一株乳酸乳球菌的分离筛选及其对小鼠结肠炎的作用分析 被引量：1

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作者 张庆庆 黄飞云 +2 位作者 唐永军 范振鑫 岳碧松 《四川动物》 北大核心 2025年第1期90-95,共6页

动物肠道炎症是一种常见的消化系统疾病,可发生在各种动物身上,包括家养动物和圈养野生动物,肠道菌群结构失调是引发肠炎的重要原因之一。本研究从野生中华蟾蜍Bufo gargarizans肠道中分离筛选得到一株乳酸乳球菌Lactococcus lactis,该... 动物肠道炎症是一种常见的消化系统疾病,可发生在各种动物身上,包括家养动物和圈养野生动物,肠道菌群结构失调是引发肠炎的重要原因之一。本研究从野生中华蟾蜍Bufo gargarizans肠道中分离筛选得到一株乳酸乳球菌Lactococcus lactis,该菌株对动物胃肠环境适应性强,对葡聚糖硫酸钠诱导的小鼠结肠炎有较好的缓解作用,具备一定的开发利用前景。该菌株已经申请国家发明专利。 展开更多

关键词 乳酸乳球菌 中华蟾蜍 益生菌 结肠炎

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一株韩国酒曲伴生乳杆菌的抑菌抗炎作用分析

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作者 罗翠玲 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2025年第3期310-317,共8页

益生菌及益生菌发酵中草药产物是替代抗生素改善动物肠炎的绿色可持续解决方案。本研究从贵州发酵食品中分离筛选到一株韩国酒曲伴生乳杆菌Companilactobacillus nuruki GS0904。该菌株不溶血,对常见抗生素敏感,且具有较强的胃肠环境适... 益生菌及益生菌发酵中草药产物是替代抗生素改善动物肠炎的绿色可持续解决方案。本研究从贵州发酵食品中分离筛选到一株韩国酒曲伴生乳杆菌Companilactobacillus nuruki GS0904。该菌株不溶血,对常见抗生素敏感,且具有较强的胃肠环境适应能力,对常见动物肠炎病原菌具有较强的抑制能力。非靶向代谢组学分析GS0904发酵灵芝Ganoderma lucidum孢子粉后的代谢物变化,结果表明亚油酸等生物活性物质含量显著上调。葡聚糖硫酸钠诱导的结肠炎小鼠实验表明,灌胃灵芝孢子粉发酵上清液可以显著降低小鼠血清炎症因子水平。2023年7月5日该菌株被保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心(CGMCC No.:27806),并已申请国家发明专利(申请号:202411069802.8)。 展开更多

关键词 韩国酒曲伴生乳杆菌 灵芝孢子粉 益生性 DSS诱导 动物结肠炎

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戊糖片球菌GZ0620的益生作用及对结肠炎的改善研究

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作者 康学娜 尚可 +3 位作者 强巴 次仁措姆 范振鑫 岳碧松 《四川大学学报(自然科学版)》 北大核心 2025年第2期486-493,共8页

从天然发酵酸辣子食品中分离得到一株戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)GZ0620,探究该菌的益生性能及对动物结肠炎的影响.体外评估试验显示该菌株不具有溶血现象,同时对参与测试的克拉霉素等6种抗生素均呈敏感(S)或中介(I).该菌株在... 从天然发酵酸辣子食品中分离得到一株戊糖片球菌(Pediococcus pentosaceus)GZ0620,探究该菌的益生性能及对动物结肠炎的影响.体外评估试验显示该菌株不具有溶血现象,同时对参与测试的克拉霉素等6种抗生素均呈敏感(S)或中介(I).该菌株在模拟胃液中3 h平均存活率为90.91%,在模拟肠液中6 h平均存活率为76.27%,对人结直肠癌细胞(HT-29)的平均黏附力为18.55%.体外抑菌试验表明,该菌株对空肠弯曲菌、大肠埃希氏菌、大肠弯曲菌、金黄色葡萄球菌、鼠伤寒沙门氏菌、铜绿假单胞菌等常见肠道致病菌的生长具有明显的抑制能力.通过葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导建立小鼠结肠炎模型试验表明,益生菌处理组小鼠便血症状减轻,4种血清炎症因子IL-1β、IL-6、IL-8和TNF-α指标明显下降,该菌株对DSS诱导的小鼠结肠炎有预防治疗作用.综上所述,戊糖片球菌(P.pentosaceus)GZ0620具有良好抑菌抗炎作用,在人和动物功能性食品中具有应用潜力. 展开更多

