对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴...对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴定和多样性分析;在此基础上,采用平板检测技术测定了这些细菌菌株的解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。结果显示:从细茎石斛根和茎以及根围苔藓和根围土壤中共分离获得75株细菌菌株,从叶中未分离出内生细菌。其中,源自根和茎的内生细菌菌株分别为14和7株;源自根围苔藓的内生细菌菌株偏少,仅14株;源自根围土壤的细菌菌株最多,达到40株。75株菌株可被分成33个ARDRA簇,通过16S r DNA序列测定及比对,它们分别隶属于链霉菌属(Streptomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、潘多拉菌属(Pandoraea)、微杆菌属(Microbacterium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和泛菌属(Pantoea),其中芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势属。在75株内生和根围细菌中,有22株菌株兼具解无机磷和有机磷的能力、25株菌株具有解钾能力、64株菌株具有产生长素能力、39株菌株具有产嗜铁素能力,其中有9株菌株兼具解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。总体上看,细茎石斛的内生和根围细菌数量多且多样性较高,其中9株兼具4种促生潜力的菌株可作为促进细茎石斛生长的候选菌株。展开更多
影像基因组学认为神经影像与基因之间存在着一定程度的相关性,利用遗传变异与影像数据进行疾病分析愈发受研究人员重视。在实践中,临床医生拥有的数据规模往往较小,但仍然希望使用深度学习来解决现实问题。考虑到不断扩大的数据规模与...影像基因组学认为神经影像与基因之间存在着一定程度的相关性,利用遗传变异与影像数据进行疾病分析愈发受研究人员重视。在实践中,临床医生拥有的数据规模往往较小,但仍然希望使用深度学习来解决现实问题。考虑到不断扩大的数据规模与昂贵的标注成本,构建能够利用多模态数据的无监督学习方法十分必要。为了满足上述需求,提出了一种基于影像与基因多模态表格数据对比学习的表征学习方法(multimodal tabular data with contrastive learning,MTCL),该模型利用了静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)数据,无需数据的任何标签信息。为了增强可解释性,模型先通过特征提取模块将rs-fMRI和SNP数据转换为表格类型结构,再通过多模态表格数据对比学习模块对多模态数据进行融合,并获得融合后的数据表征。在重度抑郁症(major depression disorder,MDD)数据上,文中提出的方法能够有效提升MDD诊断性能。此外,MTCL方法结合了模型归因方法挖掘与MDD相关的影像和遗传生物标记物,提高了模型的可解释性,有助于研究人员对疾病发病机制的理解。展开更多
文摘对采自湖北省英山县的细茎石斛〔Dendrobium moniliforme(Linn.)Sw.〕根、茎和叶中的内生细菌及其根围苔藓内生细菌和根围土壤细菌进行分离,并采用扩增核糖体DNA限制性酶切分析(ARDRA)与UPGMA聚类分析相结合的方法对这些细菌菌株进行鉴定和多样性分析;在此基础上,采用平板检测技术测定了这些细菌菌株的解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。结果显示:从细茎石斛根和茎以及根围苔藓和根围土壤中共分离获得75株细菌菌株,从叶中未分离出内生细菌。其中,源自根和茎的内生细菌菌株分别为14和7株;源自根围苔藓的内生细菌菌株偏少,仅14株;源自根围土壤的细菌菌株最多,达到40株。75株菌株可被分成33个ARDRA簇,通过16S r DNA序列测定及比对,它们分别隶属于链霉菌属(Streptomyces)、芽孢杆菌属(Bacillus)、假单胞菌属(Pseudomonas)、拉恩氏菌属(Rahnella)、潘多拉菌属(Pandoraea)、微杆菌属(Microbacterium)、赖氨酸芽孢杆菌属(Lysinibacillus)和泛菌属(Pantoea),其中芽孢杆菌属和假单胞菌属为优势属。在75株内生和根围细菌中,有22株菌株兼具解无机磷和有机磷的能力、25株菌株具有解钾能力、64株菌株具有产生长素能力、39株菌株具有产嗜铁素能力,其中有9株菌株兼具解磷、解钾、产生长素和嗜铁素的能力。总体上看,细茎石斛的内生和根围细菌数量多且多样性较高,其中9株兼具4种促生潜力的菌株可作为促进细茎石斛生长的候选菌株。
文摘影像基因组学认为神经影像与基因之间存在着一定程度的相关性,利用遗传变异与影像数据进行疾病分析愈发受研究人员重视。在实践中,临床医生拥有的数据规模往往较小,但仍然希望使用深度学习来解决现实问题。考虑到不断扩大的数据规模与昂贵的标注成本,构建能够利用多模态数据的无监督学习方法十分必要。为了满足上述需求,提出了一种基于影像与基因多模态表格数据对比学习的表征学习方法(multimodal tabular data with contrastive learning,MTCL),该模型利用了静息态功能磁共振成像(rs-fMRI)和单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNP)数据,无需数据的任何标签信息。为了增强可解释性,模型先通过特征提取模块将rs-fMRI和SNP数据转换为表格类型结构,再通过多模态表格数据对比学习模块对多模态数据进行融合,并获得融合后的数据表征。在重度抑郁症(major depression disorder,MDD)数据上,文中提出的方法能够有效提升MDD诊断性能。此外,MTCL方法结合了模型归因方法挖掘与MDD相关的影像和遗传生物标记物,提高了模型的可解释性,有助于研究人员对疾病发病机制的理解。
