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基于蛋白质组学和转录组学数据鉴定增生型糖尿病性视网膜病变的潜在生物标志物
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作者 金叶安琪 刘俊滨 +8 位作者 方翔 吴冠蓉 朱昊贤 陈欣雨 刘梦雅 廖铄鑫 李方芳 张学礼 孟倩丽 《眼科新进展》 北大核心 2025年第8期622-628,共7页
目的 利用蛋白质组学和转录组学数据筛选增生型糖尿病性视网膜病变(PDR)的潜在生物标志物。方法 本研究蛋白质组学数据集(PXD046630)来自PDR患者的房水样本,两个转录组学数据集(GSE60436和GSE102485)来自PDR患者的纤维血管膜。差异表达... 目的 利用蛋白质组学和转录组学数据筛选增生型糖尿病性视网膜病变(PDR)的潜在生物标志物。方法 本研究蛋白质组学数据集(PXD046630)来自PDR患者的房水样本,两个转录组学数据集(GSE60436和GSE102485)来自PDR患者的纤维血管膜。差异表达基因(DEGs)通过R软件鉴定,特别是limma和edgeR包。通过蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析、GO富集分析和KEGG通路富集分析筛选PXD046630与GSE60436数据集的共同DEGs。通过受试者工作特征曲线对GSE102485数据集中的关键DEGs进行验证。利用qPCR方法对高糖、低氧条件下培养的人视网膜血管内皮细胞进行候选生物标志物mRNA的检测验证。结果 从PXD046630和GSE60436数据集中共筛选出59个共有DEGs和26个核心基因。KEGG分析显示,细胞外基质-受体相互作用、癌症中的蛋白聚糖、补体和凝血级联等6条通路在12个关键DEGs中富集。以AUC值大于0.900(CI≥95%)为标准将纤连蛋白1(FN1)、金属蛋白酶组织抑制剂3(TIMP3)、补体因子H(CFH)、核心蛋白聚糖和低密度脂蛋白受体相关蛋白2(LRP2)确定为PDR的潜在生物标志物。其中FN1、CFH和LRP2的mRNA表达水平在高糖、低氧培养的人视网膜血管内皮细胞中显著上调。结论 FN1、CFH和LRP2可能是PDR的潜在生物标志物。需要进一步的研究来探索它们在该疾病中的作用和治疗潜力。 展开更多
关键词 糖尿病性视网膜病变 蛋白质组学 转录组学 生物标志物
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