关键词 发酵食品 戊糖片球菌 益生性 DSS诱导 结肠炎

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川崎病及其冠状动脉损伤和丙种球蛋白抵抗的病例对照研究 被引量：1

4

作者 金禹汐 李小雨 +6 位作者 刘一佳 韩林利 华益民 范振鑫 周开宇 李星 李一飞 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2024年第4期294-301,共8页

背景川崎病(KD)的病因及预后的影响因素尚不明确,现有研究认为特殊基因背景下所导致的免疫反应是最终诱发KD免疫损伤并导致冠状动脉损伤的关键因素。目的探讨基因易感性在KD发病、冠状动脉损伤和IVIG抵抗中的意义。设计病例对照研究。... 背景川崎病(KD)的病因及预后的影响因素尚不明确,现有研究认为特殊基因背景下所导致的免疫反应是最终诱发KD免疫损伤并导致冠状动脉损伤的关键因素。目的探讨基因易感性在KD发病、冠状动脉损伤和IVIG抵抗中的意义。设计病例对照研究。方法依据美国心脏病协会指南诊断完全性KD,根据JCS/JSCS 2020指南以超声心动图冠状动脉内径Z值>2为标准定义冠状动脉损伤。完全性KD组纳入2020年4月至2022年1月于四川大学华西第二医院(我院)连续招募无血缘关系的完全性KD患儿;对照组纳入我院儿保科行健康体检并采集血标本的儿童。通过对两组行外周血标本基因组测序,原始数据质量控制、富集分析及位点注释,筛选与KD易感性、冠状动脉损伤和IVIG抵抗相关的单核苷酸多态性位点(SNP)及关联基因,比较KD的治疗反应及临床结局。主要结局指标KD及其冠状动脉损伤和IVIG抵抗相关基因及SNP。结果KD组177例,冠状动脉损伤32例(27%),IVIG抵抗55例(31%),对照组139例,两组年龄差异无统计学意义,性别和民族差异有统计学意义。通过上游分析,筛选了609732个SNP。2组以汉族和少数民族分类主成分分析呈现部分分离,性别分类的主成分分析不存在亚结构。以P<0.0001为阈值,在KD易感性的分析中共筛选出MYT1L、CYP26B1、NECTIN3、TENM3、GFI1B、KNDC1、LOC100133315、RNF121、SYNE3、MAPKBP1、SLFN14、MYOM1、ABCA7、PIP5K1C、PTGER115个候选基因(30个相关SNP位点),在冠状动脉损伤易感性的分析中共筛选出DGKH、CCDC130、KLF7、METTL6、COLQ、PRKN 6个候选基因(19个相关SNP位点),在IVIG抵抗的易感性分析中共筛选出MICALCL、NT5DC3、KRT75、LOC105370980、TXK、BRD26个候选基因(8个相关SNP位点)。结论KD易感性的分析中MYT1L(chr2,rs4381806)、NECTIN3(chr3,rs2399373)、MAPKBP1(chr15,rs2303517)对探讨KD发病机制有一定的研究价值,冠状动脉损伤和IVIG抵抗的相关候选基因及SNP位点的研究价值还有待进一步探索。 展开更多

