目的通过全基因组测序和生物信息学分析,揭示20株不动杆菌遗传特征,探讨不同种类不动杆菌之间的进化关系。方法对1961—2017年保藏于中国医学细菌保藏管理中心(National Center for Medical Culture Collections,CMCC)的20株不动杆菌属...目的通过全基因组测序和生物信息学分析,揭示20株不动杆菌遗传特征,探讨不同种类不动杆菌之间的进化关系。方法对1961—2017年保藏于中国医学细菌保藏管理中心(National Center for Medical Culture Collections,CMCC)的20株不动杆菌属菌株进行全基因组测序,并开展生物信息学分析,包括基因组组装、基因预测、功能注释、耐药基因和毒力基因预测、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析、Core-Pan基因分析,以及进化树的构建等。结果20株不动杆菌基因组大小为3.21~4.45 Mbp,G+C含量38.54%~45.21%,共携带172个耐药基因、含5种耐药机制,预测到80个毒力因子相关基因。平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析表明,20株不动杆菌与其对应种基因组参考序列ANI值>96.00%;SNP分析显示,基因区SNP数量为34~1524个,非同义突变比例2.04%~21.06%;CorePan基因分析显示,核心基因264个,泛基因35001个,特异基因2~817个;进化分析显示,不动杆菌进化有明显分支,鲁氏不动杆菌和印度不动杆菌与其他不动杆菌进化关系较远。结论本研究丰富了CMCC库藏不动杆菌的基因组特征信息数据,为不动杆菌的分类、诊断、耐药监测、临床治疗和预防控制提供重要科学数据,有助于推动相关领域的研究与应用。展开更多
文摘目的通过全基因组测序和生物信息学分析,揭示20株不动杆菌遗传特征,探讨不同种类不动杆菌之间的进化关系。方法对1961—2017年保藏于中国医学细菌保藏管理中心(National Center for Medical Culture Collections,CMCC)的20株不动杆菌属菌株进行全基因组测序,并开展生物信息学分析,包括基因组组装、基因预测、功能注释、耐药基因和毒力基因预测、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)分析、Core-Pan基因分析,以及进化树的构建等。结果20株不动杆菌基因组大小为3.21~4.45 Mbp,G+C含量38.54%~45.21%,共携带172个耐药基因、含5种耐药机制,预测到80个毒力因子相关基因。平均核苷酸一致性(average nucleotide identity,ANI)分析表明,20株不动杆菌与其对应种基因组参考序列ANI值>96.00%;SNP分析显示,基因区SNP数量为34~1524个,非同义突变比例2.04%~21.06%;CorePan基因分析显示,核心基因264个,泛基因35001个,特异基因2~817个;进化分析显示,不动杆菌进化有明显分支,鲁氏不动杆菌和印度不动杆菌与其他不动杆菌进化关系较远。结论本研究丰富了CMCC库藏不动杆菌的基因组特征信息数据,为不动杆菌的分类、诊断、耐药监测、临床治疗和预防控制提供重要科学数据,有助于推动相关领域的研究与应用。
