参考。展开更多
[目的]筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段腹脂代谢差异的功能基因并解析其调控网络。[方法]选择胎次相同、出生日期及体质量相近的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组进行育肥试验,分别在体质量达40、80和120 kg屠宰,每组采集3头猪的腹脂进行转...[目的]筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段腹脂代谢差异的功能基因并解析其调控网络。[方法]选择胎次相同、出生日期及体质量相近的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组进行育肥试验,分别在体质量达40、80和120 kg屠宰,每组采集3头猪的腹脂进行转录组测序,测序数据经短时间序列表达模式(STEM)趋势分析、功能富集分析和互作网络分析。[结果]40 kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg和40 kg vs 120 kg分别筛选到1517、486和1752个显著差异基因;差异基因STEM分析显示:模块4和1的基因先显著下调后基本不变,模块15、12和11的基因随体质量增加而显著上调,模块0的基因随体质量增加而显著下调;WNT10B、CPT1B和C5AR2位于模块4和1的基因网络核心,PLA2G7、WWTR1、SPP1、SERPINE1和PTPN11位于模块15、12和11的基因网络核心,ADIPOQ、CH25H和IL10位于模块0的基因网络核心;WNT10B和CPT1B等11个基因的qPCR验证结果与转录组测序结果一致。[结论]WNT10B和PTPN11等11个核心基因以协作方式参与大型迪庆藏猪腹膜脂肪代谢调控,结果可为迪庆藏猪的遗传改良提供参考。展开更多
文摘【目的】本研究旨在扩增丽江猪清道夫受体B族成员2(scavenger receptor class B member 2,SCARB2)基因序列并进行生物信息学分析,检测其在丽江猪各组织中的表达情况,为后续探究该基因的功能提供理论依据。【方法】采集6月龄丽江猪脂肪组织,参考GenBank中野猪(Sus scrofa)的SCARB2基因mRNA序列(登录号:NM_001244155.1)设计引物扩增SCARB2基因CDS区序列并测序,利用生物信息学软件分析SCARB2基因的序列特征和密码子偏好性,分析多个物种与丽江猪、中外猪种与丽江猪SCARB2基因序列的相似性并构建系统进化树,预测SCARB2蛋白理化性质和蛋白结构。使用实时荧光定量PCR检测SCARB2基因在2、4、6月龄丽江猪和6月龄杜洛克猪背部脂肪、心脏、肝脏、肺脏、肾脏等组织中的表达情况。【结果】丽江猪SCARB2基因CDS区序列总长为1437 bp,编码478个氨基酸。丽江猪与山羊、绵羊、牛、马、大鼠、小鼠、人和原鸡的相似性分别为91.3%、91.2%、91.0%、89.8%、82.6%、82.5%、76.0%和66.0%;在6个地方猪种中,除巴马小型猪外,丽江猪与中国地方猪的相似性均为99.4%,与外种猪的相似性为99.1%~99.3%。系统进化树分析显示,丽江猪与野猪、牛、山羊、绵羊聚为一支,原鸡形成单独分支。丽江猪SCARB2蛋白属于亲水蛋白,有2个跨膜螺旋和1个信号肽切割位点,包含10个N-糖基化位点和39个磷酸化位点;其二级结构与三级结构均以无规则卷曲为主。SCARB2基因在6月龄丽江猪背部脂肪和肝脏组织中的表达量极显著高于其他组织(P<0.01);随着月龄增长,SCARB2基因在丽江猪腹部脂肪、背部脂肪和肩部脂肪组织中的表达量逐渐升高,且在2、6月龄间达显著或极显著水平(P<0.05;P<0.01);6月龄丽江猪背部脂肪组织中SCARB2基因表达量极显著高于杜洛克猪(P<0.01)。【结论】本研究成功扩增了丽江猪SCARB2基因序列并分析了其分子特征,其在皮下脂肪、肝脏和肺脏等多个组织中均有表达,且随月龄增长在皮下脂肪组织中的表达量呈显著增加。因此,SCARB2可作为研究丽江猪脂肪沉积性状的候选基因,研究结果可为进一步探究猪脂肪沉积的分子机制提供参考。
文摘[目的]筛选大型迪庆藏猪不同生长阶段腹脂代谢差异的功能基因并解析其调控网络。[方法]选择胎次相同、出生日期及体质量相近的大型迪庆藏猪36头,随机分为3组进行育肥试验,分别在体质量达40、80和120 kg屠宰,每组采集3头猪的腹脂进行转录组测序,测序数据经短时间序列表达模式(STEM)趋势分析、功能富集分析和互作网络分析。[结果]40 kg vs 80 kg、80 kg vs 120 kg和40 kg vs 120 kg分别筛选到1517、486和1752个显著差异基因;差异基因STEM分析显示:模块4和1的基因先显著下调后基本不变,模块15、12和11的基因随体质量增加而显著上调,模块0的基因随体质量增加而显著下调;WNT10B、CPT1B和C5AR2位于模块4和1的基因网络核心,PLA2G7、WWTR1、SPP1、SERPINE1和PTPN11位于模块15、12和11的基因网络核心,ADIPOQ、CH25H和IL10位于模块0的基因网络核心;WNT10B和CPT1B等11个基因的qPCR验证结果与转录组测序结果一致。[结论]WNT10B和PTPN11等11个核心基因以协作方式参与大型迪庆藏猪腹膜脂肪代谢调控,结果可为迪庆藏猪的遗传改良提供参考。