关键词 川崎病 冠状动脉损伤 基因组学 高通量测序 生物信息学

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一株副干酪乳杆菌的抗炎抑菌作用分析 被引量：1

5

作者 康学娜 尚可 +2 位作者 黄文英 范振鑫 岳碧松 《四川动物》 北大核心 2024年第2期186-194,共9页

副干酪乳杆菌Lactobacillus paracasei是重要的益生菌之一。从贵州酸菜中分离得到的11株副干酪乳杆菌中筛选得到一株编号为GZ0613的菌株,体外表型研究显示,该菌株不溶血,对四环素等4种抗生素均表现为敏感,具有较好的耐酸耐盐能力和动物... 副干酪乳杆菌Lactobacillus paracasei是重要的益生菌之一。从贵州酸菜中分离得到的11株副干酪乳杆菌中筛选得到一株编号为GZ0613的菌株,体外表型研究显示,该菌株不溶血,对四环素等4种抗生素均表现为敏感,具有较好的耐酸耐盐能力和动物胃肠环境适应能力,对结肠癌细胞HT-29具有较强的黏附能力,对多种常见动物肠道致病菌有较强的生长抑制活性。通过葡聚糖硫酸钠(DSS)诱导建立小鼠结肠炎模型,比较空白对照组、DSS模型组与益生菌处理组小鼠炎症因子水平和炎症浸润程度、解剖学特征及肠道菌群结构之间的差异,结果表明,益生菌处理组小鼠血清中4个炎症因子IL-1β、IL-6、IL-8和TNF-α指标明显降低,脏器指数、结直肠长度及肠道菌群丰度和多样性更趋近于正常小鼠,说明该菌对DSS诱导的小鼠结肠炎有预防缓解作用,具有益生潜力,在动物功能性食品中具有应用前景。 展开更多

关键词 贵州酸菜 副干酪乳杆菌 益生性 DSS诱导 结肠炎

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基于病毒组学的川崎病潜在病毒感染特征分析

6

作者 林沙 刘晓亮 +3 位作者 华益民 范振鑫 吴刚 李一飞 《中国循证儿科杂志》 CSCD 北大核心 2024年第1期12-18,共7页

背景目前虽然有许多研究从流行病学、遗传学、感染、免疫、炎症等方面探讨川崎病(KD)病因,但仍无定论。目的通过对KD患儿血液的微生物组学和病毒组学的测序分析,尝试从微生物学和病毒学角度分析KD可能的病因,揭示KD患儿体内微生物和病... 背景目前虽然有许多研究从流行病学、遗传学、感染、免疫、炎症等方面探讨川崎病(KD)病因,但仍无定论。目的通过对KD患儿血液的微生物组学和病毒组学的测序分析,尝试从微生物学和病毒学角度分析KD可能的病因,揭示KD患儿体内微生物和病毒的组成及相对丰度,并寻找KD的潜在致病病毒。设计病例对照研究。方法采集KD和健康儿童血液标本,行病毒样颗粒的纯化、提取和测序,并对宏基因组测序和原始数据质量控制,通过MEGAHIT软件实现宏基因组的组装,运用kraken2进行物种注释,获得样本的物种在各个分类层级(门、目、科、属、种)的相对丰度,利用在线工具Wekemo Bioincloud将分类群丰度按相对丰度标准化,并将前20个分类群进行展示,利用线性判别分析进行比较,以线性回归分析(LDA)>2为标准筛选组间在丰度上有显著差异的物种。主要结局指标物种在门、目、科、属、种的相对丰度。结果在微生物组学层面,KD组与对照组极为相似,只有科萨病毒门和芽孢杆菌Y1的相对丰度差异有统计学意义。特异性病毒组学高通量测序分析显示,门级:KD组与对照组相比,Uroviricota、核质病毒门和杆状病毒门的相对丰度明显降低;属水平:Orthohepadnavirus、Pegunavirus、Montyvirus、正内罗病毒属、Toursvirus等多个属的相对丰度较对照组显著增加;种水平:KD组Woodchuck hepatitis virus(WHV)、丙酸杆菌病毒(PHL112N00,ATCC29399BT,Pirate和P105)、Diadromus pulchellus toursvirus(DpTV-1)等的相对丰度明显高于对照组。结论本研究筛选出了几种候选的KD致病性病毒,如WHV、Orthonairovirus和DpTV-1;推测这些病毒可能通过破坏免疫系统导致KD患儿出现急性发热或肝损伤,但还需要更多的研究证实。 展开更多

关键词 川崎病 病毒感染 宏基因组学 高通量测序 生物信息学

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基于线粒体细胞色素b基因对大耳姬鼠和龙姬鼠分类关系的探讨 被引量：1

