【背景】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)可引起禽类的传染性浆膜炎,严重威胁世界养禽业的健康发展,其血清型的不断变化引起广泛关注。【目的】了解菌株RAf950的血清型、耐药性、毒力和全基因组序列信息。【方法】采用琼...【背景】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)可引起禽类的传染性浆膜炎,严重威胁世界养禽业的健康发展,其血清型的不断变化引起广泛关注。【目的】了解菌株RAf950的血清型、耐药性、毒力和全基因组序列信息。【方法】采用琼脂扩散试验、药敏试验和动物试验对菌株RAf950进行血清型、耐药性和毒力检测;通过Illumina测序、组装以获取该菌株基因组序列,使用GeneMarkS等分析其基因组组分,将基因组序列与非冗余蛋白序列(non-redundant protein sequence, NR)、蛋白质直系同源群簇(clusters of orthologous groups of proteins, COG)等数据库进行比对,预测基因功能。【结果】RAf950为血清5型RA,对阿奇霉素、氟苯尼考和头孢氨苄等9种抗生素敏感,对多黏菌素B、复方新诺明、阿米卡星、替加环素、恩诺沙星等14种抗生素耐药。RAf950对14日龄番鸭的半数致死量(LD50)为6.6×10^(5) CFU。RAf950全基因组大小为2 115 628 bp,编码1 977个基因,注释到50个耐药相关基因、2个毒力基因和3个突变导致病原致病能力增强的基因。【结论】本研究完成了一株血清5型RA菌株的耐药性、毒力及全基因组序列分析,为进一步研究RA的耐药机理和致病机制提供了参考。展开更多
文摘【背景】鸭疫里默氏杆菌(Riemerella anatipestifer, RA)可引起禽类的传染性浆膜炎,严重威胁世界养禽业的健康发展,其血清型的不断变化引起广泛关注。【目的】了解菌株RAf950的血清型、耐药性、毒力和全基因组序列信息。【方法】采用琼脂扩散试验、药敏试验和动物试验对菌株RAf950进行血清型、耐药性和毒力检测;通过Illumina测序、组装以获取该菌株基因组序列,使用GeneMarkS等分析其基因组组分,将基因组序列与非冗余蛋白序列(non-redundant protein sequence, NR)、蛋白质直系同源群簇(clusters of orthologous groups of proteins, COG)等数据库进行比对,预测基因功能。【结果】RAf950为血清5型RA,对阿奇霉素、氟苯尼考和头孢氨苄等9种抗生素敏感,对多黏菌素B、复方新诺明、阿米卡星、替加环素、恩诺沙星等14种抗生素耐药。RAf950对14日龄番鸭的半数致死量(LD50)为6.6×10^(5) CFU。RAf950全基因组大小为2 115 628 bp,编码1 977个基因,注释到50个耐药相关基因、2个毒力基因和3个突变导致病原致病能力增强的基因。【结论】本研究完成了一株血清5型RA菌株的耐药性、毒力及全基因组序列分析,为进一步研究RA的耐药机理和致病机制提供了参考。
