【目的】探讨不同成熟度‘台农一号’芒果中挥发性代谢物差异及其变化规律,探明芒果各成熟阶段的标志性香气成分。【方法】以‘台农一号’芒果生果(6成熟以下)、青熟(6、7、8成熟)、完熟(9成熟)和过熟(10成熟)共6个成熟度的样本为研究对...【目的】探讨不同成熟度‘台农一号’芒果中挥发性代谢物差异及其变化规律,探明芒果各成熟阶段的标志性香气成分。【方法】以‘台农一号’芒果生果(6成熟以下)、青熟(6、7、8成熟)、完熟(9成熟)和过熟(10成熟)共6个成熟度的样本为研究对象,通过GC-MS非靶向代谢组学鉴定芒果成熟过程中的挥发性代谢物,采用多元统计分析方法探明不同组样品的代谢差异,以变量重要性投影(variable importance in projection,VIP)和变异倍数(fold change,FC)确定差异代谢物。通过京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and gnomes,KEGG)进行代谢通路富集分析。【结果】‘台农一号’芒果果肉中共鉴定出挥发性代谢物220种。挥发性代谢物含量在6成熟以下的芒果中最低,从7成熟至9成熟,芒果中挥发性代谢物含量呈增加趋势,到10成熟时有所降低。与6成熟以下的芒果相比,6成熟芒果中有差异代谢物5个,7成熟、8成熟、9成熟和10成熟芒果中分别有差异代谢物67个、77个、81个和82个,其中上调的差异代谢物分别有63个、73个、71个、71个。7成熟至10成熟中,水芹烯、3-蒈烯、柠檬烯、α-蒎烯、β-蒎烯、β-罗勒烯等11种萜类物质,己酸乙酯、丁酸丙酯等6种酯类物质,以及2种酮类物质、2种醇类物质、1种烃类物质含量均呈显著增加趋势,可视为‘台农一号’芒果开始成熟的标志性香气成分。(E,E)-3,5-辛二烯-2-酮仅在7成熟时显著上调,可作为‘台农一号’芒果7成熟的标志性香气成分;δ-杜松烯、顺-菖蒲烯可作为其9成熟的标志性香气成分;异松油烯、大根香叶烯D、长叶烯、左旋龙脑和薰衣草醇可作为10成熟的标志性香气成分。KEGG通路分析表明,差异代谢物主要富集到倍半萜和三萜类化合物的生物合成、单萜生物合成、代谢途径、次级代谢物的生物合成4条通路,且整体呈上调趋势。【结论】‘台农一号’芒果9成熟果肉中挥发性代谢物含量最高。不同成熟度芒果中的挥发性成分,尤其是萜类物质的代谢存在显著差异。以特有差异代谢物作为区分特定成熟度芒果的潜在标志物,可为‘台农一号’芒果成熟度的判别提供依据。展开更多
目的探索影响膀胱癌(BLCA)患者的坏死性凋亡相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),构建膀胱癌患者的预后预测模型并进行验证。方法从美国癌症肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌的临床病例资料和转录组数据,通过单因素及多...目的探索影响膀胱癌(BLCA)患者的坏死性凋亡相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),构建膀胱癌患者的预后预测模型并进行验证。方法从美国癌症肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌的临床病例资料和转录组数据,通过单因素及多因素COX回归分析筛选出有差异的坏死性凋亡相关lncRNAs,建立了膀胱癌患者的坏死性凋亡相关基因预后预测模型。根据风险分数将所有患者分为高危组和低危组,采用Kaplan-Meier方法分析膀胱癌患者的总生存时间对预后预测模型进行验证,最后开发动态列线图便于临床使用。结果本研究筛选出8个预后相关的坏死性凋亡相关lncRNAs(AL354919.2、LINC00649、TTC28-AS1、AL031775.1、NR2F1-AS1、AL049840.3、LINC01871、Z84484.1),构建膀胱癌预后预测模型,结果显示高危组患者的总体生存期(OS)均显著低于低危组(P<0.05)。高危组和低危组绘制的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)发现风险评分的曲线下面积(the area under the curve,AUC)值为0.850,1、3、5年的AUC分别为0.72、0.78、0.80。动态列线图具有良好的准确性。结论基于坏死性凋亡相关lncRNAs的膀胱癌预后模型可以有效预测患者预后,有助于了解与坏死性凋亡相关的lncRNAs在膀胱癌中的作用,并为膀胱癌临床治疗提供新的手段。展开更多