7

作者 范振鑫 王璐萱 +1 位作者 张修月 刘少英 《四川动物》 CSCD 北大核心 2010年第6期878-881,共4页

大耳姬鼠Apodemus latronum的分类地位,尤其它和龙姬鼠A.draco的关系,还存在着争议。用PCR扩增了采集自5个不同地点的大耳姬鼠的线粒体细胞色素b(cytb)基因,并和GenBank已有的3条大耳姬鼠cytb序列一起分析其碱基组成和变异情况。采用邻... 大耳姬鼠Apodemus latronum的分类地位,尤其它和龙姬鼠A.draco的关系,还存在着争议。用PCR扩增了采集自5个不同地点的大耳姬鼠的线粒体细胞色素b(cytb)基因,并和GenBank已有的3条大耳姬鼠cytb序列一起分析其碱基组成和变异情况。采用邻接法(Neighbor-joining,NJ)、最大简约法(Maximum parsimony,MP)、最大似然法(Maximum likelihood,ML)和贝叶斯法(Bayesian inference,BI)构建了大耳姬鼠和龙姬鼠的系统发育树。4种方法构建的系统发育树拓扑结构一致,大耳姬鼠和龙姬鼠均各自形成单系,龙姬鼠先与台湾森鼠A.semotus聚在一起,再与大耳姬鼠形成姐妹群。此外,大耳姬鼠和龙姬鼠两者间的K2P平均遗传距离达到0.14。因此,认为大耳姬鼠是一个独立的种,而不是龙姬鼠的一个亚种。 展开更多

关键词 大耳姬鼠 龙姬鼠 线粒体细胞色素B 遗传距离 系统发育

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林跳鼠亚科的系统学研究述评

8

作者 范振鑫 刘少英 +1 位作者 郭聪 岳碧松 《四川动物》 CSCD 北大核心 2009年第1期157-159,共3页

林跳鼠亚科分布在亚洲和北美洲,虽然种类及数量都不多,但对该亚科的分类和系统发育关系一直存在争议,近几年对林跳鼠亚科分子系统学的研究,产生了一些与形态学、生物地理学等研究不同的结果。本文对林跳鼠亚科系统学研究的一些工作加以... 林跳鼠亚科分布在亚洲和北美洲,虽然种类及数量都不多,但对该亚科的分类和系统发育关系一直存在争议,近几年对林跳鼠亚科分子系统学的研究,产生了一些与形态学、生物地理学等研究不同的结果。本文对林跳鼠亚科系统学研究的一些工作加以述评,归纳出林跳鼠亚科在系统学方面还存在的问题,并对林跳鼠亚科系统学的进一步研究提出了一些建议。 展开更多

关键词 林跳鼠亚科 系统学 微卫星 线粒体DNA

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四川三例疑似偶蹄目动物的分子鉴定 被引量：3

9

作者 刘洋 刘少英 +2 位作者 孙治宇 范振鑫 侯全芬 《四川动物》 CSCD 北大核心 2012年第3期383-386,392,共5页

测定了3例来自四川崇州的疑似偶蹄目动物样本细胞色素b基因(Cytb),利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的分别为偶蹄目鹿科毛冠鹿Elaphodu scephalophus和牛科台湾鬣羚Capricornis swinhoei;... 测定了3例来自四川崇州的疑似偶蹄目动物样本细胞色素b基因(Cytb),利用NCBI数据库中的BLAST功能对目标序列进行相似性搜索,发现与所测序列相似性高的分别为偶蹄目鹿科毛冠鹿Elaphodu scephalophus和牛科台湾鬣羚Capricornis swinhoei;联合下载四川有分布偶蹄目动物4科19种以及1条台湾鬣羚Cytb基因序列进行系统发育关系重建分析,结果显示有两例待鉴定样本(4#、5#)以置信度值100与毛冠鹿聚在一起;另一例待鉴定样本(1#)对应序列和鬣羚Capricornis milneedwardii聚在一起后与台湾鬣羚形成姊妹关系,然后以置信度值100和斑羚Naemorhedus griseus又形成姊妹关系。因此,3例疑似偶蹄目动物有2例可能为毛冠鹿,1例可能为鬣羚;在MEGA4.0软件中以Kimura2-parameter模型计算2例疑似为毛冠鹿(4#、5#)的目标序列与GenBank上毛冠鹿及赤麂Mun-tiacus muntjak、小麂Muntiacus reevesi序列间的遗传距离,发现两例疑似为毛冠鹿个体间遗传距离为0,2例疑似为毛冠鹿样本序列和下载的毛冠鹿序列间的遗传距离小(0.017),和赤麂、小麂间遗传距离大(0.119～0.120、0.116～0.119);1例疑似鬣羚(1#)的样本和下载鬣羚序列间遗传距离很小(0.006～0.009),和台湾鬣羚的遗传距离较大(0.043),和斑羚遗传距离更大(0.098)。结合四川有分布偶蹄目状况,认为3例待鉴定样本2例可能为毛冠鹿,1例可能是鬣羚。 展开更多

