[目的]探讨泛凋亡(PANoptosis)对肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者预后及免疫微环境的预测价值。[方法]从TCGA数据库下载LUAD样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,从已发表的文献中获取PANoptosis相关基因并分析其在肿瘤组和对...[目的]探讨泛凋亡(PANoptosis)对肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者预后及免疫微环境的预测价值。[方法]从TCGA数据库下载LUAD样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,从已发表的文献中获取PANoptosis相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的差异表达基因。通过单变量Cox分析和LASSO-Cox回归分析构建生存预后模型,将患者按风险评分划为高、低风险组。通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)评价模型的预测性能,再对模型风险评分进行独立预后分析。GO和KEGG富集分析探索生物功能和潜在的信号通路。采用TIMER数据库ESTIMATE算法综合分析PANoptosis相关基因与免疫微环境相关性。通过qRT-PCR验证PANoptosis预后相关基因在LUAD组织和正常肺组织间的差异表达。[结果]共有15个PANoptosis相关基因在LUAD组和正常组间存在差异性表达,从中筛选出4个PANoptosis预后相关基因(RIPK3、NLRP3、FADD、MLKL)。在LASSO-Cox回归模型中,高风险组的生存率低于低风险组(P<0.001)。单变量和多变量Cox分析显示该评分模型是LUAD的独立预后因素(HR=2.179,95%CI:1.347~3.524,P=0.001),而GO和KEGG分析显示差异表达基因主要富集于与免疫相关的通路。高低风险组之间免疫微环境、免疫细胞差异和免疫检查点基因表达差异显著。此外,qRTPCR实验也证实PANoptosis相关基因FADD(P=0.007)和NLRP3(P<0.001)在LUAD组和正常组之间表达存在差异。[结论]本研究构建的PANoptosis相关基因的生存预后模型可以预测LUAD患者的预后及免疫微环境。展开更多
文摘[目的]探讨泛凋亡(PANoptosis)对肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)患者预后及免疫微环境的预测价值。[方法]从TCGA数据库下载LUAD样本与正常样本的基因表达谱及临床数据,从已发表的文献中获取PANoptosis相关基因并分析其在肿瘤组和对照组间的差异表达基因。通过单变量Cox分析和LASSO-Cox回归分析构建生存预后模型,将患者按风险评分划为高、低风险组。通过Kaplan-Meier生存曲线和受试者工作特征(receiver operating characteristic,ROC)曲线下面积(area under the curve,AUC)评价模型的预测性能,再对模型风险评分进行独立预后分析。GO和KEGG富集分析探索生物功能和潜在的信号通路。采用TIMER数据库ESTIMATE算法综合分析PANoptosis相关基因与免疫微环境相关性。通过qRT-PCR验证PANoptosis预后相关基因在LUAD组织和正常肺组织间的差异表达。[结果]共有15个PANoptosis相关基因在LUAD组和正常组间存在差异性表达,从中筛选出4个PANoptosis预后相关基因(RIPK3、NLRP3、FADD、MLKL)。在LASSO-Cox回归模型中,高风险组的生存率低于低风险组(P<0.001)。单变量和多变量Cox分析显示该评分模型是LUAD的独立预后因素(HR=2.179,95%CI:1.347~3.524,P=0.001),而GO和KEGG分析显示差异表达基因主要富集于与免疫相关的通路。高低风险组之间免疫微环境、免疫细胞差异和免疫检查点基因表达差异显著。此外,qRTPCR实验也证实PANoptosis相关基因FADD(P=0.007)和NLRP3(P<0.001)在LUAD组和正常组之间表达存在差异。[结论]本研究构建的PANoptosis相关基因的生存预后模型可以预测LUAD患者的预后及免疫微环境。