文摘【目的】探讨不同成熟度‘台农一号’芒果中挥发性代谢物差异及其变化规律,探明芒果各成熟阶段的标志性香气成分。【方法】以‘台农一号’芒果生果(6成熟以下)、青熟(6、7、8成熟)、完熟(9成熟)和过熟(10成熟)共6个成熟度的样本为研究对象,通过GC-MS非靶向代谢组学鉴定芒果成熟过程中的挥发性代谢物,采用多元统计分析方法探明不同组样品的代谢差异,以变量重要性投影(variable importance in projection,VIP)和变异倍数(fold change,FC)确定差异代谢物。通过京都基因与基因组百科全书(kyoto encyclopedia of genes and gnomes,KEGG)进行代谢通路富集分析。【结果】‘台农一号’芒果果肉中共鉴定出挥发性代谢物220种。挥发性代谢物含量在6成熟以下的芒果中最低,从7成熟至9成熟,芒果中挥发性代谢物含量呈增加趋势,到10成熟时有所降低。与6成熟以下的芒果相比,6成熟芒果中有差异代谢物5个,7成熟、8成熟、9成熟和10成熟芒果中分别有差异代谢物67个、77个、81个和82个,其中上调的差异代谢物分别有63个、73个、71个、71个。7成熟至10成熟中,水芹烯、3-蒈烯、柠檬烯、α-蒎烯、β-蒎烯、β-罗勒烯等11种萜类物质,己酸乙酯、丁酸丙酯等6种酯类物质,以及2种酮类物质、2种醇类物质、1种烃类物质含量均呈显著增加趋势,可视为‘台农一号’芒果开始成熟的标志性香气成分。(E,E)-3,5-辛二烯-2-酮仅在7成熟时显著上调,可作为‘台农一号’芒果7成熟的标志性香气成分;δ-杜松烯、顺-菖蒲烯可作为其9成熟的标志性香气成分;异松油烯、大根香叶烯D、长叶烯、左旋龙脑和薰衣草醇可作为10成熟的标志性香气成分。KEGG通路分析表明,差异代谢物主要富集到倍半萜和三萜类化合物的生物合成、单萜生物合成、代谢途径、次级代谢物的生物合成4条通路,且整体呈上调趋势。【结论】‘台农一号’芒果9成熟果肉中挥发性代谢物含量最高。不同成熟度芒果中的挥发性成分,尤其是萜类物质的代谢存在显著差异。以特有差异代谢物作为区分特定成熟度芒果的潜在标志物,可为‘台农一号’芒果成熟度的判别提供依据。
文摘目的探索影响膀胱癌(BLCA)患者的坏死性凋亡相关长链非编码RNA(long noncoding RNA,lncRNA),构建膀胱癌患者的预后预测模型并进行验证。方法从美国癌症肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库下载膀胱癌的临床病例资料和转录组数据,通过单因素及多因素COX回归分析筛选出有差异的坏死性凋亡相关lncRNAs,建立了膀胱癌患者的坏死性凋亡相关基因预后预测模型。根据风险分数将所有患者分为高危组和低危组,采用Kaplan-Meier方法分析膀胱癌患者的总生存时间对预后预测模型进行验证,最后开发动态列线图便于临床使用。结果本研究筛选出8个预后相关的坏死性凋亡相关lncRNAs(AL354919.2、LINC00649、TTC28-AS1、AL031775.1、NR2F1-AS1、AL049840.3、LINC01871、Z84484.1),构建膀胱癌预后预测模型,结果显示高危组患者的总体生存期(OS)均显著低于低危组(P<0.05)。高危组和低危组绘制的受试者工作特征曲线(receiver operating characteristic curve,ROC)发现风险评分的曲线下面积(the area under the curve,AUC)值为0.850,1、3、5年的AUC分别为0.72、0.78、0.80。动态列线图具有良好的准确性。结论基于坏死性凋亡相关lncRNAs的膀胱癌预后模型可以有效预测患者预后,有助于了解与坏死性凋亡相关的lncRNAs在膀胱癌中的作用,并为膀胱癌临床治疗提供新的手段。