关键词 细胞色素B 分子鉴定 偶蹄目 鹿科 牛科

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药用美洲大蠊全基因组测序分析 被引量：12

10

作者 晋家正 李午佼 +4 位作者 牟必琴 沈咏梅 耿福能 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2018年第2期121-126,共6页

以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,... 以美洲大蠊Periplaneta americana为原料生产的康复新液等药品临床疗效显著,得到了广泛应用。本文以四川好医生攀西药业有限责任公司饲养的药用美洲大蠊为材料,首次采用Illumina Hi Seq 2000和Pac Bio SMRT测序平台开展了全基因组测序,并进行基因组组装、注释和分析。原始测序数据经过滤后得到1.4 Tb的二代测序数据和33.81 Gb的三代测序数据。组装结果表明,美洲大蠊基因组大小为3.26 Gb,这在已报道的昆虫基因组中仅次于东亚飞蝗Locusta migratoria。基因组重复序列含量为62.38%,杂合度为0.635%,表明其为复杂基因组。组装的Contig N50和scaffold N50长度分别为28.2 kb、315 kb,单拷贝基因完整性为88.1%,小片段文库测序数据平均比对率为99.8%,测序和组装质量满足后续分析要求。采用De novo预测、同源预测和基于转录本预测3种方法共注释到14 568个基因,其中92.4%的基因获得了功能注释。本研究首次完成了美洲大蠊的全基因组测序,也是大蠊属Periplaneta昆虫的第一个基因组,为美洲大蠊遗传进化分析和药用基因资源挖掘打下了重要基础。 展开更多

关键词 美洲大蠊 药用昆虫 全基因组测序 基因组装 基因注释

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双歧杆菌对慢性腹泻猕猴肠道微生物组的影响 被引量：3

11

作者 宋佳蓉 尚可 +5 位作者 雷光伦 刘旭 杨盛智 胡刚 岳碧松 范振鑫 《四川大学学报（自然科学版）》 CAS CSCD 北大核心 2022年第6期158-165,共8页

本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成,发现添... 本研究旨在结合高通量测序和平板计数实验探索含活性双歧杆菌(Bifidobacterium spp)的饲料对慢性腹泻猕猴(Macaca mulatta)肠道微生物多样性及其腹泻症状的影响.通过16S rRNA高通量测序对比分析添加双歧杆菌前后饲料的菌群组成,发现添加组双歧杆菌的相对丰度显著高于未添加组(P<0.05).向慢性腹泻猕猴投喂该饲料,一个月后收集粪便进行宏基因组测序,并与前期研究获得的未添加组慢性腹泻猕猴和健康猕猴的肠道宏基因组数据对比分析,发现添加组的肠道菌群中乳杆菌(Lactobacillus spp)相对丰度较未添加组显著上调(P<0.05),与健康组无显著差异(P>0.05).最后对饲喂双歧杆菌后好转及持续腹泻猕猴的粪便进行乳杆菌平板计数实验.发现经饲喂,猕猴肠道中乳杆菌数量增加,验证了宏基因组测序分析的结果. 展开更多

关键词 猕猴 双歧杆菌 腹泻 宏基因组 肠道菌群

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中华蟾蜍多组织差异转录组分析 被引量：3

12

作者 胥文才 蔺杼阳 +3 位作者 肖雅丹 唐瑞祥 范振鑫 孟杨 《四川动物》 北大核心 2020年第6期601-615,共15页

中华蟾蜍Bufo gargarizans的皮肤产物蟾酥及其褪皮而得的蟾衣具有极高的药用价值,现代医学研究鉴定并证明了蟾酥和蟾衣内含有多种有效的生物成分。本研究使用RNA-Seq对1只中华蟾蜍的肝脏、脾脏、心脏、卵泡、肌肉、腹部皮肤、右耳后腺共... 中华蟾蜍Bufo gargarizans的皮肤产物蟾酥及其褪皮而得的蟾衣具有极高的药用价值,现代医学研究鉴定并证明了蟾酥和蟾衣内含有多种有效的生物成分。本研究使用RNA-Seq对1只中华蟾蜍的肝脏、脾脏、心脏、卵泡、肌肉、腹部皮肤、右耳后腺共7个组织的转录组进行测序并分析,使用de novo完成了其多组织转录本的组装构建,得到了具有较高代表性的转录组,并在各大蛋白质数据库进行同源性比对,完成了中华蟾蜍多组织的转录组功能注释。计算各组织转录本的表达量,比较表达量鉴定出耳后腺与其他组织间共计3668个显著上调基因和260个显著下调基因。上述差异表达基因显著富集到了蛋白质合成、酶的调节、分子跨膜转运体生成和前体物质的代谢合成通路上,提示中华蟾蜍耳后腺相对于其他组织在相应甾族化合物的合成代谢上具有显著优势。本研究提供了中华蟾蜍多组织转录组数据,为今后深入其基因表达提供了支持,并且对蟾酥分泌等的进一步研究提供了转录组学参考,有助于完善蟾酥、蟾衣的药用研究。 展开更多

关键词 中华蟾蜍 转录组 耳后腺 RNA-SEQ

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大熊猫嗅觉受体基因家族的生物信息学分析 被引量：1

13

作者 简佐义 李午佼 +2 位作者 张修月 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2017年第1期1-6,共6页

嗅觉受体(OR)在嗅觉系统识别气味的过程中起关键作用,哺乳动物OR蛋白由其最大的多基因家族编码。本研究深入分析了大熊猫Ailuropoda melanoleuca的OR基因家族,结果显示大熊猫有1 048个OR基因,包括645个完整基因、219个假基因和184个片... 嗅觉受体(OR)在嗅觉系统识别气味的过程中起关键作用,哺乳动物OR蛋白由其最大的多基因家族编码。本研究深入分析了大熊猫Ailuropoda melanoleuca的OR基因家族,结果显示大熊猫有1 048个OR基因,包括645个完整基因、219个假基因和184个片段基因。大熊猫的OR基因根据序列相似性可划分为22个家族、240个亚家族,平均每个亚家族的成员不足5个,表明大熊猫的OR基因家族具有丰富的序列多样性。基于大熊猫、北极熊Ursus maritimus、家犬Canis lupus familiaris和小鼠Mus musculus的OR蛋白序列的多物种聚类分析显示它们具有267个直系同源基因簇,而大熊猫没有特有的OR基因,表明其嗅觉特异性不明显。大熊猫OR基因的数量明显比其近亲北极熊的少,显示其在进化过程中丢失了大量OR基因,这可能与其食性的显著改变有关。 展开更多

关键词 大熊猫 嗅觉受体 基因家族 生物信息学

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四川山鹧鸪基因组中内源性逆转录病毒的分析 被引量：1

14

作者 郑帅 周闯 +3 位作者 范振鑫 李静 岳碧松 孟杨 《四川动物》 北大核心 2019年第5期521-525,共5页

内源性逆转录病毒(ERV)是插入到宿主基因组中的、可以稳定遗传的病毒基因组,能够在宿主体内表达和复制,调节插入位点附近的基因表达,以及抑制同源病毒的感染。从四川山鹧鸪Arborophila rufipectus基因组中确定了3 962个全长ERV拷贝,其中... 内源性逆转录病毒(ERV)是插入到宿主基因组中的、可以稳定遗传的病毒基因组,能够在宿主体内表达和复制,调节插入位点附近的基因表达,以及抑制同源病毒的感染。从四川山鹧鸪Arborophila rufipectus基因组中确定了3 962个全长ERV拷贝,其中4个具有完整的结构,72个具有自我复制的能力,554个含有gag、pol或env基因所编码的蛋白质结构域。根据逆转录酶序列的相似性,确定了7个ERV家族,并依据与其他物种的相似性对家族进行了命名。其中,AruERV-L包含122个ERV拷贝,为拷贝数最多的家族。7个ERV家族的年龄分布在0~12百万年,其中AruERV-K1是最年轻的家族,其约86%的拷贝年龄在1百万年以内。 展开更多

关键词 四川山鹧鸪 基因组 内源性逆转录病毒 内源性逆转录病毒家族 内源性逆转录病毒年龄

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一株猕猴源唾液乳杆菌对DSS诱导的结肠炎小鼠的影响 被引量：1

15

作者 尚可 杨盛智 +4 位作者 刘旭 宋佳蓉 范振鑫 岳碧松 李静 《四川动物》 北大核心 2023年第3期280-287,共8页

目的基于课题组先前分离获得的一株猕猴Macaca mulatta源唾液乳杆菌Lactobacillus salivarius MK0901,探究该菌对动物结肠炎的影响。方法通过葡聚糖硫酸钠(DSS)构建结肠炎小鼠模型,比较MK0901组(DSS处理+MK0901菌液)、LGG组(DSS处理+LG... 目的基于课题组先前分离获得的一株猕猴Macaca mulatta源唾液乳杆菌Lactobacillus salivarius MK0901,探究该菌对动物结肠炎的影响。方法通过葡聚糖硫酸钠(DSS)构建结肠炎小鼠模型,比较MK0901组(DSS处理+MK0901菌液)、LGG组(DSS处理+LGG菌液)、模型组(DSS处理+无菌生理盐水)和空白对照组(灌胃无菌生理盐水)的生理生化表现和肠道菌群之间的差异。结果与模型组比较,MK0901组的体重增加、脾脏指数下降、结肠组织溃疡程度降低、炎症因子(TNF-α和IL-6)水平显著下降(P<0.01)、肠道菌群结构更趋近于正常水平、肠道细菌多样性和益生性菌群丰度增高。结论MK0901可抑制由DSS诱导产生的炎症反应,改善肠道菌群结构,具有良好的益生性能,是具有开发潜力的益生菌候选菌株,为防治圈养猕猴的溃疡性结肠炎提供了一个潜在的解决方案。 展开更多

关键词 唾液乳杆菌MK0901 益生菌 结肠炎 肠道菌群

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美洲大蠊microRNA的初步研究 被引量：1

16

作者 宝钲 杨茗羽 +2 位作者 张修月 岳碧松 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2019年第1期47-55,共9页

美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18～23 nt,且在22 nt和29... 美洲大蠊Periplaneta americana是一种世界性的卫生害虫,但其提取物有较高的药用价值。本研究对饲养的雌雄美洲大蠊成虫进行microRNA测序,分别在雄性和雌性中得到12 155 616条和9 847 263条序列。序列长度主要为18～23 nt,且在22 nt和29 nt处有2个峰值。将所得序列与数据库(NCBI、Rfam)进行比对注释,最终在雄性成虫中鉴定到57种已知的microRNA和152种潜在的新microRNA,在雌性成虫中鉴定到53种已知的microRNA和94种潜在的新microRNA。差异表达分析发现只有一种microRNA:miR-750在雌雄之间差异表达,其在雌虫中表达量显著高于雄虫。本研究首次在基因组水平研究了美洲大蠊microRNA的组成并对其功能进行了预测,为其后续研究奠定了基础。 展开更多

关键词 美洲大蠊 MICRORNA 差异表达

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一代二代联合测序快速鉴定肝豆状核变性及家系溯源研究 被引量：1

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作者 黄原 何苗 +4 位作者 范振鑫 邓娟 李颖 王宇杰 郑小莉 《重庆医科大学学报》 CAS CSCD 北大核心 2022年第4期406-410,共5页

目的:探索二代测序筛选和一代测序验证的快速准确诊断罕见遗传病肝豆状核变性的检测方法和流程。方法:提取先证者DNA并构建高通量测序文库后通过二代测序鉴定其可能致病位点;再提取包括先证者在内的该家系13位成员DNA,设计引物并对目标... 目的:探索二代测序筛选和一代测序验证的快速准确诊断罕见遗传病肝豆状核变性的检测方法和流程。方法:提取先证者DNA并构建高通量测序文库后通过二代测序鉴定其可能致病位点;再提取包括先证者在内的该家系13位成员DNA,设计引物并对目标片段PCR扩增后进行双相一代测序验证。结果:先证者的ATP7B基因外显子8中检测出1个杂合错义突变(rs121907990;chr13:51937570);家系成员共查出3位携带同一杂合错义突变者,先证者ATP7B突变来源于母系。结论:本研究设计的联合二代测序检测与一代测序验证的肝豆状核变性基因突变位点的快速鉴定技术和流程图,可能为罕见遗传病基因突变致病位点提供可借鉴的检测模式,为早期高效精准确诊罕见遗传病提供帮助。 展开更多

关键词 肝豆状核变性 ATP7B基因 一代测序 二代测序

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哺乳动物朊蛋白基因序列变异及其系统发育意义

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作者 管廷龙 范振鑫 +2 位作者 曾博 岳碧松 邹方东 《四川动物》 CSCD 北大核心 2010年第4期555-559,共5页

以朊蛋白基因(PRNP)为研究对象,从GenBank中选取代表哺乳动物的17目61属共84个物种PRNP的编码区序列,分析了该基因的结构及其在不同层次分类阶元间的进化关系。发现由于在基因内序列重复区存在插入或缺失,PRNP的编码区长度在哺乳动物不... 以朊蛋白基因(PRNP)为研究对象,从GenBank中选取代表哺乳动物的17目61属共84个物种PRNP的编码区序列,分析了该基因的结构及其在不同层次分类阶元间的进化关系。发现由于在基因内序列重复区存在插入或缺失,PRNP的编码区长度在哺乳动物不同目的物种间存在差异。在终止密码子的使用上不同目的物种之间存在明显的偏好性,TGA和TAG是哺乳动物PRNP最常用的终止密码子,只有奇蹄目的5个种和有袋目袋鼠科的2个种是使用TAA终止。所有84条序列呈现了较高的核苷酸多样性(10.54%)。以PRNP为分子标记构建的系统进化树总体上是和以往研究一致的,结果表明PRNP可以应用于哺乳动物较高分类单元的系统进化研究,但对于能否用于种间和种内不能肯定。最后应用系统进化树对尚未有患病报道的哺乳动物的患病可能性进行了预测。 展开更多

关键词 哺乳动物 朊蛋白基因 终止密码子 系统发育

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恒河猴基因组SINEs和Alu元件的数量和分布

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作者 夏珊 范振鑫 《四川动物》 CSCD 北大核心 2014年第5期689-693,共5页

哺乳动物的基因组中富含各种类型的重复序列,其中的微卫星作为分子标记在相关研究中得到了广泛的应用。而重复序列中的SINEs元件,在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究也得到了使用。其中,灵长类物种特有的SINEs元件、Al... 哺乳动物的基因组中富含各种类型的重复序列,其中的微卫星作为分子标记在相关研究中得到了广泛的应用。而重复序列中的SINEs元件,在各类群物种的分子系统发育、遗传多样性等方面的研究也得到了使用。其中,灵长类物种特有的SINEs元件、Alu元件,也在灵长类物种的进化研究中得到了成功的使用。本研究对于重要的医学模式动物恒河猴的基因组中SINEs和Alu元件进行了搜索,并进一步统计分析其分布规律、长度等信息。在恒河猴基因组的20条常染色体上共发现了Alu元件1 093 185个,在性染色体X上发现了45 215个。长度为200 bp至300 bp区间的Alu元件分布最多;Alu元件中75%的分化值至少都为10,而只有6.2%左右的元件分化值能达到至少20,这一结果表明绝大部分的Alu元件都比较年轻。本研究的统计结果为后续应用SINEs和Alu元件作为分子标记的研究提供了重要的信息。 展开更多

关键词 恒河猴 基因组 SINES ALU

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衰老对2种猕猴血液基因表达的影响及与人类的对比

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作者 王鑫颀 严超超 +2 位作者 王娇 兰月 范振鑫 《四川动物》 北大核心 2022年第1期14-23,共10页

衰老是导致免疫功能和代谢活动下降的危险因素。作为最常用的非人灵长类动物模型,猕猴属Macaca被用来探索与衰老过程相关的因素。为了比较2种猕猴和人类在衰老过程基因表达变化的异同,本研究收集比较了3个物种的血液转录组。在藏酋猴M.t... 衰老是导致免疫功能和代谢活动下降的危险因素。作为最常用的非人灵长类动物模型,猕猴属Macaca被用来探索与衰老过程相关的因素。为了比较2种猕猴和人类在衰老过程基因表达变化的异同,本研究收集比较了3个物种的血液转录组。在藏酋猴M.thibetana(TM)、普通猕猴M.mulatta(CR)和人类中分别获得了2523个、2138个和1497个与年龄相关的差异表达基因(DEGs);三者共同上调的23个,下调的38个。共同下调的38个DEGs富集到了B细胞受体信号通路(ko04662),体液免疫上,TMs最强,CRs最弱。免疫功能是3个物种在衰老过程中共同的功能改变,但改变程度不同。基因表达模式的相似性和差异性的发现将为猕猴进化和生物医学研究提供基础,同时为将猕猴衰老过程基因表达变化的结果推广到人类衰老相关研究提供参考。 展开更多

关键词 猕猴 人类 衰老 血液 基因表达

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